|
|
Hledání slovníku pro audiosignály
Martinek, Václav ; Záviška, Pavel (oponent) ; Rajmic, Pavel (vedoucí práce)
Tato prace by mela odpovedet, z ceho se sklada audiosignal. Zabyva se tedy ucenim slovniku pro audiosignaly na zaklade ridkych reprezentaci. Jsou zde popsany jednotlive algoritmy, ktere jsou dulezite k vytvoreni prizpusobenych slovniku. Dale v praci nalezneme srovnani reprezentace signalu pomoci Fourierovy transformace a natrenovaneho slovniku. Je zde popsana tvorba databaze hudebnich zvuku
|
|
|
Rozpoznávání hudebních coververzí pomocí technik Music Information Retrieval
Martinek, Václav ; Zvončák, Vojtěch (oponent) ; Kiska, Tomáš (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabyvá návrhem a realizací systému rozpoznávajícího hudební coververze. Úvodní část je věnována vypočtu parametrů z audio signálu pomocí technik Music Information Retrieval. Následně jsou definovány různé podoby coververzí a hudební aspekty, které coververze sdílí. V práci je rovněž podrobně popsána tvorba a rozdělení databáze coververzí. Dále jsou zde uvedeny metody a techniky pro porovnání a zpracování vypočítanych parametrů. Pozornost je pak věnována metodě OTI, vypočet CSM a metodám, které se zabyvají selekcí parametrů. Další část se věnuje návrhu systémů na rozpoznávání coververzí. V práci jsou pak srovnány již navržené systémy na rozpoznávání coververzí. Následně jsou popsány techniky strojového učení a evaluační metody pro vyhodnocení klasifikace. Větší část je věnována umělym neuronovym sítím. Poslední kapitola se zabyvá implementací dvou systémů v prostředí MATLAB a Python. Tyto systémy jsou následně otestovány na vytvořené databázi coververzí. V závěru je diskutována úspěšnost těchto systémů a případné možnosti pro zlepšení.
|
|
|
Hledání slovníku pro audiosignály
Martinek, Václav ; Záviška, Pavel (oponent) ; Rajmic, Pavel (vedoucí práce)
Tato prace by mela odpovedet z ceho se sklada audio signal. Zabyva se tedy ucenim slovniku pro audio signaly na zaklade ridkych reprezentaci. Jsou zde popsany jednotlive algoritmy, ktere jsou dulezite k vytvoreni prizpusobenych slovniku. Dale v praci nalezneme srovnani reprezentace signalu pomoci fourierovy transformace a natrenovaneho slovniku. Je zde popspana tvorba databaze hudebnich zvuku.
|
|
|
Studium metabolismu vzdušných polutantů a mutagenů 3-nitrobenzanthronu a 2-nitrobenzanthronu
Čechová, Tereza ; Stiborová, Marie (vedoucí práce) ; Martínek, Václav (oponent)
Aromatické nitrosloučeniny jsou látky přítomné ve všech složkách životního prostředí. Jsou považovány za jeho toxické a karcinogenní kontaminanty. Většina nitroaromátů vykazuje v bakteriálních a savčích systémech mutagenní aktivitu. Existují karcinogeny vyvolávající nádorové procesy, především v játrech, plicích a prsních žlázách. 3-Nitrobenzanthron (3-NBA, 3-nitro-7H-benz[de]anthracen-7-on) je jednou z polycyklických aromatických nitrosloučenin s vysokými toxickými účinky. 3-NBA se vyskytuje ve složkách životního prostředí a je přítomný i ve výfukových plynech, byl také detekován v půdě a jeho výskyt byl prokázán i v dešťové vodě. 2 Nitrobenzanthron (2-NBA, 2-nitro-7H-benz[de]anthracen-7-on) je izomerem 3-NBA nalezeným jako polutant znečištěného ovzduší. I když je 2-NBA látkou slabě toxickou, jeho vysoká koncentrace v ovzduší by mohla představovat vysoké zdravotní riziko pro lidskou populaci. Diplomová práce rozšiřuje poznatky o metabolismu 3-NBA a jeho izomeru 2 NBA za anaerobních a aerobních podmínek. Ke studiu metabolismu těchto látek byly využívány jaterní mikrosomální systémy kontrolních potkanů (nepremedikovaných žádným induktorem cytochromů P450 - CYP) a potkanů premedikovaných Sudanem I, -naftoflavonem, fenobarbitalem, ethanolem a pregnenolon 16-karbonitrilem (PCN), látek, které indukují CYP 1A,...
