|
|
Úloha kináz rodiny Src v metabolismu RNA
Gemperle, Jakub ; Rösel, Daniel (vedoucí práce) ; Mácha, Jaroslav (oponent)
Dosud bylo získáno mnoho faktů o úloze kináz rodiny Src v cytoplazmě či na plazmatické membráně a o jejich interakcích s receptory růstových faktorů nebo s komplexy ve fokálních adhezích. Jejich funkční význam u perinukleární membrány nebo dokonce uvnitř jádra však nebyl dosud dobře charakterizován. Tato práce s použitím dostupných informací poukazuje na fakt, že se kinázy rodiny Src opravdu vyskytují po určitý čas i v jádře. To otevírá novou škálu působnosti kináz rodiny Src také na metabolismus RNA, neboť se dosud předpokládalo, že jejich vliv je omezen pouze na cytoplazmatický kompartment. Tato práce shrnula dosavadní poznatky, které poukazují na složitou síť regulace metabolismu RNA závislé na kinázách rodiny Src; kinázy rodiny Src mají pleiotropní efekt nejen na RNA vazebné proteiny, ale i na remodelaci struktury chromatinu. Přímou interakcí tyto kinázy ovlivňují transport, sestřih a stabilitu RNA či genovou expresi. Tento souhrn naznačuje, že se kinázy rodiny Src nezanedbatelně podílí na metabolismu RNA a to mnoha způsoby.
|
|
|
Faktory interagující s bakteriální RNA polymerázou
Sudzinová, Petra ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Fišer, Radovan (oponent)
Bakteriální buňka musí umět rychle měnit svou genovou expresi, aby přežila nestálé okolní podmínky. Nejvýznamnější úrovní, na které dochází ke změnám genové exprese, je transkripce. Klíčovým enzymem transkripce je RNA polymeráza (RNAP), která je regulována transkripčními faktory (TF). Tyto faktory působí na RNAP různými způsoby. V této práci je vytvořen přehled různých bílkovin a jiných faktorů, vlivu jejich funkce na transkripci a mechanismy jejich účinku. Faktory se dají rozdělit podle mnoha kritérií. Hlavním kritériem, podle kterého je sepsána i tato práce, je způsob interakce s RNAP: TF dělíme podle toho, zda se vážou jen na RNAP, nebo vážou DNA a RNAP, nebo interagují s RNA a RNAP. Tato práce přináší ucelený pohled na různé TF, kombinací jejichž působení může bakteriální buňka vytvářet přesnou a žádoucí odpověď genové exprese na změny vyvolané vnějším prostředím.
|
|
|
Cis a trans elementy uplatňující se v odezvě rostlin na sucho (se zvláštním zřetelem na regulaci fotosyntetických genů)
Panchártek, Daniel ; Holá, Dana (vedoucí práce) ; Feketová, Zuzana (oponent)
Abiotické stresory jako sucho, vysoká koncentrace soli či chlad dokážou velkou měrou ovlivnit vývoj a růst rostlin. Cis a trans elementy jsou jednou z možností, jak mohou rostliny regulovat svůj metabolismus v případě, kdy se jejich aktuální životní podmínky změní v nepříznivé. Tímto způsobem je indukována exprese řady genů, které nefungují pouze ve smyslu navození tolerance, ale i jako obecná odpověď na tyto stresory. Těchto dějů se účastní velká škála transkripčních faktorů a dalších trans faktorů, které se často vážou na specifické sekvence v promotorech - cis elementy. V posledních letech bylo provedeno mnoho prací na toto téma, sucho ale zůstává stále jednou z nejméně probádaných oblastí. Přesto byly popsány hlavní signální dráhy a komplexy kaskád směřující k regulaci exprese cílových genů. Některé z těchto cílových genů souvisejí s fotosyntetickým aparátem a jejich regulace může u rostlin stresovaných suchem výrazně ovlivnit účinnost fotosyntézy. Tato práce stručně popisuje hlavní cis a trans elementy rostlin uplatňující se v odezvě na sucho (se zvláštním zřetelem právě na regulaci fotosyntetických genů). Klíčová slova: sucho, genová exprese, cis-element, transkripční faktor, kyselina abscisová, fotosyntéza, promotor.
