|
|
Study of the differences in the architecture of the binding pockets of two major MDR pumps of yeast Saccharomyces cerevisiae, Pdr5p and Snq2p, using their common substrates
Backová, Lenka ; Gášková, Dana (vedoucí práce) ; Krůšek, Jan (oponent)
Mnohonásobná lieková rezistencia (multidrug resistance, MDR) je zodpovedná za po- kles účinnosti liekov na patogénnych mikroorganizmoch alebo nádorových ochoreniach. Jeden z mechanizmov mnohonásobnej liekovej rezistencie je export liekov z bunky pomo- cou membránových transportérov - púmp. Hlavné MDR pumpy kvasinky Saccharomyces cerevisiae sú Pdr5p a Snq2p, ktoré majú vysokú aminokyselinovú sekvenčnú podobnosť. Táto práca sa sústredí na rozdiely týchto púmp, ich väzobné kapsy a ich usporiadanie. Väzobná kapsa pumpy Pdr5p je lepšie preskúmaná, porovnanie výsledkov z merania me- dzi pumpou Pdr5p a Snq2p vedie k rozšíreniu znalosti o väzobnej kapse Snq2p. Pomocou zónového testu určíme spoločné substráty púmp, ketokonazol a bifonazol. Tieto substráty použijeme v meraní pomocou metódy potenciometrickej fluorescenčnej sondy diS-C3(3). Z výsledkov sme zistili, že väzobná kapsa Snq2p má viac väzobných miest. Väzobné kapsy Pdr5p a Snq2p sa navzájom líšia vo väzobných miestach a ich konformá- cii. Avšak konformácia oboch púmp je dynamická, k čomu sme dospeli z výsledkov po pridaní glukózy k bunkám na dodanie energie. 1
|
|
|
Úloha transportérů ABC a MFS v lékové rezistenci patogenních kvasinek rodu Candida
Chaun, Martin ; Sychrová, Hana (vedoucí práce) ; Půta, František (oponent)
Patogeny a jejich hostitelé vedou mezi sebou odvěkou bitvu o své přežití. Neustále dochází k vývoji nových strategií, jak porazit svého protivníka, a protistrategií, jak se svému soku ubránit. Poslední dobou se v důsledku zvýšeného užívání léků patogeny přizpůsobují výskytu těchto látek v prostředí a čím dál častěji na léčbu přestávají odpovídat, vzniká stav lékové rezistence. Postupně se zvyšující léková rezistence se týká i nejčastějších původců mykotických infekcí rodu Candida. Jedním z mechanismů, kterým jsou organismy schopny odolat účinkům toxických látek, je jejich transport ven z buňky pomocí membránových transportních proteinů. Tyto transportéry jsou v případě rodu Candida členy proteinových nadrodin ABC a MFS. Tato práce představuje proteiny ABC a MFS, jež se podílí na vylučování léčiv u čtyř druhů kandid, konkrétně u druhů Candida albicans, Candida glabrata, Candida parapsilosis a Candida auris.
|
|
|
Production of biologically active substances by yeasts and algae cultivated on different nutrition sources
Kohútová, Darina ; Němcová, Andrea (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Carotenoids are lipophilic pigments and the most widespread antioxidants occurring in nature with great application potencial in the cosmetics, pharmaceuticals and food industry. Lipids are one of the essential organic substances of living organisms as a nutrition source and energy supply. This work deals with the optimalization of nutritional characteristics of cultivation medium for cultivation of carotenogenic yeasts and algae. Two waste substrates were used and different nitrogen sources, NaCl concentrations, and various C/N ratios were applied. The biomass obtained was analysed by chromatography, and the production of carotenoids, ergosterol, coenzyme Q and lipids was evaluated. Of the tested nitrogen sources urea was the most favourable for yeasts, and sodium nitrate for algae. Higher salt concentration had a negative effect on yeast growth but increased degree of fatty acid unsaturation. Tested C/N led different effects: while the C/N ratio 16 most suitable for growth, the increasing C/N ratio caused the increase of the polyunsaturated fatty acids content. Of the used yeast strains, Rhodotorula mucilaginosa and Sporidiobolus salmonicolor exhibited the best production characteristics, of the used algae strains, it was Chlorella.
