|
|
Nadmořská výška jako faktor ovlivňující genetickou strukturu populací
Havelková, Markéta ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Sedláček, Ondřej (oponent)
Výškový gradient vytváří příhodný systém pro výzkum populací z různých nadmořských výšek a vlivu jak neutrálních evolučních procesů, tak lokálních podmínek na jejich genetickou strukturu. Adaptaci různých genotypů místním podmínkám je obecně přisuzována klinální variabilita geneticky determinovaných znaků i geografická variace fenotypů populací. Díky odlišným adaptacím na specifické prostředí, genetickému driftu a případně omezenému genovému toku mohou populace vykazovat výraznou genetickou variabilitu, která by mohla vést až ke speciačním událostem. Nadmořská výška vytváří selekční tlak na organismus především kvůli sníženému parciálnímu tlaku kyslíku, snížené teplotě a zvýšené expozici UV záření, a na základě charakteru klimatických změn lze posuzovat genetické rozdíly, za kterými stojí, a které díky umístění populace na výškovém gradientu vznikají. Existuje mnoho důkazů pro význam výškové adaptace na molekulární úrovni pro některé klíčové geny, především pro hemoglobin a geny mitochondriální.
|
|
|
Genetická diverzita vodních plžů Aplexa hypnorum a Anisus vorticulus v rámci střední Evropy
Buďová, Jana ; Černý, Martin (vedoucí práce) ; Štefka, Jan (oponent)
Předmětem mé práce bylo shrnutí genetické variability sladkovodních plžů periodických tůní. Modelovými druhy byla ubývající levotočka bažinná (Aplexa hypnorum) a kriticky ohrožený svinutec tenký (Anisus vorticulus). Genetická variabilita byla zkoumána pomocí dvou mitochondriálních a dvo jaderných markerů. Rozložení genetické variability na genu COI u levotočky bažinné odpovídá různým povodím. Ostatní genetické markery (16S, ITS) však tento trend nepotvrdily. Příčiny tohoto nesouladu mezi různými markery jsou diskutovány několika různými způsoby zahrnujícími možné historické scénáře vývoje populací levotočky, ale i možné chyby laboratorních metod. V této studii byla zaznamenána obecně malá úspěšnost amplifikace, jejím nejpravděpodobnějším důvodem je inhibiční vliv mukusu plžů na amplifikaci DNA. Dalším problémem, který při této práci nastal, bylo získání sekvence parazita (motolice) místo genu svinutce, i za použití primerů specifických pro plže. Kromě genetické a související metodické části má tato práce i třetí část zabývající se vyhodnocením environmentálních faktorů periodických tůní v přítomnosti a nepřítomnosti studovaných druhů a čtvrtou část zabývající se fylogenetickou analýzou evropských a amerických linií levotoček. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Použití metody analýzy mikrosatelitů pro charakterizaci odrůd cibule
Mitrová, Katarína ; Ovesná, Jaroslava
Předmětem metodiky je postup charakterizace pravosti odrůd cibule pomocí analýzy mikrosatelitů (SSR- Single Sequence Repeats) laboratořemi v praxi. Tato metoda umožní identifikovat odrůdy cibule a charakterizovat genetické zdroje pomoci DNA markerů a určit jejich genetickou podobnost na základě délkové variability krátkých opakujících se sekvencí (mikrosatelitů) pro charakterizaci odrůd cibule Allium cepa L. Podstatou je amplifikace úseků genomu obsahující daný mikrosatelitní lokus pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR) se specifickými primery a následná analýza délky produktů a ztotožnění profilu DNA s deklarovanou odrůdou. Metodika nově přináší soubor SSR markerů, postup jejich hodnocení a interpretace výsledků.
Plný text:  PDF
|
|
|
Použití metody analýzy mikrosatelitů pro charakterizaci odrůd česneku
Mitrová, Katarína ; Ovesná, Jaroslava ; Svobodová, Leona
Předmětem metodiky je postup charakterizace pravosti odrůd česneku pomocí analýzy mikrosatelitů (SSR- Single Sequence Repeats) laboratořemi v praxi. Tato metoda umožní identifikovat odrůdy česneku a charakterizovat genetické zdroje pomoci DNA markerů a určit jejich genetickou podobnost na základě délkové variability krátkých opakujících se sekvencí (mikrosatelitů) pro charakterizaci odrůd česneku Allium sativum L. Podstatou je amplifikace úseků genomu obsahující daný mikrosatelitní lokus pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR) se specifickými primery a následná analýza délky produktů a ztotožnění profilu DNA s deklarovanou odrůdou. Metodika nově přináší soubor SSR markerů, postup jejich hodnocení a interpretace výsledků.
