|
|
Functional analysis of the internally disordered structure of the substrate domain in p130Cas protein biology
Hejnarová, Marie ; Rösel, Daniel (vedoucí práce) ; Gemperle, Jakub (oponent)
Protein p130Cas je významným mechanosenzorem v buněčných adhezivních strukturách, jako jsou fokální adheze a podozomy. Zde je protein vystaven mechanické tenzi, která je zák- ladem jeho zapojení do integrinové signalizace. Na úrovni p130Cas je následně mechanická síla přeměněna na chemický signál. Přestože p130Cas nevykazuje enzymatickou aktivitu, jeho silný vazebný potenciál z něj činí důležité signalizační propojení, které zajišťuje distribuci signálu do různých buněčných drah. Díky tomu má p130Cas velký vliv na i tak zásadní buněčné procesy jako jsou proliferace, diferenciace a pohyb buněk. Kromě jeho nezastupitelné role v embry- onálním vývoji byla také popsána účast na vzniku patologií. Jakožto hlavní substrát pro Src kinázu se p130Cas může podílet na signalizacích vedoucích k nádorové transformaci a dalšímu malignímu vývoji. Jeho zvýšená exprese je pozorována převážně u agresivních typů nádorů tvořících metastáze, jako jsou karcinomi prsu, prostaty a nebo melanomy. V posledních letech se proto diskutuje možné využití proteinu p130Cas jako potenciálního cíle pro vyvíjená migras- tatika. V rámci této práce se zabýváme funkční analýzou substrátové domény proteinu p130Cas. Právě tato doména je zodpovědná za mechanosenzorické vlastnosti tohoto proteinu a zárověň představuje substrát pro kinázy...
|
|
|
Indukce a průběh programované buněčné smrti v nádorových buňkách po aplikaci taxanů
Kábelová, Adéla ; Jelínek, Michael (vedoucí práce) ; Gemperle, Jakub (oponent)
Taxany jsou třídou běžně užívaných protinádorových léčiv zvláště účinných u nádorových onemocnění prsu, vaječníku, prostaty či plic. Taxany se váží se na β-tubulinovou podjednotku mikrotubulů, čímž vedou k jejich stabilizaci a inhibici depolymerizace. Takovéto mikrotubuly nejsou schopny tvořit funkční mitotické vřeténko a dochází k zablokování buněčného cyklu v G2/M fázi a následné apoptóze. Některé buňky si však k taxanům vyvinuly různé mechanismy rezistence. Ty mohou souviset s cílovým místem pro vazbu taxanů, tj. mikrotubuly nebo mohou být výsledkem zvýšené exprese specifických přenašečů, které odčerpávají taxany ven z buňky. Další typy rezistence jsou spojeny s procesem programované buněčné smrti (PCD), konkrétně s proteiny, které se po aplikaci taxanů podílí na jejím zdárném průběhu. K těmto proteinům patří rodina Bcl-2, která reguluje iniciaci PCD udržováním integrity membrány mitochondrií a endoplasmatického retikula a jejichž aktivita může být taxany přímo či nepřímo ovlivňována. Výkonnou složkou PCD jsou kaspázy, kde zvláště důležitou se zdá být kaspáza-2 aktivovaná v důsledku taxany-indukovaného cytoskeletárního poškození. V některých případech mohou taxany vést k buněčné smrti nezávisle na kaspázách. Zvláštní úlohu má protein p53, který se do apoptózy indukované taxany zapojuje pouze při aplikaci...
