|
|
Studium struktury a funkce modelových hemových proteinů
Lengálová, Alžběta ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Hudeček, Jiří (oponent) ; Muchová, Lucie (oponent)
Hem je jedním z nejdůležitějších a nejlépe prostudovaných kofaktorů potřebných pro správné fungování mnoha proteinů. Proteiny obsahující hem tvoří obrovskou skupinu biologicky významných molekul, které se účastní mnoha fyziologických procesů. Předkládaná disertační práce se věnuje dvěma skupinám hemových senzorových proteinů, a to prokaryotickým hemovým senzorům plynných molekul a eukaryotickým senzorům detekujících hem. Hemové senzory, které detekují plynné molekuly, hrají důležitou roli v regulaci mnoha bakteriálních procesů a jsou obvykle tvořeny dvěma doménami, doménou senzorovou a doménou funkční. Disertační práce se zaměřuje na studium dvou zástupců ze skupiny bakteriálních senzorů detekujících plyny, histidinkinasy AfGcHK a diguanylátcyklasy YddV. Hlavním cílem práce bylo objasnit mechanismus mezidoménového přenosu signálu u těchto dvou modelových hemových senzorů. Za pomoci rentgenové krystalografie a metody vodík-deuteriové výměny v kombinaci s hmotnostní spektrometrií byly odhaleny významné rozdíly ve struktuře proteinu AfGcHK při přechodu z jeho aktivní na neaktivní formu. Příjem určitého signálu senzorovou doménou AfGcHK ovlivní strukturní vlastnosti proteinu, a tyto konformační změny mají pak nepřímo vliv na enzymovou aktivitu domény funkční. Disertační práce se dále detailněji věnuje...
|
|
|
Hodnocení antropogenní modifikace říční sítě pomocí hydromorfologického průzkumu na příkladu horního toku Metuje
Kavalír, Václav ; Matoušková, Milada (vedoucí práce) ; Kujanová, Kateřina (oponent)
Lidské zásahy a s nimi spojený tlak na vodní toky a jejich ekosystémy jsou v současné době suchých let velmi diskutovanou problematikou. Předkládaná bakalářská práce se zabývá těmito zásahy do vodních toků a jejich vlivem na hydromorfologický stav. V rešeršní části práce jsou probírány základní poznatky z hydromorfologie, úprav toků s jejich negativními i pozitivními účinky na vodní tok s jeho okolím. Pro vyhodnocení hydromorfologického stavu byla užita metodika HEM (Langhammer 2014) aplikovaná na horním toku řeky Metuje. Na základě výsledků je horní tok Metuje hodnocen celkově jako slabě modifikovaný. Méně narušené úseky najdeme v oblasti NPR Adršpašsko-Teplické skály. Největší zásahy jsou v oblasti intravilánu Teplic nad Metují, kde tyto zásahy jsou hlavně z období první republiky. Nejvíce je antropogenně ovlivněna oblast inundačního území. Trasa toku řeky byla celkově zkrácena o 1 569 m, tedy 7,5 % od poloviny 19. století, zejména v okolí Teplic nad Metují. Největší koncentrace různorodých modifikací je v oblastech zástavby. Klíčová slova: Hydromorfologie, koryto toku, HEM, říční síť, horní Metuje
|
|
| |
|
| |
|
|
Biochemická charakterizace modelového zástupce hemových senzorových proteinů
Tajovská, Eva ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Jeřábek, Petr (oponent)
Hemoproteiny plní v živém organismu mnoho důležitých rolí. Jednou takovou úlohou je senzorová funkce. Senzorové proteiny, které detekují hem, jsou schopny rozpoznat měnící se koncentraci hemu v daném organismu. Jako signální molekula v případě těchto proteinů slouží samotný hem. Senzorové proteiny, které detekují změny v koncentraci plynů, využívají jako signální molekulu právě biatomickou molekulu plynu. K zahájení přenosu signálu v případě těchto senzorových proteinů dochází po navázání molekuly plynu na molekulu hemu, která je pevně navázána k senzorové doméně proteinu. Oba typy signalizace regulují řadu fyziologických procesů prokaryotických i eukaryotických organismů. V teoretické části této bakalářské práce je uveden souhrn dosavadních poznatků vědeckých studií, které se zabývají hemovými senzorovými proteiny. Experimentální část této práce se zabývá vlastnostmi konkrétního modelového senzorového hemoproteinu. Jedná se o hemoprotein EcDOS, který detekuje kyslík. Dále se tato práce věnuje zkrácené formě tohoto proteinu, izolované senzorové doméně s PAS strukturou (EcDOS-PAS). Úkolem experimentální části této práce bylo oba zmíněné proteiny exprimovat a izolovat z buněk E. coli BL-21 (DE3). Nakonec byly proteiny EcDOS i EcDOS-PAS předběžně charakterizovány a byly porovnány jejich vlastnosti....
