|
|
Study of yeasts transglycosylases
Čurillová, Natália ; Ing.Hana Schusterová, Ph.D. (oponent) ; Stratilová, Eva (vedoucí práce)
This study is interested in properties of fungal transglycosylases, specifically Phr1, Phr2 and Crh2. These enzymes are involved in the remodelling of yeast cell walls due to their cleavage of structural donor polysaccharides and transfer of their fragments to the other acceptor (poly)saccharide molecules. The mammalian cells do not contain cell walls, nor cell wall transglycosylases, that´s why these enzymes are possible targets for antifungal agents. In this diploma thesis the effect of 67 commercially available inhibitors on Phr1 and Phr2 enzymes was studied by rapid screening. In the case of the Phr1 enzyme, two inhibitors showed a potential effect which was subsequently tested by size exclusion chromatography column incorporated into HPLC device. None of the inhibitors were found to have an inhibitory effect on Phr1 or Phr2 enzymes in contrast to DMSO in which all inhibitors were dissolved. The mode of action of Phr enzymes was also studied by thin layer chromatography and high performance liquid chromatography. The first method allowed to monitor the formation of products only in the later stages of the reaction, but more sensitive size exclusion chromatography showed the product formation at the beginning of the reaction. Phr1 cleaved the donor substrate near the non-reducing end and forms small fragments that are transfered to labeled acceptors during the whole reaction. Phr2 utilized random action pattern, thus creating products with higher molecular weight from the beginning of reaction. The effect of the polymerization degree of acceptor on it´s affinity with the Crh2 was also studied. The Michaelis-Menten constants showed no effect of acceptor lenght on the affinity between enzyme and substrate.
|
|
|
interaction of adhesive with structural wood
Janová, Petra ; Rovnaník, Pavel (oponent) ; Vaněrek, Jan (vedoucí práce)
This labor is based on penetration of adhesives into a wood cell walls. It focuses mainly on adhesives that are currently used for construction purposes. It also contains a methodics of selecting adhesives and wood, which will be used for glued joints and summarizes the methods used for detect these adhesives in the wood cell wall. It experimentally verifies the appropriate selection of the dye-solvent combination used in the adhesive.
|
|
|
Role adheze plazmatické membrány k buněčné stěně ve vývoji a funkci kořenového systému
Králíková, Dagmar ; Tylová, Edita (vedoucí práce) ; Schwarzerová, Kateřina (oponent)
Adheze mezi plasmatickou membránou a buněčnou stěnou a existence kontinua těchto dvou kompartmentů je důležitá pro přenos signálů, například při napadení patogenem, během expanze buněk a růstu buněčné stěny, či reakce na podmínky okolního prostředí. Tuto adhezi zajišťuje kromě turgoru i fyzické propojení obou kompartmentů. Jeden z nejznámějších příkladů fyzického propojení najdeme v kořenovém systému, v oblasti Casparyho proužku, kde je potřebné pro udržení apoplastické bariéry kořene, a to i za nepříznivých podmínek a následné plazmolýzy. O fyzickém propojení a účastnících se makromolekulách se toho do dnešní doby ví málo, jsou ale vytipováni kandidáti, kteří by se této interakce mohli účastnit. Tato diplomová práce se zabývá arabinogalaktanovými (AGP) proteiny s fasciclin-like doménou (konkrétně FLA9 a FLA2). Tyto proteiny by mohly hrát roli v adhesi plasmatické membrány a buněčné stěny a zároveň být zapojeny v regulaci růstu a vývoje kořenového systému, vzhledem k jejich relativně silné expresi v kořenech, především v elongační zóně a v primární kůře, včetně endodermis (dle čipových dat). Dále se práce v menší míře věnuje i integrin-like proteinu At14A. Nejzajímavějším výsledkem provedených experimentů je zjištění, že mutantní rostlina se sníženou expresí FLA9 genu má zhoršený růst kořenového...
