|
|
Testování působení chemických látek na viabilitu buněčných linií
Zemanová, Anita ; Obruča, Stanislav (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Tato diplomová práce pojednává o vlivu vybraných chemických látek na viabilitu buněčných linií. V teoretické části práce jsou rozebrány poznatky o možnostech léčby rakoviny pomocí chemoterapeutik včetně jejich mechanismu působení a nežádoucích účinků. Dále jsou zde popsány alternativní struktury DNA se zaměřením na G-kvadruplexy a ligandy, které s G-kvadruplexy interagují. Tyto látky jsou považovány za slibná léčiva při boji proti rakovině díky jejich vysoké specifitě vůči G-kvadruplexům nacházejících se v telomerách chromozomů. Ligandy interagující s G-kvadruplexy stabilizací G-kvadruplexů mohou inhibovat enzym telomerasu nezbytnou pro prodlužování telomer rychle se dělících nádorových buněk. Dále jsou v teoretické části shrnuty možnosti testování viability. Cílem experimentální části bylo porovnání cytotoxické aktivity mezi komerčně dostupnými chemoterapeutiky a vybranými ligandy interagující s G-kvadruplexy. Dalším úkolem bylo studium apoptózy a nekrózy po působení vybraných chemických látek na buněčné linie a následně proběhla i lokalizace ligandů interagujících s G-kvadruplexy v buňkách nádorové buněčné linie karcinomu prsu. V rámci experimentální části bylo zjištěno, že ligandy interagující s G-kvadruplexy vykazují podobnou cytotoxickou aktivitu jako komerčně dostupná chemoterapeutika.
|
|
|
Preparation and expression of p53 protein isoforms using the GATEWAY expression system
Wikarská, Monika ; Hrstka, Miroslav (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
The TP53 gene can express protein p53 and 11 another isoform proteins N- and/or C-terminally truncated by using two promoters and alternative splicing. The p53 isoforms are found in both healthy and tumorous tissues, and are intensively studied in relation to cancer diagnosis, prognosis and treatment. In this work, the p53 isoforms were subcloned into expression vectors by LR reaction adapted from Gateway cloning system. The expression vectors were designed for protein production by bacteria E. coli strain BL-21. The constructs containing p53 isoforms were encoded together with two fusion proteins, glutathione-S-transferase and polyhistidine tag under the control of the same promotor for the affinity chromatography protein isolation. All the clones underwent Sanger sequencing for verification after homologous recombination. Sequencing confirmed the accuracy of the subcloned isoforms p53, 133p53, 160p53, p53 and 160p53 into an expression vector pDEST15-N6xHis-GST-GW-DEST. Protein 160p53 was expressed in BL-21 and isolated using both HIS and GST tag interacion. Isolation using HIS tag yielded in a higher protein concentration then the isolation mediated by the interaction of the glutathione-S-transferase.
