|
|
Computer Simulation Methods of Soft Matter
Kazakov, Aleksandr ; Uhlík, Filip (vedoucí práce) ; Bačová, Petra (oponent) ; Jirsák, Jan (oponent)
iv UNIVERZITA KARLOVA Přírodovědecká fakulta Katedra fyzikální a makromolekulární chemie Disertační práce Počítačové Simulační Metody pro Soft Matter by MS. Aleksandr D. KAZAKOV Abstrakt Tato dizertační práce je věnována teoretickému studiu hydrogelů za různých podmínek a implementování nových simulačních přístupů pro materiály založené na polymerech a uhlíku. Hydrogely byly modelovány za přítomnosti vícemocných iontů v dobrém roz- pouštědle a za různých koncentracích jednomocných solí a různých hodnot pH- pK ve špatném rozpouštědle. Soutěž mezi elektrostatickou repulzí a hydrofobním jevem vedla v případě slabých polyelektrolytů k přechodu prvního řádu. Studie ukázala jak využít a vyladit přechod vzhledem k parametrům. Byla implementována nová hybridní MC-SCF metoda, která kombinuje Scheu- tjensovu-Fleerovu metodu středního pole a zhrubené modely řízené metodou Monte Carlo. Studie poskytla srovnání s oběma přístupy. Rodina fullerenů se sudým počtem atomů uhlíku n = 20-80 byla popsána meto- dou DFT a výsledky následně naučeny konvoluční neuronovou sítí. Studie ukázala dramatické snížení výpočetních nároků při použití neuronové sítě. Tato práce je relevatní pro návrh nových funkčních materiálů na bázi polymerů i pro rozšíření existujích zde diskutovaných...
|
|
|
Počítačové modelování makromolekul
Khirnova, Oleksandra ; Uhlík, Filip (vedoucí práce) ; Jirsák, Jan (oponent)
V této práci studujeme difúzi lineárních a cyklických polymerů. Provádíme simulace pomocí Brownovské dynamiky v θ-rozpouštědle a dobrém rozpouštědle pro několik hydrodynamick- ých modelů. Výsledky srovnáváme s několika existujícími teoriemi. V této práci studujeme difúzi lineárních a cyklických polymerů. Provádíme simulace pomocí Brownovské dynamiky v θ-rozpouštědle a dobrém rozpouštědle pro několik hydrodynamických modelů. Výsledky srovnáváme s několika exis- tujícími teoriemi. V této práci studujeme difúzi lineárních a cyklických polymerů. Provádíme simu- lace pomocí Brownovské dynamiky v θ-rozpouštědle a dobrém rozpouštědle pro několik hydrodynam- ických modelů. Výsledky srovnáváme s několika existujícími teoriemi. V této práci studujeme difúzi lineárních a cyklických polymerů. Provádíme simulace pomocí Brownovské dynamiky v θ-rozpouštědle a dobrém rozpouštědle pro několik hydrodynamických modelů. Výsledky srovnáváme s několika exis- tujícími teoriemi. V této práci studujeme difúzi lineárních a cyklických polymerů. Provádíme simulace pomocí Brownovské dynamiky v θ-rozpouštědle a dobrém rozpouštědle pro několik hydrodynamických modelů. Výsledky srovnáváme s několika existujícími teoriemi.
|
|
|
On a molecular theory of water
Jirsák, Jan ; Nezbeda, Ivo (vedoucí práce) ; Hrubý, Jan (oponent) ; Kolafa, Jiří (oponent) ; Jungwirth, Pavel (oponent)
Souhrn Voda je nejdůleŽitějšíkapalirrou na Zelni, ale pŤes nesmírnéúsilíjsrne jíještě zcela neporozumě]i. U vody byla potvrzena Ťad'a termodynamických anomá]ií (napŤ. maximum hustoty pŤi 4.C) a jejich výskyt byl intuitivně dán do sou- vislosti se si]nou mezimolekulární asociativní siiou, tj. vodíkovou vazbou' }íicméně,dosud neb5,la zformuIována rigorózní mo]ekuiární teorie. Předkláclaná práce se snažínavrhnout a aplikovat rigorózní statisticko- -mechanický přístrrp k vodě' Tento přístup je za|oŽen na nedávných po- znatcích, žestruktura asociativních tekutin je určena předevšímkrr{tkoáo- sa}rovýnri silanri (jak odpudivýrni, tak přitažlivýrni). Tato skutečnostnám umoŽňuje aplikovat poruchovou teorii a pouŽít krátkodosahový model jako referenci. Vlastnosti krátkodosahového referenčníhomodelu jsou potéodhad- nuty pomocí jednoduchého, tzv. primitivního, modelu. Primitivní modely se analyticky konstruují tak, aby reprod.ukovaly struktury krátkodosahového referenčníhomode]u a přítom zachovaly jednoduchost interakcí dostatečnou k teoretickému popisu' Příspěvek primitivního modelu vyjádřený Werthei- movotl TPT2 je použit jako referenčníčlenv poruchovém rozvoji. Stavová r.ovnice se potonr doplní o disperzní a dipól-clipólový korekčníčlen' Hlavní výsledky práce jsou následující: (i) Je vyietŤováno chování jedno- duché...
