|
|
Rychlá metodika pro rozlišení česneku (Allium sativum L.), typu český paličák, pomocí mikrosatelitních markerů: metodika pro praxi
Ovesná, Jaroslava ; Mitrová, Katarína ; Kučera, Ladislav
Cílem této metodiky bylo ověřit a sestavit soubor mikrosatelitních markerů pro účely ověření, které je třeba použít pro nespornou identifikaci vybraných druhů česneku typu český paličák. Předmětem metodiky je jednoduchý postup pro určení česneků typu český paličák pomocí analýzy mikrosatelitů (SSR- Single Sequence Repeats), který je využitelný zkušebními laboratořemi v praxi. Popsaná metoda umožňuje identifikovat odrůdy a novošlechtění českého česneku typu paličáku pomocí DNA markerů (alel mikrosatelitů), které jsou přítomny pouze u této skupiny odrůd a novošlechtění česneku. Podstatou je amplifikace úseků genomu obsahující daný mikrosatelitní lokus pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR) při použití specifických, flourescenčně značených primerů a následná analýza délky produktů PCR. Metodika nově přináší unikátní soubor diagnostických SSR markerů, postup hodnocení a interpretace výsledků.
Plný text:  PDF
|
|
|
Genetická variabilita a evoluční vztahy českých endemických zástupců rodu Dianthus
Vítová, Jana
Předkládaná diplomová práce se zabývá karyologickou, genetickou a fenotypovou variabilitou vybraných taxonů rodu Dianthus L. v České republice a sousedních zemích. Důležitou roli v evoluční historii rodu hrálo několik mikroevolučních procesů, jako jsou hybridizace, genomová duplikace či edafická speciace. Tyto procesy vedly ke vzniku velkého množství fenotypově podobných taxonů, které jsou často omezeny na malý areál. V České republice rostou 3 endemické hvozdíky a jeden subendemický. Tyto (pod)druhy posloužily jako modelová skupina pro studium mikroevolučních procesů v malých populacích. Práce se skládá ze tří částí, zabývající se každá jiným evolučním procesem: Dianthus arenarius subsp. bohemicus je kriticky ohroženou endemickou psamofytní rostlinou rostoucí na jediné původní lokalitě v Polabí sympatricky se široce rozšířeným D. carthusianorum. Hybridizace byla předpokládána na základě morfologických znaků, ale nebyla nikdy potvrzena jinou metodou. Vzhledem k odlišnému počtu chromozomů obou druhů byla hybridizace detekována pomocí průtokové cytometrie s barvivem DAPI (stanovení relativního obsahu DNA většiny rostliny z lokality). Na karyologicky potvrzených hybridech byly provedeny morfometrické analýzy a, s použitím sekvenace cpDNA, určen směr hybridizace. Výsledky ukázaly, že k hybridizaci...
|
|
|
Phenotypic variability and evolutionary relationships among populations of Primula elatior along an altitudinal gradient
Konečná, Veronika ; Kolář, Filip (vedoucí práce) ; Mandák, Bohumil (oponent)
Primula elatior představuje slibný model pro studování fenotypové plasticity a genetické variability v populacích podél výškového gradientu. Fenotypová plasticita se projevuje zejména vysokou variabilitou listové morfologie. Genetická struktura populací P. elatior nebyla dosud dostatečně studována, prvotní studie však nasvědčují na potencionálně velkou vnitrodruhovou genetickou variabilitu. Z tohoto důvodu bylo prvním cílem mé práce odhalit genetickou strukturu, stejně tak jako morfologickou a cytologickou variabilitu populací P. elatior ve střední Evropě a zároveň poskytnout porovnání se dvěmi vnitrodruhovými taxony z jihovýchodní Evropy. Pro určení role altitudiální diferenciace na genetickou strukturu populací jsem zvolila tři horské regiony. V neposlední řadě jsem zhodnotila taxonomický status krkonošského endemita Primula elatior subsp. corcontica. Ke zhodnocení variability populací druhu P. elatior byly použity analýzy mikrosatelitů, multivariační morfometrické analýzy a průtoková cytometrie. Pomocí genotypování 12 jaderných mikrosatelitových lokusů jsem odhalila šest hlavních genetických skupin s jasnou separací subsp. intricata na studovaném území střední a jihovýchodní Evropy. Následně jsem se zaměřila na území střední Evropy, kde byly ve třech hlavních horských regionech (Jeseníky,...