|
|
|
Použití vysokorozlišovací analýzy křivek tání ke studiu baktérií mléčného kvašení
Knápková, Monika ; Němcová, Andrea (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
V současné době roste zájem o užívání probiotických výrobků a na trhu je jich celá řada. S rostoucím zájmem je kladen i větší důraz na identifikaci deklarovaných probiotických mikroorganismů. Přesná identifikace mikrobiálního složení je často nelehkým úkolem a je zapotřebí pokročilejších metod, zejména z oblasti molekulární diagnostiky. Diplomová práce byla zaměřena na ověření přítomnosti deklarovaných probiotických mikroorganismů v probiotických doplňcích stravy GS Laktobacily Forte 21, Biopron 9 Premium a Linex® Forte. DNA byla z komplexních matric izolována fenolovou extrakcí, komerčním kitem a magnetickými nosiči F79/L3-PLL v kvalitě vhodné pro PCR. Následně byla izolovaná DNA amplifikována polymerázovou řetězovou reakcí v reálném čase s využitím rodově a druhově specifických primerů. Specifický PCR produkt byl podroben agarózové gelové elektroforéze, přičemž druhová identifikace nebyla vždy v souladu s údaji deklarovanými výrobci. Další část práce se zabývala polymerázovou řetězovou reakcí s vysokorozlišovací analýzou křivek tání za účelem rozlišení bakteriálních kmenů patřících do skupiny Lactobacillus a za účelem identifikace probiotických mikroorganismů přítomných ve směsi v probiotických doplňcích stravy. Bylo testováno osm sad primerů (V1F HRM a V1R-HRM, CHAU-V3F a CHAU-V3R, CHAU-V6F a CHAU-V6R, LAC2 a LAC4, LAC1 a LAC2, P1V1 a P2V1, poxcDNAFw a poxPromRVC, poxcDNAFw a poxPromRVT). Jako nejvhodnější pro rozlišení bakteriálních kmenů rodu Lactobacillus byly vyhodnoceny tři dvojice primerů (V1F HRM a V1R-HRM, poxcDNAFw a poxPromRVC, poxcDNAFw a poxPromRVT).
|
|
|
Využití různých metod izolace DNA baktérií mléčného kvašení v molekulárně biologických metodách
Chvalkovská, Eva ; Skoumalová, Petra (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Předkládaná práce se zabývá probiotickými bakteriemi, izolací DNA z těchto baterií třemi různými metodami a vlivu izolace na identifikaci DNA pomocí molekulárně biologických metod. Probiotické bakterie jsou důležitou součástí trávícího traktu člověka. Mají důležitou roli pro funkci imunitního systému, a to díky adhezi na sliznici trávícího traktu, kde vytváří nehostinné prostředí pro patogeny. Probiotické baterie přijímáme běžně v potravě, ať už v mléčných výrobních nebo pomocí doplňků stravy. Díky nadužívání antibiotik ovšem hrozí riziko předání vnitřní rezistence, kterou probiotické bakterie mají kvůli udržení přirozené homeostáze trávícího traktu, patogenním bakteriím. Je tedy důležité efektivně identifikovat rizikové probiotické bakterie, které mají schopnost rezistenci přenášet a eliminovat tak jejich přítomnost v potravinách a potravinových doplňcích. V experimentální části byly zkoumány tři metody izolace DNA, metoda fenolové extrakce, izolace magnetickými částicemi a izolace komerčním kitem. DNA byla izolovaná ze tří doplňků stravy a to Biopron 9 premium, Linex forte a GS Laktobacily forte 21. Čistota a koncentrace izolované DNA byla zjištěna spektrofotometricky. Přítomnost jednotlivých kmenů DNA v potravinových doplňcích byla potvrzena metodou polymerázové řetězové reakce v reálném čase. Jako nejlepší metoda izolace, co se týče čistoty a koncentrace izolované DNA byla na základě RT–PCR a spektrofotometrie vyhodnocena metoda izolace komerčním kitem.
