|
|
Syntéza sulfanylaminoderivátů cyklodextrinů a počítačová simulace tvorby jejich komplexů
Provazníková, Adéla ; Jindřich, Jindřich (vedoucí práce) ; Míšek, Jiří (oponent)
Tato diplomová práce pojednává o syntéze série 6I -N-monosubstituovaných β-CD, jejichž substituentem je různě dlouhý lineární řetězec obsahující disulfidickou vazbu a zakončený aminoskupinou. Celá série byla úspěšně připravena prostřednictvím nukleofilní substituce toluensulfonylové skupiny tosyl-β-CD diaminovou spojkou. V případě vazby nejkratší spojky (cystaminu) byl derivát připraven ve výtěžku 35 %. Při syntéze derivátů substituovaných spojkami odvozenými od di-, tri- a tetraethylenglyku byla výtěžnost dvojnásobná a pohybovala se mezi 66 a 85 %. Všechny tři spojky byly připraveny pomocí standardních chemických přeměn. Pro izolaci výslených derivátů byly vyvinuty optimální soustavy založené na n-butanolu. Abychom lépe pochopili chování cílových derivátů v roztoku, byly provedeny jejich molekulárně dynamické (MD) simulace. Látky byly připravovány pro použití při vývoji fluorescenčních chemosezorů. Za stejným účelem byla studována inkluze vybraných organických molekul do kavity β-CD pomocí molekulové dynamiky a optimalizována metoda pro MD výpočet jejich relativních vazebných energií. Přestože se ani po optimalizaci metoda nezdá dostatečně přesná, výsledky odpovídají řádem i znaménkem experimentálním hodnotám.
|
|
|
Počítačové studium skládání proteinů na zjednodušených modelech
Nierostek, Jakub ; Uhlík, Filip (vedoucí práce) ; Jirsák, Jan (oponent)
Cílem práce je navrhnout a popsat vhodný zhrubený model proteinu, na jehož základě bude studován protein-folding. Model bude implementován jako počítačový program, jeho vývoj v čase bude zajišťovat Hamiltonian Monte Carlo. Pomocí simulace na počítači bude zkoumán jak protein-folding samotný, tak veličiny, které jej charakterizují a podobnost nativní konfigurace skutečného a námi simulovaného proteinu. Klíčová slova: skládání proteinů, počítačová simulace, Hamiltonian Monte Carlo, zhrubené modely 1
|
|
|
Effect of acid-base equilibria on the association behaviour of polyelectrolytes
Staňo, Roman ; Košovan, Peter (vedoucí práce) ; Heyda, Jan (oponent)
Název práce: Vliv acidobazických rovnováh na asociační chování polyelektroly- tovů Autor: Roman Staňo Katedra: Katedra fyzikální a makromolekulární chemie Školitel: RNDr. Peter Košovan, Ph.D., Katedra fyzikální a makromolekulární chemie Abstrakt: Makromolekuly jejichž monomérní jednotky nesou náboj, jsou v přírodě rozšířenými stavebními bloky. Struktura a aktivita těchto makromolekul je ovlivněna množstvím náboje na polymerním řetězci, které může být regulováno například prostředníctvím pH. Makromolekulární materiály schopné reagovat na změny pH okolí jsou velice perspektivní pro aplikace jako nosiče pro cílené uvol- ňování léčiv, nebo jako reverzibilní hydrogely. Fundamentální principy regulace náboje prostřednictvím pH však stále nejsou dostatečně objasněny, a to jak v přírodních, tak syntetických systémech. Důvodem může být nedostatek vhodných teoretických modelů a výpočetních metod. V této práci jsme použili zrhubené modely a molekulové simulace, abychom porozuměli fyzikálním principům aci- dobazických rovnováh v makromolekulárních systémech ve vztahu k multiva- lenci a struktuře makromolekul. Představili jsme nový model komplexních koac- ervátů a použili jej k popisu fázové a rozdělovací...