Plný text: PDF
|
|
|
Fylogeografie a genetická variabilita bentických korýšů v evropských vnitrozemských vodách
Pešek, Pavel ; Petrusek, Adam (vedoucí práce) ; Sacherová, Veronika (oponent)
Tato bakalářská práce se zabývá shrnutím známých údajů o geografickém rozložení genealogických linií a genetické variability převážně na vnitrodruhové úrovni a jeho historických příčin u bentických korýšů evropských kontinentálních vod z podtřídy Eumalacostraca. V práci jsou zahrnuty ty druhy, ke kterým bylo publikováno dostatečné množství souvisejících prací. Detailněji je diskutována situace raků rodu Austropotamobius. Současné rozložení genealogických linií vyšších bentických korýšů bylo ovlivněno změnami v propojenosti a obyvatelnosti vodních habitatů. Linie druhové se často oddělily v důsledku geologických a klimatických procesů ve třetihorách, příkladem může být oddělení druhových komplexů račího rodu Austropotamobius, rozdělení druhových linií komplexu blešivce potočního Gammarus fossarum a berušky vodní Asellus aquaticus. Dnešní distribuce vnitrodruhových linií byla silně ovlivněna čtvrtohorními cykly zalednění, se kterými souvisí nejen zánik mnoha ekosystémů při postupu ledovců, ale i vznik nových kolonizačních cest. Takovými byla jezera při okraji tajících ledovců, která využil například blešivec jezerní Gammarus lacustris, nebo ústup moří, který umožnil rakovi bělonohému Austropotamobius pallipes kolonizovat Británii a krabovi říčnímu Potamon fluviatile kolonizovat Itálii a je možná příčinou...
|
|
|
Neutral genetic variability and structure in chamois populations in Slovakia
Hájková, Andrea ; Zima, Jan (vedoucí práce) ; Kotlík, Petr (oponent)
Kamzík vrchovský tatranský (Rupicapra rupicapra tatrica) je endemickým poddruhom horského kopytníka vyskytujúceho sa na území Vysokých Tatier na Slovensku (a čiastočne v Poľsku). V druhej polovici 20. storočia sa na Slovensku uskutočnilo niekoľko introdukcií kamzíkov: kamzík vrchovský tatranský (z Vysokých Tatier) bol introdukovaný do Nízkych Tatier, zatiaľ čo kamzík vrchovský alpský (R. r. rupicapra) bol introdukovaný do Veľkej Fatry a Slovenského raja. Vysokotatranská populácia prekonala niekoľko výrazných poklesov početnosti (bottleneckov) a všetky ostatné slovenské populácie vznikli len z niekoľkých jedincov a teda boli vystavené efektu zakladateľa. Keďže Nízke Tatry, Veľká Fatra a Slovenský raj sú susediace pohoria, existuje možnosť migrácie a potenciálnej hybridizácie medzi poddruhmi. Cieľom tejto práce bolo štúdium neutrálnej genetickej variability a genetickej štruktúry populácií kamzíkov na Slovensku, so zameraním na detekciu prípadnej hybridizácie. Pre analýzy sme použili 18 mikrosatelitových lokusov a 193 vzoriek (95 tkanív a 5 vzoriek krvi, 88 vzoriek trusu a 5 vzoriek srsti). Vo všetkých populáciách bola zistená nízka genetická variabilita, pričom najnižšie hodnoty boli zaznamenané vo Vysokých Tatrách. Vysoké hodnoty fixačného indexu, počet privátnych alel, ako aj faktoriálna...
|
|
|
Hybridní původ bobrů ve střední Evropě
Albrechtová, Alena ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent)
Diplomová práce se zabývá původem našich populací a studiem genetické variability populací bobra evropského (Castor fiber) na většině jeho areálu rozšíření. Podařilo se nám shromáždit vzorky DNA z našich populací, reintrodukované populace z ruské Kirovské oblasti a všech evropských a asijských refugií. V 19. století byl bobr evropský vinou přílišného lovu téměř vyhuben na celém území Eurasie. Toto kritické období přečkal jen v osmi refugiálních oblastech. V této době už přežívalo jen asi 1 200 jedinců. Díky ochraně a reintrodukcím se do dnešní doby populační stavy opět výrazně zvýšily na více než 640 000 jedinců. Je tedy evidentní, že populace bobra prošly výrazným snížením stavů (bottleneckem). Na našem území byli bobři v 18. století zcela vyhubeni. Díky migraci ze sousedních států a reintrodukčním programům se k nám však začínají od 80. let 20. století vracet. O původu bobrů v České republice se toho příliš nevědělo. Ukázalo se, že se na našem území vyskytují jedinci francouzského, německého, norského a východoevropského původu. U žádného českého bobra nebyla objevena sekvence kanadských bobrů. Studiem mikrosatelitových lokusů (u evropského bobra byly použity poprvé) a kontrolní oblasti mitochondriální DNA jsem zjistila velké diference mezi jednotlivými populacemi. Celková variabilita těchto genetických...