|
|
|
Screening biotechnologického potenciálu vybraných zástupců rodu Geobacillus a dalších příbuzných rodů
Kouřilová, Xenie ; Brázda, Václav (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Předložená diplomová práce se zabývá screeningem biotechnologického potenciálu vybraných termofilních zástupců rodu Geobacillus, Saccharococcus a Bacillus, přičemž bakterie z prvních dvou zmíněných rodů pocházely z české a německé sbírky mikroorganismů a bakterie rodu Bacillus byly přírodní izoláty. U zkoumaných kmenů byla zjišťována schopnost utilizace uhlíkatých zdrojů. Dále byla testována produkce biosurfaktantů, extracelulárních hydrolytických enzymů (proteázy, amylázy, lipázy, celulázy a xylanázy), organických kyselin, antimikrobiálních látek a mikrobiálních plastů – polyhydroxyalkanoátů. Bakterie S. thermophilus, G. uzenensis a G. zalihae vykazovaly významnou schopnost produkce biosurfaktantů. Kmeny G. jurassicus, G. uzenensis, G. gargensis a G. lituanicus byly schopny intenzivní produkce všech testovaných technologicky významných enzymů. Nejvyšších antimikrobiálních účinků dosahovaly bakterie G. stearothermophilus a G. thermocatenulatus. Nejvyšší produkce kyseliny octové bylo dosaženo u G. jurassicus a kyseliny mléčné u G. thermodenitrificans. Schopnost produkce polyhydroxyalkanoátů byla na úrovni genotypu prokázána pouze některými kulturami, ovšem na úrovní fenotypu byla odezva negativní. Naopak bakterie rodu Bacillus byly schopny produkovat polyhydroxyalkanoáty, i když za daných podmínek pouze v malé míře. U zbylých zkoumaných metabolitů byla schopnost produkce ve srovnání s rody Geobacillus a Saccharococcus výrazně nižší.
|
|
|
Příprava DNA s lokálními strukturami
Lofítková, Ellen ; Pernicová, Iva (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
V práci jsem se soustředila na kvadruplexy a křížové struktury DNA. Byly zkoumány plazmidy pBluescript a od něj odvozené vložením oligonukleotidové sekvence. In silico analýzou v QGRS Mapper a Palindrome analyser byly vyhledány sekvence tvořící kvadruplexy a křížové struktury. Plazmidy byly transformovány do E. coli, izolovány a poté podrobeny štěpení enzymy S1 nukleázou a restrikční endonukleázou ScaI. Rozštěpení S1 nukleázou vypovídalo o přítomnosti lokální struktury. Kombinované štěpení S1/ScaI nepřineslo přesvědčivé výsledky kvůli ztrátě DNA při přečištění.
|
|
|
Vliv teploty a sucha na obsah proteinů gliadinové frakce u dvou odrůd pšenice
Seidlová, Kateřina ; Brázda, Václav (oponent) ; Hrstka, Miroslav (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vlivem teploty a sucha na obsah proteinů gliadinové frakce u dvou odrůd pšenice. Vybranými odrůdami byly Hyfi a Julie kultivované při teplotách 26, 29, 32, 35 a 38 °C v podmínkách, kde bylo kontrolováno zavlažování. Pro vzorky kultivované za vlhka měla půda vlhkost větší než 70 %, za sucha měla půda vlhkost nižší než 30 %. Po sklizni byla zrna rozemleta na mouku, ze které byly gliadiny extrahovány 2-chlorethanolem. Pro separaci gliadinů byla použita metoda A PAGE, kvantifikace byla provedena počítačovou denzitometrií. Byl zjištěn výrazný vliv genotypu na lepkové proteiny. Zatímco u odrůdy Hyfi při současném působení sucha neměla teplota v rozmezí 26–38 C výrazný vliv na obsah gliadinů, u odrůdy Julie vykazoval obsah gliadinů zřetelné maximum při 32 °C. Odrůda Hyfi se tedy vyznačovala větší odolností vůči teplotnímu stresu než odrůda Julie. U obou odrůd byl obsah gliadinů vyšší za sucha než při zavlažování.
|
|
|
Příprava konstruktů pro izolaci proteinů a jejich testování
Osadchuk, Olha ; Kostovová, Iveta (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Tato práce je zaměřená na popis produkce rekombinantních proteinu. Pro studium dané problematiky byl zvolen protein p53, který je jedním z hlavních nádorových supresorových proteinu. Protein p53 je zodpovědný za regulaci mnoha genů, které mohou kontrolovat buněčný cyklus a replikaci DNA, a je nejčastěji mutovaným genem u nádorových onemocněni člověka. Pro danou prací byly zvolený různé varianty bodových mutaci proteinů p53, které mohou ovlivnit jeho vazebné vlastnosti a funkce. Znalosti mechanizmu působení mutovaných p53 proteinů v buňce je důležité pro efektivní léčbu rakoviny. V teoretické části jsou popsaný vlastnosti proteinu a jednotlivé expresní systémy, metody Gateway klonováni, a metody použité při purifikaci a izolaci proteinů (afinitní chromatografie, SDS-PAGE analýza a Western blot analýza). V experimentální časti jsou popsané postupy přípravy expresních vektoru pomoci Gateway technologie, transformace do buněk a izolace plazmidové DNA. Klonováním byly připraveny tři expresních klony a po jejich transformace do kompetentních buněk byla provedena izolace DNA.
