|
Postranslational modifications in DNA damage response
Moudrý, Pavel ; Hodný, Zdeněk (vedoucí práce) ; Malcová, Ivana (oponent) ; Mistrík, Martin (oponent)
Náš genetický materiál je neustále vystavován působení mnoha faktorů a procesů, které představují enormní hrozbu pro naši schopnost přenášet genetickou informaci potomkům i pro naše vlastní přežití. Buňky mají mnoho mechanismů schopných detekovat a opravovat poškozenou DNA, souborně označovaných jako buněčná odpověď na poškození DNA (DDR). Aby došlo k optimalizaci oprav poškozené DNA a k potlačení jejích změn během normálních buněčných procesů, musí být DDR striktně regulována v čase i prostoru. Defekty v opravě DNA vedou ke genomové nestabilitě a v konečném důsledku až k rozvoji nádorových a neurodegenerativních onemocnění. Tato práce je kompilací výsledků čtyř projektů zaměřených na molekulární mechanismy buněčné odpovědi na poškození DNA a vytváření multiproteinových signalizačních a opravných komplexů v místech poškození DNA. Identifikovali jsme protein NUP153, který je součástí jaderného póru, jako nový faktor nezbytný pro jaderný import proteinu 53BP1 a buněčnou odpověd na poškození DNA. Ukázali jsme, že potlačení exprese NUP153 brání akumulaci proteinu 53BP1 v jádře nově utvářených dceřinných buňek, což vede k omezení akumulace proteinu 53BP1 v místech poškozené DNA indukovaných ionizujícím zářením, ke zpomalení oprav poškozené DNA, ke zvýšení citlivosti buněk k ionizujícímu záření a ke zhoršení...
|
|
Role makrofágů a oxidu dusnatého v interakci leishmanie - flebotomus - hostitel
Kratochvílová, Tereza ; Fialová, Anna (oponent) ; Kolářová, Iva (vedoucí práce)
Leishmanie po vstupu do svého hostitele osidlují fagolysozomy makrofágů, kde se množí a následně infikují další makrofágy, popř. jiné buňky. Hlavním efektorovým mechanismem na eradikaci leishmanií, kterými jsou některé savčí buňky vybaveny, je syntéza reaktivních sloučenin kyslíku a dusíku. Velký význam má oxid dusnatý vznikající při metabolické přeměně L-argininu za katalýzy NO syntasy. Kromě cytotoxické funkce se NO podílí např. v signalizačních drahách pro neurotransmisi (nNOS) nebo vasorelaxaci (eNOS). Ne všechny makrofágy mají schopnost produkovat NO (iNOS), jelikož se jedná o heterogenní skupinu lišící se imunologickou funkcí i fyziologií. Skupina klasicky aktivovaných makrofágů představuje účinné APC schopné efektivního zabíjení intracelulárních patogenů. Kromě NO sekretují i prozánětlivé cytokiny, které rozvíjejí imunitní reakci dále směrem k Th1. Naproti tomu skupina alternativně aktivovaných makrofágů není schopná efektivní prezentace antigenu ani produkce NO, ale produkují L-ornithin, který je prekursorem polyaminů, jenž leishmanie využívají pro svůj intracelulární růst. Na myším modelu odpovídá stav resistence/citlivosti k leishmaniose polarizaci směrem k Th1/Th2 imunitní odpovědi. U leishmanií se během evoluce vyvinuly prostředky, které jsou schopné syntézu NO inhibovat. Jsou jimi...
