|
|
Genetické mapování u rodu Xenopus
Seifertová, Eva
Mezi nejvýznamnější modelové organizmy v oblasti vývojové biologie patří bezesporu obojživelník Xenopus tropicalis. Jeho dřívější využití především v embryologickém výzkumu je v současnosti vytlačováno studiemi genetického a genomického charakteru. X. tropicalis má deset párů chromozómů v diploidním genomu a proto je pro tento typ výzkumu velmi vhodný. V posledních deseti letech byl jeho genom osekvenován, několikrát sestaven, vznikla provizorní genetická mapa a byla vytvořena i BAC knihovna mnohonásobně pokrývající genom. Přes veškeré úsilí se u tohoto druhu doposud nepodařilo sestavit kompletní mapu genomu. Ten i nadále zůstává organizován ve formě scaffoldů, které mají často neznámou polohu a i jejich sestavení zůstává i nadále sporné. Náš výzkum byl zaměřen na kompletaci genomu u druhu Xenopus tropicalis a na nové přístupy, které by bylo možné využít i u jiných druhů. Nejprve byla na základě vazebné analýzy a zjištěné fyzické polohy markerů sestavena genetická mapa. Ta nebyla zcela kompletní- nezahrnovala krátké raménko chromozómu 2 a rovněž 15 cM z p raménka chromozómu 7. Protože bylo zaplnění těchto oblastí klasickými metodami velmi obtížné, nebo ještě pravděpodobněji zcela nemožné, byla vynalezena nová metoda pro genetické mapování. Ta zahrnuje mikrodisekci zvolené oblasti, celogenomovou...
|
|
|
Genetické mapování u rodu Xenopus
Seifertová, Eva ; Krylov, Vladimír (vedoucí práce) ; Ráb, Petr (oponent) ; Marec, František (oponent)
Mezi nejvýznamnější modelové organizmy v oblasti vývojové biologie patří bezesporu obojživelník Xenopus tropicalis. Jeho dřívější využití především v embryologickém výzkumu je v současnosti vytlačováno studiemi genetického a genomického charakteru. X. tropicalis má deset párů chromozómů v diploidním genomu a proto je pro tento typ výzkumu velmi vhodný. V posledních deseti letech byl jeho genom osekvenován, několikrát sestaven, vznikla provizorní genetická mapa a byla vytvořena i BAC knihovna mnohonásobně pokrývající genom. Přes veškeré úsilí se u tohoto druhu doposud nepodařilo sestavit kompletní mapu genomu. Ten i nadále zůstává organizován ve formě scaffoldů, které mají často neznámou polohu a i jejich sestavení zůstává i nadále sporné. Náš výzkum byl zaměřen na kompletaci genomu u druhu Xenopus tropicalis a na nové přístupy, které by bylo možné využít i u jiných druhů. Nejprve byla na základě vazebné analýzy a zjištěné fyzické polohy markerů sestavena genetická mapa. Ta nebyla zcela kompletní- nezahrnovala krátké raménko chromozómu 2 a rovněž 15 cM z p raménka chromozómu 7. Protože bylo zaplnění těchto oblastí klasickými metodami velmi obtížné, nebo ještě pravděpodobněji zcela nemožné, byla vynalezena nová metoda pro genetické mapování. Ta zahrnuje mikrodisekci zvolené oblasti, celogenomovou...
