|
|
Přirozené zdroje a ztráty chlorovaných uhlovodíků v ekosystému smrkového lesa
Štangelová, Pavla ; Tesařová, Eva (vedoucí práce) ; Pavlík, Milan (oponent)
Biogeochemický cyklus chloru, zvláště tvorba organicky vázaného chloru, není doposud příliš prozkoumán. V kontinentálních ekosystémech jsou chloridy významné nejen jako zdroj chloru, ale také jako stresový faktor. Chloridy pocházejí ze srážek, z oblačnosti tvořené nad mořem. Organicky vázaný chlor je v životním prostředí tvořen biotickou i abiotickou cestou. Biotickými faktory jsou mikroorganismy, rostliny, půdní enzymy a živočichové. Jednu skupinu organicky vázaného chloru představují těkavé chlorované uhlovodíky. Některé těkavé chlorované uhlovodíky reagují s atmosférickým ozonem, následkem čehož je rozklad ozonové vrstvy. Nejvýznamnějším pevninským zdrojem těkavých halogenovaných uhlovodíků je ekosystém smrkového lesa. Chloridy v půdě se mohou pomocí mikroorganismů přeměňovat na organicky vázaný chlor, nebo putují transpiračními proudy v rostlinách, kde jsou také enzymaticky přeměňovány na organicky vázaný chlor, oba pak mohou být emitovány do atmosféry. Přílišné množství chloridů však může negativně ovlivnit fyziologické funkce rostlin. V rámci této práce byly navrženy pokusy k naměření přirozených emisí těkavých halogenovaných uhlovodíků z rostlin a hub, s různě dlouhými dobami inkubace a také ověření vlivu přídavku chloridů na halogenační procesy. Nejprve byla ověřena vhodnost analytické...
|
|
|
Ecology of yeasts in forest soils
Mašínová, Tereza ; Baldrian, Petr (vedoucí práce) ; Marečková, Markéta (oponent) ; Kolařík, Miroslav (oponent)
Společenstva mikroorganismů ve svrchních horizontech půdy představují významnou složku lesních ekosystémů. Navzdory tomu, že kvasinky jsou nedílnou součást společenstev půdních hub, jejich roli v lesních ekosystémech dosud nebyla věnována dostatečná pozornost. Cílem této dizertační práce bylo popsat složení společenstva kvasinek v půdě a opadu temperátního lesa pomocí sekvenace environmentální DNA, identifikovat dominantní druhy kvasinek a popsat, jak složení jejich společenstva obráží biotické a abiotické podmínky prostředí. Dalším cílem bylo izolovat kvasinky z lesní půdy a opadu a popsat nové druhy, které jsou významně zastoupené v environmentální DNA. Reprezentativní izoláty byly charakterizovány z hlediska jejich schopnosti využívat organické látky a podílet se na rozkladu mrtvé organické hmoty. Výsledky této práce ukázaly, že kvasinky představují podstatnou část společenstev hub v půdě a opadu temperátního lesa s vyšším relativním zastoupením v půdě. V opadu se společenstva kvasinek liší mezi porosty buku, dubu a smrku. Faktory, ovlivňující složení společenstva v půdě, jsou pravděpodobně složitější a zahrnují vliv abiotických podmínek a vegetace. Přestože faktory prostředí ovlivňují společenstva kvasinek a vláknitých hub podobně, existuje mezi nimi rovněž mnoho rozdílů. Navzdory taxonomické...
|
|
|
Studium environmentálních vzorků pomocí pyrosekvenování a vliv intragenomové variability ITS rDNA oblasti na odhady diverzity hub
Zelenka, Tomáš ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Větrovský, Tomáš (oponent)
ITS region jaderné ribozomální DNA je dnes jeden z nejčastějších houbových barcode markerů. Používá se v environmentálních metagenomických analýzách, při determinaci hub, ale i při studiu jejich fylogeneze. V genomu se rDNA vyskytuje ve formě multikopiových tandemových repetic. Běžným Sangerovým sekvenováním získáme vždy pouze konsenzus repetic, zakrývající většinu možných intragenomových variancí. Stále častěji používané 454 pyrosekvenování odhaluje sekvence jednotlivých kopií. Většina mutací se během jevu zvaného concerted evolution vytrácí. Částečná variabilita v kopiích však zůstává zachována, včetně možných pseudogenů. Vzhledem k častému používání 454 sekvenování u environmentálních studií nejsme schopni tuto variabilitu odlišit od reálné diverzity. Tím pravděpodobně dochází k nadhodnocování skutečné diverzity a mylnému vyhodnocování dalších studií. Práce shrnuje studie zabývající se zjišťováním diverzity hub pomocí 454 sekvenování a zároveň předkládá rešerši současných poznatků o intragenomové variabilitě rDNA coby potenciálním zdroji nepravé diverzity. Doposud chybí experimentální práce, která by se komplexním propojením těchto problematik zabývala.
