|
|
Parazité způsobující ptačí malárii a jejich přenašeči
Synek, Petr ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Hypša, Václav (oponent) ; Široký, Pavel. (oponent)
Parazity způsobující ptačí malárii řadíme mezi Haemosporida, která představují monofyletickou skupinu dixenních protist patřících do kmene Apicomplexa. Jejich nepohlavní množení probíhá v obratlovčím mezihostiteli a ke vzniku gamet a sporogonii dochází v krevsajícím dvoukřídlém hmyzu, který je tudíž konečným hostitelem těchto parazitů. U ptáku jako mezihostitelů se setkáváme s následujícími třemi rody těchto parazitů: Plasmodium, Haemoproteus a Leucocytozoon. V disertační práci jsem se soustředil na Haemosporida volně žijících ptáků a na způsob jejich přenosu hmyzími vektory v přírodních populacích, což byla prozatím opomíjená oblast výzkumu zaměřeného na původce ptačí malárii. Výsledky byly získány jak tradičními metodami (vyšetření infekcí pomocí mikroskopování krevních roztěrů), tak především molekulárně biologickými metodami (detekcí parazitů pomocí nested PCR) založenými na práci s unikátními haplotypy jednotlivých linií haemosporid. Cílem studie bylo určit okruh možných přenašečů ptačích haemosporid na území České republiky s přihlédnutím ke specificitě ptačích haemosporid v rámci těchto vektorů a popsat diverzitu ptačích haemosporid v populacích jejich ptačích mezihostitelů. K tomu jsme si vybrali čtyři různé druhy ptáků, patřících do čtyř řádů (pěvci - Passeriformes, sovy -...
|
|
| |
|
|
Diverzita sekvencí mtDNA a genetická struktura východoafrického sahelu
Tlačbabová, Klára ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent)
Východoafrický sahel hrál v minulosti důležitou roli jako obousměrný koridor nejen horizontálně, ale i vertikálně migrujících populací. I díky tomu je zde možné pozorovat vysokou genetickou, etnolingvistickou i kulturní diverzitu. Tato diplomová práce se soustředí na genetickou strukturu a migrační aktivitu východního sahelu na základě analýzy HVS-I a HVS-II segmentu mtDNA. Pro analýzu byly vybrány zástupci tří afrických jazykových rodin a různých subsistenčních strategií. Porovnávány byly i populace původem z Arabského poloostrova. Výsledky vypovídají o vysoké genetické diverzitě především u populací východního Súdánu a Afrického rohu, což je spojeno se šířením arabských populací podél údolí řeky Nil. Zdá se, že zde na rozložení genetické diverzity mají jazykové faktory větší vliv než geografické. Odlišná situace byla pozorována u populací Čadu, kde geograficky si blízké populace různého lingvistického zařazení vykazovaly nízkou genetickou diferenciaci. Intra- populační analýzy vypovídají o významném vlivu genetického driftu u pasteveckých populací žijících při africkém pobřeží Rudého moře Bedžů a Rašajdů. U Bedžů je nejspíš podmíněn poklesem velikosti efektivní populace, u Rašajdů je dán efektem zakladatele při jejich recentní imigraci z Arabského poloostrova. Pastevecká populace Baggarů se svým...