|
|
|
Molecular basis for regulation of cell wall pH in Arabidopsis thaliana
Bogdan, Michal ; Fendrych, Matyáš (vedoucí práce) ; Retzer, Katarzyna (oponent)
Stěny rostlinných buněk jsou jednou z definujících částí rostlinné buňky. Vyznačují se schopností odolávat tlaku turgoru, dávat rostlinám jejich tuhost a zároveň dovolit rostlinným buňkám růst. Rostlinná buněčná stěna je kompozitní materiál, který se skládá z různých prvků, a proto nám znalost složení rostlinných buněčných stěn pomáhá pochopit dopad zmíněných změn pH. Změny vlastností buněčných stěn rostlin vedou ke změně rychlosti růstu rostlinných buněk. Hlavním příkladem změn vlastností stěny vyvolanými změnou pH je kyselý růst. Ačkoliv byl kyselý růst dlouhodobě studován, stále ještě zcela nerozumíme jeho mechanismům, protože jsme zatím neidentifikovali všechny činitele podílející se na kyselém růstu a naše schopnosti určovat pH apoplastu jsou omezené. Lokální fluktuace pH buněčné stěny vznikají v důsledku toho, že rostlinné orgány mají různé role a jsou ovlivňovány různorodými podněty. Navzdory skutečnosti, že v posledních dvou desetiletích byly vyvinuty nové techniky měření pH, jako jsou například geneticky kódované fluorescenční sondy, stále existuje potřeba vyššího časového a prostorového rozlišení analýzy pH. Klíčová slova: Arabidopsis, pH apoplastu, buněčný růst, teorie kyselého růstu, buněčná stěna, auxin, měření pH apoplastu
|
|
|
Analýza dynamiky CESA komplexů v rostlinách s narušeným cytoskeletem
Dubenecká, Kamila ; Schwarzerová, Kateřina (vedoucí práce) ; Malínská, Kateřina (oponent)
Základem této studie jsou mutantní rostliny s poškozeným ARP2/3 komplexem v jedné z jeho podjednotek (arpc5 a arp2). Zároveň tyto rostliny exprimují podjednotku CESA6 komplexu celulózasyntáz primární buněčné stěny označenou YFP. Pohyb takto označených celulózasyntázových komplexů lze díky moderním zobrazovacím technologiím pozorovat in vivo na plazmatické membráně. K měření rychlosti CESA komplexů byla použita analýza kymogramů. Kromě pozorování CESA komplexů přímo na plazmatické membráně byly prováděny pokusy s regenerací buněčné stěny u protoplastů mutantních arpc5 a wildtype rostlin Arabidopsis thaliana. Bylo zjištěno, že pozorované mutantní rostliny arpc5 a arp2 mají oproti WT pomalejší CESA komplexy a protoplasty arpc5 pomaleji obnovují celulózní síť buněčné stěny. Klíčová slova: Syntéza celulózy, ARP2/3 komplex, CESA, rychlost CSC, arpc5, arp2, Arabidopsis thaliana.
|
|
|
Studium průniku lepidel do buněčné stěny
Janová, Petra ; Krbila, Jaromír (oponent) ; Vaněrek, Jan (vedoucí práce)
Táto práca sa zaoberá problematikou prieniku lepidla do bunečnej steny dreva. Zameriava sa na lepidlá využívané pre konštrukčné účely, obzvlášť na epoxidové živice. Práca obsahuje popis použiteľných metód pre stanovenie detekcie lepidla v dreve a ďalej je v nej zahrnutá metodika pre výber lepidla a dreva použiteľných pre lepenie spojov. Popisuje experimentálne zistenú závislosť zmáčacieho uhlu na viskozite epoxidového lepidla.
|
|
|
Analýza průniku lepidel do submikroskopické struktury dřeva
Mitrenga, Ondřej ; Dvořák, Karel (oponent) ; Vaněrek, Jan (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá problematikou průniku lepidla do buněčné stěny dřeva. Zaměřuje se na lepidla používaná pro konstrukční účely a popisuje jeden z hlavních aspektů ovlivňující penetraci, molekulovou hmotnost lepidla. Práce obsahuje vedle popisu použitelných metod ke stanovení molekulové hmotnosti lepidla také popis některých metod detekující lepidlo v buněčné stěně.
