|
Investigation of sugar modified pyrimidine nucleosides as potential inhibitors of Thymidine (TP) and Uridine (UP) phosphorylasis
Růžičková, Markéta ; Wsól, Vladimír (vedoucí práce) ; Boušová, Iva (oponent)
1 Abstrakt diplomové práce RŮŽIČKOVÁ M.; STUDIUM PYRIMIDINOVÝCH NUKLEOSIDŮ MODIFIKOVANÝCH NA CUKERNÉ ČÁSTI JAKO POTENCIÁLNÍCH INHIBITORŮ TYMIDIN (TP) A URIDIN (UP) FOSFORYLÁZY Klíčová slova: uridinfosforyláza, tymidinfosforyláza, nukleosid, inhibitor, protinádorová chemoterapie, substrátová specifita Práce se zabývá studiem nových potenciálních inhibitorů rekombinantní tymidinfosforylázy a uridinfosforylázy z bakterií E. coli a Salmonella typhimurium. Hlavním předmětem studia je určení kinetických parametrů přirozených substrátů (tymidinu a uridinu) pro rekombinantní TP a UP, určení role fosfátového aniontu v enzymatické reakci a a hledání nových inhibitorů TP a UP. Studium substrátové specifity a aktivity TP a UP za různých reakčních podmínek je důležité pro získání lepšího pohledu na jejich funkce a pro vytvoření nových struktur potenciálních inhibitorů. Stanovení Michaelisovy konstanty KM a limitní rychlosti Vmax bylo provedeno s využitím spektrofotometru Varian Cary-300 Bio. Pro grafické znázornění kinetických dat jsme využili Lineweaver-Burkův diagram. Dalším bodem mé práce bylo stanovení aktivity enzymů a jejich substrátové specifity pro některé pyrimidinové analogy pomocí HPLC analýzy reakčních směsí. Testované sloučeniny, 2'-O-metyluridin, 1-(ß-D-fruktofuranosyl)uracil, 2'- deoxy-2'-fluorouridin,...
|
|
Exprese vaskulárního endotelového růstového faktoru a jeho využití v cévním tkáňovém inženýrství
Mikulová, Barbora
Tato práce se zabývá expresí vaskulárního endotelového růstového faktoru (vascular endothelial growth factor, VEGF) a jeho využitím v tkáňovém inženýrství cévní stěny. V průběhu práce byla sledována interakce endotelových buněk s modifikovaným biomateriálem na bázi fibrinu, do kterého byl inkorporován růstový faktor cévního endotelu (VEGF-A121). Tato modifikace podpořila adhezi a růst endotelových buněk. Vaskulární endotelový růstový faktor VEGF-A121 je signální glykoprotein, který aktivuje transmembránové receptory na endotelových buňkách. VEGF-A121 je klíčovým regulátorem při vaskulogenezi, angiogenezi, proliferaci, migraci a přežití endotelových buněk. V rámci této práce byl tento protein heterologně exprimován s fúzním partnerem thioredoxinem v expresním systému E. coli Origami B (DE3). Rekombinantní VEGF-A121 byl navíc koexprimován s bakteriálními chaperony GroEL/GroES pro možné zvýšení jeho rozpustnosti a biologické aktivity. V další části této práce byla na povrchu polystyrenu katalytickým působením trombinu navázaným na adsorbovanou monovrstvu fibrinogenu připravena tenká fibrinová síť. Takováto síť byla dále obohacena o růstový faktor cévního endotelu (VEGF-A121), který do ní byl kovalentně inkorporován pomocí enzymové aktivity transglutaminasy (faktoru XIIIa). Poslední část je věnována...
|
|
Vliv optimalizace genu na rekombinantní expresi lidského cytochromu P450 3A4
Svobodová, Barbora ; Martínek, Václav (vedoucí práce) ; Bořek Dohalská, Lucie (oponent)
Cytochrom P450 3A4 je integrální protein vyskytující se v membráně endoplasmatického retikula. U člověka se v nejvyšší míře vyskytuje v jaterní tkáni. Je důležitým enzymem metabolismu xenobiotik. V procesech biotransformace přeměňuje zhruba polovinu všech používaných léčiv. Hlavním cílem diplomové práce bylo ověřit vliv genové optimalizace na heterologní expresi lidského cytochromu P450 3A4. Při řešení práce byly nejprve připraveny a ověřeny expresní konstrukty založené na vektoru pET22b. Byla porovnána efektivita exprese zkrácené formy zájmového proteinu za použití syntetického genu optimalizovaného pro produkci v hostitelském organismu odvozeném od parentálního kmene K-12 vůči produkci stejně zkráceného cytochromu P450 3A4 v témže vektoru ovšem s originálním lidským genem získaným z cDNA. Bylo potvrzeno, že optimalizace nukleotidové sekvence genu pro hostitelský organismus E. coli skutečně činnost exprese zkrácené formy proteinu zvyšuje, i když množství aktivní formy proteinu nedosahuje výtěžků obvyklých u jiných netoxických solubilních proteinů. Kromě toho byl učiněn pokus o produkci kompletní nezkrácené formy lidského cytochromu P450 3A4 v expresním vektoru pET22b. Množství této formy proteinu přítomné v bakteriální membránové frakci však bylo ve srovnání se zkrácenou formou mnohem nižší....