|
|
|
Komáři jako hostitelé a přenašeči prvoků se zaměřením na ptáky
Fialová, Magdaléna ; Svobodová, Milena (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent)
Komáři patří k významným zástupcům hmyzu, kterým je věnována pozornost zejména z důvodu schopnosti přenosu patogenů (viry, bakterie, prvoci, červi) v mnoha případech způsobujících závažná onemocnění. Hostiteli těchto patogenů jsou nejrůznější živočichové včetně ptáků. V této práci jsem se zaměřila na prvoky přenášené komárem na ptáky, jimiž jsou Plasmodium a Trypanosoma. V případě trypanosom je komár jedním z více možných přenašečů a do dnešní doby jsou pojmenovány dvě trypanosomy, které na ptáky přenáší, konkrétně Trypanosoma culicavium a Trypanosoma thomasbancrofti. V případě rodu Plasmodium je komár jediným přenašečem a výčet druhů parazitů rodu Plasmodium, které na ptáky přenáší je mnohem bohatší. Klíčová slova: přenašeč, komár, hostitel, pták, Trypanosoma, Plasmodium, infekce
|
|
|
The impact of geography and subsistence on distribution of NRY haplogroups in Europe and Africa
Nováčková, Jana ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent) ; Macholán, Miloš (oponent)
Chromozóm Y je v dôsledku špecifických vlastnosti ideálnym nástrojom archeogenetických štúdií. Jeho diverzita je ovplyvnená viacerými faktormi a dvom z nich (geografická poloha a spôsob života) sa venuje aj táto dizertačná práca, ktorá bola založená na analýze SNP a STR lókusov vzoriek pochádzajúcich zo Slovenska (156 vzoriek, 5 oblasti) a subsaharskej Afriky, kde boli zastúpené populácie praktikujúce usadlý farmársky (481 vzoriek, 18 oblasti) a kočovný pastiersky (405 vzoriek, 16 oblasti) spôsob života. Slovensko leží v mieste stretu dvoch migračných vĺn. Jedna sa šírila z oblasti dnešnej Ukrajiny smerom na západ a súvisí s rozšírením haploskupiny R1a v Európe a druhá šla z oblasti Pyrenejského poloostrova smerom na východ a je dávaná do súvislosti s rozšírením haploskupiny R1b. Výsledky MDS grafu kopírujú geografickú mapu Európy, kde vzorky zo Slovenska ležia medzi ruskými, balkánskymi a pyrenejskými vzorkami. Závislosť medzi genetickými a geografickými vzdialenosťami bola preukázaná aj hierarchickou AMOVOU a Mantelovými testami. V oblasti subsaharskej Afriky vedľa seba žijú populácie, ktoré sa líšia typom životnej subsistencie a tento ich odlišný spôsob života sa odráža aj v diverzite chromozómu Y. Kočovné pastierske a usadlé farmárske populácie sa líšia zastúpením haploskupín chromozómu Y,...
|
|
|
Whole-genome analysis of the house mouse hybrid zone
Janoušek, Václav ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Choleva, Lukáš (oponent) ; Chan, Yingguang Frank (oponent)
Hybridní zóny poskytují cennou příležitost ke studiu procesu speciace v reálném čase. Dochází zde k porušení genovych interakcí a následnému vzniku reprodukční izolace v důsledku kontaktu předem netestovanych kombinací genů pocházejících z divergujících populací. Dva druhy myší (Mus musculus musculus/Mus musculus domesticus) tvoří napříč střední Evropou úzkou zónu sekundárního kontaktu, která, jak se předpokládá, je udržována prostřednictvím rovnováhy mezi selekcí hybridů se sníženym fitness a disperzí jedinců. V průběhu mého PhD studia jsem spolu s mymi kolegy používal set asi 1400 SNP markerů ke studiu celogenomové introgrese napříč dvěma/třema transekty v hybridní zóně myši domácí. Naším cílem bylo identifikovat genomové oblasti obsahujících geny potenciálně způsobující reprodukční izolaci mezi dvěma poddruhy myši domácí, charakterizovat jejich rozložení v myším genomu a charakterizovat vlastnosti genomu typické pro tyto regiony. Náš vyzkum potvrdil na celogenomové škále vyznamnost chromozomu X při evoluci reprodukční izolace. Tento chromozom vykazoval introgresi odpovídající silné negativní epistázy a tato introgrese byla konzistentní mezi oběma studovanymi transekty, což poukazuje na společny geneticky základ reprodukční izolace mezi rozdílnymi oběma transekty. Na rozdíl od chromozomu X...
|
|
|
Kospeciace ptačích ektoparazitů
Gajdošová, Magdalena ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Votýpka, Jan (oponent)
V situaci, kdy jsou na sebe dva taxony silně ekologicky vázány, může speciace jednoho z nich vyvolat speciaci druhého, čímž dochází k jevu zvanému kospeciace. Kospeciace lze očekávat například u hostitelsky specifických parazitů. Modelovým systémem se zde stali ptáci a jejich ektoparaziti, u nichž byly proběhlé kospeciace opakovaně zkoumány srovnáváním evolučních stromů obou skupin. Doposud byly provedeny desítky kospeciačních analýz na různých skupinách ptáků a jejich ektoparazitů. Tato práce podává jejich celistvý souhrn a nabízí možnou interpretaci jejich výsledků ve spojitosti s ekologickými a dalšími faktory, které na míru kospeciací mohou mít vliv. Ptáci a jejich permanentní ektoparaziti se celkově ukazují být často kospeciujícím systémem (64% provedených studií odhalilo signifikantní míru kospeciací), přičemž míra kospeciací se u jednotlivých skupin výrazně liší. Zásadní roli zjevně hrají některé ekologické aspekty obou skupin, zejména ty poskytující příležitosti k disperzi parazita.