|
|
|
The antimicrobial effects of plant extracts against yeast skin mycoses
Posztósová, Gyöngyi ; Rapta, Marek (oponent) ; Němcová, Andrea (vedoucí práce)
Superficial cutaneous mycoses are relatively widespread and affect more and more people. Currently are used drugs as ketoconazole, fluconazole and others to treat mycoses. Pathogens occasionally become resistant to these drugs. Medicinal plants have a long history in alternative medicine and they could be a good solution. This bachelor thesis deals with the study of antifungal activity of selected plants. Were prepared ethanol extracts of basil, betony, eucalyptus, turmeric, geranium, oregano and ginseng. The theoretical part of thesis contains a review of the most frequently occurring dermatomycoses. It describes plants as sources of natural substances with antimicrobial effect and the content of selected active substances. The experimental part is focused on the analysis of plant extracts. Was determined the content of total polyphenols, flavonoids and antioxidants. The antimicrobial activity was monitored against yeast Candida glabrata and against G- and G+ bacteria, specifically Escherichia coli and Micrococcus luteus. Finally, the cosmetic products with the addition of plant extract were prepared and tested against mycoses.
|
|
|
Role autofágie v adaptaci kvasinkových buněk
Brádlerová, Michaela ; Kuthan, Martin (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Autofágie je evolučně konzervovaná degradativní dráha. V buňkách je běžně udržována na nízké hladině, kdy degraduje nadbytečné či poškozené organely a proteiny a tím se zásadně podílí na udržování buněčné homeostázy. Pokud jsou buňky vystavené nepříznivým podmínkám, například nedostatku živin nebo jiným druhům stresu, hladina autofágie se zvýší. V této fázi má především ochranou roli a pomáhá buňce v adaptaci na změnu podmínek. Autofágie je přísně regulována, její dysfuknce je spojována s mnoha lidskými onemocněními. Podrobné porozumnění regulačním mechanismům autofágie může mít v budoucnu vliv při vývoji léčebných postupů chorob s ní spojených. Tato práce shrnuje poznatky o základních typech autofágie u kvasinek a popisuje, jak autofágie pomáhá adaptaci buňky na nepříznivé podmínky. Klíčová slova: autofágie, kvasinky, degradační dráha, adaptace, TORC1
|
|
|
Regulation of yeast chronological ageing
Némethová, Ema ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Motlová, Lucia (oponent)
Kvasinkové bunky sa počas chronologického starnutia diferencujú do subpopulácií a nadobúdajú rozdielnu životaschopnosť. Takisto sú chronologicky starnúce bunky nedeliace sa a tak mimikujú starnutie zložitých mnohobunkových organizmov, napríklad cicavcov, a preto nám skúmanie chronologického starnutia u kvasiniek môže pomôcť pochopiť procesy, ktoré prebiehajú u zložitejších organizmov. Pri kultivácií kvasiniek v tekutom médiu dochádza k diferenciácií do dvoch subtypov buniek, takzvané "quiescent" a "non-quiescent" bunky, ktoré majú rozdielnu morfológiu aj génovú expresiu a líšia sa teda aj v zastúpení metabolizmov. Rovnako tomu je aj u kvasiniek kultivovaných na agarovom médiu, kde kvasinky diferencujú podľa gradientu signálnych molekúl v okolí kolónie, teda podľa toho, kde sa v rámci kolónie nachádzajú. Boli nazvané U a L bunky. Oba typy, "quiescent" a aj U buniek, sú vitálnejšie a schopné sa naďalej množiť, na rozdiel od "non-quiescent" a L buniek, ktoré sú menej životaschopné a zväčša vykazujú markery programovanej bunkovej smrti. Na chronologické starnutie vplýva mnoho bunkových procesov od akumulácie zásobných látok, cez mitochondriálnu aktivitu až po kalorickú restrikciu a hladovanie. Kľúčové slová: chronologické starnutie, kvasinky, diferencovanie bunkových populácií, zmena metabolizmu
|
|
|
Indukovatelné promotory a jejich využití pro buněčné manipulace kvasinek
Přibáňová, Gabriela ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
Pro některé buněčné manipulace se dnes využívají promotory, které mohou být indukovány chemickými, nebo určitými fyzikálními faktory. Největší důraz je v této práci kladen na promotory indukovatelné světlem. Jsou dva přístupy, které nám umožňují aktivaci promotoru působením světla. První z nich využívá tzv. "caged molecules", chemických induktorů, jejichž regulační aktivita je "maskovaná" fotolabilní chránící skupinou. Druhý přístup zahrnuje optogenetické systémy, které mohou v buňkách regulovat transkripci. Tyto systémy jsou kódovány v DNA organismu, který tento systém nese, a jako jediný vnější regulační stimul potřebují světlo. Základní součástí optogenetických aparátů jsou fotoreceptory, které pro svou funkci potřebují kofaktor - chromofor. Fotoreceptory se řadí do několika funkčních skupin podle typu chromoforu a způsobu jejich fotoaktivace. Tato práce dává přehled o optogenetických systémech, využitých pro regulaci transkripce z hlediska využitého fotoreceptoru a mechanismu indukce. Stejně tak se zabývá využitím "caged molecules" pro regulaci transkripce. Dále jsou zde jmenovány případy využití těchto systémů v kvasinkách, modelového organismu využívaného ve vědě a pro biotechnologické účely. Na závěr diskutuji určitá omezení, které promotory indukovatelné světlem v některých případech...