|
|
|
Vliv prostředí na stabilitu a strukturu vaječného lysozymu
Toupalová, Kateřina ; Hudeček, Jiří (vedoucí práce) ; Martínek, Václav (oponent)
Tato diplomová práce se zabývá studiem stability a strukturních změn lysozymu. K tomuto studiu byla použita metoda derivační a diferenční spektrofotometrie v UV oblasti. Byl studován vliv tří alkoholů: ethanolu, propan-1-olu a 2-methoxyethanolu, a dále vliv teploty. V souladu s údaji v literatuře je lysozym v poměrně širokém rozsahu pH (3 - 10) poměrně stabilní a zachovává si víceméně nativní strukturu až do koncentrace alkoholu 40 % (ethanol, propanol) respektive 9 % ( 2-methoxyethanol). V tomto rozsahu pH je lysozym stabilní až do teplot kolem 55 řC. V kyselém pH (1,9) a v alkalickém prostředí (pH 11) je stabilita proteinu poněkud snížena a ke konformačnímu přechodu dochází již mezi 45 a 55 řC. Klíčová slova: derivační spektrofotometrie, diferenční spektrofotometrie, nevodná rozpouštědla, stabilita lysozymu
|
|
|
Interakce materiálu očních protéz s proteiny
Osifová, Zuzana ; Hudeček, Jiří (vedoucí práce) ; Martínek, Václav (oponent)
Tato bakalářská práce se zabývá tématikou očních protéz. Problematika je v práci široce rešeršně zpracována. Důraz je kladen na adsorpci proteinů na syntetický povrch. Experimentální část práce je zaměřena na adsorpci lysozymu na polymethylmethakrylátovou destičku. Adsorpce proteinu na materiál byla nižší než stanovený limit detekce. Podle experimentálních dat byla tato hodnota nižší než 5,37 μg/cm2 . V rámci práce bylo provedeno i orientační šetření ohledně znalostí studentů středních škol o problematice očních protéz. Z výsledků vyplývá nepatrně větší informovanost u studentů zaměřených spíše přírodovědným směrem.
|
|
|
Asymetrická biotransformace beta-tetralonů na příslušné alkoholy
Andrejch, Jan ; Poljaková, Jitka (vedoucí práce) ; Martínek, Václav (oponent)
Příprava čistých enantiomerů je v současnosti klíčovou součástí chemické syntézy mnoha průmyslově a farmaceuticky významných látek a trendem posledních let je postupný odklon od tradiční chemické syntézy k využívání biotransformací. Biotransformace znamená využívání izolovaných enzymů, celých enzymových systémů nebo celých buněk ke katalyzování chemických reakcí a oproti chemické syntéze přináší řadu výhod. V této práci byla prověřována biotransformační aktivita kvasinkových kmenů Saccharomyces uvarum K8, Saccharomyces cerevisiae K12, Torulopsis azyma K43, Torulopsis sphaerica K46 a Candida tropicalis K49, K51 a K52 při katalýze redukce 6-bromo-2-tetralonu, 7-hydroxy-2-tetralonu a 7-methoxy-2-tetralonu na příslušné alkoholy, což je významný reakční krok při syntéze některých léčiv. Byly nalezeny vhodné reakční podmínky pro biotransformaci a zjištěno, že kmeny Saccharomyces uvarum K8 a Candida tropicalis K52 jsou schopny poskytovat 2-tetraloly s ee vyšším než 90% při současné 100% konverzi substrátu při čtyřhodinové biotransformaci.
