|
|
Proteom nádorové buňky a studium změn po působení protinádorových léčiv
Tylečková, Jiřina
Rakovina představuje velmi heterogenní skupinu onemocnění a výsledky v současnosti dostupné protinádorové léčby jsou vysoce variabilní s nedostatečnými počty vyléčených pacientů. Pro hledání a vývoj nových, selektivních a specifických, nádorových biomarkerů, které mohou být použity ke sledování stavu nemoci a terapie, se používá celá řada proteomických technik. S ohledem na výše zmíněné skutečnosti jsme se v této práci zaměřili na studium proteomu nádorových buněk a jeho změn po působení protinádorových léčiv se specifickým zaměřením na (a) odpověď ke konvenčním léčivům ze skupiny antracyklinů s přihlédnutím k jejich rozdílnému klinickému využití a (b) identifikaci nových terapeutických cílů v nádorových buňkách rezistentních k biologickým preparátům jako jsou inhibitory (b1) cyklin-dependentních kináz a (b2) Aurora kináz. V této studii jsme identifikovali několik klíčových aspektů, které se vztahovaly k účinkům daunorubicinu, doxorubicinu a mitoxantronu. Zaměřili jsme se na časné intervaly po působení léčiv, kdy je minimalizován vliv apoptózy, a nalezli jsme změny proteinů metabolických a celulárních procesů společné pro všechna tři léčiva. Podstatnější bylo pozorování signifikantních změn proteinů účastnících se tvorby metabolických a energetických prekurzorů, které byly specifické pro působení...
|
|
|
Vliv působení trávicího procesu zavíječe voskového (Galleria mellonella) na spory původce moru včelího plodu (Paenibacillus larvae).
MRÁZ, Petr
Tato práce se zabývá závažným včelím onemocněním, morem včelího plodu (MVP) a možnostmi kontroly této nemoci a je rozdělena na dvě části, teoretickou a experimentální. Teoretická část je zpracována formou rešerše a obsahuje 2 velké kapitoly. První pojednává o moru včelího plodu a původci onemocnění MVP,bakterii Paenibacillus larvae. Druhá část se zabývá zavíječem voskovým (Galleria mellonella). Experimentální část poté kombinuje tato témata ve snaze nalezení vztahu mezi zavíječem voskovým a P. larvae, který by mohl pomoci při kontrole MVP. Cílem práce bylo zjistit, zda je zavíječ voskový díky svému dobře přizpůsobenému trávicímu traktu, který dokáže rozložit i velmi stabilní látky, jako je včelí vosk, schopen narušit odolné vrstvy spory P. larvae, čímž by mohlo dojít ke změně klíčivosti těchto spor.
|
|
|
Identifikace PHA produkujících bakterií pomocí nástrojů molekulární biologie
Gajdová, Barbora ; Obručová,, Hana (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá identifikací bakterií, které jsou schopny produkce polyhydroxyalkanoátů (PHA). Mezi testovanými bakteriemi byli převážně zástupci rodu Pseudomonas, Lactobacillus, Bifidobacterium, dále vzorky z termofilní kultury a vzorky z přírodních zdrojů. Bakterie byly testovány pomocí molekulárně biologické metody PCR. Byla analyzována amplifikace genu kódujícího PHA syntázu (phaC). V první reakci byl detekován jak phaC gen zodpovědný za syntézu PHA, tak současně i 16S rRNA, který slouží jako ověření bakteriální DNA a u neznámých vzorků z přírodních zdrojů sloužil také jako způsob identifikace konkrétního kmenu. Jednalo se o multiplexní PCR, která využívala více primerů ve směsi pro PCR. Druhou reakcí byl hledán amplikon, který je specifický pro syntázu, jež katalyzuje biosyntézu mcl-PHA (phaC1). Přítomnost genu pro tvorbu PHA syntázy byla prokázána u 11 vzorků a těmi byly Bifidobacterium breve CCM 7825T, Lactobacillus rhamnosus CCM 1825T, Lactobacillus zeae CCM 7069T, Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus CCM 7190T, Lactobacillus plantarum CCM 7039T, Pseudomonas gessardii, Pseudomonas fulva, Arthrobacter protophormiae, Curtobacterium flaccumfaciens, Mycobacterium neoaurum a Staphylococcus lentus.
|
|
|
Vlastnosti exkrečně-sekrečních proteinů motolice Fascioloides magna.
Beránková, Kateřina ; Kašný, Martin (vedoucí práce) ; Horn, Martin (oponent)
Fascioloides magna (motolice velká), původem severoamerická jaterní motolice, byla poprvé zaznamenána v České republice již v roce 1930. Tato silně patogenní motolice parazituje především u jelenovitých, ale dokáže napadat i hospodářská zvířata. Exkrečně-sekreční produkty (ES produkty) zahrnují směs biomolekul z exkrečního a sekrečního systému, které se účastní mnoha biologických procesů v životním cyklu nejen fasciolidních motolic (např. migrace juvenilních motolic, únik před imunitním systémem hostitele či účast při trávicích procesech). Díky jejich antigením vlastnostem jsou tyto molekuly často využívány také pro imunodiagnostické účely. Exkrečně-sekreční proteiny z dospělců F. magna a komparativního příbuzného druhu Fasciola hepatica byly separovány a purifikovány pomocí základních biochemických metod (1D, 2D elektroforéza, iontově-výměnná chromatografie) a jejich aktivita byla potvrzena pomocí specifických (fluorogeních peptidových) a nespecifických (želatina) substrátů. Pomocí metod hmotnostní spektrometrie (MALDI TOF/TOF) byl jako nejvíce abundantní peptidolyticky aktivní protein z ES produktů F. magna identifikován katepsin L (FmCL). Rekombinantní analog FmCL byl připraven s využitím expresního systému Pichia pastoris, a aktivita rekombinantního enzymu byla potvrzena opět pomocí...
