|
|
Izolace DNA v kvalitě pro PCR z mléčných výrobků pro dětskou výživu
Mantlová, Jana ; Eva, Kvasničková (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Práce byla zaměřena na izolaci DNA v kvalitě pro polymerázovou řetězovou reakci (PCR) a identifikaci probiotických bakterií mléčného kvašení, které byly izolovány z pěti mléčných výrobků pro dětskou výživu. DNA byla z hrubých lyzátů buněk výrobku izolována pomocí magnetických mikročástic P(HEMA-co-GMA). Metodou fenolové extrakce byla izolována DNA z hrubých lyzátů buněk kontrolních kmenů, která byla využita jako pozitivní kontrola. Pomocí metod PCR byly ve výrobcích identifikovány DNA rodu Bifidobacterium a druhů B. animalis, B. bifidum, B. breve, B. infantis, B. longum a druhu Streptococcus thermophilus. Dosažené výsledky jsou v souladu s údaji deklarovanými výrobcem.
|
|
|
Selektivní izolace bakterií rodu Bifidobacterium z potravin
Mizerovská, Lucie ; Šárka, Havlíková (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Probiotické bakterie mléčného kvašení (BMK) jsou ve velké míře využívány v potravinářském průmyslu například při výrobě mléčných výrobků, sýrů a fermentovaných salámů, dále se využívají ke konzervaci zeleniny. V diplomové práci byly testovány synbiotické doplňky stravy od různých výrobců. Byla provedena izolace celkové DNA z hrubých lyzátů buněk pomocí magnetických nosičů P(HEMA-co-GMA) ze šesti doplňků stravy. Ze všech výrobků byla izolována DNA v kvalitě pro polymerázovozu řetězovou reakci (PCR). V souladu s údaji deklarovanými výrobcem byla pomocí PCR prokázána přítomnost bakterií rodu Bifidobacterium. Dále byla provedena imunomagnetická separace buněk rodu Bifidobacterium ze dvou výrobků a jejich identifikace pomocí PCR. U obou výrobků byla prokázána přítomnost bakterií rodu Bifidobacterium.
|
|
|
Identifikace bakterií druhu Lactobacillus acidophilus v probiotických výrobcích
Sznapková, Veronika ; Trachtová, Štěpánka (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Probiotické bakterie mléčného kvašení (BMK) jsou významnou součastí především fermentovaných mléčných výrobků, farmaceutických preparátů a doplňků stravy. V současné době se k rychlé a přesné identifikaci bakterií využívají molekulárně biologické metody založené na amplifikaci DNA. Cílem diplomové práce bylo nekultivačními postupy identifikovat bakterie rodu Lactobacillus a druhu Lactobacillus acidophilus v komplexních matricích celkem sedmi různých doplňků stravy. Celková DNA byla izolována z hrubých lyzátů buněk ve výrobcích s využitím magnetického nosiče P(HEMA-co-GMA). Amplifikovatelnost DNA byla ověřena v PCR s primery specifickými pro doménu Bacteria. Izolovaná DNA byla dále amplifikována s použitím primerů specifických pro rod Lactobacillus a druh Lactobacillus acidophilus s cílem prokázat přítomnost tohoto bakteriálního rodu a druhu, jež jsou deklarovány výrobci. Výsledky identifikace bakterií získané pomocí PCR byly porovnány s údaji deklarovanými výrobci.
|
|
|
Selektivní izolace bakterií rodu Lactobacillus z potravin
Novotná, Eva ; Šárka, Havlíková (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Probiotické druhy bakterií mléčného kvašení rodu Lactobacillus hrají důležitou roli v trávicím traktu člověka. Používají se v potravinářském průmyslu a jsou rovněž součástí stravy. K identifikaci baktérií mléčného kvašení rodu Lactobacillus lze použít polymerázovou řetězovou reakci (PCR). V experimentální části práce byla izolována DNA z hrubých lyzátů buněk 4 synbiotických doplňků stravy pomocí magnetických částic P(HEMA-co-GMA). Izolovaná DNA byla amplifikována v PCR pomocí rodově a druhově specifických primerů. V další části práce byly testovány magnetické nosiče s imobilizovanou protilátkou proti bakteriím rodu Lactobacillus. Uvedené částice byly použity k izolaci cílových buněk z výrobků následně identifikovaných pomocí rodově specifické PCR.
|
|
|
Využití magnetických mikročástic pro izolaci bakteriální DNA
Hrudíková, Radka ; Horák, Daniel (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Práce byla zaměřena na testování dvou typů magnetických mikročástic funkcionalizovaných –COOH skupinami pro izolaci bakteriální DNA. Izolace byla provedena z hrubých lyzátů buněk připravených z čisté kultury Lactobacillus paracassei RL-10, v prostředí 2 M NaCl a 16% PEG 6000. Dále byl sledován vliv degradace RNA enzymem RNasa A na množství izolované DNA. Bylo zjištěno, že degradace RNA v hrubých lyzátech buněk měla vliv na množství izolované DNA. Množství izolované DNA záleželo na použitých mikročásticích. Větší množství DNA bylo izolováno pomocí částic s větším obsahem –COOH skupin. Nosiči byla izolována DNA amplifikovatelná v PCR. V další části práce byly testovány nosiče funkcionalizované –NH2 skupinami při izolaci DNA s využitím elektrostatických sil. Bylo prokázáno, že pro vazbu DNA na nosič je vhodné prostředí s nižším pH.