|
|
|
Profil lakasové aktivity v kulturách houby Trametes versicolor během degradace endokrinně disruptivní látky Delor 103
Plačková, Martina ; Svobodová, Kateřina (vedoucí práce) ; Mikušová, Gabriela (oponent)
V této práci byl studován endokrinně disruptivní potenciál Deloru 103 (směs kongenerů PCB) a jeho vliv na produkci a vlastnosti ligninolytického enzymu lakasy u houbové kultury Trametes versicolor. Byla prokázána androgenní aktivita Deloru 103 (EC50 = 2,29. 10-2 mg/l). Potenciální metabolity vznikající mikrobiální degradací této látky (chlorbenzoové kyseliny) vykazovaly estrogenní aktivitu, což naznačuje možné změny v hormonální aktivitě Deloru 103 v průběhu jeho mikrobiální degradace. Přítomnost Deloru 103 v kulturách T. versicolor v minerálním médiu stimulovala u houby vyšší produkci lakasy (až 257 krát), která vykazovala zároveň jiné izoformové složení než enzymy z kontrolních kultur. V komplexním médiu s Delorem 103 byla pozorovaná indukce produkce aktivního enzymu 64x nižší než u kultur rostlých v minerálním médiu. Dále bylo prokázáno, že indukce lakasy a produkce jejích různých forem závisela na stavu kultury v době přidání polutantu. Exponenciálně rostoucí kultury T. versicolor po přidání Deloru 103 produkovaly 7 různých pI forem lakasy, kdežto kultury v stacionární fázi růstu produkovaly pouze 4 formy o vyšším pI. Indukce lakasové aktivity u T. versicolor však nekorelovala s degradačním potenciálem kultur. Vyšší degradace (přibližně o 21 %) byla pozorována v kulturách rostlých v komplexním...
|
|
|
Podjednotka delta bakteriální RNA polymerázy a její role v regulaci genové exprese u Bacillus subtilis
Dvořáček, Lukáš ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
Podjednotka delta bakteriální RNA polymerázy a její role v regulaci genové exprese u Bacillus subtilis. V této práci se zabývám regulací genové exprese u eubakterií. V první cásti shrnuji soucasné poznatky o klícové fázi genové exprese - transkripci, blíže se pak zameruji na regulaci iniciace transkripce pomocí malých efektorových molekul (guanosin tetrafosfát, iniciacní nukleosid trifosfát) u genu pro ribozomální RNA. Ve druhé, experimentální cásti této práce se zabývám rolí relativne málo studované podjednotky RNA polymerázy z gram pozitivních bakterií - proteinu _ - pri iniciaci transkripce a jejího vlivu na regulaci RNA polymerázy pomocí koncentrace iniciacního nukleosid trifosfátu.
|
|
|
The role of microRNAs in chronic lymphocytic leukemia
Moravec, Martin ; Macůrková, Marie (oponent) ; Hájek, Miroslav (vedoucí práce)
1 Abstrakt MikroRNA (miR, miRNA) je nově objevená skupina molekul (19-25 nukleotidů dlouhých), které regulují genovou expresi na post-transkripční úrovni buď zablokováním translace cílové mRNA, nebo degradací mRNA. Jako jedna ze součástí z mechanismu umlčování genů, miRNA se zapojují do buněčných procesů, jako například do procesu apoptózy, dělení a vývoje buněk a obrany proti virům. miRNA se v poslední době studují ve spojení k nemocem. Chronická lymfocytární leukémie (CLL) je jednou z nejběžnějších leukémií v západních zemích, která postihuje především starší lidi. V mojí práci se zaměřuji na vysvětlení funkce miRNA molekul a jejich vztah k chronické lymfocytární leukémii. Popisuji získáné poznatky o miRNA-15, miRNA-16, miRNA-143, miRNA-145 a miRNA-155 ve spojení k tomuto onemocnění. Na základě současných vědeckých článků diskutuji také potenciální roli miRNA-326 v CLL patogenezi.
|
|
|
Úloha vybraných ABC transportérů v rozvoji karcinomu prsu
Perglerová, Karolína ; Stiborová, Marie (oponent) ; Souček, Pavel (vedoucí práce)
Karcinom prsu je v mnoha zemích nejčastější příčinou smrti u žen. Jednou z možností léčby tohoto onemocnění je použití protinádorových léčiv (chemoterapie). Individuální rozdíly v odpovědi pacientek na podané léky jsou častou příčinou selhání léčby. To, nakolik je podaný lék v těle využit, závisí z velké části i na tom, nakolik jsou molekuly léčiv transportovány skrze biologické membrány. Mezi proteiny, transportující molekuly léčiv, patří ABC transportní proteiny, například ABCB1, ABCC1 a ABCC2. Předpokládá se, že rozdíly v expresních hladinách těchto proteinů a jejich genetické variace mohou způsobovat individuální rozdíly ve farmakokinetice a ovlivňovat výsledky působení mnoha léků. Tato diplomová práce se zaměřuje na význam genové exprese ABCB1, ABCC1 a ABCC2 a také na identifikaci a význam jednonukleotidových polymorfismů v genu pro ABCC1 protein.
