|
|
Neutral genetic variability and structure in chamois populations in Slovakia
Hájková, Andrea ; Zima, Jan (vedoucí práce) ; Kotlík, Petr (oponent)
Kamzík vrchovský tatranský (Rupicapra rupicapra tatrica) je endemickým poddruhom horského kopytníka vyskytujúceho sa na území Vysokých Tatier na Slovensku (a čiastočne v Poľsku). V druhej polovici 20. storočia sa na Slovensku uskutočnilo niekoľko introdukcií kamzíkov: kamzík vrchovský tatranský (z Vysokých Tatier) bol introdukovaný do Nízkych Tatier, zatiaľ čo kamzík vrchovský alpský (R. r. rupicapra) bol introdukovaný do Veľkej Fatry a Slovenského raja. Vysokotatranská populácia prekonala niekoľko výrazných poklesov početnosti (bottleneckov) a všetky ostatné slovenské populácie vznikli len z niekoľkých jedincov a teda boli vystavené efektu zakladateľa. Keďže Nízke Tatry, Veľká Fatra a Slovenský raj sú susediace pohoria, existuje možnosť migrácie a potenciálnej hybridizácie medzi poddruhmi. Cieľom tejto práce bolo štúdium neutrálnej genetickej variability a genetickej štruktúry populácií kamzíkov na Slovensku, so zameraním na detekciu prípadnej hybridizácie. Pre analýzy sme použili 18 mikrosatelitových lokusov a 193 vzoriek (95 tkanív a 5 vzoriek krvi, 88 vzoriek trusu a 5 vzoriek srsti). Vo všetkých populáciách bola zistená nízka genetická variabilita, pričom najnižšie hodnoty boli zaznamenané vo Vysokých Tatrách. Vysoké hodnoty fixačného indexu, počet privátnych alel, ako aj faktoriálna...
|
|
|
Genetická struktura mediteránních populací kaloně Rousettus aegyptiacus
Marešová, Tereza ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent)
6 Abstrakt Rod Rousettus představuje jediný rod kaloně, který se vyskytuje v Asii i v Africe a dosahuje severního okraje areálu čeledi. Toto neobvyklé rozšíření je spojeno se schopností echolokace, následným obýváním jeskyní a pravděpodobně s dalšími etologickými a termoregulačními adaptacemi k životu v poměrně chladném a suchém klimatu. Pro tuto studii byly použity metody k rozpoznání jednotlivých geneticky odlišných populací za účelem lepšího pochopení cest kolonizace a současného disperzního a migračního chování kaloně egyptského (Rousettus aegyptiacus) v Mediteránních a jim přilehlých oblastech. Moderními postupy populační a krajinné genetiky bylo analyzováno 553 jedinců ze 72 lokalit za použití 20 jaderných mikrosatelitů. Naše výsledky ukázaly významnou genetickou vzdálenost jedinců z východní Afriky a další dělení v severní části areálu. Výrazně se oddělují kyperské populace a pro vyšší K se dále vymezují kolonie z egyptských oáz. V rozporu s dosavadní taxonomií druhu je genetická blízkost populací z jihu Arabského poloostrova a ze Sinajského poloostrova. Naše zjištění upozorňují na roli mořských a pouštních oblastí jakožto bariér zabraňujících genovému toku a na vývoj populační struktury u kaloňů, která je v souladu s biogeografickými schématy známými v rámci dané čeledi i v dalších oblastech. Je...
|
|
|
Genetická variabilita a evoluční vztahy českých endemických zástupců rodu Dianthus
Kalůsková, Jana ; Suda, Jan (vedoucí práce) ; Chrtek, Jindřich (oponent)
Abstrakt Předkládaná diplomová práce se zabývá karyologickou, genetickou a fenotypovou variabilitou vybraných taxonů rodu Dianthus L. v České republice a sousedních zemích. Důležitou roli v evoluční historii rodu hrálo několik mikroevolučních procesů, jako jsou hybridizace, genomová duplikace či edafická speciace. Tyto procesy vedly ke vzniku velkého množství fenotypově podobných taxonů, které jsou často omezeny na malý areál. V České republice rostou 3 endemické hvozdíky a jeden subendemický. Tyto (pod)druhy posloužily jako modelová skupina pro studium mikroevolučních procesů v malých populacích. Práce se skládá ze tří částí, zabývající se každá jiným evolučním procesem: Dianthus arenarius subsp. bohemicus je kriticky ohroženou endemickou psamofytní rostlinou rostoucí na jediné původní lokalitě v Polabí sympatricky se široce rozšířeným D. carthusianorum. Hybridizace byla předpokládána na základě morfologických znaků, ale nebyla nikdy potvrzena jinou metodou. Vzhledem k odlišnému počtu chromozomů obou druhů byla hybridizace detekována pomocí průtokové cytometrie s barvivem DAPI (stanovení relativního obsahu DNA většiny rostliny z lokality). Na karyologicky potvrzených hybridech byly provedeny morfometrické analýzy a, s použitím sekvenace cpDNA, určen směr hybridizace. Výsledky ukázaly, že k...