|
|
|
Optimalizace izolace DNA jogurtových kultur a její detekce pomocí RT-PCR
Šurková, Alice ; Němcová, Andrea (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
V rámci práce byla optimalizována izolace DNA z čistých jogurtových kultur i z jogurtových výrobků. Izolovaná DNA byla následně podrobena analýze pomocí RT-PCR. V první části práce byla vyhodnocena izolace DNA z čistých jogurtových kultur pomocí komerčního kitu jako efektivnější než izolace fenolovou extrakcí a pomocí magnetických mikročástic. K posouzení kvality a kvantity získané DNA bylo použito spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty a qPCR. Pomocí komerčního kitu pak byla získána DNA v kvalitě vhodné pro PCR celkem z deseti čistých jogurtových kultur. V druhé části práce byla provedena izolace bakteriální DNA z jogurtových výrobků pomocí komerčního kitu s předchozím promytím vzorků lyzačním roztokem. Takto byla DNA izolována ze šesti jogurtových výrobků. Dále byly z těchto výrobků zaočkováním do mléka vyrobeny dvě várky domácích jogurtů, z nichž byla izolována DNA stejným způsobem. DNA získaná z jogurtů byla podrobena RT-PCR se šesti dvojicemi primerů (V3_F a V3_R, V6_F a V6_R, V1_F a V1_R, GroHRM_F a GroHRM_R, UPF a UPR, P1V1 a P2V1) a s DNA z čistých kultur jako pozitivními kontrolami. Z výsledků byla potvrzena přítomnost deklarovaných kultur v jednotlivých jogurtech a jejich schopnost množit se i po zaočkování do nového média (mléka).
|
|
|
Testování viability nádorových linií buněk po působení chemických látek a chemoterapeutik
Horáčková, Lucie ; Zemanová, Jana (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
V teoretické části jsou rozebrány jednotlivé typy testů viability založené na kolorimetrických změnách roztoku. Dále jsou charakterizovány proteiny HSP, které nejsou spojovány pouze s teplotním šokem, ale projevují se také během jiných stresů, například při vystavení buňky UV záření, chladu, extrémnímu pH či těžkým kovům. Pro buňku jsou důležité, protože pomáhají vytvořit správnou konformaci proteinů, které byly poškozeny buněčným stresem. Interagují také s novými nesbalenými proteiny a zajišťují jejich správné skládání. Proteiny, které jsou molekulárními chaperony ovlivňovány se souhrnně nazývají klientské proteiny. Některé HSP se také podílejí na transportu přes membránu či degradaci. S těmito proteiny kooperují tzv. kochaperony, ty jsou u proteinů teplotního šoku důležité, protože jim pomáhají při sbalování proteinů, a to zejména tím, že katalyzují hydrolýzu ATP na ADP. Také je zde popsána cisplatina a její deriváty, včetně mechanismu působení a nežádoucích účinků. Práce byla zaměřena na zjištění cytotoxicity cisplatiny a jejích derivátů. Po navození stresových podmínek v buňce působením cytostatik byly zjištěny změny v množství proteinů teplotního šoku a kochaperonů. Pomocí konfokální mikroskopie byla zjištěna lokalizace proteinů teplotního šoku a proteinu p53 v buňce.
|
host ::
RSS.