|
|
Štúdium možností elektrochemickej detekcie špecifických sekvencií nukleových kyselín
Vaňová, Veronika
Tato práce se zabývá studiem možností vytvoření elektrochemického biosenzoru pro detekci specifických sekvencí nukleových kyselin. Teoretická část se věnuje popisu různých typů RNA, se speciálním zaměřením na miRNA a možnostmi její detekce. Rovněž popisuje různé elektrochemické přístupy detekce, jednak nukleových kyselin a také konkrétnější miRNA. miRNA je potenciální biomarker, který by se dal využít pro včasnou a neinvazivní diagnostiku onkologických onemocnění. Experimentální část je zaměřena na navržení, optimalizaci a přípravu citlivého biosenzory pro detekci miRNA-21. Byl připraven biosenzor pro detekci co nejnižší koncentrace miRNA-21 ve vzorku. Byl změřen lineární rozsah koncentraci pro kalibrační křivku od 1 nM až po 1 fM koncentraci. Měřením jsme dosáhli LOD 1 fM a výpočtem z regresní rovnice až 3,2 zM a LOQ byl 10,8 zM. Následně byly měřeny vzorky v artificiálni moči, jako ověření fungování senzoru v reálných podmínkách. Výsledky ukázaly minimální vliv matrice na stanovení cílové miRNA.
|
|
|
Computational Study of the TiO2-Catalyzed Synthesis of Acyclonucleosides from Formamide: Implications for the Origin of Life
Mládek, Arnošt ; Burda, Jaroslav (vedoucí práce) ; Futera, Zdeněk (oponent)
TiO2-katalyzovaná syntéza nukleosid v nevodném prost edí formamidu, probí- hající p es acyklonukleosidové meziprodukty, p edstavuje alternativní cestu pro vznik monomerick˝ch jednotek nukleov˝ch kyselin, která by mohla vy eöit pro- blém spojen˝ s vytvo ením --glykosidické vazby mezi nukleovou bazí a cukern˝m zbytkem. V p edloûené v˝po etní studii je p edstavena moûná reak ní cesta pro prebiotickou, TiO2-katalyzovanou syntézu purinov˝ch C2- a C3-acyklonukleosid v prost edí formamidu, která nevyûaduje fotokatalytick˝ nebo radikálov˝ me- chanizmus. Maximální vypo tená aktiva ní energie podél reak ní koordináty, odpovídající p ibliûn 32 kcal·mol≠1 , je v experimentálních podmínkách Saladi- novy syntézy probíhající p i teplot 160 ¶ C dostupná. Ukazujeme, ûe deprotonace methylenového uhlíku formaldehyd hydrátu, probíhající pravd podobn na defekt- ním povrchu anatasu, p edstavuje rychlost ur ující krok celé reakce. Naöe v˝po ty jsou tak ve shod s p edstavou Saladina a jeho koleg o katalytické funkci TiO2 povrchu p i syntéze purinov˝ch acyklonukleosid v horkém roztoku formamidu.
|
|
|
Výuka molekulární biologie na SŠ a analýza prekonceptů pojmu nukleové kyseliny
Hanušová, Eva ; Ehler, Edvard (vedoucí práce) ; Pavlasová, Lenka (oponent)
Teoretická část práce shromažďuje teoretická východiska pro daný výzkum - obsah a význam kurikulárních dokumentů pro přírodovědné vzdělávání; současné vědní poznatky o vybraných molekulárně biologických tématech vyučovaných na středních školách; charakteristiku žákovských prekonceptů a miskoncepcí, jejich diagnostiku a význam. V praktické části jsou stanoveny výzkumné problémy a cíle, jejichž předmětem je analýza obsahu učiva a vyučovacích metod molekulárně biologických témat na vybrané střední škole; dále pak diagnostika prekonceptů pojmu "nukleové kyseliny" žáků 1., 3. a 4. ročníku vybrané školy (95 respondentů), jež sloužila k určení celkové podoby daného prekonceptu (geneze, modifikace a konceptuální změna v průběhu studia na střední škole). Součástí výzkumu též bylo zakomponování nových laboratorních cvičení, s tématikou nukleových kyselin, do výuky ve 4. ročníku a zhodnocení jejich vlivu na podobu daného prekonceptu. Hodnocení proběhlo formou porovnání úspěšnosti řešení otázek didaktického testu žáků 1.a 3. ročníků a žáků 3. a 4. ročníků, které bylo následně statisticky podloženo Pearsonovým χ2-testem. Analýzou ŠVP vybrané střední školy bylo zjištěno, že převážná část učiva molekulární biologie je řazena do 4. ročníku studia z důvodů své vysoké náročnosti a abstraktnosti. Dále byl vyhodnocen...
|
|
|
Study of Biomolecular Interactions with Surface Plasmon Resonance Biosensors
Šípová, Hana ; Homola, Jiří (vedoucí práce) ; Houska, Milan (oponent) ; Skládal, Petr (oponent)
Biosenzory s povrchovými plasmony (SPR biosenzory) jsou moderní technologií, která umožňuje sledování biomolekulárních interakcí v reálném čase. Tato doktorská práce popisuje jejich vývoj a aplikaci pro studium a detekci vybraných biomolekulární interakcí. Mezi optimalizované parametry patří způsob imobilizaci biomolekul na povrch SPR čipu a parametry mikrofluidického systému, který zajišťuje dopravu vzorku do reakční komůrky. Je diskutováno několik způsobů, jak transport biomolekul k povrchu senzoru zrychlit a tak zvíšit citlivost senzoru pro detekované látky. Dále je popsáno několik detekčních schémat, které umožňují detekci nízkých koncentrací nukleových kyselin v reálných vzorcích, resp. detekci bodových mutací v sekvenci nukleové kyseliny. Byly vyvinuty nové metody pro studium enzymatické aktivity HIV integrázy a ribonukleázy H, které mohou sloužit k vývoji antivirálních léčiv, resp. léčiv pro genovou terapii.
