|
|
Studium vlivu IgY na interakce bakterií a plicních buněk v podmínkách ex vivo
Vašková, Lucie ; Hodek, Petr (vedoucí práce) ; Nosková, Libuše (oponent)
0 Abstrakt Cystická fibrosa je autozomálně recesivní onemocnění způsobené mutací v genu CFTR kódujícím chloridový kanál na apikální membráně epiteliálních buněk. To vede ke změně transportu iontů a zahuštění hlenů v dýchacích cestách, kde navíc dochází ke změnám glykosylace povrchových struktur, které se stávají vhodným cílem pro adhezi bakterií. Chronické bakteriální infekce vedou k postupnému snižování funkce plic, poškození plicní tkáně a jsou hlavní příčinou úmrtí pacientů s CF. Pseudomonas aeruginosa je nejčastější patogen způsobující chronické infekce u pacientů s CF. Tyto bakterie vytvářejí biofilm, který je chrání před účinky imunitního systému a antibiotik. Jakmile dojde ke kolonizaci PA, je obtížné se tohoto patogenu zbavit. Prevencí chronických infekcí PA by mohla být profylaktická léčba orálně podávanými slepičími protilátkami proti adhezivním strukturám PA. V této práci byla testována protilátka proti bakteriálnímu lektinu PA-IIL, který je jedním z klíčových struktur podílejících se na adhezi tohoto patogenu na epiteliální buňky. Nejprve bylo ověřeno, že použitá specifická protilátka z vaječných žloutků slepice imunizované bakteriálním lektinem PA-IIL rozeznává specificky tento lektin, a to jak rekombinantně připravený, tak přirozeně exprimovaný bakteriemi Pseudomonas aeruginosa. Vliv těchto...
|
|
|
Studium vlivu IgY na interakce bakterií a plicních buněk v podmínkách ex vivo
Vašková, Lucie
0 Abstrakt Cystická fibrosa je autozomálně recesivní onemocnění způsobené mutací v genu CFTR kódujícím chloridový kanál na apikální membráně epiteliálních buněk. To vede ke změně transportu iontů a zahuštění hlenů v dýchacích cestách, kde navíc dochází ke změnám glykosylace povrchových struktur, které se stávají vhodným cílem pro adhezi bakterií. Chronické bakteriální infekce vedou k postupnému snižování funkce plic, poškození plicní tkáně a jsou hlavní příčinou úmrtí pacientů s CF. Pseudomonas aeruginosa je nejčastější patogen způsobující chronické infekce u pacientů s CF. Tyto bakterie vytvářejí biofilm, který je chrání před účinky imunitního systému a antibiotik. Jakmile dojde ke kolonizaci PA, je obtížné se tohoto patogenu zbavit. Prevencí chronických infekcí PA by mohla být profylaktická léčba orálně podávanými slepičími protilátkami proti adhezivním strukturám PA. V této práci byla testována protilátka proti bakteriálnímu lektinu PA-IIL, který je jedním z klíčových struktur podílejících se na adhezi tohoto patogenu na epiteliální buňky. Nejprve bylo ověřeno, že použitá specifická protilátka z vaječných žloutků slepice imunizované bakteriálním lektinem PA-IIL rozeznává specificky tento lektin, a to jak rekombinantně připravený, tak přirozeně exprimovaný bakteriemi Pseudomonas aeruginosa. Vliv těchto...
|
|
|
Studium interakce lektinových receptorů přirozených zabíječů s jejich proteinovými ligandy.
Hernychová, Lucie ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Drbal, Karel (oponent)
NK buňky jsou přirozené lymfocyty, které tvoří díky svému receptorovému systému první linii obrany organismu před infekcemi. Jsou důležitou součástí protivirové, ale také protinádorové imunity, hrají roli v transplantační imunitě, autoimunitě nebo reprodukci. Tato diplomová práce se zabývá studiem struktury membránového receptoru NKR-P1B myších NK buněk a jeho interakcí s ligandem Clr-b. Cílem bylo připravit expresní vektor kódující ligand-vazebnou a celou extracelulární část receptoru NKR-P1B a optimalizovat jeho produkci a renaturaci in vitro. Připravené proteiny byly analyzovány gelovou filtrací, elektroforeticky a hmotnostní spektrometrií. Poté byla sledována jejich interakce s proteinem Clr-b biofyzikálními (gelová filtrace a povrchová plazmonová rezonance) a biologickými metodami (značení buněčných preparátů proteiny NKR-P1B s navázanou fluorescenční sondou). In vitro vazebné pokusy nepotvrdily vzájemnou intarakci NKR-P1B a Clr-b, přestože se připravené proteiny vázaly na buňky z kostní dřeně.
