|
Laboratorní diagnostika mykobakterií se zaměřením na bakteriologický průkaz
VELKOVÁ, Martina
Laboratorní metody hrají důležitou roli v diagnostice onemocnění. I když jsou v současné době k dispozici rychlé molekulárně - genetické metody a metody založené na imunitní odpovědi organismu, základní vyšetřovací metodou přímého průkazu stále zůstává mikroskopický a kultivační průkaz. Mikroskopie je základní metodou pro většinu patologických vzorků, především pro sputum. Citlivost této metody není vysoká, přesto je důležitá. Umožňuje rychle odhalit rozsáhlá klinicky i epidemiologicky závažná onemocnění. U kultivačního průkazu se za ?zlatý standard? považuje kultivace na pevných vaječných půdách. V současné době bývá doplňována kultivací v automatickém detekčním systému, který urychluje dobu detekce. Tato práce byla prováděna v období 1.1. - 6.6. 2013 v Nemocnici Č. Budějovice a.s. v Laboratoři lékařské mikrobiologie, Pracoviště bakteriologie. Do studie bylo celkem zahrnuto 400 sput, které byly zpracovány a vyšetřovány. Cílem bylo ověřit a porovnat účinnost dekontaminačních metod za použití HCl a NALC. Zároveň byla sledována výtěžnost a doba detekce v klasické kultivaci a v automatickém detekčním systému BACTECTM MGITTM 960. Automatický systém využívá neradiometrickou fluorescenční technologii. Kultivace probíhá v tekutém Middlebrook 7H9 médiu s přídavkem antimikrobiálních látek (polymyxin B, amfotericin B, kyselina nalidixová, trimetoprim, azlocilin). U klasické kultivace byly použity pevné vaječné půdy: Löwenstein-Jensenova a půda podle Ogawy. Jednotlivé výsledky pak ukazují, že u metody s HCl byla kontaminace celkem u 1 % vzorků. Pro jednotlivé metody pak v 5 % v BACTECTM MGITTM 960 a 4 % v klasické kultivaci. Ve srovnání u metody s NALC byla kontaminace celkem u 21 % vzorků a z toho pro jednotlivé metody 26 % v BACTECTM MGITTM 960 a 50 % v klasické kultivaci. Z těchto výsledků je tedy patrné, že metoda s NALC má nižší účinnost, podíl kontaminace oproti metodě s HCL se zvýšil o 20 %. Dekontaminační metoda s NALC je doporučena výrobcem pro BACTECTM MGITTM 960. Byla ale shledána nevyhovující a nebylo v ní možné nadále pokračovat. Porovnáním výtěžnosti a doby detekce izolovaných kmenů u jednotlivých metod bylo prokázáno, že BACTECTM MGITTM 960 vykazuje větší citlivost než klasická kultivace, neboť ze 17 celkem izolovaných kmenů BACTECTM MGITTM 960 zachytil 15 oproti 10 izolovaným kmenům v klasické kultivaci. Patrný je i výrazně kratší čas detekce pozitivních vzorků. Průměrný čas detekce u BACTECTM MGITTM 960 byl 16,2 dní, zatímco u klasické kultivace 31 dní. Potvrdilo se, že systém BACTECTM MGITTM 960 dosahuje lepších výsledků, ale optimalizace je dosaženo kombinováním obou používaných metod. Ze zpracovaných statistických údajů za období 2010 - 2012 je patrný pokles, ale k výraznému snížení nedochází. Znatelný je pouze pokles Mycobacterium bovis BCG, což se dá vysvětlit tím, že očkování proti tuberkulóze není již od roku 2011 prováděno plošně, ale podle nové platné legislativy pouze u rizikových skupin. Zajímavou skutečností je i to, že každoročně je v laboratoři nejvyšší záchyt ve věkové skupině nad 60 let.
|
|
Analýza metabolických efektů transkripčních faktorů chmelu (H. lupulus) u heterologního systému Petunia hybrida
MORAVCOVÁ, Vendula
Transformace rostlin je dnes klíčovou metodou v oblasti biologie rostlin a rovněž se jedná o jedinečný praktický nástroj v zlepšování odrůd kulturních rostlin. Při této práci byla snaha získat transgenní rostliny Petunia x hybrida obsahující transgen nptII (gen pro kanamycinovou rezistenci) pomocí nepřímé transformace s využitím bakterií Agrobacterium tumefaciens. V podmínkách in vivo byl ze semen vypěstován pokusný materiál v podobě rostlin Petunia x hybrida cv. Andrea. Pro pokusy byly použity tři různé konstrukty, a to HLWD40 3278-80 a HLbHLH 3577 a HLbHLH 3677 GFP. Z listů petúnií byly připraveny listové disky a byla provedena kokultivace na 1/2MS s bakteriemi nesoucími příslušné konstrukty. Kokultivace probíhala přes noc a následně byly přepasážovány na pevné regenerační medium. Z listových disků postupně vznikly kalusy (shluky buněk), na kterých regenerovaly nové rostliny. Na explantátech začaly během prvních 2-4 týdnů po transfromaci vznikat kalusy a během dalšího týdne bylo možné odebrat první regeneranty. Na jeden explantát připadlo průměrně okolo 7 regenerantů, přičemž explantáty regenerované konstruktem HLbHLH 3577 regenerovaly lépe než regeneranty transformované konstruktem HLWD 40 3278-80. Během transformace byly získány regeneranty. Pomocí ?tissue? PCR bylo zjištěno, že 15 rostlin nese gen pro kanamycinovou rezistenci. Účinnost transformace byla 3,75%. Úspěšná transformace by měla splňovat i podmínku, že transformované rostliny budou fertilní. Z tohoto důvodu byl udělán pokus křížení, kdy byly kříženy rostliny transformované Pap1 1527/2 a Pap1 1572/4 s rostlinami kříženými HLWD 40 3278-80. Na vyrostlých rostlinách byla provedena reakce PCR.
