|
|
Komparační analýza genomických dat pomocí grafické reprezentace
Těthal, Jiří ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Práce se zabývá identifikací druhů živočichů pomocí denzity nukleotidů mitochondriálního genu CO1. V první části práce jsou teoreticky shrnuty informace o DNA barcodingu a buněčné organele mitochondrii, která s touto metodou úzce souvisí. Druhá část se již prakticky zabývá porovnáváním různých sekvencí s využitím denzity jejich nukleotidů. K tomuto účelu byl vytvořen program, který využívá dvě funkce, přičemž první ze zadaných sekvencí nukleotidů vypočítá jejich denzitu a druhá dokáže tyto denzity porovnat distanční metodou.
|
|
|
Rekombinantní probiotika
Surá, Tereza ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
V teoretické části se pojednává o současném stavu a výzkumu rekombinantních probiotik, jejich využitelnosti v potravinářství a zdravotnictví. Dále se zabývá jejich příznivými účinky na zdraví jedince. Experimentální část je zaměřena na identifikaci určitého bakteriálního kmene v probiotických doplňcích stravy. Z těchto výrobků byla izolována DNA pomocí magnetických mikročástic a následně analyzována pomocí polymerázové řetězové reakce.
|
|
|
Identifikace kvasinek z interspecifické odrůdy vinné révy
Sadel, Peter ; Omelková, Jiřina (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Cieľom diplomovej práce bolo identifikovať a charakterizovať kvasinky z muštu odrody Hibernal a tiež zbierkové kvasinky využitím metódy RFLP-PCR. Diplomová práca začala teóriou, ktorá sa zaoberala vínom, kvasinkami a použitím metód molekulárnej biológie. Na teóriu nadväzovala experimentálna časť, ktorá bola rozdelená na dve oblasti. Prvá časť experimentálnej práce mala za úlohu charakterizovať a identifikovať kvasinky z muštu odrody Hibernal pomocou metódy PCR a následne RFLP-PCR. Vo vzorkách muštu bola dokázaná prítomnosť kvasiniek rodu Saccharomyces a Pichia. Úlohou druhej experimentálnej časti diplomovej práce bolo rozšíriť databázu o zbierkové kvasinky za použitia rovnakých postupov a metód ako v prvej experimentálnej časti.
|
|
|
Testování bakterií mléčného kvašení rodu Lactobacillus produkujících bakteriociny
Volecová, Veronika ; Němcová, Andrea (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Antimikrobiální látky, respektive bakteriociny jsou látky produkované probiotickými bakteriemi mléčného kvašení. Mají pozitivní vliv na gastrointestinální trakt člověka a nacházejí významné uplatnění v potravinářském, ale i farmaceutickém průmyslu. Cílem diplomové práce byla molekulární identifikace bakterií mléčného kvašení do rodu Lactobacillus a jejich následné druhové zařazení pomocí metody PCR. Pomocí metody PCR byly testovány geny zodpovědné za produkci bakteriocinů. Pro potvrzení produkce bakteriocinů byla zvolena i mikrobiologická metoda, tzv. agarózový kapkový spot-test. Do předkládané práce byla zařazena i bioinformatická část pro posouzení specifičnosti a nespecifičnosti použitých primerů s využitím Primer-BLAST programu.
|
|
|
Využití magnetických mikročástic pro izolaci a průkaz probiotické bakteriální DNA v masných výrobcích
Vašíček, Roman ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Tato práce pojednává o izolaci probiotické DNA z masných výrobků a jejím stanovení pomocí metod PCR. V práci je vyvinuta metoda homogenizace vzorků salámů kopistem, příprava hrubých lyzátů buněk salámů a izolace DNA z lyzátů buněk pomocí a magnetických mikročástic. DNA byla izolována z hrubých lyzátů salámů pomocí magnetických mikročástic. Izolovaná DNA pak byla amplifikována v rodově i druhově specifických PCR. V testovaných výrobcích byla prokázána přítomnost DNA domény Bacteria, rodů Lactobacillus a Bifidobacterium. V jednom výrobku byla prokázána DNA druhů Lactobacillus acidophilus a Bifidobacterium.