|
|
|
Posouzení odtokových poměrů na toku ve správě Povodí Moravy, s.p.
Serafin, Petr ; Niklová, Věra (oponent) ; Uhmannová, Hana (vedoucí práce)
Cílem diplomové práce bylo posouzení stávajícího stavu koryta toku Svratky a následně navrhnout vhodná opatření v souladu s plány Povodí Moravy, s.p. Zájmová lokalita se nachází v intravilánu a extravilánu obce Herálce na ř. km 163,9809 až ř. km 166,5189 a rozprostírá se přes katastrální území Český Herálec, Herálec na Moravě a Svratka. Posouzení koryta bylo provedeno na průtokovou řadu pomocí 1D matematického modelu HEC – RAS verze 5.0.6. Na základě provedeného posouzení byla zájmová oblast rozdělena na čtyři dílčí řešené úseky. Pro úseky procházející intravilánem obce Herálce byl vytvořen ideový návrh protipovodňových opatření zajišťující bezpečně převedení návrhového průtoku Q20. Pro úseky řešené v extravilánu byl vytvořen ideový návrh revitalizace s možností retence vody v krajině. Návrh opatření byl ověřen výpočtem ve stejném programu HEC – RAS. Diplomová práce obsahuje textovou část, výpočtovou část a výkresovou část dokumentující navržená opatření.
|
|
|
Study of mechanism of signal transduction in case of two model heme-containing sensor proteins
Mihalčin, Peter ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Kavan, Daniel (oponent)
Hemové senzorové proteíny, ktoré detekujú plynné molekuly tvoria skupinu proteínov prítomných v signálnych dráhach baktérií. Precízna regulácia fyziologických funkcií ako medzibunková komunikácia či produkcia biofilmu je zásadná pre prežitie baktérií a ich adaptáciu na okolité podmienky. Hemové senzorové proteíny detekujú koncentráciu plynných molekúl v okolitom prostredí senzorovou doménou (ktorá obsahuje molekulu hemu ako vlastné detekčné miesto) a prenášajú signál na funkčnú doménu, ktorá pomáha riadiť adaptáciu fyziologických procesov. Tieto procesy často patogénneho prejavu prispievajú k rozšírenej rezistencií baktérii voči antibiotikám. Hemové senzorové proteíny sa javia ako nový terapeutický objekt v antimikrobiálnej liečbe. Za účelom realizácie tohto typu terapie je najskôr nutné pochopiť presný mechanizmus intramolekulárneho prenosu signálu hemovými senzorovými proteínmi. Jeden z prístupov ako odhaliť tieto mechanizmy je štúdium modelových signálnych proteínov. Táto diplomová práca je zameraná na výskum prenosu signálu dvoma modelovými hemoproteínmi s globínovou štruktúrou senzorovej domény, ktoré detekujú kyslík.
