|
|
Characterization of protein structures using chemical cross-linking and mass spectrometry.
Kukačka, Zdeněk ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Rozbeský, Daniel (oponent) ; Hernychová, Lenka (oponent)
Některé bílkoviny k plnění své funkce vyžadují přítomnost specifického ligandu, kofaktoru nebo prostetické skupiny. Vazba této specifické molekuly může v molekulách bílkovin způsobit konformační změny. V některých případech může charakterizace takovýchto konformačních změn představovat velmi náročný úkol. V předkládané práci je popsán nový přístup sloužící ke sledování těchto změn pomocí kombinace chemického zesítění a hmotnostní spektrometrie s vysokým rozlišením. Na modelovém systému, kterým byl zvolen protein kalmodulin, je ukázáno, že analýza pomocí izotopově značených síťovacích činidel umožnuje získat přehled o změnách struktury způsobených přítomností nebo nepřítomností ligandu. Byly rovněž popsány potenciální nedostatky metody, které tkví především v nedostatečné proteolýze proteinu. Tato nová metoda, která zároveň umožňuje kvantifikaci strukturních změn proteinů, byla použita spolu s dalšími technikami k charakterizaci neutrální trehalasy Nth1 v komplexu s proteinem Bmh1 (kvasinková forma proteinu 14-3-3). Výsledky odhalily, že vazba proteinu Bmh1 vyvolává přeskupení molekuly Nth1 se změnami především v tzv. "EF-hand" podobném motivu, který je nezbytný pro aktivační proces.
|
|
|
Proteomová analýza účinků protinádorových léčiv a charakterizace mechanismů nádorové rezistence
Hrabáková, Rita ; Kovářová, Hana (vedoucí práce) ; Hernychová, Lenka (oponent) ; Šulc, Miroslav (oponent)
1 Abstrakt Cílená onkologická léčba je namířena proti specifickým molekulám zodpovědným za karcinogenezi a růst nádorů. Účinek této efektivní terapie je však stejně jako u konvenční chemoterapie závislý na výbavě nádorových buněk, které mohou rozvíjet rezistenci. Pro studium mechanismů působení protinádorových léčiv a charakterizaci nádorové rezistence jsme využili modely lidských buněčných linií s různým fenotypem nádorového supresoru p53 a podrobily je kvantitativní proteomické analýze. Podařilo se nám identifikovat proteiny významně ovlivněné působením léčiv podobné struktury a také proteiny účastnící se rozvoje nádorové rezistence. Po ošetření buněk protinádorovými léčivy docházelo k bezprostřednímu ovlivnění buněčného metabolismu, který byl u rezistentních buněk modulován trvale. Zjistili jsme, že k rozvoji nádorové rezistence k působení inhibitorů Aurora kináz významně přispívá vysoká hladina proteinů serinhydroxymethyltransferázy, serpinu B5 a calretininu, které podporují progresi nádoru nezávisle na expresi proteinu p53. Voltage-dependent anion-selective channel protein 2 se účastní rozvoje rezistence pouze u nádorových buněk s funkčním p53 a tyto buňky vykazují také nízkou expresi elongačního faktoru 2. Buňky s mutovaným p53 pak během rozvoje rezistence posilují antioxidační mechanismy. Klíčovou...
|
|
|
Využití proteomické analýzy pro identifikaci potenciálních biomarkerů u onemocnění kardiovaskulárního systému
Fučíková, Alena ; Lenčo, Juraj (vedoucí práce) ; Hernychová, Lenka (oponent) ; Pudil, Radek (oponent)
SOUHRN Hypertrofická kardiomyopatie se řadí mezi nejčastější geneticky podmíněná onemocnění kardiovaskulárního systému. Ačkoliv je toto onemocnění známé dlouhou dobu, zatím neexistují snadno použitelné diagnostické postupy, které by odhalily chorobu v raných stádiích, což je zásadní zejména u jedinců s negativní nebo neznámou rodinnou anamnézou. Tvorba metody cílené proteomické analýzy spolu s kvantifikací vybraných potenciálních markerů hypertrofické kardiomyopatie pomocí izotopicky značených standardů byla hlavním cílem předkládané dizertační práce. Touto metodou lze odhalit již velmi malá množství hledaných potenciálních markerů v minimálním množství biologického materiálu. V kombinaci s vhodně použitými standardy navíc umožňuje přesnou kvantifikaci velkého počtu analytů v relativně krátkém čase. Pomocí cíleného proteomického přístupu bylo kvantifikováno několik proteinových markerů hypertrofické kardiomyopatie, které byly již dříve uvedeny v literatuře. Zároveň byl v rámci dizertační práce popsán plazmatický fibronektin jako nový potenciální marker tohoto onemocnění. Koncentrace několika vybraných proteinů byly závěrem stanoveny pomocí enzymoimunoanalytické metody a porovnány s výsledky cílené proteomické analýzy. V rámci předkládané dizertační práce byla vytvořena a ověřena metoda cílené proteomické...
