|
|
Herpetické viry ryb
Čečetka, Petr ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Herpetické viry napadající ryby jsou jedním z nejrozšířenějších virových patogenů ohrožující současné rybí populace jak ve volné přírodě tak i ty chované. Je jich celá škála od málo nebezpečných po vysoce rizikové, které se nekontrolovatelně rozšířily a způsobily velké ztráty v komerčních chovech a ohrožení volně žijících populací. U většiny z nich můžeme sledovat zvýšenou citlivost na teplotu a stresové faktory, které jsou nejčastěji důvodem opakovaného vypuknutí nákazy. Mezi nejlépe popsané rybí herpesviry patří ty, které napadají sladkovodní ryby. V současné době jsou objevovány další a další herpetické viry, které převážně napadají mořské ryby. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Analýza buněčné signalizace zprostředkované adaptérovým proteinem Daxx
Švadlenka, Jan ; Anděra, Ladislav (vedoucí práce) ; Forstová, Jitka (oponent) ; Stopka, Tomáš (oponent)
1 Abstrakt Multifunkční protein Daxx se jako adaptér či histonový chaperon podílí na značném množství buněčných pochodů zahrnujících regulaci apoptotické či stresové signalizace, antivirové odpovědi, transkripce a dalších pochodů spojených s chromatinem. Procesy, které souvisejí s chromatinem, Daxx ovlivňuje pomocí své interakce s DNA-metyltrans- ferázou-1, histondeacetylázami a s ATPázou remodelující chromatin ATRX. V kom- plexu s ní Daxx působí jakožto histonový chaperon pro histon-3.3, důležitý pro udržo- vání konstitutivního heterochromatinu například v oblasti centromer a telomer. Hlavním cílem této dizertační práce byla hlubší analýza buněčných funkcí proteinu Daxx za pomoci identifikace a funkční charakterizace nových proteinů, které s ním in- teragují. K jejich vyhledání byl použit kvasinkový dvojhybridní systém a výsledkem byla identifikace několika nových interagujících proteinů, převážně jaderných a spoje- ných zejména s regulací chromatinu. Detailněji byla analyzována interakce proteinu Daxx s ATPázou remodelující chromatin Brg1. Ta byla potvrzena jak in vitro, tak i v ži- vých buňkách, kde spolu oba proteiny nejvíce asociovaly v komplexech s vyšší relativní molekulovou hmotností. Tyto předpokládané remodelační komplexy obsahovaly vedle Brg1 i další s ním asociované faktory (BAF)....
|
|
|
Histonové modifikace a methylace polyomavirových genomů v průběhu infekce
Mrkáček, Michal ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Šmahelová, Jana (oponent)
Podobně jako všechny ostatní viry tak i polyomaviry vyžadují pro svou úspěšnou reprodukci proteiny a enzymy kódované jejich hostitelskými buňkami. Kromě toho, vzhledem k jejich relativně malému genomu s pouze několika geny, využívají polyomaviry pro co nejefektivnější zajištění své replikace i regulační mechanismy infikovaných buněk. Jednou z těchto regulací jsou posttranslační modifikace histonů, které tvoří nukleosomy na virové DNA. Spektrum těchto modifikací je velice široké, ale ve vztahu k polyomavirům jsou prozkoumány téměř výhradně jenom acetylace a methylace histonů. Druhou možnou regulací jsou methylace cytosinu v tzv. CpG dinukleotidech, která je spojována s potlačením genové exprese. Současné poznatky však naznačují, že tuto modifikaci polyomaviry příliš nevyužívají, ba dokonce vzhledem k neobvykle nízkému výskytu CpG dinukleotidů v jejich genomech se jí spíše vyhýbají. Cílem této práce je popsat jednotlivé typy těchto modifikací a poukázat na jejich možný význam v infekčním cyklu polyomavirů. Klíčová slova: polyomavirus, epigenetika, modifikace histonů, methylace DNA, CpG dinukleotidy
|
|
|
Studium pohybu polyomavirů z pozdního endozómu směrem k buněčnému jádru
Štach, Martin ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Němečková, Šárka (oponent)
Myší polyomavirus (MPyV) je modelovým virem čeledi Polyomaviridae. Polyomaviry jsou malé neobalené DNA viry. U imunosuprimovaných pacientů způsobují vážné problémy. Je znám jejich onkogenní potenciál u zvířat i u lidí. Transport MPyV v buňce stále není úplně objasněn. Virus vstupuje hladkými monopinocytickými váčky, pokračuje do časných a pozdních endozomů. Odtud je transportován do ER zatím neznámým mechanismem. Vyhýbá se Golgiho aparátu (GA). Možná cesta z pozdních endozomů je zprostředkovává GTPázou Rab9 do trans-Golgi síťoviny (TGN) a poté COPI váčky do ER. Výzkum, zdali MPyV využívá tuto dráhu na cestě do ER, v minulosti ukazoval různé výsledky. V této práci byl zkoumán účinek inhibitorů retrográdního transportu (Brefeldinu A, Golgicidu A) na infekci MPyV. Brefeldin A není zcela specifický, má vliv na celý endozomální systém. Golgicid A specificky rozrušuje transport přes TGN a GA. Oba inhibitory infekci MPyV inhibovaly. Konfokální mikroskopií bylo zjištěno, že část populace virionů kolokalizuje během jejich transportu k jádru s markery TGN a COPI váčků. MPyV nekolokalizoval s markerem cis-Golgi. Bohužel nebyl zjištěn vliv exprese dominantně negativní mutanty Rab9 na MPyV infekci, pro její vysokou cytotoxicitu. Avšak nadprodukce divokého typu Rab9 infekci usnadňovala. Výsledky podporují...