|
|
|
Ohrožení jabloně lesní hybridizací s jabloní domácí
Portl, Jiří ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Prančl, Jan (oponent)
Tato bakalářská práce má za úkol shrnout všechny známé informace o hybridizaci (antropohybridizaci) jabloně lesní s jabloní domácí. Práce se dále zabývá převážné genetickými a morfometrickými metodami, které zatím byly při studiu hybridizace použity. Jabloň lesní (Malus sylvestris) je jediný původní druh rodu Malus v Evropě. Nicméně v posledních několika desítkách let jsou její populace ohroženy jabloní domácí (Malus ×domestica), jež pochází původně ze střední Asie. Často se ovšem dostává také do volné přírody, a tím i do užšího kontaktu s jabloní domácí, což umožňuje snazší hybridizaci těchto dvou dřevin. Tento proces vede k ubývání geneticky čistých jedinců jabloně lesní a pomalému šíření hybridních rostlin. Tento trend, který byl nazván antropohybridizací, lze pozorovat také například u rodu Prunus, kde dochází k hybridizaci mezi třešní křovitou Prunus fruticosa s třešní višní Prunus cerasus. Poslední studie však poukazují na další genetické aspekty jabloně domácí, a sice její vznik trojitou hybridizací. V posledních několika letech bylo prozkoumáno a analyzováno několik lokalit jabloně lesní v Evropě, aby se zjistilo jaký je stupeň antropohybridizace s jabloní domácí. Na těchto lokalitách byli pozorováni hybridi společně s geneticky potvrzenou jabloní lesní. Klíčová slova: jabloň lesní, jabloň...
|
|
|
Ekologické důsledky polyploidizace u mokřadní rostliny šmelu okoličnatého (Butomus umbellatus)
Rydlo, Jan ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Trávníček, Pavel (oponent)
Cílem této práce bylo srovnat environmentální požadavky, morfologické a biologické vlastnosti diploidního a triploidního cytotypu mokřadní rostliny šmelu okoličnatého (Butomus umbellatus) v oblasti Východoslovenské nížiny, kde tento druh tvoří unikátní cytotypově smíšené populace, a vyvinout primery pro variabilní mikrosatelitové lokusy vhodné k dalším populačně genetickým studiím. Celkem bylo objeveno 72 populací šmelu okoličnatého. Pomocí analýzy relativní velikosti genomu (průtoková cytometrie, FCM) bylo odhaleno 34 populací tvořených pouze triploidním cytotypem, 8 bylo tvořeno pouze diploidním cytotypem a 30 populací bylo smíšených. Ve smíšených populacích jsou počty jedinců obou cytotypů často velmi vyrovnané a tvoří prorůstající se kompaktní porosty. Na základě analýz environmentálních charakteristik lokalit cytotypů (PCA, RDA, ANOVA) nebyl prokázán rozdíl mezi stanovištními nároky diploidních a triploidních rostlin. Na základě morfometrických analýz (PCA, CDA) souboru znaků 36 diploidních a 54 triploidních rostlin byl ověřen rozdíl v morfologii obou cytotypů v přírodě. Po následném přesazení rostlin do kultivace a přeměření znaků se tento rozdíl ještě prohloubil. Nejspolehlivějším znakem, který odlišuje diploidní a triploidní rostliny je poměr šířky a délky vnitřního okvětního lístku, který...