|
|
Testování produkční účinnosti vybraných komerčních krmiv pro tržního keříčkovce červenolemého (Clarias gariepinus)
PETR, Miloš
Náplní mé diplomové práce bylo testování šesti druhů krmiv, při třech opakování v recirkulačním systému s biologickým čištěním vody. Testované ryby sumečka afrického (Clarias gariepinus) byly v hmotnosti 200 ? 800 g/ks nasazeny ve shodném počtu do 18 akvárií při objemu 190 l/akvárium. Celý experiment probíhal v 5 dílčích třítýdenních období v intenzivním chovu laboratoře Řízené reprodukce ryb FROV JCU. Průměrná teplota vody během experimentu byla 27 °C. Cílem práce zejména bylo sledování produkční účinnosti testovaných krmiv, rychlost růstu ryb, krmné koeficienty a finanční nákladovost. Následně byla stanovena výtěžnost, organoleptické hodnocení a laboratorně zkoumáno chemické složení masa. Dosažené výsledky produkčních indikátorů vycházely nejpříznivěji u krmiv Haltáp (SGR=0,81 %; RGR=126 %; FCR=1,45), Coppens TROCO SUPREME-22 (SGR=0,73 %; RGR=105 %; FCR=1,19), Coppens TROCO PRIME-18 (SGR=0,68 %; RGR=97 %; FCR=1,26). Nejnižších nákladů na 1 kg přírůstku v průměru bylo zaznamenáno u krmiv Haltáp a Aller Aqua Focus (45 Kč a 46 Kč). V rámci organoleptické analýzy bylo zjištěno kladné a pozitivní hodnocení masa u všech testovaných ryb. Chemické složení masa bylo z hlediska obsahu bílkovin a tuků nejpříznivěji zdokumentováno u maďarského krmiva Haltáp (bílkoviny=19,22 % a tuky=4,85 %).
|
|
Odborná zpráva o postupu prací a dosažených výsledcích za rok 2016 v rámci projektu TA04011345
Hrůzová, D. ; Matějka, R. ; Rosina, J. ; Zárubová, Jana ; Filová, Elena
Zpráva shrnuje postupy realizace projektu TA04011345 Cévní protézy o malém průměru osídlované endotelovými a kmenovými buňkami kostní dřeně v bioreaktoru v rámci etapy 2016. Hlavními body jsou: optimalizace decelularizačního postupu pro získání standardizovaného materiálu pro buněčné osídlení, postup trojrozměrného osídlování cévní protézy - endotelizace, vývoj systému bioreaktoru, mechanické zkoušky, chemické potahování protézy, získání buněk od pacientů a jejich charakterizace.
|
|
Potenciál cholesterolem obalených cyklodextrinů a nízkodenzitního lipoproteinu pro zvýšení účinnosti kryokonzervace epididymálních spermií hřebců
Janošíková, Martina ; Rajmon, Radko (vedoucí práce)
V případě náhlého úmrtí, nutné kastrace nebo poranění reprodukční soustavy hřebce, znemožňující odběr ejakulátu, lze pro zachování genetického potenciálu výjimečných jedinců využít epididymálních spermií. Prakticky jediným způsobem, jak dlouhodobě uchovat fertilizační potenciál spermií, je kryokonzervace. Tento proces však navozuje nevratné změny, které jsou příčinou sníženého počtu oplození schopných spermií po rozmrazení. Epididymální spermie mají jiné vlastnosti než ejakulované a hůře se uchovávají. Proto se neustále hledají způsoby, jak jejich kryokonzervaci zefektivnit.
Obecně nejpoužívanějšími kryoprotektanty jsou glycerol a vaječný žloutek. Navzdory pozitivním účinkům je glycerol pro buňky toxický a vaječný žloutek obsahuje i složky, které působí na metabolismus spermií negativně. Zvýšení efektivity kryokonzervačních protokolů by se pravděpodobně dalo dosáhnout náhradou toxických komponent při současném využití průmyslově vyráběných účinných frakcí žloutku.
Předkládané téma disertační práce se bude zabývat použitím cholesterolem obalených cyklodextrinů spolu s nízkodenzitními lipoproteiny při kryokonzervaci epididymálních spermií.
Hlavní metody: HPLC, Western blot, elektroforéza, fluorescenční značení, počítačem asistovaná analýza spermií(CASA).
|
|
Phylogeography and conservation genetics of endangered saproxylic beetles in Europe
DRAG, Lukáš
This thesis introduces the use of molecular methods for the conservation of several species of endangered saproxylic beetles in Europe. It focuses on the questions related to the DNA preservation and microsatellites development, as well as the evolutionary history and conservation of threatened species. Using the combination of mitochondrial and nuclear markers, the genetic diversity and reintroduction history of Cerambyx cerdo was assessed and the phylogeography of Rosalia alpina from the whole range of its distribution was studied. This information is valuable for designing more efficient conservation strategies.
