|
|
Zvýšená AID aktivita jako zdroj genomické nestability v klinicky relevantních nádorech
Vaníčková, Karolína ; Drbal, Karel (vedoucí práce) ; Macůrek, Libor (oponent)
AID je člen rodiny mutačních enzymů APOBEC. Deaminací cytosinu na uracil generuje v ssDNA nekomplementární U:G páry, které podléhají opravě chybovými DNA reparačními mechanismy. V B buňkách tak zvyšuje mutační nálož Ig lokusů v rámci reakce somatické hypermutace během afinitní maturace imunoglobulinů (Ig). Dále pomocí indukce dvouřetězcových zlomů umožňuje rekombinaci Ig během izotypového přesmyku nebo primární diverzifikaci Ig pomocí templátové genové konverze u některých druhů obratlovců. Při nedostatečné regulaci těchto indukčních a reparačních procesů získává AID tumorigenní potenciál a stává se zdrojem genomické nestability u nádorů. V epiteliálních tkáních je exprese AID aktivovaná prozánětlivými cytokiny pomocí kanonické dráhy NF-B. Původci jsou jak exogenní zdroje (Helicobater pylori nebo HCV), tak endogenní zdroje (žlučové kyseliny), i fyziologické procesy, například ovulace. Proto může být AID pojítkem mezi zánětem a nádory. Ve většině dokumentovaných případů se AID podílí na iniciaci tumorigeneze. Ektopická exprese AID v myších modelech vede ke vzniku karcinomů plic, jater, žaludku, orálních karcinomů a melanomů, v dalších případech se podílí také na epiteliálně-mezenchymálním přesmyku. V případech CML a adenokarcinomů plic je AID zodpovědná za progresi onemocnění a je zdrojem získané...
|
|
|
Optimalizace procesů v logistice s podporou vizualizace
Kršák, Martin ; Bidlo, Michal (oponent) ; Křivka, Zbyněk (vedoucí práce)
Cielom diplomovej prace je navrh, implementacia a porovnanie algoritmov, ktore optimalizuju procesy v logistike, prevazne v planovacej casti. Algoritmy pomocou heuristik a aproximacneho genetickeho algoritmu najdu takmer optimalne riesenie NP-tazkeho problemu, podobneho problemu obchodneho cestujuceho s oneskorenim niekolkych hodin. Ulohou tychto algoritmov je planovanie efektivnej trasy smetiarskym vozidlam, ktore zvazaju a rozvazaju velkoobjemny odpad do zbernych stredisk v konkretnom meste. Cielom optimalizacie je minimalizacia nakladov na dopravu.
|
|
|
Závislost velikosti proudu IKs kanálu srdce na stimulaci
Kachan, Ksenia ; Čmiel, Vratislav (oponent) ; Bébarová,, Markéta (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se věnuje studiu frekvenční závislosti velikosti proudu srdečním kanálem vedoucím pomalou složku opožděného draslíkového proudu z buňky (IKs). Tato vlastnost IKs kanálu má velký funkční význam. Za insuficience jiných repolarizačních proudů, ale i za zvýšené srdeční frekvence, zejména za zvýšeného tonu sympatiku, totiž IKs představuje tzv. repolarizační rezervu, čímž zabraňuje nadměrnému prodlužování repolarizace akčního napětí srdečních buněk. Struktura IKs kanálu je kódována geny KCNQ1 (-podjednotka formující pór kanálu) a KCNE1 (modulační -podjednotka). Mutace v těchto genech narušují fyziologickou funkci IKs kanálu a způsobují vznik dědičných arytmogenních syndromů, zejména syndromu dlouhého intervalu QT (LQTS). Mezi takové mutace patří i mutace c.926C>T (p.T309I) v genu KCNQ1, která vede u heterozygotních nosičů ke vzniku LQTS typu 1. Teoretická část diplomové práce poskytuje základní informace o IKs kanálu a patch clamp technice, které jsou nezbytné pro provedení části praktické. Experimentální část spočívá v kultivaci a přechodné transfekci buněčné linie CHO pro následné elektrofyziologické měření technikou whole-cell patch clamp s cílem zkoumání závislosti velikosti IKs na frekvenci stimulace, jak u kanálů bez mutace, tak u kanálů tvořených podjednotkami bez mutace i s mutací T309I.