|
|
Studies of NK cell receptors and other proteins using recombinant expressions and mass spectrometry
Kavan, Daniel
Receptor CD69 je považován za marker aktivovaných lymfocytů a je exprimován na všech místech aktivní imunologické odpov diě . Fyziologicky se vyskytuje jako disulfidicky vázaný homodimer, ovšem z modelu je patrné, že k dimerizaci krom disulfidického m stku značnou mírou p ispívá také kontaktě ů ř Q93 jedné a D88 spolu s E87 na druhé podjednotce a ješt výrazn jiě ě R134 jedné a A136 a Y135 druhé. Na základ tohoto pozorování byly Q93, R134 nebo oboje mutoványě na alaniny a následn ukázáno, že jako monomer se chovala jen dvojnásobn zmutovanáě ě forma. Tato skutečnost m la také významný vliv na vazbu sacharidových ligand , neboě ů ť monomerní forma vykazovala výrazn nižší afinitu ke GlcNAcu (ě Kd ádov 10ř ě -5 M), než forma dimerní (Kd ádov 10ř ě -6 M) nebo dokonce delší kovalentn dimerní konstruktyě (Kd ář dov 10ě -7 M). Oproti pozorovanému kratšímu času eluce z gelov filtrační kolonyě po vysycení receptoru ligandem (GlcNAc), který by mohl naznačovat zm nu struktury,ě však experimenty v analytické ultracentrifuze neukázaly žádnou zm nu sedimentačníhoě koeficientu, podobn ani porovnání nam ených HSQC NMR spekter p ed a po vysyceníě ěř ř ligandem neodhalily žádné výrazné zm ny.ě Vodíko-deuteriová vým na je chemický d j, p i kterém je kovalentně ě ř ě vázaný atom vodíku vym n n za deuterium, nebo...
|
|
Hledání lidských bílkovin ovlivňujících funkci IRES viru hepatitidy typu C
Roučová, Kristina ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Virus žloutenky typu C (HCV) představuje celosvětově rozšířený patogen infikující až 3 % lidské populace. V posledních letech se výzkum nových léčiv proti tomuto viru zaměřuje na jednotlivé kroky v jeho životním cyklu, mimo jiné na iniciaci translace. V případě HCV je iniciace translace závislá na vnitřním vazebném místě pro ribozóm (IRES) a kromě složek translačního aparátu se na ní podílí i další buněčné komponenty tzv. IRES trans-účinkující faktory (ITAF). Tato práce navazuje na předchozí výzkum naší laboratoře zaměřený na hledání nových ITAF. Pro hledání potenciálních ITAF zvyšujících aktivitu IRES HCV byly připraveny nové rekombinantní plazmidové vektory, nové referenční kvasinkové kmeny a byly optimalizovány selekční podmínky připraveného sytému. Rozdíly v růstových vlastnostech referenčních kmenů byly zkoumány a kvantifikovány v selekčních i neselekčních podmínkách. Dále byla provedena série pilotních vysokovýtěžkových transformací kvasinkového kmene pJ69-4A, nesoucího bicistronní konstrukt s IRES HCV, lidskou expresní cDNA knihovnou s cílem optimalizovat transformační účinnost a selekční podmínky a v neposlední řadě i s cílem pokusit se identifikovat nové ITAF. Několik desítek náhodně vybraných klonů získaných v selekčních podmínkách z těchto transformací bylo podrobeno analýze růstových vlastností,...
