|
The role of acetylation in the RNA recognition motif of SRSF5 protein
Icha, Jaroslav ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Šenigl, Filip (oponent)
Acetylace je významná posttranslační modifikace, která byla nalezena u několika tisíc proteinů jak u eukaryot, tak u prokaryot. Globální proteomické studie odhalily, že acetylace reguluje mnoho procesů např. metabolizmus, genovou expresi, buněčný cyklus, stárnutí a mnohé další. V této práci jsem studoval roli acetylace sestřihového faktoru SRSF5 pomocí mutací v jeho acetylačním místě. Testoval jsem hypotézu, že acetylace ovlivňuje vazbu SRSF5 na RNA. V HeLa buňkách jsem exprimoval mutované proteiny SRSF5, jednak mutanta napodobujícího acetylovanou formu (Q) a také neacetylovatelného mutanta (R) a zjišťoval jsem jejich interakci s RNA pomocí RNA imunoprecipitace a také in vitro měřením fluorescenční anizotropie. Výsledky obou metod se shodly na tom, že oba mutanty interagují s RNA méně než přirozená forma proteinu a Q mutant se vázal na RNA slaběji než R mutant. Mutanty se naopak od přirozené formy SRSF5 nelišily v lokalizaci a dynamice v buňce. Rozdíly ve vazbě na RNA byly pravděpodobně překryty dalšími faktory, které ovlivňují chování SRSF5, nejspíše protein-proteinovými interakcemi. Mutantní SRSF5 také neměly dominantní efekt na sestřih alternativního EDB exonu fibronektinu. Získané výsledky poskytují nepřímý důkaz pro hypotézu, že acetylace má vliv na vazbu SRSF5 na RNA. Mutant napodobující acetylovanou...
|
|
Transformace reportingu dat z provozu datových sítí
Tolar, Tomáš ; Matuštík, Ondřej (vedoucí práce) ; Malinová, Ludmila (oponent)
Předložená diplomová práce se zabývá úpravou reportingu dat získaných z provozu datových sítí v telekomunikační společnosti. Proces reportingu je dlouhodobě nevyhovující a neodpovídá dnešním požadavkům. Cílem práce je nalézt vhodné nástroje a implementovat je do praxe. Práce je členěna do tří logických částí, které sestávají z šesti kapitol. Úvodní část popisuje teoretická východiska jako Business Intelligence a další přístupy a trendy v této oblasti, na nichž lze reporting stavět. Druhá část je věnována popisu principů a trendů Network reportingu, jak autor nazývá reporting z datových sítí. Rovněž je charakterizován stav Network reportingu ve zmíněné organizaci. Obsahem závěrečné části je analýza dostupných nástrojů a na základě teoretických poznatků jsou zvolené nástroje implementovány a přínos tohoto projektu zhodnocen.
|
|
Návrh řešení BI v prostředí platformy elektronického obchodu
Kabrhelová, Kateřina ; Novotný, Ota (vedoucí práce) ; Vysoký, Ondřej (oponent)
Tato diplomová práce se zabývá návrhem pilotního řešení Business Intelligence pro platformu elektronického obchodu Shopio. V první části práce jsou teoreticky popsány pojmy Business Intelligence a elektronický obchod se zaměřením na možné přístupy k měření výkonnosti elektronického obchodu. Součástí teoretické části je také srovnání nástrojů pro měření výkonnosti elektronických obchodů dostupných na českém trhu. Druhá část práce nejprve obecně popisuje platformu Shopio a současný stav modulu statistiky. Pro potřeby návrhu nového řešení je provedena analýza požadavků na řešení mezi současnými klienty, kteří provozují své elektronické obchody na platformě Shopio. Na základě získaných požadavků je poté navrženo pilotní řešení Business Intelligence, které je zároveň testováno s využitím reálných dat elektronického obchodu. Hlavním cílem práce je vylepšit současný stav reportů a poskytnout tak majitelům e-shopů možnost vyhodnocovat prodeje elektronického obchodu lépe a efektivněji.