|
|
|
Molecular biology and ecology of microbial decomposition of plant-derived biopolymers in forest ecosystems
Žifčáková, Lucia ; Baldrian, Petr (vedoucí práce) ; Uhlík, Ondřej (oponent) ; Bárta, Jiří (oponent)
V této dizertační práci byly studovány schopnosti hub a bakterií degradovat jednoduché i složité uhlíkaté sloučeniny získané z různých zdrojů, jako jsou kořenové exsudáty, opad, půdní organická hmota nebo houbové mycelium. Znalost funkčních vlastností, zejména degradačních schopností hub a bakterií, je důležitá pro dešifrování černé skříňky fungování mikrobů v půdě, a tím pomáhá při modelování a předpovídání budoucích směrů vývoje mikrobiálních společenstev tváří v tvář globálním změnám. U sbírkových kmenů hub s různou taxonomií a ekofyziologií byla ekofyziologie důležitější při projevu funkčních vlastností než taxonomie. U bakteriálních izolátů z opadu a půdy smrkového lesa, bylo potvrzeno, že Acidobakterie produkují širokou škálu enzymů ve velkém množství in vitro, byly také hojně zastoupeny a také aktivní v procesech rozkladu v kyselé smrkové půdě. Exprese degradačních enzymů u bakterií i hub byly dále studovány in situ v půdě smrkového lesa, která představuje důležité životní prostředí vzhledem k širokému rozšíření jehličnatých lesů na severní polokouli. Naše znalosti, pokud jde o pochopení sezónního vlivu na mikrobiální činnost, jsou nedostatečné. To je důvod, proč byl studovaný vliv sezónnosti na transkripci všech funkčních genů u hub a bakterií. Stejné experimentální uspořádání bylo použito...
|
|
|
Kyjankovité houby: vývoj systematiky a diverzita v České republice
Matouš, Jan ; Holec, Jan (vedoucí práce) ; Tomšovský, Michal (oponent)
V první části bakalářské práce je čeleď Clavariaceae charakterizována z historického, morfologického a ekologického pohledu a jsou blíže představeny tři hlavní rody Clavaria, Clavulinopsis a Ramariopsis s klavarioidní (kyjankovitou) a ramarioidní (kuřátkovitou) morfologií plodnice. Druhá část práce popisuje vývoj systematiky a nejdůležitější rody, které se v určitých fázích vývoje systému v čeledi Clavariaceae objevily. Je také kladen důraz na znaky, které vedly autory k jejich závěrům, a na vývoj rodového pojetí zmíněných tří kyjankovitých rodů. Třetí část shrnuje starší i recentní znalosti o diverzitě zmíněných tří rodů v České republice na základě údajů v literatuře. Jsou zde představeny druhy, které byly na našem území nalezeny a jsou stručně charakterizovány z ekologického hlediska. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Aktuálně používané antifungální látky a mechanismus jejich účinku.
Zaleš, František ; Gabriel, Jiří (vedoucí práce) ; Ptáček, Petr (oponent)
Fungicidy jsou látky, které jsou schopné houbu zabít (jsou tedy fungicidní), nebo zpomalit či zastavit její růst (jsou tedy fungistatické). Některé fungicidy mají i insekticidní vlastnosti a mohou tak nabídnout dvojí ochranu. Tato práce se převážně zabývá fungicidními látkami, které se používají k ochraně dřeva a dřevěných konstrukcí před dřevokaznými houbami. Součástí je i krátký přehled dřevokazných hub a také náhled do historie fungicidů, ale cílem této práce je poskytnout přehled aktuálně užívaných fungicidních látek v oblasti ochrany dřeva před dřevokaznými houbami a pomocí dostupné literatury se pokusit popsat jejich mechanismus účinku. Klíčová slova: houby, fungicidy, stavby, obecné ohrožení, rozklad dřeva, mechanismus účinku
|
|
|
Genetika hub, evoluce genomu a vyuziti prutokoveho cytometru pri studiu DNA
Würtherlová, Tereza ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Kostovčík, Martin (oponent)
Genom hub je dynamicky se měnící struktura. Jeho přestavbou může organismus reagovat na změny v prostředí a neustále se vyvíjet. Zajímavý jev je časté zvětšení genomu doprovázející přechod houby k parazitickému nebo mutualistickému způsobu života. Může se jednat o zmnožení některých chromosomů (aneuploidizace), duplikaci celého genomu (polyploidizace) nebo o šíření repetitivních sekvencí. Vliv velikosti genomu na ekologii a životní strategii organismu je v posledních letech stále více studován. V mykologii však prozatím uniká větší pozornosti. Průtokový cytometr (FCM) je moderní a progresivně se vyvíjející metoda umožňující zjistit velikost genomu, případně i odhadnout procentuální zastoupení GC/AT bází. Kombinace FCM se znalostmi ekologie hub a mechanismů utvářejících genom umožňuje odhalit obecné tendence evolučních procesů. Má práce shrnuje poznatky o mechanismech vedoucích ke změně velikosti/struktury houbového genomu, o korelacích s velikostí genomu a představuje princip průtokového cytometru a jeho uplatnění v mykologii.
