Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 52 záznamů.  1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.00 vteřin. 
Strukturní flexibilita regulačního segmentu DNA
Řezáčová, Barbora ; Štěpánek, Josef (vedoucí práce) ; Rosenberg, Ivan (oponent)
Transcription of the genetic code is controlled by numerous proteins. Some of them, so-called transcription factors, bind to certain DNA regions possessing anomalous properties due to their specific and highly conservative base sequence. One of these DNA segments is SRE (Serum Response Element). The diploma work is linked to results of the previous study indicating that the structural flexibility of this segment, related to the CArG box sequence, plays a key role in its physiological activity. Our work is devoted to study of this DNA segment and its model sequential variants. The approach of accurate measurements of temperature dependent UV absorption spectra and their consecutive analysis by means of factor analysis techniques and difference spectra construction, the main part of which was also developed within the framework of this work, was employed. The results indicate that separate chains of SRE with various length form surprisingly stable hairpins, which in some cases prevail even in mixtures of both chains of the SRE segment over duplexes. By using a fitting to thermodynamic equilibrium equations, thermodynamic characteristics of temperature induced association and dissociation transitions of complexes, both intermolecular (duplexes) and intramolecular (hairpins), were obtained.
Synthesis of Prolinol-Based Phosphonate Nucleotide Analogues
Vaněk, Václav ; Rosenberg, Ivan (vedoucí práce) ; Černý, Miloslav (oponent) ; Moravcová, Jitka (oponent) ; Pour, Milan (oponent)
4.Závěr Byly pfipraveny dvě řady 3'-nukleotidových analog nového typu (9a-e a l0a.e), cr-I-- a p- -L-prolinolové nukleosid.N-methylťosfonové kyseliny, které jsou zajimavé především ztrátou jednoznačně definované konfigurace v 3'.poloze prolinolového kruhu v důs|edku přítomnosti dusíkového atomu' Výnamné konformačni rczdi|y mezi cr-r-. a p.t..prolinolov1/mi nukleotidy zjištěnéNMR studií naznaěuji určitou podobnost s pfirozenými 5'.o-nukleotidy. obdobné konformačni rozdíly v o-řadě prolinolových nukleotidů přibliŽují tato analoga přirozen1im 3'- a 5'-o.nukleotidům ještě výrazněji. Dále by,|y syntetizovány čtyři diastereomemí syntony 5-8 z komerčně dostupného trans-4- .hydroxy-l--prolinu, které jsou výchozimi látkami pro přípravu uce]ené sérieprolinolových nukleotidových analog s ct-L-, B-L-, cr-o- a p-o. konfiguraci' Ve snaze omezit konformačníflexibilitu N-fosťonomethylovéhouskupení bylo několik připravených pyrrolidinových derivátů podrobeno N.oxidaci a N-methylaci. které vedly ke vzniku N-oxidů a kvarterních amoniových solí. Příprava příslušných voJných fosfonových kyselin však byla neúspěšná, pravděpodobně následkem jejich rychJého rozkIadu. Acylace dusíkového atomu pynolidinového kruhu deriváty acylfosfonových kyselin vedla ke vzniku nových N-fosfonoformy|ových, N.fosfonoacetylových a...