|
|
Optimalizace toku materiálu ve výrobní firmě v automobilovém průmyslu
Kolář, Tomáš ; Jirsák, Petr (vedoucí práce) ; Vinš, Marek (oponent)
Diplomová práce je zaměřena na optimalizaci materiálového toku v automobilovém průmyslu. První část práce uvádí teoretická východiska. Představuje odvětví automobilového průmyslu a aktuální tendence na světovém trhu. Následuje krátké představení společnosti, kde byla práce zpracována. Hlavní teoretická část pojednává o konceptu štíhlé výroby, kde na konkrétních příkladech popisuje jednotlivé nástroje lean managementu, ale zaměřuje se také na filozofickou rovinu, zejména tedy na přístup k práci a firemní strategii. Na teoretické poznatky již navazuje aplikační část. Celý projekt diplomové práce se zaměřuje na optimalizaci specifické oblasti PC store. Nejprve je tato oblast zasazena do kontextu s celkovým tokem materiálu, kde jsou ve zkratce představeny všechny procesy a oblasti na toku plných obalů. Poté se již přistupuje k hlubší analýze a samotné optimalizaci PC storu, kde jsou aplikovány tři různé způsoby redukce zásob a zrychlení materiálového toku. Závěrečná část uvádí porovnání výchozího a budoucího stavu, včetně přehledu provedených změn.
|
|
Developing open approach to mathematics in future primary school teachers
Samková, L. ; Tichá, Marie
In our contribution we focus on the possibility to develop open approach to mathematics in future primary school teachers during a university course on mathematics conducted in inquiry-based manner. We analyse data obtained in the beginning and in the end of the course with respect to two main aspects related to open approach to mathematics: searching for all solutions of a task, and acceptance of different forms of notation of a given solution. Data analysis revealed in the participants three different shifts towards open approach to mathematics, and showed that after the active participation in the course each of the participants improved at least in one of the monitored aspects, and that none of the participants got worse in any of the aspects.
|
|
A Comparison of Preconditioning Methods for Saddle Point Problems with an Application to Porous Media Flow Problems
Axelsson, Owe ; Blaheta, Radim ; Hasal, Martin
The paper overviews and compares some block preconditioners for the solution of saddle point systems, especially systems arising from the Brinkman model of porous media flow. The considered preconditioners involve different Schur complements as inverse free Schur complement in HSS (Hermitian - Skew Hermitian Splitting preconditioner), Schur complement to the velocity matrix and finally Schur complement to a regularization block in the augmented matrix preconditioner. The inverses appearing in most of the considered Schur complements are approximated by simple sparse approximation techniques as element-by-element and Frobenius norm minimization approaches. A special interest is devoted to problems involving various Darcy, Stokes and Brinkman flow regions, the efficiency of preconditioners in this case is demonstrated by some numerical experiments.
|
|
Hexahistidine labeling of oligosaccharides
Partyka, Jan ; Křenková, Jana ; Foret, František
We have presented another approach for labeling of oligosaccharides suitable for\ncapillary zone electrophoresis coupled with mass spectrometric detection.\nOligosaccharides labeled by peptides with hexahistidine sequence have faster\nseparation resulting in two or three times shorter time in comparison to oligosaccharides\nwith singly charged labels.
|
|
Micro-electromembrane extraction across multiple aqueous and organic phases for selective pretreatment of raw biological samples
Kubáň, Pavel ; Boček, Petr ; Seip, K. F. ; Gjelstad, A. ; Pedersen-Bjergaard, S.
Micro-electromembrane extraction (μ-EME) across multiple aqueous and organic\nsolutions was developed for selective extractions of various analytes from untreated\nbiological samples. The novel approach requires μL volumes of samples and organic\nsolvents, which form consecutive immiscible plugs in a transparent polymeric capillary\nand the extraction process is accelerated by application of d.c. voltage. Number of the\nplugs, their composition, volume and sequence in the extraction capillary can be chosen\nspecifically for each particular application and high variability and selectivity of the\nextraction process can be achieved. In this contribution, we demonstrate suitability of\na five-phase μ-EME system for simultaneous extractions of cations and anions from\nurine and for selective extractions of basic analytes based on their acid-base strength\nfrom plasma.
|
|
Modelling, parameter estimation, optimisation and control of transport and reaction processes in bioreactors.