|
|
Návrh investiční strategie podniku
Svoboda, Filip ; Krátký, Petr (oponent) ; Čižinská, Romana (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá problematikou investiční strategie podniku. Cílem je navrhnout investiční portfolio, které bude splňovat požadavky firmy bez ohledu na její obchodní zaměření, bude efektivně využívat různých finančních instrumentů a zároveň bude splňovat požadavek likvidních peněz.
|
|
Localisation of Fluorescent Probes and the Estimation of Lipid Nanodomain Sizes by Modern Fluorescence Techniques
Šachl, Radek ; Hof, Martin (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent) ; Almgren, Mats (oponent)
iv Organizace Umeå University Department of Chemistry, Umeå, SE & Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Praha, CZ Typ dokumentu Disertační práce Datum vydání únor 2012 Autor Radek Šachl Název práce Lokalizace fluorescenčních značek a určování velikostí lipidových nanodomén pomocí moderních fluorescenčních metod Abstrakt Disertace je rozdělena do dvou hlavních částí. První část se zabývá lokalizací značek v lipidových/polymerních dvojvrstvách a v GM1 micelách. V práci prezentujeme nový přístup založený na přenosu/migraci elektronické energie (FRET/DDEM), jež umožňuje efektivně určovat vertikální pozici fluorescenčních molekul uvnitř lipidové dvojvrstvy. Tato metoda byla použita k lokalizaci nově syntetizovaných lipidových značek značených na konci sn-2 acylového řetězce s různou délkou v DOPC dvojvrstvách. Analytické modely popisující FRET existují pouze pro limitovaný počet základních geometrií. Kombinace FRETu s Monte Carlo simulacemi nicméně umožňuje lokalizaci značek v bicelách a v dvojvrstvách obsahujících póry, tj. v lipidových systémech s proměnlivým zakřivením a v nehomogenních lipidových útvarech. Tento přístup umožnil např. zjistit, zda kuželovitě tvarované značky mají zvýšenou afinitu k vysoce zakřiveným oblastem dvojvrstvy, což by umožnilo preferenční značení pórů. Lokalizovány byly rovněž...
|
|
Epitaxní růst z kapalné fáze
Nohavica, Dušan
Poměrně rozsáhlá přednáška shrnuje základní aspekty přípravy epitaxních vrstev z kapalné fáze (LPE), s důrazem ne deposici polovodičů. Jsou uvedeny způsoby dosažení maximální reprodukovatelnosti růstového procesu a účinnosti deposice. Důraz je rovněž kladen na rozbor mechanizmů tvorby dislokací v epitaxních vrstvách.
|
|
Zvýšení efektivity při svařování pecních konstrukcí
Rousová, Michaela ; Mrňa, Libor (oponent) ; Kubíček, Jaroslav (vedoucí práce)
Diplomová práce řeší možnosti zvýšení efektivity při svařování pecních konstrukcí. Malosériová výroba neposkytuje příliš mnoho možností k využití mechanizace anebo automatizace. Naopak při sériové výrobě se dá efektivita zvýšit použitím robotizovaného pracoviště. Při dostatečně vyráběném množství dochází po krátké době k ušetření nákladů a to hlavně nákladů mzdových. Z toho plyne krátká doba návratnosti investice. Ve firmě LAC se vyrábí tři typy výrobků. U laboratorních pecí je možné zvýšit efektivitu používáním přípravků. U ostatních standardních a atypických pecí je velmi obtížné navrhnout přípravky nebo polohovadla pro jejich rozmanité velikosti. Velkou komplikací je i umístění firmy ve druhém patře budovy. Nejvhodnějším výrobkem s ohledem na zvýšení efektivity při svařování je sériová výroba topidel. Pro tento typ lze zkrátit svařovací časy využitím robotizovaného pracoviště.