|
|
|
Role fibroblastového aktivačního proteinu a jiných proteas ve vývoji nádorů
Dvořáková, Petra ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Gemperle, Jakub (oponent)
Proteasy jsou často spojeny s nádorovými onemocněními, ve kterých zastávají funkci předních enzymů zodpovědných za invazivitu nádorových buněk a vznik metastáz. Jejich proteolytická aktivita jim však kromě degradace extracelulární matrix nutné pro invazivitu umožňuje také další cesty ovlivňování progrese nádoru. Tato práce se zabývá studiem procesů, kterými proteasy vývoj nádoru regulují, ať už pozitivně či negativně, a také zmiňuje faktory působící na činnost proteas. Ve spojitosti s invazivitou nádorových buněk je významná část práce věnována roli fibroblastového aktivačního proteinu - serinové proteasy, která je významným terapeutickým cílem pro léčbu epiteliálních nádorů díky specifické expresi ve stromálních fibroblastech a schopnosti štěpit kolagen. Pozornost je v této práci kladena také na dipeptidylpeptidasu IV, blízký homolog fibroblastového aktivačního proteinu, především v souvislosti se selektivním cílením na fibroblastový aktivační protein pomocí inhibitorů a jiných terapeutických nástrojů, jejichž vývoj a použití jsou v práci rovněž nastíněny. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Hledaní nových interakčních partnerů SH3 domény adaptorového proteinu p130Cas
Gemperle, Jakub ; Rösel, Daniel (vedoucí práce) ; Forstová, Jitka (oponent)
Protein p130Cas patří mezi hlavní tyrosin-fosforylované proteiny v buňkách transformovaných onkogeny v-crk a v-src. Jeho exprese je nezbytná pro invazivitu a tvorbu metastází v buňkách transformovaných aktivovanou kinázou Src. Vysoké hladiny exprese proteinu p130Cas u pacientů s rakovinou prsu jsou spojeny s větším rizikem návratu choroby, slabou odpovědí na léčbu tamoxifenem a horší prognózou. V netransformovaných buňkách je p130Cas fosforylován v substrátové doméně po stimulaci integrinů, což ovlivňuje buněčnou migraci a dynamiku cytoskeletu. Na této signalizaci se nepostradatelně podílí právě SH3 doména p130Cas. V této diplomové práci jsme jako první analyzovali pomocí metody Phage display a následně charakterizovali vazebný motiv SH3 domény p130Cas. Na základě tohoto vysokoafinitního motivu [AP]P[APMS]-K-P-[LPST]-[LR]-[LPST] jsme predikovali nové interakční partnery proteinu p130Cas a následně potvrdili interakci se Ser/Thr kinázou PKN3. Tato kináza kolokalizuje s p130Cas v jádře a perinukleární oblasti a mohla by p130Cas fosforylovat. V rámci této diplomové práce jsme také analyzovali vliv fosfomimikující mutace tyrosinu ze sekvence ALYD, která je konzervovaná v sekvenci SH3 domén, na schopnost těchto domén vázat ligandy. Tato mutace snižovala vazbu asi o 3 řády jak k ligandům I. třídy (SH3...
|
|
|
Analyzing the role of the p130Cas SH3 domain in p130Cas-mediated signaling
Gemperle, Jakub ; Rösel, Daniel (vedoucí práce) ; Vomastek, Tomáš (oponent) ; Truksa, Jaroslav (oponent)
IN CZECH Adaptorový protein p130Cas (CAS, BCAR1) propojuje signalizaci od integrinových receptorů s receptory růstových faktorů a ovlivňuje správný embryonální vývoj a tkáňovou homeostázu. Jeho změněná exprese může vyvolat mnoho patologických stavů, včetně nádorového bujení, metastazování a rezistence vůči různým protinádorovým lékům. Molekulární mechanismy, jakými p130Cas přispívá k různým patologickým stavům nejsou zatím jednoznačně popsány. Cílem mé doktorské práce bylo tedy poskytnout nové poznatky o signalizaci p130Cas a o její regulaci. Doména SH3 je nepostradatelná pro signalizaci proteinu p130Cas, ale její vazebné preference/regulace nebyly dosud přesně charakterizovány ani strukturně popsány. Proto jsme začali spolupracovat se skupinou Dr. Veverky (Strukturní biologie) a Dr. Lepšíkem (Výpočetní biochemie, AV ČR). S jejich pomocí jsme pak připravili fúzní chiméry SH3 domény proteinu p130Cas se svými ligandy a provedli strukturní analýzu NMR, která nám pomohla strukturně popsat atypický vazebný motiv SH3 domény proteinu p130Cas. Díky této spolupráci jsem se navíc naučil, jak tyto struktury vizualizovat a analyzovat. Tato práce rozšířila naše znalosti o regulaci vazby mezi p130Cas SH3 a jejími ligandy a dále vedla k vylepšenému modelu vazby mezi Src-p130Cas-FAK. Naše snaha sledovat aktivitu...