|
|
|
Genetic variation in North American crayfish species introduced to Europe and the prevalence of the crayfish plague pathogen in their populations
Filipová, Lenka ; Petrusek, Adam (vedoucí práce) ; Diéguez-Uribeondo, Javier (oponent) ; Trontejl, Peter (oponent)
- ABSTRAKT - Biologické invaze korýšů představují vážnou hrozbu pro původní druhy v Evropě. Ve své dizertační práci jsem se zaměřila na nepůvodní sladkovodní raky introdukované do Evropy, a jejich parazita Aphanomyces astaci, původce račího moru. Má práce zahrnuje čtyři publikované prvoautorské články (kapitoly I, II, IV a V), dva prvoautorské rukopisy (kapitoly III a VI) a jeden článek, jehož jsem spoluautorkou (kapitola VII). První část (kapitoly I-V) je zaměřena na genetickou variabilitu severoamerických raků introdukovaných do Evropy. Ukázali jsme, že genetická variabilita dvou raků, kteří jsou oba úspěšnými invazními druhy v Evropě, se výrazně liší a odráží jejich odlišný způsob kolonizace kontinentu. Rak pruhovaný, Orconectes limosus, byl pravděpodobně do Evropy introdukován jen jednou, kdy bylo dovezeno 90 jedinců. Variabilita na úrovni mitochondriální DNA je u raka pruhovaného v Evropě mnohem nižší než v Severní Americe (kapitola I), ačkoli určitá míra variability byla zaznamenána na jaderných markerech v jeho středoevropských populacích (kapitola II). Opačným příkladem je rak signální, Pacifastacus leniusculus, který byl do Evropy introdukován vícekrát, mnoha jedinci. Jeho geneticky vysoce diverzifikované evropské populace patří jedinému poddruhu P. l. leniusculus (kapitola III). Ten je jedním ze...
|
|
|
Analýza primárních fotosyntetických procesů u jehličnanů: srovnání vybraných metod a možné využití při studiu genetické variability
Palovská, Markéta ; Holá, Dana (vedoucí práce) ; Albrechtová, Jana (oponent)
Jehličnany jsou významné jak z ekologického, tak ze socioekonomického hlediska, výzkum některých oblastí jejich biologie však zaostává. Týká se to např. jejich genetiky a šlechtění a zčásti i fyziologie. Vzhledem k tomu, že při kvantitativně-genetických analýzách potřebných pro šlechtění je třeba hodnotit vždy mnoho vzorků, a také proto, že klasické metody měření jsou poměrně pracné, uvažuje se o využití některých parametrů popisujících např. aktivitu fotosyntetického elektron-transportního řetězce (ETC). Metod měření aktivity fotosyntetického ETC je sice celá řada, ale jejich použití na jehličnanech nese různé problémy. V této práci se zabývám touto problematikou z různých úhlů. V první části práce jsem srovnávala aktivity částí fotosyntetického ETC u 8 druhů jehličnanů pomocí analýzy fluorescence chlorofylu (Chl) na intaktních jehlicích a pomocí polarografického měření na izolovaných chloroplastech. Každá metoda měla jinou vypovídací hodnotu. V druhé části jsem měřila fluorescenci Chl, reflektanční spektra a obsahy pigmentů u 536 geneticky definovaných stromů Pinus sylvestris L. Odhalila jsem poměrně vysokou genetickou variabilitu i heritabilitu v řadě parametrů. Stanovila jsem také vhodnost použití řady reflektančních indexů pro odhad obsahu pigmentů a vody v jehlicích. V třetím bloku jsem optimalizovala...
|
|
|
Dědičné a nedědičné faktory ovlivňující kvalitu řepkového oleje
Zemanová, Kateřina ; Sedláková, Vladimíra (vedoucí práce) ; Bečka, David (oponent)
Tato literární rešerše se dopodrobna zabývá kvalitou řepkového oleje v závislosti na dědičných a nedědičných faktorech. Spotřeba řepkového oleje každým rokem stoupá a kromě využití ve výživě lidí se zpracovává i v krmivářském průmyslu či jako biopalivo pro motorová vozidla. V řepkovém oleji má velké zastoupení zejména kyselina olejová. Dále se v něm nachází kyselina linolová a linolenová a nežádoucí kyselina eruková, jejíž množství je značně redukováno. Je podstatné zmínit i obsah glukosinolátů, jako antinutričních látek, které se spolu s kyselinou erukovou redukují a vzniká řepkový olej typu 00. Všechny tyto složky jsou v práci podrobně popsány. Obsah mastných kyselin v řepkovém oleji mohou ovlivňovat jak faktory genetické, tak faktory environmentální. Selekce hraje při šlechtění značnou roli. Vhodným výběrem správných genotypů spolu s vlivy vnějšího prostředí můžeme dosáhnout požadovaného cíle. Důležitou roli zde hraje i syntéza mastných kyselin, kde pomocí desaturačních enzymů řady fad, dochází k desaturaci kyseliny stearové na kyselinu olejovou, linolovou a linolenovou. Pomocí metody QTL je možné detekovat genové pozadí kvantitativních znaků. Hlavní geny zodpovídající za kvalitu řepkového oleje se nachází na chromosomech A, konkrétně A1, A3, A5 a A8, které jsou v práci zmíněny.
|
host ::
RSS.