|
|
|
Hmotnostní spektrometrie v proteomice: strukturní biologie a klinické aplikace
Pavlásková, Kateřina ; Šulc, Miroslav (vedoucí práce) ; Obšilová, Veronika (oponent) ; Hernychová, Lenka (oponent)
Hmotnostní spektrometrie (MS) je rychlá, specifická, citlivá a experimentálně variabilní metoda, kterou lze s úspěchem použít v celé řadě proteomických aplikací, např. při identifikaci a řešení primární struktury proteinů nebo pro studium terciární struktury a protein-proteinových interakcí. Zavedení tzv. měkkých ionizačních technik na konci 80. let minulého století umožnil ionizovat bez nežádoucí fragmentace biologické makromolekuly jako jsou proteiny, oligosacharidy nebo nukleové kyseliny, a tak nejvíce ovlivnil využití hmotnostní spektrometrie na poli proteomiky. Cílem této práce bylo použití současných přístupů hmotnostní spektrometrie při řešení několika proteomických otázek. První část práce je zaměřena na studium terciární struktury a protein-proteinových interakcí pomocí kombinace techniky chemického zesítění s MS analýzou ve třech modelových systémech: (1) homodimeru lidského regulačního proteinu 14-3-3, (2) systému proteinu 14-3-3 s regulační doménou tyrosinhydroxylasy, a (3) systému dvou membránových proteinů účastnících se biotransformace xenobiotik - cytochromu P450 2B4 a cytochromu b5. Tento metodický přístup pracuje s proteiny ve vodných roztocích za fyziologických podmínek a zachovává tak jejich nativní struktury. Ve druhé části práce byly pomocí MS studovány proteinové profily...
|
|
|
Vliv Goeckermanovy terapie na vybrané parametry angiogeneze a zánětu u pacientů s psoriázou
Pohl, David ; Andrýs, Ctirad (vedoucí práce) ; Hernychová, Lenka (oponent) ; Petrisková, Jela (oponent)
Psoriáza je jedna z nejčastějších kožních nemocí, která postihuje okolo 2-3% evropské populace. Její hlavní klinický projev je tvorba charakteristických červených makulózních lézí na kůži. Klíčové patologické znaky psoriatického plaku jsou infiltrace buňkami zánětu, poruchy proliferace a maturace keratinocytů a angiogeneze. Současné strategie léčby psoriázy se soustředí na navození remise. Jeden z historicky nejstarších, účinných, ačkoliv dodnes pouze empirických léčebných přístupů je Goeckermanova terapie (GT). Ta spočívá v kombinaci topické aplikace uhelného dehtu s následným ozářením UV světlem. Cílem této práce bylo zkoumat vliv GT na různé ukazatele zánětu a angiogeneze a tak pomoci rozšířit a prohloubit poznatky o jejích mechanismech účinku a terapeutických terčích. Pro monitorování zánětu byly vybrány pentraxiny CRP a PTX3, jako ukazatele angiogeneze pak VEGF, bFGF a endoglin (CD105). Nemocní a metodiky: Klinická část práce probíhala na Klinice nemocí kožních a pohlavních FN Hradec Králové. Do souboru pacientů byli zahrnuti jak dospělí, tak dětští psoriatičtí pacienti. Aktivita nemoci a účinnost léčby byla hodnocena vyšetřujícím dermatologem pomocí PASI skóre. Vzorky venózní krve byly odebrány před terapií a po jejím ukončení při propuštění z oddělení. Výsledky: PTX3 a CRP: Cílem první práce bylo...
|
|
| |
host ::
RSS.