|
|
|
Šíření kudlanky nábožné (Mantis religiosa) v Evropě
Vitáček, Jakub ; Janšta, Petr (vedoucí práce) ; Gvoždík, Václav (oponent)
Klimatické změny jsou jedním z hlavních faktorů určujících rozšíření živočichů. V Evropě jsme svědky šíření severním směrem u mnoha druhů hmyzu, které mají hlavní centrum rozšíření v mediteránní oblasti. Jedním z nich je i kudlanka nábožná (Mantis religiosa). Jde o jediný druh řádu Mantodea, který se vyskytuje i ve střední Evropě. Severní okraj evropského výskytu v současnosti prochází zhruba podél 53. rovnoběžky a právě zde tedy lze pozorovat jevy probíhající na okraji areálu. Ačkoliv jde o dobře známý druh, nebylo dosud věnováno mnoho pozornosti studiu jeho fylogeografie. Pro studium fylogeneze kudlanek nábožných byly zvoleny úseky tří mitochondriálních genů COI, COII a Cyt b. Výsledky provedených analýz ukazují tři statisticky dobře podpořené linie kudlanek v Evropě, které pravděpodobně odpovídají třem glaciálním refugiím, do nichž byly kudlanky zatlačeny v době posledního glaciálu a z nichž se po jeho skončení následně rozšířily. Jde o linii východoevropskou, západoevropskou a středoevropskou. Nízká haplotypová diverzita v populacích na severním okraji rozšíření ukazuje na nově vzniklé populace. Kvůli odlišnému typu dědičnosti jaderné a mtDNA byla zvolena též analýza čtyř mikrosatelitových lokusů, aby bylo možné porovnat výsledky získaných na nezávislých zdrojích genetických dat. Studium...
|
|
|
Molekulární typizace izolátů z komplexu Arthroderma benhamiae, původce epidemické zoonotické dermatofytózy v Evropě
Čmoková, Adéla ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Hrabák, Jaroslav (oponent)
Před několika lety byl druh Arthroderma benhamiae mezi klinickými mykology téměř neznámý, přesto dnes působí v České republice kolem 40 % dermatofytických infekcí přenesených ze zvířat na člověka. Rezervoárem druhu jsou především morčata a další hlodavci. Podobná situace je i v dalších státech střední a západní Evropy. Příčina výrazného nárůstu v incidenci infekcí zatím nebyla zjištěna, stejně jako nebyly navrženy dostatečně variabilní molekulární markery, které by tuto příčinu pomohly odhalit. Pro potřeby studie byly vybrány izoláty (n=268) z případů lidských i zvířecích dermatofytóz z ČR, Německa, Belgie, Švýcarska, Itálie, Japonska a USA. K odhalení vnitrodruhové variability bylo navrženo deset variabilních mikrosatelitních markerů a byla provedena sekvenční analýza dvou genetických lokusů (oblast ITS rDNA a gen gpdh). Studován byl také fenotyp kmenů na úrovni mikro- a makromorfologie, a růstové parametry kmenů při několika teplotách a na několika kultivačních médiích. Určeny byly i párovací typy jednotlivých izolátů a provedeny křížící pokusy mezi geneticky příbuznými i vzdálenými kmeny. Sekvenční analýza odhalila celkem 6 různých genotypů (SG1-SG6) mezi kmeny druhu A. benhamiae, většina (99%) kmenů patřila do 3 hlavních subpopulací: americko-evropské (SG1), evropské (SG2) a evropsko-japonské...