|
|
|
Evoluce pohlavních chromozomů a karyotypu u ještěrů skupiny Laterata
Buchbauerová, Lucie ; Kratochvíl, Lukáš (vedoucí práce) ; Šťáhlavský, František (oponent)
Cílem této práce bylo shrnout dosavadní znalosti o karyotypu a pohlavních chromozomech u ještěrů skupiny Laterata a analyzovat získaná data pomocí fylogenetické analýzy. Karyotyp představuje soubor všech chromozomů v jádře buňky a jeho sledováním sledujeme i to, jak je v jádře genetická informace organizována a jak podléhá evoluci. Skupina Laterata obsahuje čtyři velké skupiny šupinatých plazů: Teiidae, Gymnophthalmidae, Amphisbaenia a Lacertidae. Všechny tyto skupiny mají geneticky určené pohlaví (GSD) a některé druhy mají rozeznatelné pohlavní chromozomy. Pokud jsou pohlavní chromozomy diverzifikovány (přítomny), u skupin Teiidae a Gymnophthalmidae jsou to XY, popřípadě neopohlavní chromozomy X1X1X2X2:X1X2Y. U skupin Amphisbaenia a Lacertidae určují pohlaví ZW pohlavní chromozomy, případně Z1Z1Z2Z2:Z1Z2W neopohlavní chromozomy. Fylogenetická analýza byla provedena v programu Mesquite a výstup z této analýzy představuje fylogenetický strom se dvěma charaktery, přičemž pro každý z nich byla použita metoda maximální parsimonie, pomocí níž se ve stromě pro každou větev vypočítaly nejpravděpodobnější ancestrální stavy. Klíčová slova: karyotyp, pohlavní chromozom, fylogeneze, plazi, ještěři
|
|
|
Molekulárně-cytogenetická analýza adaptivní radiace gekonů rodu Paroedura (Squamata:Gekkota)
Koubová, Martina ; Kratochvíl, Lukáš (vedoucí práce) ; Šťáhlavský, František (oponent)
Rod Paroedura tvoří 17 dosud popsaných druhů endemických na Madagaskaru a Komorských ostrovech, kde prodělali výraznou adaptivní radiaci. Rod je monofyletický a existuje pro něj dobře podpořená hypotéza o fylogenetických vztazích. Jednotlivé druhy se podstatně liší velikostí i tvarem těla a typem habitatu, některé druhy se vyskytují sympatricky. Rod Paroedura patří do cytogeneticky málo prozkoumané čeledi Gekkonidae, která vykazuje vysokou variabilitu ve způsobech určování pohlaví a na rozdíl od bazálních linií gekonů značnou variabilitu v počtu a morfologii chromozomů. Dosud byly publikovány karyotypy pouze dvou druhů rodu (P. picta, P. sp.). Cílem mé diplomové práce bylo popsat karyotypy obou pohlaví všech dostupných zástupců rodu pomocí klasických i molekulárně cytogenetických metod, provést fylogenetickou analýzu karyotypové evoluce a chromozomálních přestaveb v rámci rodu za účelem posouzení významu těchto přestaveb během adaptivní radiace, a snaha detekovat pohlavní chromozomy. Podařilo se mi získat karyotypy obou pohlaví u devíti druhů, zastupujících většinu hlavních fylogenetických linií rodu. Na základě výsledků můžeme rozdělit druhy do tří skupin podle diploidního počtu chromozomů a vzájemné podobnosti v morfologii makrochromozomů. U šesti druhů (P. masobe, P. karstophila, P. oviceps, P....
|
|
|
Evoluce vybraných karyotypových znaků u tetrapulmonátních pavoukovců
Jílková, Klára ; Král, Jiří (vedoucí práce) ; Marec, František (oponent)
Pavoukovci nejsou z cytogenetického hlediska příliš probádanou skupinou. Dosavadní studie naznačují vysokou diverzitu karyotypů i způsobů určení pohlaví pavoukovců. Předložená práce se zabývá evolucí pohlavních chromozomů, nukleolárních organizátorů (NOR) a telomerických repetic u tetrapulmonátních pavoukovců, a to především u vývojově původnějších skupin. Pohlavní chromozomy se nám podařilo detekovat u dvou řádů. Detekcí NORů u většího souboru druhů byla získána data podporující hypotézu, že ancestrální karyotyp pavoukovců obsahoval NOR na jednom páru autozomů. U některých skupin pedipalpidů docházelo v evoluci ke zvyšování počtu NORů. NORy se nachází u většiny tetrapulmonátních pavoukovců v terminálních nebo subterminálních oblastech. U zástupců všech tetrapulmonátních pavoukovců s výjimkou pavouků jsme potvrdili výskyt "hmyzího" telomerického motivu. S výjimkou jednoho druhu jsme neprokázali přítomnost intersticiálních telomerických repetic. Klíčová slova: pavoukovci, meióza, pohlavní chromozomy, telomery, nukleolární organizátor, heterochromatin