|
|
|
Analyzing the role of the p130Cas SH3 domain in p130Cas-mediated signaling
Gemperle, Jakub ; Rösel, Daniel (vedoucí práce) ; Vomastek, Tomáš (oponent) ; Truksa, Jaroslav (oponent)
IN CZECH Adaptorový protein p130Cas (CAS, BCAR1) propojuje signalizaci od integrinových receptorů s receptory růstových faktorů a ovlivňuje správný embryonální vývoj a tkáňovou homeostázu. Jeho změněná exprese může vyvolat mnoho patologických stavů, včetně nádorového bujení, metastazování a rezistence vůči různým protinádorovým lékům. Molekulární mechanismy, jakými p130Cas přispívá k různým patologickým stavům nejsou zatím jednoznačně popsány. Cílem mé doktorské práce bylo tedy poskytnout nové poznatky o signalizaci p130Cas a o její regulaci. Doména SH3 je nepostradatelná pro signalizaci proteinu p130Cas, ale její vazebné preference/regulace nebyly dosud přesně charakterizovány ani strukturně popsány. Proto jsme začali spolupracovat se skupinou Dr. Veverky (Strukturní biologie) a Dr. Lepšíkem (Výpočetní biochemie, AV ČR). S jejich pomocí jsme pak připravili fúzní chiméry SH3 domény proteinu p130Cas se svými ligandy a provedli strukturní analýzu NMR, která nám pomohla strukturně popsat atypický vazebný motiv SH3 domény proteinu p130Cas. Díky této spolupráci jsem se navíc naučil, jak tyto struktury vizualizovat a analyzovat. Tato práce rozšířila naše znalosti o regulaci vazby mezi p130Cas SH3 a jejími ligandy a dále vedla k vylepšenému modelu vazby mezi Src-p130Cas-FAK. Naše snaha sledovat aktivitu...
|
|
|
Role fibroblastového aktivačního proteinu a jiných proteas ve vývoji nádorů
Dvořáková, Petra ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Gemperle, Jakub (oponent)
Proteasy jsou často spojeny s nádorovými onemocněními, ve kterých zastávají funkci předních enzymů zodpovědných za invazivitu nádorových buněk a vznik metastáz. Jejich proteolytická aktivita jim však kromě degradace extracelulární matrix nutné pro invazivitu umožňuje také další cesty ovlivňování progrese nádoru. Tato práce se zabývá studiem procesů, kterými proteasy vývoj nádoru regulují, ať už pozitivně či negativně, a také zmiňuje faktory působící na činnost proteas. Ve spojitosti s invazivitou nádorových buněk je významná část práce věnována roli fibroblastového aktivačního proteinu - serinové proteasy, která je významným terapeutickým cílem pro léčbu epiteliálních nádorů díky specifické expresi ve stromálních fibroblastech a schopnosti štěpit kolagen. Pozornost je v této práci kladena také na dipeptidylpeptidasu IV, blízký homolog fibroblastového aktivačního proteinu, především v souvislosti se selektivním cílením na fibroblastový aktivační protein pomocí inhibitorů a jiných terapeutických nástrojů, jejichž vývoj a použití jsou v práci rovněž nastíněny. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Metody molekulární biologie v prediktivní diagnostice HER2/neu u karcinomu žaludku
Důra, Miroslav ; Staněk, Libor (vedoucí práce) ; Gemperle, Jakub (oponent)