|
|
|
Vliv dominantní dřeviny a zrnitosti substrátu na složení mikrobiálního společenstva studovaného pomocí PLFA
Stachová, Sandra ; Frouz, Jan (vedoucí práce) ; Heděnec, Petr (oponent)
Cílem diplomové práce bylo provedení analýzy půdních mikrobiálních společenstev tří ekologicky odlišných lokalit, cca 25 let starých, lesnicky rekultivovaných, výsypek v Polské republice, a to konkrétně výsypky hnědouhelného lomu Bełchatów a pískoven Piaseczno a Szczakowa. Účelem analýz bylo vyhodnocení míry závislosti složení mikrobiálních společenstev na různé zrnitosti substrátu a na dominantní dřevině v jednotlivých lokalitách. Dominantními dřevinami byly porosty břízy bělokoré (Betula pendula), borovice lesní (Pinus silvestris), dubu letního (Quercus robur) a olše lepkavé (Alnus glutinosa). Analýza půdních mikrobiálních společenstev byla provedena metodou vyhodnocování specifických fosfolipidových mastných kyselin (PLFA) mikroorganizmů, která je nejvhodnějším způsobem provedení relativně rychlé analýzy velkého množství vzorků, neboť PLFA jsou extrahovatelné a fungují jako biomarkery indikující přítomnost a množství mikroorganizmů (hub, G- a G+ bakterií, aktinobakterií apod.) a umožňují tak kvalitativní a kvantitativní zhodnocení celých mikrobiálních společenstev. Analýza PLFA umožňuje pomocí celkové koncentrace PLFA detekovat v půdě živou mikrobiální biomasu. Celkem bylo analyzováno 66 vzorků půd, z toho 33 z Oe vrstvy a 33 z A vrstvy vždy ve 3 replikacích, tedy na každé lokalitě pod každou...
|
|
|
Taxonomy, diversity and clinical relevance of the genus Aspergillus
Hubka, Vít ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Labuda, Roman (oponent) ; de Beer, Wilhelm (oponent)
Aspergillus je druhově bohatý rod zahrnující téměř 400 druhů, který má velký ekonomický význam v oblastech medicíny, potravinářství, farmakologii a biotechnologických disciplínách. Výzkum zahrnutý v této práci se zaměřuje na aktuální problémy týkající se rodového konceptu, podrodové klasifikace a delimitace druhů. Práce reaguje na potřebu taxonomických revizí některých sekcí a druhových komplexů, a poskytuje nové informace o etiologii aspergilózy. Citlivosti k běžně užívaných antimykotikům jsou poskytnuty pro některé méně běžné oportunní patogeny. Taxonomická část práce přispěla k taxonomické stabilitě a novému konceptu rodu Aspergillus, který se změnil v reakci na přerušení duální nomenklatury u hub. Byl shromážděn dostatek argumentů (např. ověření monofilie, jednotící fenotypové znaky) pro zachování širokého pojetí rodu a vyhnutí se jeho rozdělení na několik rodů. Všechny rody typifikované jmény teleomorf a mající anamorfu Aspergillus byly synonymizovány s rodem Aspergillus, a byla vybrána vhodná jména podle pravidel priority; byly vytvořeny nové kombinace pro teleomorfní druhy, které postrádaly příslušná jména v rodě Aspergillus. Tato práce také přispěla ke zdokonalení podrodového členění prostřednictvím návrhu čtyř nových sekcí v podrodu Circumdati, které byly vytvořeny pro druhy s dosud...
|
|
|
Mykobiota šťovíku krmného
Janďourková, Hana ; Novotný, David (vedoucí práce) ; Mazáková, Jana (oponent)
Šťovík krmný (Rumex patientia L. x Rumex tianschanicus A. Los.) je rostlina s velkým výnosem nadzemní biomasy. Z tohoto důvodu je pěstována pro energetické účely, ale na Ukrajině je také významnou krmnou plodinou. Přestože se šťovík krmný v České republice pokusně pěstuje už od roku 1992 (provozně od roku 2001), nebyla ještě zkoumána jeho mykobiota. Cílem této práce bylo zjistit složení mykobioty zdravých rostlin a mykobioty asociované se skvrnitostmi listů a stonků. Dále pak ověřit zda houby izolované ze skvrn tyto skvrny mohou způsobovat a jestli mohou být skvrnitosti způsobeny již dříve izolovanou houbou Phomopsis sp. Vzorky byly odebrány ze 4 lokalit v České republice, ve třech odběrech v průběhu vegetační sezony. Endofyty byly izolovány z kořene, stonku a listu. Houby asociované se skvrnami byly izolovány ze stonku a listu. Houby byly kultivovány na 2 % sladinovém agaru a pak morfologicky určovány. Z reprezentativních kmenů pak byla izolována DNA a sekvence úseku ITS byla porovnána s databází GenBank, tak bylo ověřeno morfologické určení a určeny sterilní druhy. Nejčastějšími endofyty byly Clonostachys rosea f. rosea, Cladosporium cladosporioides, Rhizopus arrhizus var. arrhizus, Alternaria alternata a Acremonium strictum typ 1. Nejčastějšími houbami asociovanými se skvrnami byly Acremonium...
|
host ::
RSS.