|
|
|
Vliv kovalentně vázané fluorescenční značky na strukturu a funkci proteinů
Petrovová, Gabriela ; Kavan, Daniel (vedoucí práce) ; Martínek, Václav (oponent)
Fluorescenční značení je velmi často používanou metodou určenou k vizualizaci všech typů biomolekul včetně proteinů a proteinových komplexů. Dosud však nebylo zkoumáno, jakým způsobem a v jakém rozsahu toto značení ovlivňuje jejich strukturu a funkci. Tato diplomová práce se tedy zabývá vlivem vazby NHS-fluoresceinu na modelový protein lidské karbonát dehydratasy (hCA-I). Cílem této práce byla příprava rekombinantní 15N-hCA-I, studium její struktury pomocí NMR spektroskopie po značení fluoresceinem, studium ovlivnění relativní enzymové aktivity hCA-I v závislosti na míře fluorescenčního značení a v neposlední řadě také analýza produktů pomocí ESI FT-ICR MS vzniklých po vazbě karbonát dehydratasy NHS-fluoresceinem. Využitím těchto metod byly stanoveny obecné experimentální podmínky pro použití fluorescenčního značení s minimálním efektem na strukturu proteinu a jeho funkci. Z výsledků této práce vyplývá, že při výpočtech molárních nadbytků přidávaného NHS-fluoresceinu k proteinům nelze použít dosavadního jednoduchého postupu, ale je více než nutné zohlednit vliv relativní enzymové aktivity proteinu, která klesá se zvyšujícím se molárním nadbytkem fluorescenční značky, a že výpočet molárních nadbytků neodpovídá skutečnému stupni značení. V budoucím výzkumu bude nutné provést optimalizaci pro další...
|
|
|
Příprava rekombinantních forem extracelulární domény myších leukocytárních receptorů z rodiny NKR-P1.
Adámek, David
Myší receptory NK buněk patřící do rodiny NKR-P1 hrají roli v regulaci odpovědi těchto buněk z hlediska jejich aktivace, inhibice a produkce cytokinů. Tato diplomová práce se zabývá přípravou extracelulárních částí aktivačních receptorů mNKR-P1A a mNKR-P1C z myšího kmene C57BL/6. Cílem bylo připravit produkční vektor obsahující kódující sekvenci příslušných částí obou receptorů, optimalizovat jejich produkci v bakteriích E. coli a nalézt vhodný postup jejich renaturace a purifikace in vitro. Čisté proteinové preparáty byly následně ověřeny a analyzovány hmotnostní spektrometrií a rovněž značeny fluorescenční značkou za účelem hledání ligandu na buněčných preparátech. V budoucím výzkumu bude řešena struktura připravených proteinových preparátů a rovněž budou použity k hledání svých ligandů. Dané poznatky mohou v budoucnu dopomoci k lepšímu pochopení NK buněk.
|
|
|
Příprava rekombinantních forem extracelulární domény myších leukocytárních receptorů z rodiny NKR-P1.
Adámek, David ; Man, Petr (vedoucí práce) ; Brdička, Tomáš (oponent)
Myší receptory NK buněk patřící do rodiny NKR-P1 hrají roli v regulaci odpovědi těchto buněk z hlediska jejich aktivace, inhibice a produkce cytokinů. Tato diplomová práce se zabývá přípravou extracelulárních částí aktivačních receptorů mNKR-P1A a mNKR-P1C z myšího kmene C57BL/6. Cílem bylo připravit produkční vektor obsahující kódující sekvenci příslušných částí obou receptorů, optimalizovat jejich produkci v bakteriích E. coli a nalézt vhodný postup jejich renaturace a purifikace in vitro. Čisté proteinové preparáty byly následně ověřeny a analyzovány hmotnostní spektrometrií a rovněž značeny fluorescenční značkou za účelem hledání ligandu na buněčných preparátech. V budoucím výzkumu bude řešena struktura připravených proteinových preparátů a rovněž budou použity k hledání svých ligandů. Dané poznatky mohou v budoucnu dopomoci k lepšímu pochopení NK buněk.