|
| |
|
Vývoj protokolu pro transientní transfekci buněčné linie HEK293 EBNA1
Šmíd, Jiří ; Španová, Alena (oponent) ; Ševčík, Mojmír (vedoucí práce)
Rekombinantní proteiny patří mezi důležité biofarmaceutické produkty používané v biomedicínském výzkumu a při léčbě lidských nemocí. Rekombinantní proteiny lze produkovat ve velkém množství stabilní transfekcí nebo rychlejší cestou přechodné transfekce s menšímy výtěžky. Pro zajištění správné biologické aktivity musí protein být náležitě poskládán a posttranslačně modifikován. Jelikož může být těchto modifikací dosaženo pouze expresí v savčích buňkách, staly se hlavním hostitelem expresí komplexních rekombinantních proteinů. V této diplomové práci je popsána přechodná transfekce buněk HEK 293 EBNA1 za použití lineárních polyethyleniminů (PEI). Tyto buňky byly předem adaptované na suspenzní kultivaci v médiu bez séra. Buňky byly transfekovány plasmidy pcDNA3.1, pCI, pEBSV1, pCEP4, pEAK8 a pcDNA5/FRT/TO, všechny nesly reporterový gen SEAP. K porovnání účinností jednotlivých transfekcí byly měřeny koncentrace exprimované alkalické fosfatázy (SEAP) v buněčném supernatantu. Dalším faktorem, který byl optimalizován, byl použitý poměr DNA:PEI; rovněž byly vzájemně srovnány účinnosti transfekcí při použití dvou různých polyethyleniminů. Nejvyšší dosažená exprese byla 50 mg/l SEAPu při transfekci ve 24 jamkových deskách za poměru DNA:PEI 1:5. Při porovnání všech šesti plasmidů měl nejvyšší expresi plasmid pCEP4/SEAP a to i při převedení transfekčního systému do většího objemu.
|
|
Vlastnosti exkrečně-sekrečních proteinů motolice Fascioloides magna.
Beránková, Kateřina ; Kašný, Martin (vedoucí práce) ; Horn, Martin (oponent)
Fascioloides magna (motolice velká), původem severoamerická jaterní motolice, byla poprvé zaznamenána v České republice již v roce 1930. Tato silně patogenní motolice parazituje především u jelenovitých, ale dokáže napadat i hospodářská zvířata. Exkrečně-sekreční produkty (ES produkty) zahrnují směs biomolekul z exkrečního a sekrečního systému, které se účastní mnoha biologických procesů v životním cyklu nejen fasciolidních motolic (např. migrace juvenilních motolic, únik před imunitním systémem hostitele či účast při trávicích procesech). Díky jejich antigením vlastnostem jsou tyto molekuly často využívány také pro imunodiagnostické účely. Exkrečně-sekreční proteiny z dospělců F. magna a komparativního příbuzného druhu Fasciola hepatica byly separovány a purifikovány pomocí základních biochemických metod (1D, 2D elektroforéza, iontově-výměnná chromatografie) a jejich aktivita byla potvrzena pomocí specifických (fluorogeních peptidových) a nespecifických (želatina) substrátů. Pomocí metod hmotnostní spektrometrie (MALDI TOF/TOF) byl jako nejvíce abundantní peptidolyticky aktivní protein z ES produktů F. magna identifikován katepsin L (FmCL). Rekombinantní analog FmCL byl připraven s využitím expresního systému Pichia pastoris, a aktivita rekombinantního enzymu byla potvrzena opět pomocí...
|
|
Rekombinantní probiotika
Surá, Tereza ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
V teoretické části se pojednává o současném stavu a výzkumu rekombinantních probiotik, jejich využitelnosti v potravinářství a zdravotnictví. Dále se zabývá jejich příznivými účinky na zdraví jedince. Experimentální část je zaměřena na identifikaci určitého bakteriálního kmene v probiotických doplňcích stravy. Z těchto výrobků byla izolována DNA pomocí magnetických mikročástic a následně analyzována pomocí polymerázové řetězové reakce.
|
|
Příprava rekombinantních růstových faktorů X. tropicalis a jejich charakterizace v testikulární tkáňové kultuře
Borecká, Marianna ; Krylov, Vladimír (vedoucí práce) ; Drobná Krejčí, Eliška (oponent)
V Laboratoři vývojové biologie se podařilo založit dlouhodobou kulturu z varlat druhu Xenopus tropicalis. Obsahuje převážně pre-Sertoliho buňky, jejichž podpůrná vyživovací vrstva umožňuje kultivaci kmenových buněk, pravděpodobně sprematogoniálních. Tato diplomová práce si kladla za cíl připravit dva růstové faktory, FGF2 (fibroblast growth factor 2) a GDNF (glial cell line-derived neurotrophic factor), a charakterizovat jejich vliv na zmíněnou kulturu během její kultivace. Faktory byly vybrány na základě teorie o mikroenvironmentální nice, podle které se FGF2 a GDNF jeví jako nejdůležitější pro proliferaci a sebe-obnovu spermatogoniálních kmenových buněk. V rámci diplomové práce se podařilo pomocí expresního plazmidu pET-15b získat rekombinantní FGF2. Jeho charakterizace v testikulární kultuře přinesla velmi překvapivé výsledky. Pre-Sertoliho buňky v jeho přítomnosti během týdenní kultivace odumíraly. Podobný výsledek byl zatím popsán pouze u kultury diferencujících osteoblastů. Další experimenty budou muset prokázat, zda se jedná o apoptózu a proč testikulární buňky reagují tímto způsobem. Klíčová slova: Xenopus tropicalis, FGF2, GDNF, SSC, pre-Seroliho buňky
|
host ::