|
|
|
Functions of the exocyst complex in secretion and cell wall biogenesis
Vukašinović, Nemanja ; Synek, Lukáš (vedoucí práce) ; Růžička, Kamil (oponent) ; Kost, Benedikt (oponent)
SOUHRN Mechanická pevnost rostlinných pletiv a orgánů může být přičítána specifickým vlastnostem buněčné stěny. V mnoha případech se rozličné materiály buněčné stěny ukládají v buňkách lokalizovaným způsobem, za účelem dosažení konečného tvaru buňky. Toto zajišťuje vysoce organizované působení endomembránového systému, který je nezbytný pro biosyntézu a sekreci proteinů a polysacharidů tvořících buněčnou stěnu. U eukaryot je exocyst evolučně konzervovaný poutací komplex, který přichycuje sekreční váčky v místech sekrece na plazmatické membráně. V této práci jsme řešili několik aspektů stavby rostlinného komplexu exocyst a tvorby buněčné stěny za použití technik molekulární biologie a pokročilé konfokální mikroskopie. Ukázali jsme, že v Arabidopsis thaliana jsou přítomny dvě podjednotky exocystu SEC10, jejichž funkce jsou vzájemně zastupitelné. Také jsme prokázali, že uspořádání rostlinného komplexu exocyst sdílí strukturální rysy exocystu obdobně jako u kvasinek. Zaznamenali jsme význam funkční podjednotky exocystu EXO84b pro normální vývoj vodivých pletiv, a zjistili, že u mutantů v podjednotkách exocystu se hlavní složky sekundární buněčné stěny ukládají normálně. Popsali jsme rozdílnou dynamiku exocystu v epidermálních buňkách, která je nezávislá na mikrotubulech, narozdíl od buněk vyvíjejících se v...
|
|
|
Deconvolution fluorescence microscopy of yeast cells
Štec, Tomáš ; Plášek, Jaromír (vedoucí práce) ; Heřman, Petr (oponent)
Název práce: Využití dekonvoluce v digitální fluorescenční mikroskopii kvasinek Autor: Tomáš Štec Katedra/ústav: Fyzikální ústav Univerzity Karlovy Vedoucí diplomové práce: prof. RNDr. Jarmoír Plášek, CSc., Fyzikální ústav UK Abstrakt: Fluorescenční mikroskopie představuje rychlou a levnou alternativu k po- kročilejším metodám zobrazování jako jsou konfokální a elektronová mikroskopie. Snímaný obraz je však zatížen velkou mírou zkreslení. Pomocí počítačového zpraco- vání obrazu - dekonvoluce, lze do značné míry eliminovat zkreslení obrazu, čím se umožní rekonstrukce třírozměrné podoby snímaných objektů. V této práci je pod- robně prozkoumána dekonvoluční procedura programu NIS Elements AR, která je následně aplikována na rekonstrukci třírozměrné podoby kvasinek Saccharomyces cerevisiae barvených calcofluorem, s cílem charakterizovat změny vzhledu bunkové stěny v průběhu stárnutí. S rostoucím věkem kvasinky se na povrchu objevují ne- rovnosti, ke konci života dochází i k praskání bunkové stěny. Klíčová slova: fluorescence, mikroskopie, dekonvoluce, NIS Elements AR, calcof- luor, kvasinky, bunková stěna, stárnutí
|
|
|
Vliv vysychání na streptofytní řasy - mechanismy stresové odolnosti
Pošmourný, Martin ; Pichrtová, Martina (vedoucí práce) ; Vosolsobě, Stanislav (oponent)
V této bakalářské práci jsem se věnoval odolnosti streptofytních řas proti vysychání. Přesto, že se této oblasti doposud věnovalo jen pár lidí, v posledních letech bylo na toto téma publikováno značné množství prací. Byly zjištěny zajímavé informace a objeveny nové skutečnosti. Výzkum pokračuje stále dál a tak by bylo užitečné se poohlédnout, na co všechno se přišlo. Věřím, že porozumění tomuto fenoménu je klíčové pro pochopení některých událostí ve vývoji přírody a uvědomění si, jak houževnatý dokáže život být na samých hranicích svého možného výskytu. Pokusil jsem se utřídit současné vědomosti o mechanismech stresové odolnosti streptofytních řas a doufám, že získaný přehled mi do budoucna pomůže lépe se v dané problematice orientovat. Doposud bylo pozorováno několik přístupů k obraně proti vysychání. Prevence vysušení, adaptace na nedostatek vody a tolerance úplného vyschnutí. Mezi preventivní způsoby obrany patří vytváření shluků buněk, kobercovitých porostů, či sekrece slizového obalu. Jako adaptaci na nedostatek vody řasy vyvinuly složitější odpovědi v podobě změn ultrastruktury, či regulaci fyziologických procesů. Např. Klebsormidium je schopné během půlhodiny nastartovat výrobu značného množství kalózy a zabudovat ji do buněčné stěny. Tím získá potřebnou pružnost, aby v důsledku rapidního...
|
host ::
RSS.