|
|
|
Využití kapilární elektroforézy v rámci forenzních molekulárně genetických zkoumání
Grafnetterová, Anna ; Doubková, Klára (vedoucí práce) ; Coufalová, Pavla (oponent)
4 Abstrakt Kapilární elektroforéza (CE) je metoda založená na principech tradiční deskové elektroforézy. Díky moderním způsobům fluorescenčního značení a jeho detekce, dosahuje vyšší spolehlivosti analýzy a přesnějších výsledků. Tato metoda je využitelná v mnoha oborech, kde dokonce může nahradit doposud používané metody jako je např. vysokoúčinná kapalinová chromatografie (HPLC). Důležité využití CE je ve forenzním zkoumání, kde se jedná především o identifikaci jedince na základě analýzy DNA i z velmi malého množství materiálu. Tím se zabývá tzv. STR analýza, která pro své účely využívá krátké tandemové repetice (STR) vykazující vysokou variabilitu v populaci. K získání správných dat je důležité odpovídající vybavení, přístroje, softwary, kity, na jejichž vývoji se podílejí i komerční firmy jako je Promega Corporation a Applied Biosystems. Celá analýza vede k získání DNA profilu a jeho vyhodnocení na základě shody vzorků získaných na místě činu a kontrolních (srovnávacích) vzorků. STR analýzu lze využít kromě lidské DNA i u zvířecí DNA zejména v chovu koní, skotu apod., kde napomáhá určení původu jedince a výběru jedince s nejlepšími znaky. Klíčová slova: kapilární elektroforéza fluorescenční značení STR STR analýza DNA profil
|
|
|
Vývoj modelového systému pro studium bakteriální adheze na plicní epitel pacientů s CF
Nosková, Libuše ; Hodek, Petr (vedoucí práce) ; Švédová, Martina (oponent)
Cystická fibróza (CF) je geneticky podmíněné onemocnění nesoucí sebou řadu zdravotních komplikací. Hlavní komplikací je chronická kolonizace a infekce dýchacích cest pacientů specifickými mikroorganismy - zejména Pseudomonas aeruginosa. Právě infekce plic tímto mikroorganismem je nejčastější příčinou smrti pacientů s cystickou fibrózou. Ke kolonizaci dýchacích cest dochází prostřednictvím řady adhezivních struktur jako je například lektin PA-IIL. V současné době je nejpoužívanější terapií léčba antibiotiky, ale vzhledem ke vzniku rezistencí jsou hledány i jiné způsoby léčby. Jednou z možností je pasivní imunizace pacientů pomocí slepičích protilátek. Pro tento účel byly připraveny protilátky proti jedné z adhezivních struktur P. aeruginosa, proti rekombinantnímu lektinu PA-IIL. Tyto protilátky rozpoznávaly i nativní lektin Pa- IIL exprimovaný bakterií P. aeruginosa. Pro testování schopnosti protilátek zabránit adhezi bakterií na buňky plicního epitelu bylo třeba vyvinout vhodný modelový systém. Byly připraveny základní komponenty systému, epiteliální buňky a bakterie P. aeruginosa. Z dýchacích cest CF pacientů byly izolovány buňky 2 metodami - izolací přímo z tkáně a technikou "brushing". K vyhodnocení adhezních testů byl hledán vhodný objektivní způsob vyhodnocení založený na vizualizaci...
|
|
|
Lokalizace železitých nanočástic ve vnitřních organelách
Solař, Jan ; Janoušek, Oto (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce popisuje chování železitých nanočástic v lidských mezenchymálních kmenových buňkách. V první části se zabývá metodou fluorescenčního značení organel a nanočástic a nastavením konfokálního mikroskopu pro jejich detekci. Dále je zde uveden popis metabolismu nanočástic a jejich akumulace v buňkách. V neposlední řadě se práce zabývá tvorbou softwaru pro lokalizaci a kvantifikační analýzu fluoreskujících organel a nanočástic v buněčných strukturách živých buněk.
|
|
| |
host ::
RSS.