|
|
Posouzení kapacity koryta
Lorenc, Václav ; Dráb, Aleš (oponent) ; Duchan, David (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá posouzením kapacity koryta stávajícího toku Jihlava v říčním kilometru 136,5 až 139,5 v obci Malý Beranov. Na vybrané lokalitě bylo modelováno proudění povrchové vody při povodňových průtocích Q1, Q5, Q20 a Q100. Na základě informací o využití území, pochůzky a následnému výpočtu proudění byly určeny lokality pro návrh protipovodňové ochrany. V místech, kde docházelo k problémům, byla navržena prohrábka dna. Ve vybraných úsecích byl proveden návrh ochranné zemní hrázky a betonové zídky. Na základě návrhu protipovodňové ochrany byl model upraven a účinnost opatření byla ověřena výpočtem. Výsledky proudění, s ohledem na navrženou protipovodňovou ochranu, jsou zobrazeny v přehledných mapách.
|
|
Analýza mikroflóry v sýrech pomocí DGGE
Čakajdová, Martina ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Molekulárno-biologické metódy sú rýchlou a účinnou pomôckou pri identifikácii mikroorganizmov v reálnych vzorkách. Cieľom tejto diplomovej práce bola analýza mikroflóry v kontrolných a kontaminovaných nezrejúcich syroch. DNA izolovaná z analyzovaných vzoriek bola použitá pre optimalizáciu PCR s primérmi s GC svorkou pre rozdelenie amplikónov pomocou DGGE. Produkty DGGE boli po optimalizácii reamplifikované a pripravené pre sekvenáciu. DNA izolovaná z analyzovaných vzoriek bola použitá pre PCR v reálnom čase s analýzou kriviek topenia amplikónov s vysokým rozlíšením (HRMA). Pomocou DGGE a HRMA analýzy boli porovnané amplikóny syrov s bakteriálnymi kultúrami izolovanými kultivačne z týchto syrov. Porovnaním polohy amplikónov bolo zistené, že kontaminujúcimi mohli byť Bacillus licheniformis, Staphylococcus epidermidis a Acinetobacter baumanii/calcoaceticus. Analýzou sekvencií amplikónov syrov a nálevov bola zistená, prítomnosť Bacillus sp. a ďalších mikroorganizmov radených do piatich rodov. Z nich boli vykultivovaní zástupcovia troch rodov z Preto sa predpokladá kontaminácia Bacillus sp., alebo mikroorganizmy, ktoré neboli použitými metódami kultivovateľné. Metóda je vhodná pre analýzu komplexnej mikroflóry v syroch a nálevoch po ďalšej optimalizácii.
|
|
Porovnání různých metod izolace genomové DNA hmyzu
Novák, Vojtěch
Tato diplomová práce se zabývá popisem a ověřením různých metod izolace DNA z tkání hmyzu řádu Lepidoptera -- motýli, s důrazem na čeleď Sphingidae -- lišajovití a následnou amplifikací genu COI pomocí metody PCR. Testované metody se porovnávaly a vyhodnocovaly z hlediska účinnosti, výtěžku a čistoty DNA, délky trvání izolace a finanční náročnosti. Podařilo se stanovit metodiku, která je dostačující pro získání sekvence genu COI pomocí genetického analyzátoru, její aplikace do systému BoldSystems a následnou determinaci zkoumaného vzorku. To je důležité ve snaze o zmapování druhové diverzity.
|
|
Metody izolace a archivace DNA z živočišných tkání
Dratvová, Lenka
Tato bakalářská práce na téma Metody izolace a archivace DNA z živočišných tkání se nejprve zabývá různými vzorky živočišných tkání vhodnými pro efektivní izolaci DNA. Dále jsou zde popsány vybrané jednoduché i moderní metody izolace DNA. Práce se zabývá také možností krátkodobého a dlouhodobého uchovávání DNA s popisem vybraných konkrétních archivačních metod. Dále jsou metody izolace DNA porovnány z hlediska kvality, kvantity, pracnosti, časové a finanční náročnosti. Taktéž jsou na závěr zhodnoceny jednotlivé metody archivace. Práce obsahuje i praktickou část, která se věnuje izolaci DNA především z živočišných produktů (mléko a mléčné výrobky, krev, maso a masné výrobky), ale i jiných biologických tkání. Postup a výsledky jsou zpracovány v kapitolách Materiál a metodika a Výsledky a diskuze.
|
host ::