|
|
|
Počítačové studium skládání proteinů na zjednodušených modelech
Nierostek, Jakub ; Uhlík, Filip (vedoucí práce) ; Jirsák, Jan (oponent)
Cílem práce je navrhnout a popsat vhodný zhrubený model proteinu, na jehož základě bude studován protein-folding. Model bude implementován jako počítačový program, jeho vývoj v čase bude zajišťovat Hamiltonian Monte Carlo. Pomocí simulace na počítači bude zkoumán jak protein-folding samotný, tak veličiny, které jej charakterizují a podobnost nativní konfigurace skutečného a námi simulovaného proteinu. Klíčová slova: skládání proteinů, počítačová simulace, Hamiltonian Monte Carlo, zhrubené modely 1
|
|
|
On a molecular theory of water
Jirsák, Jan ; Nezbeda, Ivo (vedoucí práce) ; Hrubý, Jan (oponent) ; Kolafa, Jiří (oponent) ; Jungwirth, Pavel (oponent)
Souhrn Voda je nejdůleŽitějšíkapalirrou na Zelni, ale pŤes nesmírnéúsilíjsrne jíještě zcela neporozumě]i. U vody byla potvrzena Ťad'a termodynamických anomá]ií (napŤ. maximum hustoty pŤi 4.C) a jejich výskyt byl intuitivně dán do sou- vislosti se si]nou mezimolekulární asociativní siiou, tj. vodíkovou vazbou' }íicméně,dosud neb5,la zformuIována rigorózní mo]ekuiární teorie. Předkláclaná práce se snažínavrhnout a aplikovat rigorózní statisticko- -mechanický přístrrp k vodě' Tento přístup je za|oŽen na nedávných po- znatcích, žestruktura asociativních tekutin je určena předevšímkrr{tkoáo- sa}rovýnri silanri (jak odpudivýrni, tak přitažlivýrni). Tato skutečnostnám umoŽňuje aplikovat poruchovou teorii a pouŽít krátkodosahový model jako referenci. Vlastnosti krátkodosahového referenčníhomodelu jsou potéodhad- nuty pomocí jednoduchého, tzv. primitivního, modelu. Primitivní modely se analyticky konstruují tak, aby reprod.ukovaly struktury krátkodosahového referenčníhomode]u a přítom zachovaly jednoduchost interakcí dostatečnou k teoretickému popisu' Příspěvek primitivního modelu vyjádřený Werthei- movotl TPT2 je použit jako referenčníčlenv poruchovém rozvoji. Stavová r.ovnice se potonr doplní o disperzní a dipól-clipólový korekčníčlen' Hlavní výsledky práce jsou následující: (i) Je vyietŤováno chování jedno- duché...
|
|
|
Počítačové modelování makromolekul
Khirnova, Oleksandra ; Uhlík, Filip (vedoucí práce) ; Jirsák, Jan (oponent)
V této práci studujeme difúzi lineárních a cyklických polymerů. Provádíme simulace pomocí Brownovské dynamiky v θ-rozpouštědle a dobrém rozpouštědle pro několik hydrodynamick- ých modelů. Výsledky srovnáváme s několika existujícími teoriemi. V této práci studujeme difúzi lineárních a cyklických polymerů. Provádíme simulace pomocí Brownovské dynamiky v θ-rozpouštědle a dobrém rozpouštědle pro několik hydrodynamických modelů. Výsledky srovnáváme s několika exis- tujícími teoriemi. V této práci studujeme difúzi lineárních a cyklických polymerů. Provádíme simu- lace pomocí Brownovské dynamiky v θ-rozpouštědle a dobrém rozpouštědle pro několik hydrodynam- ických modelů. Výsledky srovnáváme s několika existujícími teoriemi. V této práci studujeme difúzi lineárních a cyklických polymerů. Provádíme simulace pomocí Brownovské dynamiky v θ-rozpouštědle a dobrém rozpouštědle pro několik hydrodynamických modelů. Výsledky srovnáváme s několika exis- tujícími teoriemi. V této práci studujeme difúzi lineárních a cyklických polymerů. Provádíme simulace pomocí Brownovské dynamiky v θ-rozpouštědle a dobrém rozpouštědle pro několik hydrodynamických modelů. Výsledky srovnáváme s několika existujícími teoriemi.
|
|
|
Molecular Simulation of Electrospinning.
Jirsák, Jan ; Moučka, F. ; Nezbeda, Ivo
Our recent attempts to apply standard molecular simulation techniques to the process of electrospinning are presented. We employ a molecular dynamics simulation to study phenomena involved in the electrospinning of polymer solutions, with particular attention to the formation of the Taylor cone and the development of a liquid jet. A molecular-based approach allows us to reveal the molecular structure and dynamics, which are inaccessible to continuum methods.
Plný tet: SKMBT_22317031713170 -  PDF
Plný text: content.csg - PDF
|
|
| |
host ::
RSS.