|
|
|
Effect of acid-base equilibria on the association behaviour of polyelectrolytes
Staňo, Roman ; Košovan, Peter (vedoucí práce) ; Heyda, Jan (oponent)
Název práce: Vliv acidobazických rovnováh na asociační chování polyelektroly- tovů Autor: Roman Staňo Katedra: Katedra fyzikální a makromolekulární chemie Školitel: RNDr. Peter Košovan, Ph.D., Katedra fyzikální a makromolekulární chemie Abstrakt: Makromolekuly jejichž monomérní jednotky nesou náboj, jsou v přírodě rozšířenými stavebními bloky. Struktura a aktivita těchto makromolekul je ovlivněna množstvím náboje na polymerním řetězci, které může být regulováno například prostředníctvím pH. Makromolekulární materiály schopné reagovat na změny pH okolí jsou velice perspektivní pro aplikace jako nosiče pro cílené uvol- ňování léčiv, nebo jako reverzibilní hydrogely. Fundamentální principy regulace náboje prostřednictvím pH však stále nejsou dostatečně objasněny, a to jak v přírodních, tak syntetických systémech. Důvodem může být nedostatek vhodných teoretických modelů a výpočetních metod. V této práci jsme použili zrhubené modely a molekulové simulace, abychom porozuměli fyzikálním principům aci- dobazických rovnováh v makromolekulárních systémech ve vztahu k multiva- lenci a struktuře makromolekul. Představili jsme nový model komplexních koac- ervátů a použili jej k popisu fázové a rozdělovací...
|
|
|
Analýza a optimalizace tepelného chování budov
Nováková, Iva ; Gebauer, Günter (oponent) ; Šikula, Ondřej (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá výzkumem účinnosti obnovitelných a nízkopotenciálních zdrojů energie budov. Je založena na numerických simulacích sdílení tepla kancelářské budovy a jejích otopných a chladicích systémů v programu DesignBuilder. Jsou porovnány různé zdroje energie a způsoby ovládání vytápění a chlazení. Výsledky jsou hodnoceny z hlediska doby, po kterou nebylo dosaženo požadovaného komfortu v budově, a také z hlediska spotřeby energie a její ceny.
|
|
|
Analýza vnitřního klimatu lázeňského komplexu
Chadima, Tomáš ; Rubinová, Olga (oponent) ; Horká, Lucie (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá environmentálním hodnocením budov, konkrétně objektem Letních lázní v Karlově Studánce. První část práce popisuje tuto problematiku a legislativu. Také je zde popsán způsob experimentálního měření a způsoby měření vlhkosti. Druhá část se zabývá analýzou zadaného objektu, popisu vybraných obnovitelných zdrojů a popisu možných úprav objektu. Třetí část je věnována modelování a simulaci zadaného objektu v programu DesignBuilder. Pomocí modelu byly vytvořeny různé simulace s různými úpravami za účelem snížení energetické náročnosti objektu. Následně byly výsledky zhodnoceny a porovnány.
|
|
|
«Imitacianism»
Khaust, Elizabet ; JANOŠČÍK, Václav (vedoucí práce) ; ŠIMŮNEK, Michal (oponent)
První fázi této práce bych chtěla věnovat analýze několika sociologickým
pojmům, vznikajících pod postmoderním vlivem a označít je jako klíčové koncepty,
které budu používat po dobu mé diplomové práce.
V další fázi chci pochopit, jak moc lze vysledovat kořeny tohoto tématu.
A finální etapou chci představit termín «Imitacianismus» jako pojem označující
umění při použití medialních avatarů. To znamená, že využívají alter ego nebo alter
situace vytvořené v prostoru sociálních médií. Aby bylo možné dobře
analyzovat toto téma, chci prozkoumat některé příklady uměleckých děl, které jsou
s ním spojeny.
|
|
|
Interakce slabých polyelektrolytů s multivalentními ionty
Staňo, Roman ; Košovan, Peter (vedoucí práce) ; Heyda, Jan (oponent)
Prostřednictvím molekulárních simulací studujeme disociační chování slabých polykyselin s přídavkem soli. Slabé polykyseliny jsou makromolekuly, které ne- sou slabě kyselé skupiny a proto sa jejich ionizace mění s pH. Titrační křivka takové kyseliny se odchyluje od ideální - její ionizace je potlačena kvůli silnému odpuzování mezi nabitými skupinami na kontuře polykyseliny. Přítomnost soli v roztoku polykyse- liny zvyšuje ionizaci vlivem účinků elektrostatického stínění a kondenzace protiiontů. Vliv valence na ionizaci slabých polykyselin soli nebyl doposud zkoumán, i když hraje důležitou roli v biologických procesech. V této práci studujeme roztoky slabých poly- kyselin s přídavkem solí různé valence kationtů (+1,+2,+3) při konstantním poměru náboje kationtů k počtu polymérnych segmentů. Pozorujeme, že zvyšování valence ka- tiontů soli podporuje ionizaci polyelektrolytů způsobem, který se liší od efektu zvýšení iontové síly. Vyšší valence protiiontů vede k nižší hodnotě kritického Manningova pa- rametru a způsobuje silnou kondenzaci protiiontů, která vede k další ionizaci poly- elektrolytů v důsledku korelací mezi kondenzovanými protiionty a nabitými skupinami polyelektrolytů.
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.