|
|
|
Characterisation of \kur{Drosophila melanogaster} mutated for all genes of the Sirtuin family
PEKÁČOVÁ, Aneta
The aim of my study was to create a Drosophila line lacking the expression of all Sirtuin genes, check its developmental phenotype and characterise its response in stress conditions. The flies had bigger weight than controls, they had decreased fertility and fecundity and they developed more slowly. They showed a trend towards increased resistance to chill coma, but they did not show a significant difference in starvation or oxidative stress assay. Its effect on lifespan is being investigated.
|
|
|
Genetika psychických onemocnění
Krčmářová, Eliška ; Šolc, Roman (vedoucí práce) ; Dudová, Iva (oponent)
Psychické poruchy jsou velmi heterogenní skupinou onemocnění se složitou a komplexní multifaktoriální etiologií, v níž může hrát významnou roli i genetická komponenta. U několika onemocnění byla zjištěna jednoznačná genetická příčina, například u Rettova syndromu, kde je ve většině případů příčinou mutace v genu MECP2. U většiny dalších psychických onemocnění je příčina komplexnější a jedná se především o kombinaci určitých polymorfismů mnoha genů s tlakem vnějšího prostředí. Mezi takové choroby patří například autismus, schizofrenie, bipolární porucha, či poruchy příjmu potravy. Zatímco u autismu pozorujeme polymorfismus několika různých genů, u dalších zmíněných onemocnění se jedná především o polymorfismy genů, zapojených do neurotransmise. Tato práce se tedy zaměří na genetické příčiny psychických onemocnění, které budou demonstrovány na konkrétních příkladech. Klíčová slova: psychické onemocnění, Rettův syndrom, autismus, neurotransmitery, úzkostná porucha, poruchy příjmu potravy, schizofrenie, bipolární porucha, mutace, polymorfismus
|
|
|
Zavedení vyšetření mutace V600E v genu BRAF v klinické laboratoři
VÍTKOVÁ, Markéta
Rakovina kůže patří v dnešní době k velmi častým nádorovým onemocněním. Dokázáno je, že slunce a rakovina kůže spolu maximálně souvisí, a tak může postihnout kohokoliv, ale vyšší náklonnost vykazují lidé "světlých typů" s blonďatými nebo zrzavými vlasy, světlou kůží a velkým množstvím pih. Nejčastější lokalizace kožních nádorů je na místech, která jsou dlouhodobě vystavená slunečnímu záření oční víčka, nos, tváře, šíje, ramena a ruce. Nejčastějšími druhy rakoviny kůže jsou bazaliom, melanom a spinaliom. Cílem mé bakalářské práce bylo osvojení si teoretických poznatků ohledně rakoviny kůže, především o maligním melanomu. Maligní melanom se na rozdíl od ostatních epiteliálních nádorů jako je bazaliom nebo spinaliom nevyznačuje lokálním destruktivním růstem, ale nebezpečím časného hematogenního nebo lymfogenního metastazování. Maligní melanom metastázuje nejčastěji do lymfatických uzlin, ale vzdálené metastázy se mohou objevit i v kůži, plicích, mozku a gastrointestinálním traktu, převážně v tenkém střevě. Za biologickou příčinu maligního melanomu můžeme považovat přítomnost mutací. Jednou z nejvýznamnějších a nejvíce popisovaných mutací v souvislosti s maligním melanomem je mutace genu BRAF V600E, která se vyskytuje v pozici 1799 v oblasti kodonu 600. Mutace kodonu GTG>GAG vede k záměně valinu za kyselinu glutamovou. Aktivace mutovaného BRAF proteinu je výsledkem konformačních změn v jeho struktuře. Mutované V600E BRAF buňky nepodléhají apoptóze a stárnutí, což má za následek nekontrolovatelný replikační potenciál buněk. V600E BRAF mutovaný melanom pak uniká imunitní odpovědi organismu. V praktické části mé bakalářské práce bylo cílem osvojit si základní molekulárně biologické metody v genetické laboratoři. Především izolaci genomové DNA z bukálního stěru i periferní krve, přípravu a provedení PCR reakce, přípravu agarózového gelu a detekci PCR produktů pomocí gelové elektroforézy. Vyšetření mutace V600E v genu BRAF jsem prováděla pomocí metody PCR-ARMS. Principem této metody je použití čtyř různých primerů schopných detekovat mutovanou i nemutovanou sekvenci DNA během jednoho experimentu. Metodika byla převzata z práce Huang et al. (2013) a následně upravena pro potřeby laboratoře.