ŠTUMBAUER, Václav
With the significant potential of microalgae as a major biofuel source of the future, a considerable scientific attention is attracted towards the field of biotechnology and bioprocess engineering. Nevertheless the current photobioreactor (PBR) design methods are still too empirical. With this work I would like to promote the idea of designing a production system, such as a PBR, completely \emph{in silico}, thus allowing for the in silico optimization and optimal control determination. The thesis deals with the PBR modeling and simulation. It addresses two crucial issues in the current state-of-the-art PBR modeling. The first issue relevant to the deficiency of the currently available models - the incorrect or insufficient treatment of either the transport process modeling, the reaction modeling or the coupling between these two models. A correct treatment of both the transport and the reaction phenomena is proposed in the thesis - in the form of a unified modeling framework consisting of three interconnected parts - (i) the state system, (ii) the fluid-dynamic model and (iii) optimal control determination. The proposed model structure allows prediction of the PBR performance with respect to the modelled PBR size, geometry, operating conditions or a particular microalgae strain. The proposed unified modeling approach is applied to the case of the Couette-Taylor photobioreactor (CTBR) where it is used for the optimal control solution. The PBR represents a complex multiscale problem and especially in the case of the production scale systems, the associated computational costs are paramount. This is the second crucial issue addressed in the thesis. With respect to the computational complexity, the fluid dynamics simulation is the most costly part of the PBR simulation. To model the fluid flow with the classical CFD (Computational Fluid Dynamics) methods inside a production scale PBR leads to an enormous grid size. This usually requires a parallel implementation of the solver but in the parallelization of the classical methods lies another relevant issue - that of the amount of data the individual nodes must interchange with each other. The thesis addresses the performance relevant issues by proposing and evaluation alternative approaches to the fluid flow simulation. These approaches are more suitable to the parallel implementation than the classical methods because of their rather local character in comparison to the classical methods - namely the Lattice Boltzmann Method (LBM) for fluid flow, which is the primary focus of the thesis in this regard and alternatively also the discrete random walk based method (DRW). As the outcome of the thesis I have developed and validated a new Lagrangian general modeling approach to the transport and reaction processes in PBR - a framework based on the Lattice Boltzmann method (LBM) and the model of the Photosynthetic Factory (PSF) that models correctly the transport and reaction processes and their coupling. Further I have implemented a software prototype based on the proposed modeling approach and validated this prototype on the case of the Coutte-Taylor PBR. I have also demonstrated that the modeling approach has a significant potential from the computational costs point of view by implementing and validating the software prototype on the parallel architecture of CUDA (Compute Unified Device Architecture). The current parallel implementation is approximately 20 times faster than the unparallized one and decreases thus significantly the iteration cycle of the PBR design process.
|
|
Téma parazité člověka ve výuce na základních školách a nižších gymnáziích.
Houšková, Barbora ; Janštová, Vanda (vedoucí práce) ; Havlová, Michaela (oponent)
V současnosti, kdy lidé cestují po celém světě a mohou se na cestách nakazit různými parazity, by studium parazitů člověka nemělo být zanedbáváno ani ve výuce na základních školách a nižších gymnázií. V této diplomové práci jsou zmapovány znalosti žáků vybraných základních škol a nižších ročníků víceletého gymnázia ze základů parazitologie a parazitů člověka. K tomuto účelu sloužil vytvořený test, který zkoumal znalosti i postoje a názory dotazovaných žáků. Práce je také zaměřena na návrh výuky tohoto tématu v hodinách přírodopisu. Dvě odlišná pojetí této výuky byla vyzkoušena a porovnána ve 2 třídách stejného ročníku víceletého gymnázia. Zde uvedení zástupci parazitů člověka byli vybráni na základě výběru učebnic pro základní školy. Výsledný a na třech školách ověřený návrh výuky obsahuje powerpointové prezentace vhodné k využití v hodinách a praktická cvičení pojatá jako didaktické hry.
|
host ::
