|
| |
|
|
Zásobník krmných směsí
Frydrych, Martin ; Fišer, Karel (oponent) ; Škopán, Miroslav (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá návrhem a konstrukcí zásobníku krmných směsí ve dvou variantách. Varianta 1: objem 53 m3, výsypný úhel 60°, varianta 2: objem 45 m3, výsypný úhel 45°. Podle parametrů zadání a odborné literatury byl vypracován návrh obou variant zásobníků krmných směsí. Dále byl proveden výpočet zatížení od větru, sněhu a síly působící na nosnou konstrukci zásobníku ve směru průjezdu. Výkresová dokumentace se skládá ze sestav varianty 1 a 2, vybraných svařovacích podsestav a detailů částí varianty 1 zásobníku krmných směsí.
|
|
|
Cytokinové sítě a jejich dopad na imunitní profil pacientů s akutní myeloidní leukémií (AML)
Ptáček, Antonín ; Musil, Jan (vedoucí práce) ; Fišer, Karel (oponent)
Akutní myeloidní leukémie (AML) je maligní hematologické onemocnění projevující se expanzí blastů v kostní dřeni a do periferní krve. Imunitní systém chrání tělo před leukémií odstraňováním transformovaných buněk. V AML jsou ale schopnosti imunitních buněk ovlivněny jak přímým kontaktem mezi leukemickými a efektorovými buňkami, tak cytokiny, metabolity a dalšími solubilními proteiny, které spolu s buňkami tvoří specifické mikroprostředí AML. Efekty cytokinů a dalších solubilních molekul v mikroprostředí AML nejsou zatím dostatečně popsány. Tato práce měla za cíl optimalizovat a zavést panel pro multiparametrickou průtokovou cytometrii pro měření buněčných populací a zavést multiparametrické testy hladin cytokinů, chemokinů a dalších solubilních proteinů v plazmě. Dalším cílem pak bylo pomocí těchto metod charakterizovat frekvence a funkční fenotyp buněčných populací a hladiny solubilních proteinů v mikroprostředí AML a popsat jejich vliv na závažnost onemocnění a celkové přežití pacientů. Pokusili jsme se také nalézt nové biomarkery imunitního úniku leukemických buněk. U pacientů jsme pozorovali supresivní mikroprostředí s aberantními hladinami solubilních receptorů a dalších proteinů. Toto mikroprostředí pak bylo odlišné v jednotlivých prognostických skupinách, do kterých byli pacienti rozděleni....
|
|
|
Gene expression analysis on a subgene level
Kloda, František ; Fišer, Karel (vedoucí práce) ; Novotný, Marian (oponent)
RNA sekvenování nám umožňuje zkoumat expresi jednotlivých genů v buňkách. Vzniklá data je možné interpretovat na více úrovních, kde každá úroveň poskytuje rozdílný typ informace. Kromě měření exprese celých genů je možné kvantifikovat expresi jednolivých exonů, nebo transkriptů (isoforem genů), což umožňuje podrobnější stadium regulačních mechanizmů. Hlavní rozdíl mezi přístupy je při určování původu krátkých readů. Tento krok je především složitější při analýze exprese jednotlivých transkriptů kvůli velké míře sekvenční podobnosti mezi transkripty pocházejícími ze stejného genu. V této práci jsme popsali jedenáct nástrojů pro analýzu exprese na subgenové úrovni a pro porovnání jsme tři z těchto nástrojů spustili na reálných pacientských datech. Výsledky poskytnuté všemi třemi nástroji byli velmi podobné, nejvýraznější rozdíl byl v čase analýzy.
|
|
|
Disruption of transcription regulatory networks in childhood Acute lymphoblastic leukemia
Sadílek, Vojen ; Fišer, Karel (vedoucí práce) ; Frič, Jan (oponent)
Mutace transkripčních faktorů jsou iniciální lézí ve většině případů dětské akutní lymfoblastické leukémie (ALL), často získané in utero. Tyto mutace hrají zásadní roli v utváření fenotypu a prognózy tohoto onemocnění. Tato práce se zaměřuje na široký popis transkriptomické krajiny z pohledu transkripčních faktorů a jejich cílů. Přizpůsobili jsme SCENIC (Aibar et al., 2017), nástroj pro inferenci genových regulačních sítí z dat jednobuněčné RNA sekvenace, pro rozsáhlý soubor 633 vzorků hromadného RNA sekvenování dětské ALL. To nám umožňuje vyhodnotit profil genové exprese jako výsledek aktivity transkripčních faktorů. Dále jsme se zaměřili na prohloubení našeho porozumění těmto již existujícím a cenným datům začleněním informací z několika "-omických" databází. V naší analýze jsme použili data jednobuněčné RNA sekvenace, protein-proteinových interakcí a predikovaných cis-regulačních elementů. Náš přístup pokrývá transkriptomickou krajinu nad rámcem diferenciálně exprimovaných či vysoce variabilních genů. Ukazujeme, že většina podtypů B- ALL má specifické vzorce aktivity transkripčních faktorů. U podtypů iniciovaných mutacemi transkripčních faktorů zkoumáme jejich vliv na výslednou aktivitu. Na příkladu MEF2D ilustrujeme výhodu kvantifikace aktivity transkripčního faktoru dle jeho cílů, jež se zde...