|
|
|
Výskyt a význam konformace "molten-globule" v proteinech
Plutinský, Martin ; Hudeček, Jiří (vedoucí práce) ; Martínek, Václav (oponent)
Součástí práce je literární rešerše na téma molten globule. Tento konformační stav vzniká obecně v roztocích některých bílkovin za použití mírných denaturačních podmínek jako termodynamicky stabilní stav. Někdy se pozoruje při zpětném sbalování meziprodukt taky s vlastnostmi molten globule. Předpokládá se, a u některých proteinů to bylo i prokázáno, že molten globule je identická při rozbalování a zpětném sbalení do nativního stavu. Druhá část práce se věnuje konformačním změnám ferricytochromu c z koňského srdce při pH v kyselé oblasti s i bez přídavku 0,5 M chloridu sodného. Cytochrom c je mitochondriální bílkovina sloužící jako mobilní přenašeč v dýchacím řetězci. Konformační změny jsem sledoval pomocí metody UV/VIS a derivační spektroskopie ve čtyřech oblastech absorpčního spektra cytochromu c - oblast absorpce aromatických aminokyselin, Soretův pás, Q pás a CT pás. Přítomnost chloridových aniontů (zvýšená iontová síla) stabilizuje pravděpodobně konformační stav molten globule v rozsahu pH 1,90-2,60. V roztocích bez přídavku soli jsem pozoroval změny polarity v okolí tyrosinových a tryptofanového zbytku (mezi pH 2,60 a 2,30) tak změny ve spinových stavech železa (kolem pH 2,10) v důsledku denaturace proteinu.
|
|
|
Syntéza 5'-UTR varianty PSM-E genu GCPII jako standardu pro RT-PCR
Růžičková, Barbora ; Ingr, Marek (vedoucí práce) ; Martínek, Václav (oponent)
V poslední době se pro chemickou syntézu genů stala klíčovým prvkem metoda PCR. V této práci byla využita dvoukroková syntéza DNA založená na PCR k získání 5'-UTR sestřihové varianty PSM-E glutamátkarboxypeptidasy II (GCPII) jako standardu pro qPCR v reálném čase. Dalším cílem práce bylo zaklonovat tuto sekvenci do plazmidu PCRII-TOPO PSM-E, aby mohla být použita k expresi proteinu v hmyzích buňkách v baculovirovém expresním systému. V první PCR reakci byl syntetizován střed sekvence 5'- UTR, který byl následně amplifikován v druhé PCR reakci pomocí prvního a posledního oligonukleotidu. Produkt druhé PCR reakce byl ligován do plasmidu pUC19 a tímto kostruktem byly transformovány bakterie E. coli. Správnost sekvence byla potvrzena sekvenční analýzou. Dále bylo provedeno subklonování insertu z pUC19 do pCRII-TOPO PSM-E a sekvence byla opět ověřena sekvenční analýzou. Získaný konstrukt byl použit jako standard v qPCR v reálném čase ke stanovení koncentrace vzorků mRNA z tkání prostat onkologických pacientů přepsaných reverzní transkripcí do cDNA. Z naměřených amplifikačních křivek standardu byla vytvořena kalibrační křivka, ze které byly odečteny hodnoty koncentrací vzorků cDNA.
|
|
|
Příprava rekombinantního lidského cytochromu b5
Hálková, Tereza ; Martínek, Václav (vedoucí práce) ; Hudeček, Jiří (oponent)
Cytochrom b5 je malý hemový protein. V lidském organismu se vyskytuje ve třech formách, a to vázaný v membráně endoplasmatického retikula (mikrosomální cyt b5) nebo ve vnější mitochondriální membráně, ale také jako solubilní forma v cytoplasmě maturovaných erytrocytů. Cytochrom b5 slouží zejména jako jednoelektronový přenašeč při různých reakcích, včetně reakcí katalyzovaných cytochromy P450. Jedním z cílů předkládané diplomové práce bylo připravit a izolovat solubilní králičí cytochrom b5, a to metodou heterologní exprese v Escherichia coli BL 21 Gold. Pro expresi byl použit expresní vektor založený na plasmidu pET22b, který nesl syntetický gen kódující králičí mikrosomální cytochrom b5, u něhož byla odstraněna část kódující C-terminální membránovou kotvu. Dále byly syntetizovány geny kódující lidský erytrocytární a mikrosomální cytochrom b5. Geny pro lidské cytochromy b5 byly vloženy do klonovacího vektoru pUC19, amplifikovány v kompetentních buňkách E. coli DH5α a verifikovány DNA sekvenací. Následně byly zkonstruovány a ověřeny expresní vektory pET22b obsahující geny kódující lidský mikrosomální a erytrocytární cytochrom b5. Klíčová slova: Heterologní exprese, genová syntéza, lidský cytochrom b5, izolace
|
host ::
RSS.