|
|
Barley Proteomic Studies Related to Beer Production
Benkovská, Dagmar ; Márová, Ivana (referee) ; Ehrenbergerová, Jaroslava (referee) ; Zdráhal, Zbyněk (referee) ; Bobáľová, Janette (advisor)
Tato práce se zabývá proteomickými studiemi ječmene v souvislosti s výrobou piva. Ječmen patří mezi nejvýznamnější plodiny na světě a je využíván hlavně pro sladovnické účely, nejčastěji pro pivovarnictví. Studium proteinů ječmene během sladování a výroby piva poskytuje informace o změnách v proteinovém složení nebo jejich posttranslačních modifikacích. Jelikož jsou proteiny v ječmeni a jejich změny zásadní pro kvalitu sladu a piva, proteomické studie ječmene mají potenciál pro zlepšení procesu sladování a pivovarnictví. Hlavním cílem této práce je studium ve vodě rozpustných proteinů ječmene a jejich změn, ke kterým dochází během sladování a výroby piva. Rozdíly v proteinovém složení byly sledovány pomocí gelové elektroforézy, kapalinové chromatografie na reverzní fázi, gelové chromatografie a MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie. Během sladování se vlivem klíčení zrna zvyšuje množství některých proteinů a také jsou tvořeny nové proteiny. V průběhu vaření piva se naopak v důsledku vysoké teploty a enzymatické aktivity proteáz mnoho proteinů rozkládá. Těmto drsným podmínkám odolají jen některé proteiny, které přechází až do piva a mohou ovlivnit jeho kvalitu. Dále byly zkoumány různé odrůdy ječmene a jejich rozdíly. Byly porovnány odrůdy povolené pro výrobu certifikovaného Českého piva s jednou osvědčenou sladovnickou odrůdou a jednou nesladovnickou odrůdou ječmene. Kromě toho byly studovány v alkoholu rozpustné proteiny ječmene a jejich změny v průběhu sladování. Zvláštní pozornost byla věnována vybrané skupině posttranslačních modifikací proteinů: glykosylacím. Neenzymaticky glykosylované proteiny ječmene (neboli glykované proteiny) jsou tvořeny v průběhu sladování kvůli přítomnosti velkého množství glukózy uvolněné z rozkladu škrobu. Glykované proteiny ovlivňují stabilitu proteinů a kvalitu piva, obzvlášť pěnotvorný účinek. Enzymatické N-glykosylace představují nejčastěji studované posttranslační modifikace u rostlin, protože glykoproteiny hrají klíčovou roli v různých biologických funkcích. Glykoproteiny jsou často přítomny v malém množství, a proto je pro jejich analýzu potřebné obohacení glykoproteinů z komplexní směsi. Pro studium glykoproteinů byla využita afinitní chromatografie s lektinem concanavalin A. Kromě toho byla také optimalizována analýza sacharidové části glykoproteinů. Tato disertační práce přináší důležité informace o proteinech ječmene, jejich změnách a analýze, které budou užitečné pro další studium.
|
|
|
Optimization of N-glycopeptides analysis methods and their preliminary application to barley proteins study
Benkovská, Dagmar ; Flodrová, Dana ; Bobálová, Janette ; Laštovičková, Markéta
N-glycosylation is the most frequently studied plant protein post-translational modification. The analysis of Nglycopeptides after protein proteolytic digestion offers information about the structure of both oligosaccharide and peptide moiety. However, this method has so far been less commonly used. Since glycopeptides hardly ionize during MS analysis in the presence of non-glycosylated peptides, they need to be separated from the complex peptide mixture. In this study, the glycopeptides enrichment, purification and analysis methods were successfully optimized on two standard N-glycoproteins. Concanavalin A (ConA) lectin tips were used for glycopeptide capturing, and obtained fractions were purified on carbon tips and analyzed using MALDI-TOF mass spectrometry. The differences in the CID fragmentation of certain types of glycopeptides were found. This technique was then applied to glycopeptide analysis of barley grain and malt proteins. Several barley glycopeptides were found, however, their identification was very difficult. More proteins separation techniques will be required before this enrichment procedure in further studies.
|
|
|
Flagellin and outer surface proteins from Borrelia burgdorferi are not glycosylated
ŠTĚRBA, Ján
Glycosylation of four proteins from Borrelia burgdorferi s.s. was investigated ? flagellins FlaA, FlaB, and outer surface proteins OspA and OspB. Glycosylation of these four proteins was not proved by any of the used techniques. However, other glycan-staining positive proteins were present in the borrelia samples. These proteins were suggested to originate in the culture medium.
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Identification and biochemical characterization of lectins in the hemolymph of three species of tick in the genus \kur{Rhipicephalus}
FIŠER, Miroslav
Lectins are tissue specific carbohydrate binding proteins with possible functions in invertebrate immunity and pathogen transmission. The main goal of this study was to identify hemolymph lectins in three different tick species. Three proteins with molecular weights of 58 kDa, 75 kDa and 180 kDa were detected in all investigated species using antibodies directed against hemagglutination activity of Rhipicephalus appendiculatus hemolymph. These proteins were characterized by biochemical methods such as Schiff/periodate staining, lectin blotting, enzymatic deglycosylation, hemagglutination analysis, immunoblotting, and mass spectrometry.
|
|
|
Cultivation of tick-borne encephalitis virus in the presence of inhibitor of glycosylation: its effect on nucleotide sequence of genes encoding viral proteins.
FARKOVÁ, Karolína
In this work I compared nucleotide sequences of virus genes and the resulting aminoacid sequences of viral proteins of TBE virus variant Hypr3TM with the parental virus Hypr50/CB. This comparison serves for identification of nucleotide/aminoacid substitutions resulting for virus replication in an enviroment with inhibited protein glycosylation. I identified four nucleotide substitutions; three of them caused also changes in amino acid sequence. When compared to a low-passaged variant Hypr5, three of the nucleotide substituions were identical with this variant. One amino acid substitution is unique for variant Hypr3TM. This substitution caused changes in electrostatic potencial of receptor domain of protein E and thus can affect the protein-protein interactions within homodimers and homotrimers at the surface of the protein and the interaction of the E protein with host-cell receptors for the TBE virus.
|
guest ::