|
|
|
Moderní implementace LALR(1) konstruktoru
Fišer, Karel ; Bednárek, David (vedoucí práce) ; Hnětynka, Petr (oponent)
Cílem této práce je navrhnout moderní design konstruktoru parserů a návrh poté realizovat. Výsledkem práce je programátorské dílo sestávající z programu, který ze vstupního souboru čte popis bezkontextové LALR(1) gramatiky a sémantických akcí. Do výstupních souborů generuje zdrojový kód syntaktického analyzátoru, který při parsování jazyka odpovídajícího dané gramatice vykonává dané sémantické akce. Součástí jsou šablony zdrojových kódů pro implementaci výsledného analyzátoru, a to pro několik cílových moderních objektových programovacích jazyků. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Bombič 2
Fišer, Karel ; Lidický, Bernard (vedoucí práce) ; Jelínková, Eva (oponent)
Název práce: Bombič 2 Autor: Karel Fišer Katedra: Katedra aplikované matematiky Vedoucí bakalářské práce: RNDr. Bernard Lidický E-mail vedoucího: bernard@kam.mff.cuni.cz Abstrakt: Cílem práce bylo analyzovat nedostatky první verze hry Bombič a navrhnout hru a editor map odstraňující tyto nedostatky. Návrh poté realizovat, vytvořit programátorskou a uživatelskou dokumentaci. Výsledkem práce je programátorské dílo, které sestává ze dvou programů. V textu této práce jsou popsané zjištěné nedostatky první verze hry, koncepci uložení dat a architekturu obou programů. V kapitole 6. se nachází uživatelská dokumentace. Obsahuje popis ovládání hry i editoru map. Klíčová slova: Bombič, plošinová hra, arkáda, souboj
|
|
|
Sources, identification and removal of ChIP-seq artifacts
Shumilova, Aleksandra ; Převorovský, Martin (vedoucí práce) ; Fišer, Karel (oponent)
Chromatinová immunoprecipitace se používá k obohacení sekvencí DNA, které jsou spojeny s požadovaným proteinem, a používá se k mapování těchto sekvencí na oblasti v genomu. Studium těchto vazebných míst proteinů na molekule DNA poskytuje pochopení genové regulace a remodelace chromatinu. Některé signály nepředstavují žádné vazebné místo a jsou známé jako falešné pozitivy. Tato práce se zaobírá hlavními zdroji falešně pozitivních signálů, které běžně vznikají při analýze ChIP-seq dat, a nabízí možná řešení pro jejich omezení nebo odfiltrování. Keywords: ChIP-seq, chromatinová imunoprecipitace, kontrola kvality, odfil- trování dat iv
|
|
| |
|
|
Leukaemia associated immunophenotype in childhood acute leukaemias and its development during the course of disease
Podolská, Tereza ; Fišer, Karel (vedoucí práce) ; Drbal, Karel (oponent)
Akutní lymfoblastická leukémie (ALL) je nejčastější dětskou malignitou. K jednomu z nedávných zlepšení v léčbě ALL došlo zavedením monitoringu minimální reziduální nemoci (MRD), který umožňuje přizpůsobit léčbu na základě stratifikace rizika. Monitoring MRD rovněž umožňuje zvolit vhodnou léčbu při relapsu onemocnění, indikovat transplantaci kmenových buněk (SCT) a umožňuje personalizovaný přístup k pacientům podstupujícím SCT. Jedním ze základních způsobů detekce hladiny MRD je charakterizace leukemických blastů pomocí průtokové cytometrie. Hlavním limitem průtokové cytometrie je však to, že analýza dat je manuální a závislá na vysoce expertních znalostech. Tento postup je subjektivní a ne zcela dostatečný pro analýzu komplexních datových souborů užívaných v současnosti. Přestože jsou dostupné nové výpočetní nástroje pro zpracování multidimenzionálních dat z průtokové cytometrie, je zároveň potřeba tyto metody otestovat a přizpůsobit je klinickému prostředí. Cílem této práce je detekovat imunofenotypy asociované s leukémiemi a jejich vývojem pomocí počítačem asistované analýzy u sady diagnostických souborů vybraných na základě informací o více než třech stech tisíců datasetů z víceparametrové průtokové cytometrie. Pokročilé bioinformatické nástroje pomohou detekovat blastické a zdravé...
|
host ::
RSS.