|
|
|
Systematika a fylogeografie diploidních zástupců druhového komplexu Arabidopsis arenosa
Hyklová, Lucie ; Záveská, Eliška (vedoucí práce) ; Krak, Karol (oponent)
Druhový komplex Arabidopsis arenosa je blízce příbuzný modelovému druhu Arabidopsis thaliana. Areál rozšíření diploidní linie pokrývá větší část střední a jihovýchodní Evropy s pozoruhodnou diverzitou ekologických nik od mořské hladiny po vysokohorské vrcholky. Genetické vztahy mezi diploidními populacemi A. arenosa stále nejsou příliš známé. Pomocí 14 jaderných mikrosatelitových markerů byla prozkoumána evoluční historie diploidního cytotypu napříč celým areálem rozšíření. V rámci komplexu Arabidopsis arenosa bylo objeveno 5 linií, které se vyskytují v biogeograficky odlišných oblastech. Tyto linie byly označeny jako Západní Karpaty, Východní Karpaty, Panonská nížina, Dinárské hory a Pobaltí (podle toho, ve kterém geografickém regionu se tyto linie nachází). Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Vnitřní struktura balkánského refugia na modelu Erinaceus roumanicus
Eliášová, Kristýna ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Zemanová, Barbora (oponent)
Tato práce byla zaměřená na popis prostorové distribuce genetické variability ježka východního (E. roumanicus) zejména v rámci Balkánského poloostrova a střední Evropy, neboť tyto oblasti jsou klíčové pro pochopení vlivů pleistocénních oscilací klimatu na genetickou architekturu druhu. Na základě této prostorové distribuce byly vytvořeny hypotézy ohledně možné strukturovanosti balkánského refugia. K analýze bylo použito celkem 260 jedinců a 9 mikrosatelitových lokusů. S pomocí postupů krajinné a populační genetiky bylo identifikováno několik možných izolovaných subpopulací v rámci zkoumaného areálu. Unikátní se ukázala být populace původem z Kréty, ovlivněná patrně mechanismy ostrovní evoluce. Výrazněji odlišná od zbytku areálu se jeví také populace z České republiky, nacházející se v sekundární kontaktní zóně s druhem E. europeaus, kde se mohou projevovat mezidruhové interakce a případná introgrese. V oblasti Rumunska a oblasti jihu Balkánského poloostrova byly identifikovány největší genetické distance mezi jedinci, související s výskytem geografických bariér a možnou přítomností glaciálního subrefugia. Další identifikované subpopulace pocházely z oblasti Slovenska a Maďarska, Slovinska, Chorvatska a Bosny a Hercegoviny, Rumunska a jihu Balkánského poloostrova. Klíčová slova: Balkánský...
|
|
|
O hybridním původu Chenopodium album
Kondrysová, Eva ; Mandák, Bohumil (vedoucí práce) ; Mráz, Patrik (oponent)
Práce se zabývá genetickou variabilitou a evolučními vztahy mezi vybranými druhy skupiny Chenopodium album a původem hexaploidního druhu Ch. album. Hlavní otázkou této studie bylo, zda na území České republiky dochází k recentnímu vzniku Ch. album s. str. ve smíšených populacích pěti druhů, reprezentovaných na diploidní úrovni druhy Ch. ficifolium a Ch. suecicum, na tetraploidní úrovni Ch. strictum a Ch. striatiforme a na hexaploidní úrovni druhem Ch. album. K zodpovězení těchto otázek byly použity mikrosatelitové markery, které jsou pro odhalení rodičovských linií vhodné. Jelikož pro danou skupinu nebyly vyvinuty žádné mikrosatelitové primery, bylo nutné si je na počátku studia vyvinout a to přenosem z blízce příbuzného druhu Ch. quinoa. Přenosem mikrosatelitových primerů se podařilo sestavit tři multiplex PCR, které byly testovány na reprezentativním vzorku, na kterém byla odhadnuta genetická variabilita mikrosatelitových lokusů. Pomocí optimalizovaných mikrosatelitových markerů bylo analyzováno celkem 911 jedinců nasbíraných z pěti lokalit v České republice. Výsledky analýz ukázaly na (1) vysokou mezidruhovou diferenciaci, (2) genový tok mezi druhy stejných ploidních úrovní, (3) přítomnost kříženců jak mezi diploidními druhy Ch. ficifolium a Ch. suecium, tak i mezi tetraploidními druhy Ch. strictum a Ch....
|
host ::
RSS.