|
|
|
Fylogeografie kudlanky nábožné (Mantis religiosa) ve střední Evropě
Urbánková, Hana ; Janšta, Petr (vedoucí práce) ; Kočárek, Petr (oponent)
Kudlanka nábožná (Mantis religiosa) je jediný zástupce z řádu Mantodea vyskytující se ve střední Evropě. V České republice je její výskyt vázán na xerotermní stepní lokality zejména v oblasti jižní Moravy. Nicméně v posledních letech se tento druh šíří směrem na sever nejen v rámci České republiky, ale i dalších států střední Evropy. Tato práce je zaměřena na fylogeografii tohoto druhu na základě genetických markerů. Z výsledků vyplývá, že v Evropě se vyskytují pravděpodobně nejméně tři linie šíření kudlanek, které by mohly odpovídat glaciálním refugiím. První linie se šíří nejspíše z Pyrenejského ostrova, druhá linie má své centrum zřejmě někde v oblasti Krymu a poslední, třetí linii by bylo možné považovat za balkánskou linii. Rovněž bylo otestováno 9 funkčních mikrosatelitových lokusů, které budou v budoucnu sloužit k podrobnějšímu a přesnějšímu zjišťování šíření kudlanek z možných refugií. Klíčová slova: Mantis religiosa, mtDNA, mikrosatelity, šíření, fylogeogragie, fylogeneze.
|
|
|
Rozsah a dynamika hybridizace orobinců Typha latifolia a T. angustifolia - rozdíly mezi Evropou a Severní Amerikou
Mašterová, Helena ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Hroudová, Zdenka (oponent)
Mezidruhová hybridizace je u rostlin velmi rozšířený jev, který hraje důležitou roli v evoluci. Může vést ke vzniku nových druhů a je považována za jeden z procesů, který se podílí na vzniku invaznosti. V Severní Americe se vyskytují dva druhy orobinců, původní a široce rozšířený druh Typha latifolia (orobinec širokolistý) a pravděpodobně nepůvodní a méně rozšířený druh T. angustifolia (orobinec úzkolistý). Předpokládá se, že T. angustifolia byl neúmyslně zavlečen prvními Evropany na východní pobřeží kontinentu a odtud se šířil dále na západ. Šíření bylo doprovázeno rozsáhlou hybridizací s T. latifolia za vzniku silně invazního hybrida T. ×glauca, který se skrze vegetativní růst rychle šíří a vytváří husté monotypické porosty, které vytlačují rodičovské druhy i druhy původní. Oba druhy se vyskytují i v Evropě, ale nikdy nebylo prozkoumáno, zda k tak rozsáhlé hybridizaci dochází i na území Evropy.
|
|
|
Genetická variabilita sysla obecného (Spermophilus citellus) v České Republice
Starcová, Magda ; Vohralík, Vladimír (vedoucí práce) ; Kotlík, Petr (oponent)
Sysel obecný (Spermophilus citellus) je podle zákona o ochraně přírody i podle Červeného seznamu kriticky ohroženým druhem. V České republice, která představuje severozápadní okraj jeho areálu rozšíření, se sysel v současnosti vyskytuje na 34 lokalitách, které jsou poměrně malé a vzájemně izolované. Do střední Evropy se tento druh rozšířil v souvislosti s neolitickou deforestací. Disjunktní typ distribuce sysla byl způsoben výrazným poklesem jeho početnosti během druhé poloviny 20. století v důsledku změn polního hospodaření, fragmentace krajiny a dalších faktorů. Lze předpokládat, že tento proces zanechal stopy na genetické struktuře našich populací. Hlavním cílem této práce byla podrobná analýza genetické variability populací sysla obecného na území České republiky a hledání korelací s dostupnými údaji o jeho biologii a demografii. Bylo použito 13 mikrosatelitových lokusů a zpracováno celkem 408 vzorků z 27 lokalit v ČR a 3 vzorky z 1 lokality v Maďarsku jako outgroup. Pomocí různých přístupů byly odhaleny detaily o substruktuře a diferenciaci jednotlivých populací, genetické variabilitě, míře inbreedingu a geografické distribuci genetické variability. Mezi studovanými populacemi byla nalezena signifikantní genetická diferenciace, západo-východní gradient v genetickém složení populací a zóna přechodu mezi...