|
|
|
Produkce amoniaku koloniemi mutantů a stárnutí strukturovaných kolonií Saccharomyces cerevisiae
Nedbálková, Jana ; Heidingsfeld, Olga (oponent) ; Janderová, Blanka (vedoucí práce)
Produkce amoniaku koloniemi mutantů a stárnutí strukturovaných kolonií Saccharomyces cerevisiae Cílem této diplomové práce je sledovat vývoj, respektive stárnutí buněk v kvasinkových koloniích Saccharomyces cerevisiae. Kvasinkové buňky S. cerevisiae tvoří na pevném substrátu mnohobuněčné organizované struktury - kolonie, ve kterých dochází k mezibuněčným interakcím. Tyto interakce mají vliv na formování, morfologii a stárnutí kvasinkové kolonie. Tato práce je zaměřena na změny v produkci amoniaku obřími koloniemi delečních mutant, a také na stárnutí kolonií se zvrásněnou morfologií. Charakterizovala jsem mutantní kmeny S. cerevisiae, s delecí v genech RTG1, RTG2, RTG3, FIS1, CIT2, jejichž produkty hrají významnou roli ve vývoji kolonie. Transkripce těchto genů se mění v průběhu vývoje kolonií při přechodu z acidické do alkalické fáze. Zjistila jsem, že míra produkce amoniaku byla ve shodě s výsledky alkalizace média v okolí obřích kolonií a že uvedené mutanty odvozené od kmene BY produkovaly amoniak od 15. dne. Míra produkce amoniaku koloniemi kmene rtg3∆ byla srovnatelná s rodičovským kmenem, nižší produkce oproti rodičovskému kmeni byla zjištěna u fis1∆, rtg1∆ a rtg2∆. Naopak u kmene cit2 byla produkce amoniaku vyšší-než u rodičovského kmene. Připravila jsem kmeny S. cerevisiae ƩSh , u kterých jsem pomocí...
|
|
|
Delta podjednotka RNA polymerázy u Grampozitivních bakterií
Matějčková, Jitka ; Beranová, Jana (oponent) ; Krásný, Libor (vedoucí práce)
1 Abstrakt Aby bakteriální buňka přežila neustále se měnící podmínky, musí se na ně adaptovat. Tato adaptace je podmíněna změnou genové exprese. Klíčovým krokem genové exprese je transkripce. Hlavním enzymem bakteriální transkripce je RNA polymerasa (RNAP), což je esenciální vícepodjednotkový enzym. RNAP je nejvíce prostudována u Escherichia coli, modelového organismu gram negativních bakterií. Porovnala jsem E. coli a Bacillus subtilis (zástupce gram pozitivních bakterií) a shrnula jsem rozdíly v RNAP a transkripci. Jejich RNA polymerasy se liší přítomností podjednotky δ u gram pozitivních bakterií. Tato podjednotka zvyšuje promotorovou selektivitu, recykluje jádro RNAP a celkově stimuluje syntézu RNA. Podjednotka δ ovlivňuje sporulaci a virulenci některých bakterií. V této práci jsem shromáždila současné poznatky o jednotlivých částech genové exprese, zejména o regulaci iniciace transkripce a o podjednotce δ RNAP.
|
|
|
Vliv kancerogenního azobarviva Sudanu I na expresi biotransformačních enzymů
Hejduková, Žaneta ; Dračínská, Helena (oponent) ; Svášková, Dagmar (vedoucí práce)
Sudan I je poměrně hojně používaným azobarvivem, které má schopnost vyvolat tvorbu nádorů v orgánech a tkáních experimentálních zvířat. V průběhu reakcí katalyzovaných mikrosomálními monooxygenasovými enzymovými systémy nebo cytoplazmatickými derivatizačními enzymy je Sudan I oxidován na reaktivní metabolity, které se kovalentně vážou na nukleové kyseliny a způsobují jejich poškození. Sudan I může být metabolizován i redukční cestou, např. enzymem DT-diaforasou (NQO1). Redukce Sudanu I jsou považovány za reakce detoxikační. Působení Sudanu I in vivo je v této práci zkoumáno z hlediska schopnosti indukovat expresi biotransformačního enzymu DT-diaforasy ve tkáních potkanů premedikovaných daným azobarvivem. Cílem práce bylo konkrétně kvantifikovat míru indukce na úrovni mRNA. Po provedení izolace celkové RNA z orgánů potkanů premedikovaných Sudanem I byla RNA převedena na cDNA pomocí reverzní transkripce s využitím náhodných hexamerů jako primerů. Metodou "real-time" PCR s použitím specifických sond bylo kvantifikováno zastoupení mRNA pro enzym NQO1 v orgánech premedikovaných potkanů, relativně vůči kontrolnímu genu s konstantní expresí (β-aktin). Porovnáním takto stanovených množství mRNA v jednotlivých orgánech pro premedikované a nepremedikované potkany bylo zjištěno, že Sudan I vyvolal...
|
host ::
RSS.