|
|
|
Analýza zotavování membránového potenciálu kvasinek za stresových podmínek vyvolaných protonoforem CCCP
Babuka, David ; Plášek, Jaromír (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá studiem odezvy vnitrobuněčného pH kvasinkových buněk na různá vnější prostředí, především ve vztahu k protonoforu karbonylkyanidu m-chlorophenylhydrazonu, CCCP. K měření vnitrobuněčného pH kvasinkových buněk jsme využívali geneticky kódovanou fluorescenční sondu poměrový pHluorin. S využitím metody synchronně skenovaných fluorescenčních spekter jsme byli schopni měřit vnitrobuněčné pH buněk s vysokou přesností. Jako součást těchto experimentů jsme studovali také jak vliv iontové síly pufrů buněčných suspenzí na povrchový potenciál kvasinek, tak vliv anorganické soli KCl na depolarizaci membrán kvasinek a acidifikaci cytosolu vyvolanou protonoforem CCCP. Zkoumali jsme jednak přímo změny cytosolického pH a jednak jsme toto naměřené pH používali jako indikátor procesů a stavu prostředí mimo buňku. K nejvýznamnějším výsledkům této práce patří vyvinutí nové metody monitorování velikosti povrchového potenciálu kvasinek pomocí titračních křivek acidifikace cytosolu vyvolané protonoforem CCCP.
|
|
|
Produkce karotenoidů kvasinkami kultivovanými na odpadním tuku
Holub, Jiří ; Němcová, Andrea (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Karotenoidy jsou lipidické látky, převážně pigmenty obsažené v rostlinách a mikroorganismech. Karotenoidy jsou známé pro svoje antioxidační účinky. Lipidy jsou převážně nepolární látky, které jsou esenciální a vyskytují se ve všech typech organismů. Práce byla provedena formou rešeršní i praktickou. Pojednávala o produkci karotenoidních barviv a různých lipofilních látek kvasinkami Rhodotorula glutinis, Rhodosporidium toruloides a Sporidiobolus metaroseus, kultivovanými v médiích vyrobených z odpadního tuku živočišného původu či z glycerolu. Práce se dále zaobírala metodami získávání lipidických látek z mikroorganismů a následnou analýzou vzorků plynovou či kapalinovou chromatografií. Hlavním úkolem práce bylo zjistit, které typy médií a které z daných druhů kvasinek byly nejvhodnější pro produkci lipidických látek. Pro produkci lipidických látek na glycerolových médiích byl shledán jako nejlepší kmen Rhodosporidium toruloides, který zároveň vykazoval nejvyšší koncentrace karotenoidů na tukových a hydrolyzovaných tukových médiích.
|
|
|
Produkce beta-glukanů vybranými druhy kvasinek, řas a sinic
Veselá, Markéta ; Kočí, Radka (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Pro předloženou diplomovou práci bylo vytipováno několik druhů kvasinek a mikrořas a ve vybraných producentech byly analyzovány -glukany, lipidy, karotenoidy, ergosterol a koenzym Q. Podmínky kultivace kvasinek byly voleny s ohledem na co nejvyšší produkci -glukanů. Kultivace řas byla prováděna dle postupů Sbírky autotrofních mikroorganismů (CCALA). Ze zástupců mikrořas byly vybrány Desmodesmus acutus, Dunaliella salina, Arthrospira maxima a Cyanothece sp. Pro kultivace kvsinek byly vybrány druhy: Rhodotorula glutinis, Cystofilobasidium macerans a Sporidiobolus metaroseus. Kultivována byla také Saccharomyces cerevisiae, která je dnes již ověřeným zdrojem -glukanů a je považována za zdravotně bezpečný GRAS organismus. Z uvedených důvodů byla S. cerevisiae použita jako standard pro porovnání produkce -glukanů ve vybraných druzíh kvasinek. -glukany byly stanoveny pomocí enzymatického kitu K-YBGL Megazyme, karotenoidy, ergosterol a koenzym Q byly stanoveny pomocí HPLC/PDA a lipidy, respektive obsah mastných kyselin byl stanoven pomocí GC/FID. Nejlepším producentem kvasinkových -glukanů byla R. glutinis a S. metaroseus a nejlepší podmínky pro produkci -glukanů i ostatních metabolitů byl C/N poměr 70. U mikrořas byla prokázána pouze produkce -glukanů, jejichž největším producentem byl D. acutus.
|
host ::
RSS.