|
|
|
Analýza nízkomolekulárních proteinů metodou SDS-PAGE v ječmeni během sladování
Myslivcová, Pavla ; Svoboda, Zdeněk (oponent) ; Mikulíková, Renata (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá analýzou nízkomolekulárních proteinů v ječmeni během sladování metodou SDS-PAGE. Pozornost byla zaměřena na PR proteiny, konkrétně LTP proteiny a thioniny, které jsou zmiňovány v souvislosti s problematikou gushingu. Pro experiment byly použity vzorky ječmene, meziproduktů sladování a sladu odebíraných v 10 po sobě následujících dnech pro pokrytí celého procesu sladování. Celkem bylo analýze podrobeno 5 odběrů. Ze vzorků byly extrahovány proteiny, které pak byly separovány pomocí SDS-PAGE za použití Tris-tricinového pufrového systému. Ve výsledných gelech byly identifikovány proteinové linie LTP proteinů a thioninů. Pro posouzení vlivu sladování na tyto proteiny byly získány hodnoty relativní optické hustoty bandů vybraných proteinů. Byl sledován podobný charakter změny obsahu zmíněných nízkomolekulárních proteinů během sladování. To bylo následně potvrzeno nalezením statisticky významné pozitivní korelace mezi hodnotami relativní optické hustoty LTP proteinů a thioninů. Dále byla hledána souvislost mezi obsahem nízkomolekulárních proteinů a gushingovým potenciálem a mikrobiologickou kontaminací vzorků, která nebyla prokázána.
|
|
|
Dynamic spot analysis in the 2D electrophoresis gels images
Polášková, Lenka ; Provazník, Ivo (oponent) ; Nedvěd, Jiří (vedoucí práce)
The text briefly describes factors and parameters which influence the results of 2D electrophoresis focusing on image processing as one manner to reduce incorrect interpretation of its outputs. As dataset, image processing performance uses images from repeated execution of one experiment also known as multiplicates. Using multiplicates analysis it is possible to observe or lower the changes of one experiment and to compare them with outputs of other experiments. The aim of this work is to provide support for specialist who takes care about describing the character patterns located in electrophoretic images.
|
|
| |
|
|
Předzpracování obrazu 1D gelové elektroforézy
Svozilová, Veronika ; Škutková, Helena (oponent) ; Vítek, Martin (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je navržení algoritmu v prostředí MATLAB, který by umožňoval zpracování a vyhodnocení obrazu z 1D gelové elektroforézy. Jako první je popsána detekce vzorků vycházející z horizontální segmentace obrazu gelové elektroforézy, následuje detekce minimálních hodnot intenzity obrazu, dále vertikální segmentace a stanovení hranic vzorku v obraze. Závěrečná fáze zahrnuje testování metody na veřejně dostupných obrazech a zhodnocení výsledků.
|
|
|
Aplikace pro zpracování dat z oblasti genového inženýrství
Brychta, Jan ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Očenášek, Pavel (vedoucí práce)
Tato práce má několik cílů. Jedním z nich je seznámit s problematikou genového inženýrství, zejména pak s fragmentací DNA, makromolekulou DNA, metodami pro purifikaci a separaci nukleových kyselin, enzymy používanými k úpravám těchto kyselin, amplifikací a také seznámit se shlukovou a gradientovou analýzou. Dalším cílem je pak prostudovat existující nástroj a srovnat ho s návrhem vlastní aplikace, což si klade jako cíl třetí. S návrhem úzce souvisí poslední z cílů. Je jím samotná implementace a zápis, jak byla aplikace otestována s reálnými daty. Získané výsledky budou diskutovány, stejně jako možnosti dalšího rozšíření.
|
|
|
Kompenzace geometrického zkreslení obrazu gelové elektroforézy
Dvořáček, Tomáš ; Vítek, Martin (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá problematikou vzniku a kompenzace geometrických zkreslení u 1D elektroforézy na agarózovém gelu. Diplomová práce rozebírá problematiku příčin vzniku těchto deformací a shrnuje teorii, nutnou k jejich kompenzaci. Na základě takto získané teorie a vytvořených elektroforetických fantomů, obsahuje práce několik návrhů algoritmů pro kompenzaci vzniklých deformací. Tyto návrhy jsou dále přetvořeny do funkcí, které jsou spojeny do funkčního uživatelského rozhraní, sloužící k analýze obrazu gelu a pro kompenzaci geometrických deformací.
|
host ::
RSS.