|
|
|
Identifikace PHA produkujících bakterií pomocí nástrojů molekulární biologie
Gajdová, Barbora ; Obručová,, Hana (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá identifikací bakterií, které jsou schopny produkce polyhydroxyalkanoátů (PHA). Mezi testovanými bakteriemi byli převážně zástupci rodu Pseudomonas, Lactobacillus, Bifidobacterium, dále vzorky z termofilní kultury a vzorky z přírodních zdrojů. Bakterie byly testovány pomocí molekulárně biologické metody PCR. Byla analyzována amplifikace genu kódujícího PHA syntázu (phaC). V první reakci byl detekován jak phaC gen zodpovědný za syntézu PHA, tak současně i 16S rRNA, který slouží jako ověření bakteriální DNA a u neznámých vzorků z přírodních zdrojů sloužil také jako způsob identifikace konkrétního kmenu. Jednalo se o multiplexní PCR, která využívala více primerů ve směsi pro PCR. Druhou reakcí byl hledán amplikon, který je specifický pro syntázu, jež katalyzuje biosyntézu mcl-PHA (phaC1). Přítomnost genu pro tvorbu PHA syntázy byla prokázána u 11 vzorků a těmi byly Bifidobacterium breve CCM 7825T, Lactobacillus rhamnosus CCM 1825T, Lactobacillus zeae CCM 7069T, Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus CCM 7190T, Lactobacillus plantarum CCM 7039T, Pseudomonas gessardii, Pseudomonas fulva, Arthrobacter protophormiae, Curtobacterium flaccumfaciens, Mycobacterium neoaurum a Staphylococcus lentus.
|
|
|
Molekulární diagnostika přítomnosti probiotik v fermetovaných potravinových matricích rostlinného původu
Péčiová, Bianka ; Fialová, Lenka (oponent) ; Smetana, Jan (vedoucí práce)
Probiotické baktérie sú dôležitou súčasťou ľudskej výživy a prinášajú mnohé zdravotné benefity. Konzumujeme ich nielen v tradičných mliečnych fermentovaných potravinách, ale čoraz viac sa do popredia dostávajú aj fermentované výrobky rastlinného pôvodu. V teoretickej časti práce sú zhrnuté všeobecné poznatky o probiotických mikroorganizmoch, jednotlivých druhoch používaných pri technológii spracovania rastlinných a mliečnych fermentovaných produktov, a ich vplyvov na ľudské zdravie. Nasledujúce kapitoly sú venované rôznym metódam identifikácie probiotických baktérií s dôrazom na molekulárnu diagnostiku, konkrétne metódou PCR. Experimentálna časť sa sústreďuje na identifikáciu baktérií mliečneho kvasenia vo fermentovanom produkte rastlinného pôvodu – v kvasenej kapuste za použitia dvoch metód izolácie bakteriálnej DNA a následnej analýze metódou PCR.
|
|
|
Molekulární typizace bakterií mléčného kvašení
Jelínek, Zdeněk ; Ing. Špano Miroslav,PhD. (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Bakterie mléčného kvašení nacházejí uplatnění nejen v potravinářském průmyslu, ale také ve zdravotnictví. Jsou součástí mnoha fermentovaných mléčných výrobků i běžné střevní mikroflóry. Pro identifikaci bakterií byla vyvinuta celá řada metod, v této práci se však zaměříme na Rep-PCR a RAPD. Cílem bude zhodnotit vliv různých korelačních koeficientů a algoritmů shlukové analýzy dat na taxonomické zařazení bakterií.
|
|
|
Webová aplikácia pre výber sekvenačných primerov pre amplikónové sekvenovanie 16S rRNA
Jurča, Jan ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Smatana, Stanislav (vedoucí práce)
Hlavním cílem této práce byl návrh a implementace webové aplikace, která je, na základě uživatelské volby, schopna ohodnotit primerové páry určené pro 16S rRNA amplikonové sekvenování a zjednodušit uživateli výběr primerového párů pro jeho specifické potřeby. Ohodnocení je realizováno na základě databáze primerových párů, která obsahuje data o specifitě a senzitivitě každého jednoho primerového páru. Součástí práce byla i výkonnostní optimalizace algortimu pro výpočet senzitivity a specificity a jeho integrace do aplikace. Díky čemuž aplikace umožňuje uživateli provést analýzu vlastního primerového páru a získat informace o pozici amplifikovaného regionu, senzitivitě a specificitě.
|
|
|
Isolation of yeasts from the vineyard and their using in the production of wine
Ždiniaková, Tereza ; Trachtová, Štěpánka (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
The aim of this thesis was the isolation and identification of yests obtained from the wine berries by different molecular methods. The yeasts for identification were collected from the species of Veltlínské zelené white wine from the wineyard from Milotice, district Hodonín. Identification based on analysis DNA by PCR method and followed by RFLP using restriction enzymes HaeIII, HinfI, HhaI a TaqI. To obtain values lenghts of the restriction fragments was used gel electrophoresis. For getting genetic similarity of analyzed yeasts was used BioNumerics software, that processe the results using cluster analysis using Jaccard´s coefficients and the yeasts were identified by comparing the characteristic lenghts with number of articles and educational databases.
|
host ::
RSS.