|
|
|
Evoluce karyotypů a určování pohlaví u leguánů (Squamata: Pleurodonta)
Altmanová, Marie ; Kratochvíl, Lukáš (vedoucí práce) ; Zrzavá, Magda (oponent)
Šupinatí plazi obecně vykazují nebývalou variabilitu v karyotypu a způsobech určování pohlaví. Z těchto dvou hledisek lze nicméně leguány (Pleurodonta) považovat za poměrně konzervativní skupinu ještěrů. Dosavadní poznatky o této skupině dokládají pouze genotypově určené pohlaví s XY systémem pohlavních chromosomů, avšak u řady cytogeneticky zkoumaných druhů nebyly pohlavní chromosomy odhaleny klasickými metodami, zřejmě z důvodu jejich homomorfie. Významnějsí variabilita v karyotypu byla pozorována pouze u druhově bohatých rodů Anolis, Liolaemus a Sceloporus. Cílem této diplomové práce bylo prozkoumat genom dostupných druhů hlavních leguáních linií za použití klasických i molekárně cytogenetických metod, pokusit se odkrýt synapomorfie v karyotypu hlavních monofil leguánů a odhalit pohlavní chromosomy. Během řešení tématu diplomové práce byl potvrzen již dříve publikovaný popis karyotypu u 13 studovaných druhů a pro dalších osm druhů byl nově stanoven základní popis karyotypu. Chromosomy všech zkoumaných jedinců byly prověřeny použitím metod klasické i molekulární cytogenetiky. Do analýzy bylo zahrnuto 21 druhů pokrývajících celkem osm leguáních čeledí. Většina zkoumaných druhů sdílela pravděpodobný ancestrální karyotyp (2n=36) této skupiny. Vyšetřením rozložení heterochromatinu na chromosomech a...
|
|
|
Proximátní kontrola pohlavního dimorfismu u živorodky Poecilia wingei
Farkačová, Klára ; Kratochvíl, Lukáš (vedoucí práce) ; Slavík, Ondřej (oponent)
Byl zkoumán efekt 17α-methyltestosteronu a 17β-estradiolu na pohlaví živorodých ryb Poecilia reticulata a P. wingei. Čerstvě narozenému potěru byl první a patnáctý den přidán do akvária roztok 2,5 mg testosteronu. Estrogen byl aplikován do potravy gravidních samic (400 mg/kg). V jednom, dvou a třech měsících věku bylo určeno pohlaví všech jedinců. K reverzi pohlaví nedošlo ani při podávání testosteronu, ani při podávání estrogenu, v tomto případě se rozmnožovací proces zastavil téměř u všech samic.
|
|
|
Evoluce pohlavních chromozomů a karyotypů u gekonů (Squamata: Gekkota)
Koubová, Martina ; Kratochvíl, Lukáš (vedoucí práce) ; Choleva, Lukáš (oponent)
Gekkota je početná a velmi rozmanitá skupina šupinatých plazů (Reptilia: Squamata) s téměř globálním rozšířením. O fylogenezi skupiny byla stanovena řada hypotéz, tradičně založených na morfologických poznatcích. Klíčový přerod ve fylogenetických vztazích skupiny nastal s příchodem molekulárních analýz, jejichž výsledky se oproti tradičnímu pojetí výrazně liší, a to i postavením základních vnitřních linií. Tento fakt má klíčový význam pro studium karyotypové evoluce skupiny. Za ancestrální karyotyp je považován karyotyp 2n=38 se všemi chromozomy akrocentrickými. U některých druhů zůstal tento karyotyp zachován, u jiných je prokazatelný vliv chromozomových přestaveb, kterým dominují Robertsonovské fúze a pericentrické inverze. Diploidní počet chromozomů v sadě se pohybuje od 16 k 46, ale nejběžnější je karyotyp o 38 chromozomech, převážně akrocentrických, postupně klesajících ve velikosti. Zajímavou charakteristikou skupiny je nebývalá variabilita ve způsobech určování pohlaví. Najdeme zde druhy s teplotně určeným pohlavím i druhy s genotypicky určeným pohlavím, a to obou typů XX/XY a ZZ/ZW. Data o pohlavních chromozomech jsou dosud známá pouze u 17 druhů. Pohlavní chromozomy se velmi liší v morfologii a dosud nebyla prokázána jejich homologie u žádných sesterských druhů. Vše nasvědčuje tomu, že ke vzniku...