|
|
|
Taxonomy and variability of selected Sorbus taxa
LEPŠÍ, Martin
Tato dizertační práce je biosystematická studie zaměřená na taxonomii a variabilitu vybraných taxonů rodu Sorbus, který je jedním z nejvíce diverzifikovaných a taxonomicky nejvíce komplikovaných rodů cévnatých rostlin v Evropě. Tradiční a moderní biosystematické metody - klasické srovnávací studium, počítání chromosomů, analýza variability jaderných mikrosatelitů, průtoková cytometrie a mnohorozměrná a obrysová morfometrická analýza byly použity při hodnocení morfologické, karyologické a genetické variability. Finální syntéza výstupů z těchto analýz vedla k popisu několika nových taxonů pro vědu (druhů, hybridů a podrodu) a k opravě několika taxonomických omylů. Pro odhalení evolučních procesů vedoucích ke vzniku pozorované variability byly pomocí analýzy semen a pylu průtokovým cytometrem studovány reprodukční systémy 42 taxonů rodu Sorbus. Kromě odhalení hlavních trendů, studie odkrývá frekvenci vzácných událostí a poskytuje několik nových závěrů, které jsou významné jak pro rod Sorbus a čeleď růžovité tak obecně pro apomixi.
|
|
|
Dříve evoluční zatracenci, nyní tvůrci reprodukční strategie: původ a reprodukce samčí linie vodních skokanů Pelophylax esculentus
Doležálková, Marie ; Choleva, Lukáš (vedoucí práce) ; Mikulíček, Peter (oponent) ; Kratochvíl, Lukáš (oponent)
Asexuální způsoby reprodukce jsou obvykle založeny na principu kopírování (klonování) samičí DNA do potomstva. U většiny asexuálně se množících obratlovců se potomstvo vyvíjí z neredukovaného a často neoplozeného vajíčka. Umožňuje to mechanismus partenogenetické a gynogenetické reprodukce. Zatímco v prvním případě se klonální pohlavní buňka vyvíjí spontánně a samostatně, v druhém případě je zapotřebí pohlavní partner, který aktivuje rýhování vajíčka. Ani v jednom případě však nedochází k oplodnění (splynutí spermie s vajíčkem). Klonální potomstvo proto tvoří výhradně dcery a dosavadní výzkum probíhal jen na asexuálních liniích samičího pohlaví. Vzácně mohou vznikat při pravém oplodnění klonálního vajíčka asexuální samci, ti však bývají často neplodní. Na světě jsou známí diploidní zástupci pouze tří rodů obratlovců hybridního původu, kteří disponují plodnými asexuálními samci. Jedním z nich jsou evropští zelení vodní skokani rodu Pelophylax, žijící také na území České republiky. V oblastech kolem horního toku řeky Odry byly nedávno objeveny populace hybridních samců, kteří po vzoru asexuálních samic vytváří stabilní vše-samčí linie. Výsledky této studie ukázaly, že samci tvoří klonální spermie procesem hybridogeneze, během níž je z pohlavních buněk vymazán genom matky. Pravou fertilizací dochází k oplodnění...
|
|
|
Genetická struktura lokálních plemen domestikantů
Neradilová, Silvie ; Baranyiová, Eva (vedoucí práce)
Přechod od výhradně loveckého způsobu života k počátkům zemědělství byl zásadním zlomem pro člověka a vývoj civilizace. Tato doba byla příhodná pro domestikační procesy. Prvními domestikanty vůbec byli psi. Jejich chov je spojován s obranou sídel, ale především dobytka, pomáhají také při pastevectví a lovu potravy, a v některých kulturách jsou dodnes sami zdrojem potravy. Nejnovější trendy vedou k šlechtění nových ras a rozdělování původní genetické rozmanitosti do menších uzavřených skupin, kde následně dochází ke zvyšování homozygotnosti a projevu recesivně podmíněných onemocnění. Nejvýrazněji se tyto efekty uplatňují u malých lokálních plemen, které mají malou populační velikost. Globální ochranou genetické diverzity skotu, drůbeže a prasat se již zabývalo mnoho studií, zřejmě z důvodů vysoké ekonomické hodnoty těchto živočichů. Impakt domestikovaných šelem na člověka je však srovnatelný a vzhledem k rostoucímu trhu v oblasti veterinárních služeb je potřeba ochraňovat dostatečnou genetickou variabilitu různých unikátních ras. Cílem zadané práce je srovnat vybraná lokální plemena psů z různých oblastí původu, vyhodnotit jejich celkovou genetickou diverzitu, zjistit výskyt kandidátních typů onemocnění a porovnat jejich frekvenci u těchto plemen. Ze získaných parametrů doporučit vhodné postupy k ochraně genofondu těchto unikátních ras. Bude vybráno středoevropské plemeno (např. Český fousek), subtropické plemeno (např. šarplaninec), tropické kontinentální plemeno (např. Basenji), tropické ostrovní plemeno (např. Novoguinejský zpívající pes). Materiál bude sbírán na výstavách a ve spolupráci s lokálními chovateli. Vzorky budou zpracovány klasickými postupy populační genetiky v laboratoři molekulární genetiky FTZ ČZU.
