|
|
Studium role konformace N-konce řetězce B insulinu ve vazbě na insulinový receptor
Kosinová, Lucie ; Žáková, Lenka (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent)
Insulin je významný peptidový hormon slinivky břišní. Jeho základní funkcí v organismu je regulace vstupu molekul glukosy do buněk, čímž ovlivňuje metabolismus sacharidů a následně i proteinů a lipidů. Nedostatek insulinu, ať už částečný nebo úplný, vyvolává komplexní onemocnění diabetes mellitus. Podle Mezinárodní diabetologické federace (IDF) žilo v roce 2012 na naší planetě 371 milionů lidí ve věku 20-79 let trpících touto chorobou. Diabetes se tak stává celosvětovým zdravotně sociálním problémem a důležitost jeho výzkumu stále roste. Při interakci insulinu s insulinovým receptorem dochází v molekule insulinu ke konformačním změnám, ke kterým patří i přechod N-konce řetězce B insulinu mezi stavem T a R. Význam těchto dvou konformací nebyl doposud objasněn a zůstává předmětem intenzivního výzkumu. V této práci bylo celkovou chemickou syntézou připraveno celkem pět nových insulinových analogů - AibB3-insulin, AibB5-insulin, AibB8-insulin, D-ProB8- insulin a N-MeAlaB8-insulin. Všechny analogy byly připraveny za účelem získání informací, které by mohly přispět k objasnění významu konformací T a R insulinu a jejich úlohy při interakci insulinu s insulinovým receptorem. Kyselina α-aminoisomáselná byla použita z důvodu její výjimečné schopnosti silně indukovat šroubovicovou strukturu v peptidovém...
|
|
|
Vývoj alternativní syntézy činidla Sm-pdta pro chirální rozlišení aminokyselin pomocí NMR
Hrubá, Lucie ; Vaněk, Václav (vedoucí práce) ; Pohl, Radek (oponent)
Tato bakalářská práce se zabývá přípravou chirálních posunových činidel [(R)- a (S)-1,2-diaminopropan-N,N,N',N'-tetraacetáto]samarátu sodného, zkráceně Sm-(R)-pdta a Sm-(S)-pdta, která mají schopnost rozlišit NMR signály enantiomerů aminokyselin při měření ve vodném prostředí. Cílem bylo vyvinout novou, efektivní a levnou metodu jejich přípravy, která by umožnila rutinní využití těchto činidel v laboratorní praxi, protože tato činidla jsou komerčně dostupná pouze v omezeném množství a jsou velmi nákladná. V práci je popsána vylepšená metoda dělení racemického 1,2-diaminopropanu na enantiomery ze snadno dostupných výchozích látek, a to kyseliny L-vinné a racemického 1,2-diaminopropanu. Dále byl vyvinut a optimalizován nový postup syntézy klíčového meziproduktu, kyseliny (R)- a (S)-1,2-diaminopropan-N,N,N',N'-tetraoctové z dihydrochloridu (R)- a (S)-1,2-diaminopropanu, ve kterém je zásadní nový syntetický krok, využívající tetrabenzylester této kyseliny a jeho odchránění hydrogenolýzou bez kontaminace cizími ionty. Tento postup vedl k získání zcela čisté bezvodé kyseliny ve vysokém výtěžku. Z kyseliny (R)- a (S)-1,2-diaminopropan-N,N,N',N'-tetraoctové byly úspěšně připraveny cílové komplexy Sm-(R)-pdta a Sm-(S)-pdta ve vysokém výtěžku i čistotě. Klíčová slova: 1,2-diaminopropan, aminokyseliny,...
|
|
|
Methods for prediction of secondary structure in proteins
Hoštáková, Nina ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
The examination of protein structure is crucial in determining protein function in organism. This work deals with the issue of 1D, 2D and 3D structures, into which are proteins organized in space. Emphasis is placed on secondary structure, which can be predicted directly from the amino acid sequences and then used for the estimation of spatial structure. On this procedure are focused computational methods, using algorithms that convert the order of amino acids into the order of preferences for secondary structures. To direct determination of the structure by creating structural models is devoted chapter Experimental Methods (NMR spectroscopy, RTG crystallography). The main aim of this work is practical realization of protein secondary structure prediction method. The created program is supplemented by graphical user interface. In the final part the results of the program based on Chou- Fasman method are compared to the outputs of freely available softwares from the Internet.
|
|
| |
|
|
Synthesis and biological properties of polysubstituted 5-nitrosopyrimidines
Janeba, Zlatko ; Čechová, Lucie ; Žurek, Jiří ; Procházková, Eliška ; Dračínský, Martin
2,4,6-Triamino-5-nitrosopyrimidines have been reported to contain a strong intramolecular hydrogen bond between the 5-nitroso and 4- or 6-amino groups, thus forming an additional pseudoring. Such analogues were speculated to be good mimics of fused bicyclic derivatives, e.g. purines. A series of novel polysubstituted 2-amino-5-nitrosopyrimidines, as potential structural mimics of modifi ed purine nucleos(t)ides well-known for their important biological properties, has been designed and synthesized. The physicochemical and biological properties of the prepared polysubstituted 2-amino-5-nitrosopyrimidines are being evaluated.
|
|
|
Switchable intramolecular hydrogen bond in polysubstituted 5-nitrosopyrimidines
Procházková, Eliška ; Čechová, Lucie ; Žurek, Jiří ; Janeba, Zlatko ; Dračínský, Martin
The formation of strong intramolecular hydrogen bonds was observed in a series of 2-amino-5-nitrosopyrimidines with alkylamino and arylamino substituents in the positions 4 and 6. Mixtures of two rotamers differing in the orientation of the nitroso group were observed in the NMR spectra of the compounds where two distinct intramolecular hydrogen bonds could be formed. In several cases, we were able to isolate and characterize the two hydrogen bond isomers (two conformers) by column chromatography. The ratio of the two rotamers in equilibrium depends strongly on the character of the substituents in the positions 4 and 6 and can be finely tuned in a broad range of conformation ratios. The experimental results were supported by DFT calculations.
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
High resolution multivoxel spectroscopy of human brain at 3 Tesla
Mlynárik, V. ; Gruber, S. ; Starčuk, Zenon ; Starčuk jr., Zenon ; Horký, Jaroslav ; Moser, E.
Localisation in in vivo NMR spectroscopy can be achieved using different concepts. Single voxel localized spectroscopy exploits three slice selective pulses defining a cube (or a parallelepiped) in their intersection. By proper combination of spoiling gradients the excited magnetization outside the cube is dephased and does not contribute to the NMR signal. Another way of localisation is combination of slice selection with phase encoding of the NMR signal in the other two dimensions by means of gradient magnetic fields. The latter method is referred to as spectroscopic imaging and provides an array of spectra corresponding to individual voxels defined by the phase encoding. Further subdivision of the voxels is possible by Hadamard encoding of the excitation pulses.
|
host ::
RSS.