|
|
|
Determination of structure and dynamics of biomolecules by theoretical calculations of NMR spectroscopic parameters
Benda, Ladislav ; Sychrovský, Vladimír (vedoucí práce) ; Munzarová, Markéta (oponent) ; Hrabal, Richard (oponent)
iii Abstrakt Název: Určování strukturních a dynamických vlastností biomolekul pomocí teoretických výpočtů parametrů spekter NMR Autor: Ladislav Benda, ladislav.benda@gmail.com Katedra/Ústav: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i. Vedoucí doktorské práce: Dr. Vladimír Sychrovský, Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i., vladimir.sychrovsky@uochb.cas.cz Abstrakt: Předkládaná doktorská práce se zaměřuje na teoretické modelování parametrů spekter nukleární magnetické rezonance (NMR) v peptidech a nukleových kyselinách. Mo- delovány byly především závislosti NMR parametrů na molekulární struktuře a solvataci. Velký důraz byl kladen na porovnání vypočtených dat s experimentem. Studovanými modely byly především di-peptid l-alanyl-l-alanin (AA) a fosfátová skupina páteře nuk- leových kyselin. Na základě výpočtů se podařilo určit konformace všech tří nabitých forem AA v roztoku a vysvětlit experimentálně pozorované změny NMR parametrů při změnách pH. Byly kalibrovány závislosti NMR kros-korelovaných relaxačních rychlostí na geometrii molekuly AA. 31 P NMR parametry ve fosfátu nukleových kyselin byly systema- ticky modelovány v závislosti na konformaci a solvataci fosfátu. Navrhli jsme pravidla pro...
|
|
|
Izolace RNA třešně
Vojáčková, Karolína ; Sedlák, Petr (vedoucí práce) ; Korecký, Jiří (oponent)
This bachelor thesis deals with the Isolaton RNA in sweet cherries. The turning point was the literature review on this topic. First chapters mentions the problemes of studying two main topics, which are RNA and a description of cherry (Prunus avium). Sweet cherry is a part of Noble hardwoods. Researches of sweet cherries can deal with an insufficient amount of quality planting material needed to breed new varieties. The biggest attention has given to the methods of RNA isolation, their comparison and analysis of already isolated RNA. The work describes five methods most commonly used for the isolation of RNA by phenol-chloroform, adsorption to silica, CTAB, TRIzol, magnetic separation and the using commercially marketed kits.
Phenol-chloroform method divides the lysate with a mixture of phenol, chloroform and isoamylalcohol in two phases, an upper aqueous, that includes the nucleic acids and lower organic.
Adsorption on silica using properties of nucleic acids bind to the surface of the silica in the presence of chaotropic salts.
CTAB method involves the use of extraction buffer with CTAB, which forms a precipitate with the nucleic acids. The pellet is then resuspended in DEPC-water.
TRIzol method uses a combination of guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform. Like the phenol-chloroform method produces a precipitate, but treatment with guanidine thiocyanate, upper phase contained only RNA.
During the magnetic separation are the nucleic acids bound to the surface of the magnetized particles.
Subsequent genetic analysis that can detect and quantify the isolated RNA may be used in RT-PCR analysis, electrophoresis, and microarray hybridization methods northern blot and dot blot.
Bachelor thesis has written as a compilation literature review to inform the about mentioned topics. Any own research part is not here, because of the compilation character.
|
|
|
Interpretace dat z biočipů
Ludwig, Petr ; Šilhavá, Jana (oponent) ; Smrž, Pavel (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá interpretací dat získaných pomocí technologie biočipů. Práce obsahuje také krátký úvod do problematiky genetické informace a jejího významu. Jádrem práce je pak sada skriptů provádějící analýzy nad testovacími daty. Jako vstupní data jsou použity výstupy biočipové analýzy tkání s rakovinou tlustého střeva. Dílčí výsledek je určení genových markerů rakoviny tlustého střeva. Finální výsledek určuje postavení markerů v kontextu objevených signálních drah, ty jsou nakonec seřazeny dle relevance.
|
|
| |
|
|
Interakce Zn2+ iontů s proteiny a nukleovými kyselinami
DVOŘÁKOVÁ, Kateřina
Interakce kovových iontů významným způsobem ovlivňují strukturu a funkci nukleových kyselin a proteinů. Přibližně polovina enzymů obsahuje ionty kovů jako kofaktory a většina ribozymů nemůže správně fungovat bez přítomnosti iontů kovů. Nejčastěji vyskytujícími se kovy v proteinech jsou Ca2+, Mg2+ a Zn2+. Tato práce je zaměřena na analýzu rentgenových struktur biomolekul obsahujících Zn2+ ionty z hlediska jejich vaznosti. Získaná data jsou následně porovnána s obdobnými daty pro vaznost Mg2+ iontů na biomolekuly.
|
|
| |
host ::
RSS.