|
|
|
Evoluce pohlavních chromozomů a karyotypů u leguánů (Squamata: Iguanidae sensu lato)
Altmanová, Marie ; Kratochvíl, Lukáš (vedoucí práce) ; Symonová, Radka (oponent)
Leguáni jsou značně diverzifikovanou skupinou šupinatých plazů (Reptilia, Squamata). Ačkoliv existuje dostatek fylogenetických studií, vztahy mezi hlavními liniemi jsou stále nejasné. Z cytogenetického hlediska je skupina poměrně konzervativní a vysoká karyotypová diverzita se vyskytuje pouze u tří druhově bohatých rodů: Anolis, Liolaemus a Sceloporus. Diploidní počet se pohybuje mezi 19 a 48 chromozomy. Za ancestrální je považován karyotyp 2n=36, s 12 makrochromozomy a 24 mikrochromozomy. Tvar makrochromozomů je převážně metacentrický, vzácněji se vyskytují akrocentrické či telocentrické chromozomy. Při přestavbách patrně dominují Robertsonovské přestavby, kdy počet ramének zůstává zachován. Byla zaznamenána nejen mezidruhová, ale i mezipopulační variabilita. Určení pohlaví se zdá být pro celou skupinu genotypické (GSD). Napříč skupinou pravděpodobně došlo několikrát nezávisle k diferenciaci pohlavních chromozomů. U 75 druhů z 219 karyotypovaných byly detekovány pohlavní chromozomy typu XX/XY nebo odvozený neopohlavní typ X 1X 1X 2X 2/X 1X 2Y. U jednoho druhu se vyskytl přechod z neopohlavních chromozomů zpět k typu XX/XY. Chromozom Y vykazuje morfologickou variabilitu ve velikosti i tvaru, od mikrochromozomu až po velký metacentrický makrochromozom. Homologii pohlavních chromozomů by bylo potřeba...
|
|
|
Evoluce způsobů určování pohlaví a genomů u šupinatých plazů (Reptilia: Squamata)
Pokorná, Martina ; Kratochvíl, Lukáš (vedoucí práce) ; Marec, František (oponent) ; Vyskot, Boris (oponent)
Evoluce způsobů určování pohlaví a genomů u šupinatých plazů (Reptilia: Squamata) Martina Pokorná disertační práce Abstrakt Disertační práce se zabývá evolucí způsobů určování pohlaví a genomů u šupinatých plazů. Jejím základem jsou tři publikované práce a dva rukopisy. Evoluce pohlavně determinačních mechanismů, pohlavních chromosomů a genomů a jejich uspořádání byla studována na širší fylogenetické úrovni všech šupinatých plazů se začleněním dalších linií plazů a také na menší škále jako podrobné srovnání uvnitř vybraných linií. Problematika byla studována klasickými cytogenetickými metodami a metodami molekulární cytogenetiky, zejména s použitím fluorescenční in situ hybridizace na různých úrovních. Výsledky byly interpretovány v rámci fylogenetických postupů. Práce přispívá k hlubšímu porozumění principů určování pohlaví a evoluce tohoto fenoménu nejen u šupinatých plazů, ale i u amniotických obratlovců. Na základě výsledků získaných při řešení problematiky je možné konstatovat, že pohlavní chromosomy vznikaly v evoluci v jednotlivých skupinách amniotických obratlovců nezávisle. Tento vznik je v některých případech následován akumulací mikrosatelitových sekvencí na pohlavních chromosomech, jejichž charakter však není společný pro pohlavní chromosomy u různých fylogenetických linií. Uspořádání genomů...
|
host ::
RSS.