|
|
|
Interakce jaderné membrány
Štach, Martin ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Forman, Martin (oponent)
Jaderná membrána se skládá z vnitřní membrány a vnější membrány, která je pokračováním drsného ER. Lipidy membrány mají i signální funkce. Gangliosid GM1 pomáhá regulovat koncentraci Ca2+ v jádře. Proteomické studie odhalily v jaderných membránách kolem 100 proteinů. Nicméně pouze u malé části z nich byly dosud zjištěny jejich funkce. LEM proteiny (LAP2, emerin, MAN1) interagují s faktorem BAF propojujícím je s laminou a chromatinem. Hlavní funkcí LAP1 a LAP2 je vazba laminů. Emerin váže transkripční represory, podílí se na signalizaci a sestřihu RNA. MAN1 váže laminy a LEM2 hraje úlohu v určení tvaru jádra. LBR asociuje s laminem B, DNA a proteiny vážící heterochromatin. LINC komplex složený z nesprinů a SUN proteinů propojuje cytoskelet s nukleoskeletem. Transport proteinů do vnitřní membrány je zajišťován přes jaderný pór několika různými mechanismy. Přestože se v posledních letech zintenzivnil výzkum této důležité buněčné struktury, bude zapotřebí ještě mnoho úslilí k získání úplného obrazu struktury a funkce jednotlivých složek jaderné membrány. Klíčová slova: jaderná membrána, emerin, LBR, LAP, MAN1, LINC, transport
|
|
|
Degradační dráha asociovaná s endoplasmatickým retikulem (ERAD) a její role ve virových infekcích
Svobodová, Terezie ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Mašek, Tomáš (oponent)
S endoplasmatickým retikulem asociovaná degradační dráha ERAD je důležitým mechanismem pro udržení buněčné homeostáze. Její funkce spočívá v degradaci chybně složených proteinů akumulovaných v endoplasmatickém retikulu. Tato dráha je citlivě regulována další dráhou nazývanou "Odpověď na chybně složené proteiny" a "ERAD tuning" mechanismem. Některé viry si osvojily způsoby, jak tento systém nebo jeho faktory využívat k vlastnímu prospěchu. Mezi tato využití patří cílená degradace hostitelských proteinů, přenos virových produktů a virionů z endoplasmatického retikula do cytoplasmy, či využití membránové platformy vzniklé za spolupráce s "ERAD tuning" k virové replikaci. Role ERAD ve virové infekci se může projevovat i odlišným způsobem, tato dráha je totiž schopna degradovat nejen buněčné, ale i virové produkty. V této práci shrnuji mechanismy ERAD dráhy a jejich regulačních drah. Zároveň na konkrétních příkladech představuji role ERAD dráhy a přidružených systémů ve virových infekcích.
|
|
|
Vliv fosforylace na jaderný import virových proteinů a komplexů
Pokorná, Karolína ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Roučová, Kristina (oponent)
Replikace celé řady virů probíhá v jádře hostitelské buňky. Tyto viry objevily způsob jak překonat překážku v podobě jaderného obalu a často doslova přimět buňku, aby zajistila jaderný import jejich proteinů a genomu. Pro mnoho virových proteinů je důležité, aby byl jejich transport do jádra přesně načasován. Díky tomu je zajištěn ideální průběh replikace viru, případně je umožněno, aby protein během životního cyklu viru plnil různé funkce v závislosti na své lokalizaci. Jedním ze způsobů regulace jaderného importu virových proteinu je jejich fosforylace. Fosforylace může jaderný import virových proteinů a komplexů kontrolovat různými způsoby. Například může ovlivnit afinitu virového proteinu k importinům nebo jiným buněčným proteinům, nebo také vyvolat změnu konformace proteinu, která vede k vystavení lokalizační sekvence.