|
|
|
Genetická diverzita v populaci západního poddruhu antilopy Derbyho (Taurotragus derbianus derbianus) chované v polozajetí v Senegalu, fylogenetické vztahy mezi západním (T. d. derbianus) a východním poddruhem antilopy Derbyho (T. d. gigas)
Zemanová, Hana ; Lukešová, Daniela (vedoucí práce) ; Jarmila, Jarmila (oponent)
Zástupci čeledi Bovidae jsou předmětem mnoha výzkumů, které se zabývají jejich fylogenezí, taxonomií, časem divergence, nebo genetickou diverzitou. Taxonomie se řeší pomocí srovnání morfologických znaků nebo genetickými metodami, genetická diverzita může být zjištěna analýzou rodokmenu nebo taktéž genetickými analýzami. Tragelaphinae čítají devět druhů v rámci dvou rodů Tragelaphus sp. a Taurotragus sp. Antilopy rodu Taurotragus (T. derbianus and T. oryx) patří mezi největší antilopy světa. Antilopa Derbyho (Taurotragus derbianus) má dva poddruhy, západní (T. d. derbianus) a východní (T. d. gigas), které se rozlišují na základě morfologických znaků. Západní poddruh antilopy Derbyho (T. d. derbianus) patří ke kriticky ohroženým živočichům. Jediná populace tohoto druhu, čítající méně než 200 jedinců, žije národním parku Niokolo Koba v Senegalu. Pro záchranu tohoto poddruhu byl v roce 2000 založen chov v polozajetí. Vznikl za účasti šesti zakladatelů (jednoho samce a pěti samic), u kterých předpokládáme, že nejsou příbuzní. Populace v roce 2013 čítá 95 jedinců, žijících v sedmi stádech v rezervacích Bandia a Fathala v Senegalu. Populace je spravována managementem, který se snaží minimalizovat příbuznost jedinců. V roce 2008 byla vytvořena plemenná kniha antilopy Derbyho (T. d. derbianus), která je každoročně publikována. Jedná se o malou populaci s nízkým počtem zakladatelů a bez genového toku, ohroženou inbreedingem a genetickým driftem. Genetická diverzita této populace byla zhodnocena pomocí mikrosatelitních markerů a výsledky této analýzy byly porovnány s výsledky analýzy rodokmenu. Analýza rodokmenu ukázala největší genetickou diverzitu v generaci zakladatelů (FOUNDERS). V generaci potomků zakladatelů (OFFSPRING 1; narozených v sezóně 2007/2008) genetická diverzita klesla díky tomu, že reprodukce se účastnil jediný samec. V další generaci potomků, tj. mláďat potomků zakladatelů (OFFSPRING 2; narozených v sezóně 2009/2010) diverzita vzrostla díky zapojení více jedinců do reprodukce. Pro genetickou analýzu bylo vybráno patnáct jedinců a pět polymorfních mikrosatelitních lokusů (z celkového počtu třinácti testovaných). Byly hodnoceny parametry genetické diverzity (HE a HO, Ar a odchylky od Hardy-Weinbergovy rovnováhy, a FIS a FST).Nebyly zjištěny žádné odchylky od Hardy-Weinbergovy rovnováhy. Výsledky genetické analýzy potvrdily nejvyšší genetickou diverzitu u zakladatelů (FOUNDERS: Ar = 2.79; HE = 0.664; HO = 0.750; FIS = --0.154). V obou generacích potomků hodnoty alelické bohatosti a pozorované a očekávané heterozygotnosti klesly (Ar = 2.15; HO = 0.580; HE = 0.586 u OFFSPRING 1 a Ar = 2.14; HO = 0.370; HE = 0.480 u OFFSPRING 2). Oproti výsledkům analýzy rodokmenu nebylo pozorováno žádné zlepšení v generaci OFFSPRING 2. Výsledné hodnoty parametrů genetické diverzity byly celkem uspokojivé, navzdory nízkému počtu zakladatelů a páření příbuzných jedinců.
|
host ::
RSS.