|
|
Moderní reverzní stacionární fáze na bázi silikagelu, oxidu zirkoničitého a organických monolitů:využití v analýze biologicky aktivních látek
Soukupová, Klára
Univerzita Karlova v Praze Přírodovědecká fakulta Katedra analytické chemie Moderní reverzní stacionární fáze na bázi silikagelu, oxidu zirkoničitého a organických monolitů; využití v analýze biologicky aktivních látek Synopse k disertační práci Praha 2008 Klára Soukupová Tato disertační práce byla vypracována na Katedře analytické chemie Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy v Praze v letech 2003 - 2008. Autor: Mgr. Klára Soukupová Školitelé: RNDr. Jana Suchánková-Sobotníková, Ph.D Doc. RNDr. Eva Tesařová, CSc. Praha 2008 1 OBSAH 1. Úvod 2 2. Cíle disertační práce 3 3. Výsledky a diskuze 4 4. Shrnutí 12 5. Citace 14 Příloha 1: Seznam publikací, přednášek a plakátových sdělení 15 Příloha 2: Curriculum Vitae 17 2 1. Úvod Vysokoúčinná kapalinová chromatografie (HPLC) je moderní instrumentální metodou se širokým spektrem využití převážně v oblasti aplikací analytické chemie. Z běžně používaných separačních módů je nejdominantnější reverzní kapalinová chromatografie (RP HPLC). Tato metoda je velmi žádaná především díky své separační účinnosti, spolehlivosti a velkému výběru stacionárních fází s odlišnými vlastnostmi. Nejpoužívanější stacionární fáze v RP HPLC jsou chemicky vázané fáze, které mají řadu výhod, mezi které patří jejich dobrá dostupnost, velké aplikační pole, rychlé ustavování rovnováhy a...
|
|
Moderní reverzní stacionární fáze na bázi silikagelu, oxidu zirkoničitého a organických monolitů:využití v analýze biologicky aktivních látek
Soukupová, Klára ; Sobotníková, Jana (vedoucí práce) ; Pacáková, Věra (oponent) ; Cvačka, Josef (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Přírodovědecká fakulta Katedra analytické chemie Moderní reverzní stacionární fáze na bázi silikagelu, oxidu zirkoničitého a organických monolitů; využití v analýze biologicky aktivních látek Synopse k disertační práci Praha 2008 Klára Soukupová Tato disertační práce byla vypracována na Katedře analytické chemie Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy v Praze v letech 2003 - 2008. Autor: Mgr. Klára Soukupová Školitelé: RNDr. Jana Suchánková-Sobotníková, Ph.D Doc. RNDr. Eva Tesařová, CSc. Praha 2008 1 OBSAH 1. Úvod 2 2. Cíle disertační práce 3 3. Výsledky a diskuze 4 4. Shrnutí 12 5. Citace 14 Příloha 1: Seznam publikací, přednášek a plakátových sdělení 15 Příloha 2: Curriculum Vitae 17 2 1. Úvod Vysokoúčinná kapalinová chromatografie (HPLC) je moderní instrumentální metodou se širokým spektrem využití převážně v oblasti aplikací analytické chemie. Z běžně používaných separačních módů je nejdominantnější reverzní kapalinová chromatografie (RP HPLC). Tato metoda je velmi žádaná především díky své separační účinnosti, spolehlivosti a velkému výběru stacionárních fází s odlišnými vlastnostmi. Nejpoužívanější stacionární fáze v RP HPLC jsou chemicky vázané fáze, které mají řadu výhod, mezi které patří jejich dobrá dostupnost, velké aplikační pole, rychlé ustavování rovnováhy a...
|
|
IEF and HPLC-based methods for efficient bacterial characterization
Kubesová, Anna ; Šalplachta, Jiří ; Moravcová, Dana ; Horká, Marie
Pectobacterium and Dickeya species are responsible for blackleg and tuber soft rot diseases on crop and ornamental plants. Recently, a more virulent and aggressive Dickeya type of E. chrysanthemi was described and it becomes serious problem for potato production in Europe. In this study, we suggest procedures using two commonly available laboratory techniques, gel isoelectric focusing and liquid chromatography, for differentiation and characterization of Pectobacterium and Dickeya species. We have confirmed that fingerprinting approach can be used for bacterial differentiation, which can be further used in rapid diagnosis of plant disease.
|
|
Silica-based monolithic capillary columns modified to zwitterionic stationary phase for hydrophilic interaction liquid chromatography
Moravcová, Dana ; Planeta, Josef ; Kahle, Vladislav ; Horká, Marie ; Roth, Michal
Zwitterionic monolithic capillary columns intended for isocratic gradient hydrophilic interaction chromatography (HILIC) separations are introduced. Silica-based capillary columns (150 mm x 0.1 mm) were prepared by acidic hydrolysis of tetramethoxysilane in the presence of polyethylene glycol and urea. The modification by a 3-(trimethoxysilyl)propyl methacrylate and then by a zwitterionic [2-(methacryloyloxy)ethyl]-dimethyl-(3-sulfopropyl)-ammonium hydroxide to HILIC stationary phase bearing sulfoalkylbetaine groups on its surface followed. Prepared columns were characterized in HILIC separation mode employing mobile phase containing 10% (v/v) of 5 mM ammonium acetate pH = 4.5 in acetonitrile. Comparison with the commercially available ZIC-HILIC® column (Merck SeQuant®) under the same separation conditions using a mixture of aromatic carboxylic acids as a sample was done on the basis of separation efficiency of tested columns as well as retention factors and peak asymmetry of individual solutes.
|
host ::