|
|
|
Molekulární mechanismy mutageneze a rezistence u buněčných linií CML
Karasová, Dominika ; Čuřík, Nikola (vedoucí práce) ; Savvulidi Vargová, Karina (oponent)
Chronická myeloidní leukemie je klonální onemocnění krvetvorby, pro které je charakteristický fúzní gen BCR ABL1. Ačkoli léčba tyrosinkinázovými inhibitory (TKI) dosáhla zásadního zlepšení přežívání pacientů, u % dochází k rozvoji Jednou z hlavních příčin selhání léčby jsou mutace v kinázové doméně ABL1. Cílem této práce bylo objasnit molekulární mechanismy vzniku využitím Hlavní část této práce byla věnována identifikaci genů reagujících na poškození zodpovědných za které by mohly hrát roli ze skupiny vybraných genů odpovídajících na poškození DNA a jejich oprav jejichž genová exprese se signifikantně a specificky snižovala v průběhu Produkty těchto genů se účastní oprav dvouřetězcových zlomů cestou nehomologního spojování konců (NHEJ). Při studiu jsme dále zjistili, že klony, které mutac na začátku k zvýšenou oproti klonům, které Klíčová slova myeloidní leukemie, mutace, TKI rezistence, genová exprese, XRCC6,
|
|
|
Optimalizace metodiky pro stanovení volné nádorové DNA v plazmě a její klinické využití u pacientů s karcinomy kolorekta, plic a slinivky břišní
Belšánová, Barbora ; Benešová, Lucie (vedoucí práce) ; Tachezy, Ruth (oponent)
Vyšetření cirkulující nádorové DNA (ctDNA) v periferní krvi onkologických pacientů nachází v dnešní době stále širší uplatnění, a to napříč různými nádorovými onemocněními. Jedná se o krátké fragmenty DNA pocházející z nádorové tkáně, které se volně vyskytují v periferní krvi těchto pacientů (převážně v pokročilých stádiích). Díky minimální invazivitě, téměř 100 % specificitě a poměrně vysoké sensitivitě u pacientů ve IV. stádiu onemocnění má toto vyšetření potencionální klinický význam zejména v časném záchytu návratu či progrese onemocnění po resekci tumoru (tzv. pooperační follow-up), predikci a sledování odpovědi na léčbu a odhadu prognózy onemocnění. Vzhledem však k velmi limitním hladinám ctDNA na pozadí vysoké koncentrace ostatních nenádorových fragmentů v plazmě pacientů je pro správnou diagnostiku tohoto markeru zcela klíčová použitá metodika vykazující co nejvyšší záchyt. Ta je zpravidla založena na nalezení mutace v tumorové tkáni a jejím následném průkazu v plazmě. Tato práce je zaměřena na optimalizaci izolace ctDNA a metodiky její detekce na principu PCR s následnou analýzou heteroduplexů pomocí denaturační kapilární elektroforézy (DCE) s cílem dosáhnout co nejvyšší záchyt mutované frakce ve vzorku plazmy. Optimalizovanou metodou jsem vyšetřila přítomnost ctDNA u tří typů nádorových...
|
|
|
Současný pohled na molekulární charakterizaci meduloblastomů
Jarošová, Šárka ; Zíková, Martina (vedoucí práce) ; Nedvědová, Tereza (oponent)
Meduloblastom je nejčastějším maligním nádorem centrálního nervového systému v dětském věku. Nové poznatky v charakterizaci molekulární a genetické podstaty této heterogenní nemoci umožňují lépe odhadnout prognózu pacienta a následně nastavit cílenou léčbu. Práce shrnuje současný stav poznání v této oblasti, popisuje jednotlivé molekulární varianty meduloblastomů a jim příslušející genové mutace.
|
|
| |
host ::
RSS.