Karcinom žaludku je zhoubné nádorové onemocnění, jehož podstatou je maligní přeměna epitelu žaludeční sliznice. Toto onemocnění je charakteristické pro pacienty vyšších věkových skupin, častěji postihuje muže. Karcinom je typický svou chudou symptomatologií a časným zakládáním metastáz. V současné době je zaznamenán mírný pokles incidence. Léčba karcinomu žaludku je závislá na jeho lokalizaci a stádiu. Pro relativní chemo- a radiorezistenci karcinomu je chirurgická léčba jedinou potenciálně kurativní léčbou, avšak s vysokým procentem recidiv. Asi u 10 - 20 % pacientů s karcinomem žaludku je prokázána amplifikace a overexprese receptoru HER2. Tato overexprese koreluje s horší prognózou onemocnění. U těchto pacientů je však prokázáno signifikantní prodloužení doby přežití při léčbě monoklonální protilátkou trastuzumab, Herceptin®, která se v současné době používá s úspěchem u pacientek s karcinomem prsu, u nichž se amplifikace HER2 prokáže. Léčba trastuzumabem může být účinná pouze tehdy, pokud je stanovena HER2 pozitivita tumoru, a to dostatečně specifickou a sensitivní metodou. Tato práce má za cíl shrnout metody molekulární biologie, které jsou používány pro stanovení HER2 statu u karcinomu žaludku, diskutuje též důležité souvislosti spojené s touto problematikou. Klíčová slova: Karcinom žaludku,...
|
|
|
Cytogenetická a molekulárně biologická charakteristika astrocytárních nádorů
Čurnová, Lenka ; Vícha, Aleš (vedoucí práce) ; Gemperle, Jakub (oponent)
Astrocytární nádory zahrnují heterogenní skupinu tumorů s rozdílnými histologickými znaky, jejichž diagnostika a zařazení do jednotlivých typů může být v některých případech obtížná. Vedle histologických znaků nádorové tkáně jsou zásadní charakteristikou genetické mutace v buňkách nádoru. Podle histologického a klinického charakteru jsou nádory CNS rozdělovány do několika stupňů malignity. Astrocytomy nízkého stupně (low-grade) jsou nejběžnějšími solidními nádory u dětí. Malignější formy (především glioblastomy) naopak představují významnou skupinu nádorů CNS u dospělých pacientů. Mezi geny, které nesou v buňkách astrocytárních nádorů mutace, patří typicky IDH1, TP53, EGFR, PTEN. Převážně pilocytické astrocytomy jsou často spjaty s mutacemi v genu BRAF, který je součástí mitogeny aktivované protein kinázové (MAPK) dráhy. K vyšetření mutací v genomu buněk nádorové tkáně slouží řada moderních metod. Mezi molekulární metody patří PCR, real-time PCR či sekvenování. Z cytogenetických metod založených na hybridizaci DNA jsou nejpoužívanější FISH a mikročipové technologie. V některých případech mohou být nádory zkoumány také pomocí imunologických metod. Správná diagnostika nádoru a jeho zařazení do stupně malignity je zásadní pro stanovení prognózy a pro volbu následné léčby. Klíčová slova astrocytární...
|
|
|
Rakovina střevního epitelu a myší modely tohoto onemocnění
Baloghová, Nikol ; Janečková, Lucie (vedoucí práce) ; Gemperle, Jakub (oponent)
Rakovina střevního epitelu je závažným a častým onemocněním. Pro správné pochopení mechanizmu jejího vzniku je důležité znát jak strukturu střevního epitelu, tak signální dráhy, které udržují homeostázu a regulují buněčnou proliferaci a diferenciaci. Rozvoj rakoviny střeva je vícestupňový proces, jehož počátek i progresi doprovází řada změn na molekulární úrovni. Geneticky upravené myši jsou nezbytným nástrojem nejen při výzkumu vzniku a rozvoje rakoviny, ale i při vyvíjení účinnějších možností terapeutické léčby. Cílem této práce je popsat anatomii střeva včetně funkce signálních drah, shrnout nejběžnější mutace v rozvoji kolorektálního karcinomu u člověka a definovat existující myší modely tohoto onemocnění.
|
host ::
RSS.