Synthesis, reactivity and biological activity of C5 substituted uracil analogues
Brulíková, Lucie ; Holý, Antonín (vedoucí práce) ; Rosenberg, Ivan (oponent) ; Moravcová, Jitka (oponent)
Bibliografická identifikace: Jméno a příjmení autora: RNDr. Lucie Brulíková (roz. Spáčilová) Název práce: Syntéza a studium reaktivity a biologické aktivity C-5 substituovaných analog uracilu Typ práce: doktorská Pracoviště: Katedra organické chemie Přírodovědecké fakulty Univerzity Palackého v Olomouci Školitel: prof. RNDr. Antonín Holý, Dr.Sc., Dr.hc. mult. Školitel-konzultant: doc. RNDr. Jan Hlaváč, Ph.D. Rok obhajoby práce: 2011 Abstrakt: Předložená disertační práce je zaměřena na syntézu 5-substituovaných derivátů uracilu, jejich reaktivitu a studium biologické aktivity, především aktivity protinádorové. V úvodní části je vytvořen přehled dosud popsaných výsledků vybraných C-5 substituovaných derivátů uracilu na poli jejich syntézy a studia biologické aktivity. Druhá část je věnována designu nových C-5 modifikovaných analog uracilu, vývoji a optimalizaci postupů vedoucích k cílovým sloučeninám, studiu biologické aktivity a odvození vztahu mezi strukturou a biologickou aktivitou (SAR studie). V této části je prezentována syntéza série derivátů odvozených od 5- [alkoxy(4-nitrofenyl)methyl)]uracilu a 5-alkoxymethyluracilu a rozsáhlá SAR studie v závislosti na typu substituce methylenového můstku bezprostředně navázaného do polohy C-5 a dále v závislosti na délce alkoxylového řetězce. V poslední části...
Syntéza derivátů elipticinu a studium jejich interakcí s DNA
Dračínský, Martin ; Sejbal, Jan (vedoucí práce) ; Klinot, Jiří (oponent) ; Lyčka, Antonín (oponent) ; Rosenberg, Ivan (oponent)
CONCLUSIONS t New strategy for ellipticine synthesis was proposed' The yields of the synthesis are very hígh and pure product is obtained. The strategy was verified with the synthesis of other ellipticine derivatives' rBenzylicoxidationsoťellipticineandl,4-dimethylcarbazolewerestudiedand13. hydroxyellipticine was slnthesised' ' Three empirical potentials were compared with reference ab initio data of ellipticine derivative - DNA base patr' . The ernpirical potentials calculate interaction energies of the complexes quite well (espeglallytheA-ffE6andtheLHpotentials)buttheyfailinthesearchofglobal energy minima geometri es' .Interactionsofellipticineandg.hydroxyellipticinewithtwooligonucleotideswerc studiedintwobuffers(weaklyacidicandneutral,ellipticineisprotonatedintlro acidic buffer). Using two-dimensional NMR techniques assignment of all hydrogen signals of oligonucleotides CGCTAGCG and ATAGCTAT was done. The most important interaction of the ellipticine derivatives with the oligonucleotides is intercalation, but in the acidic buffer ellipticine can form also non-intercalative (bond to the minor or to the major groove) complexes with the oligonucleotides. Both ellipticine derivatives destabilised the duplex structuÍe of the oligonucleotide ATAGCTAT in acidic environment. ln the neutral buffer the life-time...
Synthesis of nucleosides, nucleotides and nucleic acids bearing bipyridine-type ligands
Kalachová, Ľubica ; Hocek, Michal (vedoucí práce) ; Stiborová, Marie (oponent) ; Rosenberg, Ivan (oponent)
Byla vyvinuta efektivní metodika přípravy modifikovaných nukleosidů nesoucích oligopyridinové ligandy založená na Sonogashirově nebo Suzukiho reakci halogenovaných nukleosidů. Tatéž metodika byla úspěšně uplatněna při syntéze modifikované DNA nesoucí oligopyridinové ligandy za účelem studia její post-syntetické komplexace s labilními přechodnými kovy. Deoxynukleosid trifosfáty (dNTPs), syntetizované v prvním kroku a nesoucí různé skupiny chelatující kovy, byly ve druhém kroku pomocí PEX enzymaticky inkorporovány do DNA. Prvním cílem byla syntéza dNTPs nesoucích různé oligopyrinové ligandy, která může být provedena kaplinkem příslušných stavebních bloků ve vodné fázi nebo trifosforylací deoxynukleosidů modifikovaných oligopyridinem. Oba tyto přístupy byly úspěšně použity. dNTPs nesoucí oligopyridinový ligand připojený přes krátký a rigidní acetylenový můstek byly připraveny Sonogashirovým kaplinkem ve vodné fázi. Naproti tomu dNTPs modifikované oligopyridinovým ligandem napojeným dlouhou a flexibilní oktadiynovou spojkou byly syntetizovány klasickou trifosforylací. Sonogashirova reakce byl použit také pro přípravu obou typů nukleosidů (s acetylenovým i oktadiynovým můstkem), které byly použity jako modelové sloučeniny. dNTPs modifikované oligopyridinem byly testovány jako substráty několika...