|
|
|
Charakterizace vybraných vlastností modelových zástupců hemových senzorových proteinů
Fojtík, Lukáš ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Svášková, Dagmar (oponent)
Hemové senzorové proteiny představují čtvrtou skupinu hemoproteinů. V této skupině hemoproteinů slouží hem jako signální molekula. Disociace a asociace hemu u proteinů detekujících hem má vliv na regulaci fyziologických procesů např. regulace enzymové aktivity nebo genové exprese. V předkládané bakalářské práci jsou shrnuty dosavadní poznatky o vybraných zástupcích hlavně ze skupiny eukaryotických hemových senzorových proteinů publikované v odborných časopisech. V experimentální části této bakalářské práce jsme se zaměřili na přípravu rekombinantního proteinu, inhibitoru regulovaného hemem (HRI) a jeho proteinového substrátu, alfa podjednotky eukaryotického translačního iniciačního faktoru 2 (eIF2α). Nejprve byly připraveny, posléze amplifikovány a následně izolovány plasmidy nesoucí buď gen pro HRI nebo pro eIF2α. Následně byly dané proteiny připraveny heterologní expresí v bakteriálních buňkách E. coli BL-21(DE3) a celý proces zakončila jejich purifikace. Získali jsme finální preparát HRI o koncentraci 7,7 µM a celkovém objemu 400 µl a 60% homogenitě a finální preparát eIF2α o koncentraci 51,3 µM a celkovém objemu 400 µl a 80% homogenitě. Pilotní charakterizace obou získaných preparátů s ohledem na jejich teplotní stabilitu, přinesla důležité informace nezbytné pro správné uchovávání proteinů...
|
|
|
Posouzení odtokových poměrů na toku Loučná v k.ú. obce Dašice
Janovská, Michaela ; Vysloužilová, Lucie (oponent) ; Uhmannová, Hana (vedoucí práce)
Diplomová práce je zaměřena na posouzení odtokových poměrů na řece Loučné v katastrálním území Dašice. Posuzovaný úsek je dlouhý 3,88 km a protéká extravilánem i intravilánem města Dašice. Na levém břehu řeky v intravilánu se nachází několik historických objektů, které jsou potencionálně ohroženy při 100 letém průtoku. Posouzení kapacity je provedeno pomocí 1D matematického programu HEC – RAS, ve kterém je vytvořen model toku a následně výpočet průběhu hladin pro jednotlivé N- leté průtoky. Na základě výsledků z programu je proveden ideový návrh protipovodňového opatření. Současně je proveden návrh rybího přechodu na stavidlovém jezu v Dašicích a návrh uzávěru na nátoku do náhonu.
|
|
|
Preparation of a plasmid, its expression and preliminary isolation of MafK protein - the interacting partner of heme sensor Bach1
Mihalčin, Peter ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Stráňava, Martin (oponent)
Bakalárska práca Abstrakt Senzorové proteíny detekujúce hem sú skupina hemoproteínov, ktorým slúži hem ako signálna molekula. Asociácia alebo disociácia hemu a hem-detekujúceho senzorového proteínu má vplyv na reguláciu mnohých fyziologických procesov riadených týmito proteínmi. Príkladom je regulácia enzýmovej aktivity alebo génovej expresie. Predkladaná bakalárska práca sa zaoberá hemovým senzorovým proteínom Bach1 a jeho interakčným partnerom, transkripčným faktorom MafK. Bach1 patrí do skupiny transkripčných faktorov s represívnymi účinkami. Cieľovými génmi, ktoré Bach1 reguluje, sú gény enzýmu hemoxygenáza, ktorá riadi degradáciu voľného hemu v bunkách. Bach1 interaguje s nadbytkom voľného hemu v bunke. Táto interakcia inaktivuje represívny účinok Bach1 a v konečnom dôsledku je v prípade nadbytku voľného hemu hemoxygenáza exprimovaná. V medziach fyziologickej koncentrácie hemu v bunkách proteín Bach1 s hemom neinteraguje a väzbou na regulačné oblasti cieľových génov inhibuje ich expresiu. Bach1 sa dokáže viazať na DNA iba v kooperácii so svojim interakčným partnerom, transkripčným faktorom MafK. Teoretickú časť tejto bakalárskej práce tvorí zhrnutie doterajších poznatkov o transkripčných faktoroch Bach1, MafK, ich vzájomnej interakcii a väzbe na DNA ako aj neodmysliteľný vplyv hemu na ich spoločnú...
|
host ::
RSS.