|
|
|
Ptačí malárie vlaštovky obecné
Krausová, Simona ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Votýpka, Jan (oponent)
Ptáci migrující na dlouhé vzdálenosti se mohou setkat se širokým spektrem parazitů. V rámci jednoho druhu různé populace často využívají různé migrační trasy a mohou i zimovat na odlišných lokalitách. Lze předpokládat, že jedinci využívající různé migrační cesty by měli být nakaženi odlišnými parazity. Pro studium vztahu migrace a distribuce parazitů jsme zvolili kosmopolitně rozšířenou vlaštovku obecnou (Hirundo rustica) a ptačí malárie. Vlaštovky migrují na dlouhé vzdálenosti různými migračními směry a některé populace u nich nemigrují vůbec, jsou residentní. Vlaštovka je proto vhodným modelovým druhem pro zodpovězení otázek, zda jsou populace využívající různé migrační cesty nakaženy odlišnými parazity a zda je u populací migrujících na velkou vzdálenost větší diverzita parazitů než u populací residentních. Malarické linie rodu Plasmodium a Haemoproteus byly detekovány za pomoci nested PCR a sekvenování. Analýzováno bylo 1242 vzorků z 8 různých lokalit z USA, Evropy a Asie. Detekovali jsme 24 různých linií malárií. Z 16 linií patřících do rodu Plasmodium byly 4 linie nové a z 6 linií patřících do rodu Haemoproteus byly nové 3 linie. Prevalence byly nízké (většinou do 20 %) u všech populací. Residentní populace byly zcela bez nákaz. Vlaštovky z USA byly infikovány unikátními liniemi, které se...
|
|
|
Nadmořská výška jako faktor ovlivňující genetickou strukturu populací
Havelková, Markéta ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Sedláček, Ondřej (oponent)
Výškový gradient vytváří příhodný systém pro výzkum populací z různých nadmořských výšek a vlivu jak neutrálních evolučních procesů, tak lokálních podmínek na jejich genetickou strukturu. Adaptaci různých genotypů místním podmínkám je obecně přisuzována klinální variabilita geneticky determinovaných znaků i geografická variace fenotypů populací. Díky odlišným adaptacím na specifické prostředí, genetickému driftu a případně omezenému genovému toku mohou populace vykazovat výraznou genetickou variabilitu, která by mohla vést až ke speciačním událostem. Nadmořská výška vytváří selekční tlak na organismus především kvůli sníženému parciálnímu tlaku kyslíku, snížené teplotě a zvýšené expozici UV záření, a na základě charakteru klimatických změn lze posuzovat genetické rozdíly, za kterými stojí, a které díky umístění populace na výškovém gradientu vznikají. Existuje mnoho důkazů pro význam výškové adaptace na molekulární úrovni pro některé klíčové geny, především pro hemoglobin a geny mitochondriální.
|
|
|
Variabilita mitochondriální DNA u populací střední Evropy.
Veselá, Monika ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent)
Cílem této diplomové práce bylo zhodnotit genetickou diverzitu mtDNA populací střední Evropy a posoudit, zda a jak souvisí s geografickými vzdálenostmi či jazykovou příslušností jednotlivých populací. Pro tento účel byly sekvenovány HVS-1 úseky mtDNA 194 jedinců rozdělených do 6 slovenských populací. Získané sekvence byly vyhodnoceny prostřednictvím základních parametrů genetické diverzity a porovnány s obdobnými daty publikovanými jinými autory (jednalo se o 4 798 sekvencí HVS-1 segmentu mtDNA 42 populačních celků střední Evropy). Intra-populační analýzy ukázaly na vysokou míru genové a nukleotidové diverzity jednotlivých populací, s patrným poklesem hodnot od severu k jihu. Nejvyšší míry genetické diverzity vykazovaly slovenské populace, nejnižší hodnoty pak byly zaznamenány pro populace chorvatské. Z výsledků ΦST vzdáleností je patrná jistá podobnost populací slovanských (Slovensko, Česká republika, Polsko, Slovinsko, Srbsko, Bosna a Hercegovina), germánských (Německo, Rakousko, Švýcarsko) a také některých skupin z Maďarska a Rumunska. Nejvzdálenější se jevily především populace Chorvatska, které se lišily téměř od všech populací zahrnutých do studie. AMOVA ukázala, že geografické členění populací vysvětluje rozložení genetické variability poněkud lépe než jazykové třídění. Na variabilitu mezi...
|
host ::
RSS.