Příprava purinových a pyrimidinových derivátů s potenciální biologickou aktivitou.
Jansa, Petr ; Holý, Antonín (vedoucí práce) ; Černý, Miloslav (oponent) ; Rosenberg, Ivan (oponent)
Byl vypracován rozsáhlý přehled současného stavu výzkumu na poli vývoje fosfonátů acyklických nukleosidů (FAN), který cituje 196 prací v abstrahovaných časopisech. Byla vypracována nová metodika přípravy dialkyl-halogenalkylfosfonátů, která využívá mikrovlnných reaktorů. Pomocí přísné kontroly reakční teploty při ohřívání reakční směsi (dihalogenalkanů s trialkylfosfity) mikrovlnným zářením jsme byli schopni snížit množství reaktantů až na ideální poměr 1:1. S využitím průtokového mikrovlnného reaktoru jsme byli schopni připravit klíčové stavební bloky pro syntézu FAN v 100 g množstvích, což významně urychlilo výzkum v této oblasti. Postup byl patentován a publikován. Pro přípravy proléčiv FAN byla vyvinuta nová vysoce efektivní příprava diamidů FAN. Nalezený postup vychází přímo z esterů FAN, které reagují s trimethylsilylbromidem za vzniku bis(trimethylsilyl)esterů FAN, které jsou dobře rozpustné v organických rozpouštědlech a dobře reaktivní pro následné zavedení esterů aminokyselin. Reakcí s trimethylsilylbromidem se navíc nasilylují přítomné reaktivní skupiny ve zbytku molekuly a tím se zabrání nežádoucím vedlejším reakcím. Pomocí tohoto postupu byly navíc připraveny nové diamidy FAN s vysokou aktivitou proti HIV. Postup byl patentován a přijat k publikování. Při studiu mikrovlnným zahříváním...
Synthesis, reactivity and biological activity of C5 substituted uracil analogues
Brulíková, Lucie ; Holý, Antonín (vedoucí práce) ; Rosenberg, Ivan (oponent) ; Moravcová, Jitka (oponent)
Bibliografická identifikace: Jméno a příjmení autora: RNDr. Lucie Brulíková (roz. Spáčilová) Název práce: Syntéza a studium reaktivity a biologické aktivity C-5 substituovaných analog uracilu Typ práce: doktorská Pracoviště: Katedra organické chemie Přírodovědecké fakulty Univerzity Palackého v Olomouci Školitel: prof. RNDr. Antonín Holý, Dr.Sc., Dr.hc. mult. Školitel-konzultant: doc. RNDr. Jan Hlaváč, Ph.D. Rok obhajoby práce: 2011 Abstrakt: Předložená disertační práce je zaměřena na syntézu 5-substituovaných derivátů uracilu, jejich reaktivitu a studium biologické aktivity, především aktivity protinádorové. V úvodní části je vytvořen přehled dosud popsaných výsledků vybraných C-5 substituovaných derivátů uracilu na poli jejich syntézy a studia biologické aktivity. Druhá část je věnována designu nových C-5 modifikovaných analog uracilu, vývoji a optimalizaci postupů vedoucích k cílovým sloučeninám, studiu biologické aktivity a odvození vztahu mezi strukturou a biologickou aktivitou (SAR studie). V této části je prezentována syntéza série derivátů odvozených od 5- [alkoxy(4-nitrofenyl)methyl)]uracilu a 5-alkoxymethyluracilu a rozsáhlá SAR studie v závislosti na typu substituce methylenového můstku bezprostředně navázaného do polohy C-5 a dále v závislosti na délce alkoxylového řetězce. V poslední části...

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 52 záznamů.   1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam:
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.