|
|
|
Sledování populace bakterií mléčného kvašení v moravských vínech
Valicová, Markéta ; Španová, Alena (oponent) ; Omelková, Jiřina (vedoucí práce)
Cílem práce bylo monitorování celkového počtu bakterií mléčného kvašení vyskytujících se v hroznovém moštu během výroby vína. Studie byla provedena u odrůdy červeného vína Cabernet Moravia z ekologické vinice a odrůdy bílého vína Sauvignon jak z ekologické tak i integrované vinice. Součástí práce byla také izolace čistých kultur bakterií mléčného kvašení z kultur směsných a následně jejich identifikace pomocí rodově a druhově specifické PCR. Z experimentálních výsledků vyplývá, že na celkový počet kolonietvorných buněk bakterií mléčného kvašení má vliv nejen odrůda vína, zda se jedná o odrůdu červeného či bílého vína, ale také způsob pěstování vinné révy. Způsob pěstování vinné révy měl vliv i na druhové zastoupení bakterií mléčného kvašení u jednotlivých odrůd.
|
|
|
Use of DGGE to analysis and identification of selected microorganisms
Jankeje, Kristína ; Čarnecká, Martina (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Presented diploma thesis is focused on use of DGGE to analysis and identification of selected microorganisms. PCR-DGGE is a method that allows direct characterization of the microbial community in the natural environment without necessity of cultivation. A literature review is devoted to the principle of the method, current applications and its limitations too. In experimental part microbial DNA was isolated and used as a template for PCR reaction. Microbial DNA was then amplified using the universal eukaryotic primers that target the D1/D2 domain of the 26S subunit of ribosomal DNA. To improve specificity and sensitivity of detection nested PCR was chosen using outer and inner primer pairs. Generated amplicons (250 bp) were consequently separated by DGGE. The analysis of selected microorganisms by DGGE technique was performed after optimization of electrophoresis conditions (in particular the denaturing gradient extent and separation time). Despite the optimization, mutual differentiation among individual yeast strains was not possible since each reference strain was represented by several bands in the same positions. In conclusion DGGE profile obtained from wine musts is discussed. Present bands suggest the major presence of non-Saccharomyces yeasts, yeast-like strain A. pullulans is present in the minority and Saccharomyces yeasts are probably present too. The technique remains open for further optimization, particularly as regards the conditions of polymerase chain reaction.
|
|
|
Identifikace bakterií mléčného kvašení v tvrdých sýrech s využitím amplifikačních metod
Herzogová, Jitka ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Diplomová práce byla zaměřena na identifikaci bakterií mléčného kvašení druhu Lactococcus lactis a poddruhů Lactococcus lactis ssp. lactis a Lactococcus lactis ssp. cremoris pomocí druhově a subdruhově specifické polymerázové řetězové reakce (PCR). Metoda PCR byla použita k identifikaci bakterií druhu Lactococcus lactis v 10 vzorcích tvrdých sýrů. Byl vypracován postup přípravy vzorků tvrdých sýrů pro získání dostatečného množství buněk a přípravu hrubých lyzátů buněk. Celková DNA v kvalitě vhodné pro PCR byla izolována použitím magnetických částic P(HEMA-co-GMA) v přítomnosti polyethylenglykolu (PEG 6000) a chloridu sodného. Jako kontrola izolace byla použita DNA izolovaná metodou fenolové extrakce. PCR byla rovněž použita k analýze 7 kmenů Sbírky mlékařských mikroorganismů Laktoflora (CCDM). U těchto kmenů bylo subdruhově specifickou PCR prokázáno zařazení 5 kmenů do poddruhu Lactococcus lactis ssp. lactis a 2 kmenů do poddruhu Lactococcus lactis ssp. cremoris.
|
|
|
Probiotika a jejich využití v potravinářství
Diado, Aleksandra ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Probiotické bakterie jsou definovány jako živé mikroorganismy, které, pokud jsou konzumované ve stanoveném množství, mají zdraví prospěšné účinky. Většina probiotik patří k bakteriím rodu Lactobacillus a Bifidobacteria. Tyto a řada jiných mikroorganismů se v současnosti úspěšně využívají v průmyslu, včetně potravinářského. V potravinářství se probiotika využívají v první řadě v mléčných výrobcích a doplňcích stravy. Probiotické bakterie, lze stejně jako ostatní mikroorganismy, idenfikovat metodou PCR, která umožňuje amplifikovat specifické úseky DNA. Polymerázová řetězová reakce byla provedena po izolaci DNA z bakteriálních kulturních kmenů metodou fenolové extrakce. PCR pro doménu Bakteria byla použita pro ověření amplifikovatelnosti DNA a rodově specifická PCR pro důkaz přítomnosti bakterií rodu Lactobacillus.
|
|
|
Characterization of selected yeast strains from food
Ostrihoňová, Katarína ; Vítová, Eva (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
This bachelor´s thesis is focused on identification of yeasts of the cheeses by PCR-RFLP method and verifying the lipolytic activity of the yeast. In the theoretical part are processed basic information about yeast, their possible positive and negative effects on the quality of cheeses, the technology of production of cheeses, lipolysis and proteolysis in the cheese and of course of PCR-RFLP (The polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism). Experimental section shows the isolation of DNA, identification of DNA by PCR made by amplification 5,8S-ITS sections of DNA using primers ITS1 and ITS4. The amplified DNA was purified by ethanol and then was subjected to restriction analysis with the enzymes HaeIII, HinfI, HhaI, TaqI. Then there is listed detection of the PCR product and the restriction fragments by gel electrophoresis. Lengths of the fragments obtained after electrophoresis will be used to identify yeast species isolated from cheeses. In the second part of the thesis in the experimental part we have dealt with evidence of lipolytic activity of the yeast by test on Spirit blue agar.
|
host ::
RSS.