|
|
|
Mouse polyomavirus: The role of cell cytoskeleton in virus endosomal trafficking and properties of the minor capsid proteins
Žíla, Vojtěch ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Hozák, Pavel (oponent) ; Rumlová, Michaela (oponent)
Myší polyomavirus (MPyV) je neobalený tumorogení DNA virus, replikující se v jádře hostitelské buňky. Do buněk vstupuje endocytózou zprostředkovanou receptorem a jeho následný transport k jádru je závislý na kyselém prostředí endozomů a vláknech mikrotubulů, potřebných pro dopravení virionů do endoplazmatického retikula (ER). V ER dochází k disociaci virové kapsidy a rozbalení genomu viru. Mechanizmus, kterým je virový genom následně dopraven do nukleoplazmy není doposud objasněn, ale předpokládá se, že se ho kromě buněčných faktorů účastní také virové minoritní kapsidové proteiny VP2 a VP3. Po dopravení genomu do jádra dochází k produkci časných virových antigenů, které navozují vhodné prostřední pro replikaci viru. Po replikaci virové DNA a morfogenezi virionů, virové potomstvo opouští buňku během její lyze. Výzkum této disertační práce se ve své první části zaměřil na vnitrobuněčný transport MPyV a zapojení cytoskeletárních sítí během dopravy viru do ER. Zejména byl zacílen na stále nejasnou roli mikrotubulů během transportu viru v endozómech a na roli asociovaných mikrotubulárních motorů, která v případě MPyV nebyla doposud testována. Náš výzkum ukázal, že transport MPyV vedoucí k produktivní infekci nevyžaduje funkci kinesinu-1 či kinesinu-2, ale je závislý na transportu zprostředkovaném...
|
|
|
Functions of actin and myosin 1c in the cell nucleus and in the cytoplasm
Kalendová, Alžběta ; Hozák, Pavel (vedoucí práce) ; Binarová, Pavla (oponent) ; Forstová, Jitka (oponent)
Gen pro lidský MYO1C kóduje tři izoformy myosinu 1c (Myo1c), které se liší pouze na N-konci. Všechny tři izoformy se nacházejí v buněčném jádře a také v cytoplazmě, kde jsou ukotveny k plazmatické membráně přes fosfatidylinositol-4,5-bisfosfát (PIP2). Studie popisující funkce jednotlivých izoforem ale nejsou konzistentní. Zatímco nejkratší izoforma C (Myo1c-isoC) je zapojena do procesů probíhajících v cytoplazmě, delší izoforma B (nazývaná též jaderný myosin 1, NM1) je spojována pouze s jadernými procesy jako je transkripce DNA a zrání rRNA. Podobně i izoforma A (Myo1c-isoA) byla popsána pouze v jaderných procesech. Abychom sestavili kompletní obraz o funkcích izoforem Myo1c v buňce, hledali jsme i cytoplazmatické funkce NM1 a naopak i jaderné funkce Myo1c-isoC. V myši jsou exprimovány pouze dvě izoformy, a to NM1 and Myo1c-isoC. Podařilo se nám připravit myš, která obsahuje specifickou deleci genu pro NM1 (KO), zatímco Myo1c-isoC zůstala zachována. Delece NM1 se neprojevila žádným fenotypem. Jelikož jsme ukázali, že i Myo1c- isoC je zapojen do transkripce stejným způsobem jako NM1, došli jsme k závěru, že Myo1c- isoC a NM1 mají stejné funkce v jaderných procesech. Kromě plazmatické membrány se PIP2 nachází i uvnitř jádra, kde moduluje transkripci a sestřih. Zjistili jsme, že PIP2 v jádře kotví NM1...
|
|
|
Studium vlastností minoritních strukturních proteinů myšího polyomaviru
Bílková, Eva ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Němečková, Šárka (oponent)
Myší polyomavirus (MPyV) je jedním z modelových zástupců čeledi Polyomaviridae. Kapsida MPyV se skládá z hlavního kapsidového proteinu VP1 a minoritních proteinů VP2 a VP3. Minoritní kapsidové proteiny pravděpodobně napomáhají přesunu virového genomu přes membránu endoplasmatického retikula na cestě do jádra v časné fázi infekce. Přesný mechanismus však není znám. Pro studium interakce proteinů VP2 a VP3 MPyV s membránou byly v minulosti vytvořeny expresní plasmidy, kódující mutované VP2 nebo VP3 fúzované s EGFP. Tyto proteiny mají delece v předpokládaných hydrofobních doménách. V této práci byla sledována lokalizace mutovaných proteinů v buňkách. Ukázalo se, že pro asociaci VP2 a VP3 s membránou je nejdůležitější hydrofobní doména 2, zatímco domény 1 a 3 jsou spíše postradatelné. Studium VP2 a VP3 pokračovalo dále analýzou charakteru jejich isoforem. Byly separovány isoformy obou proteinů o různé elektroforetické mobilitě pomocí SDS-PAGE. Následná analýza hmotnostní spektrometrií ukázala, že tyto isoformy se liší v důsledku deamidace na asparaginu společném oběma proteinům (pozice 253 pro VP2 a 137 pro VP3). V minulosti byla také identifikována acetylace N-koncového alaninu VP3. Pro studium funkce nalezených modifikací byly vytvořeny mutované viry se substitucemi těchto aminokyselin. Pilotní...
|
host ::
RSS.