|
| |
|
|
The role of histone post-translational modifications in the regulation of gene expression in plants
Chromý, Jakub ; Čermák, Vojtěch (vedoucí práce) ; Holá, Dana (oponent)
Štruktúra chromatínu, génová expresia a následne i mnohé dôležité aspekty rastlinného vývinu podliehajú epigenetickej regulácii. V rámci epigenetickej regulácie, históny a ich modifikácie zohrávajú ústrednú úlohu. N-konce histónov sú dynamicky modifikované kovalentnými posttranslačnými modifikáciami (PTM). Tieto modifikácie sú kľúčové pri modulácii a regulácii štruktúry chromatínu a tak i génovej expresie. Jedným z procesov citlivo regulovaných na epigenetickej úrovni je práve kvitnutie krytosemenných rastlín. Kvitnutie predstavuje veľmi komplexný dej, zaujímavý ako z pohľadu štúdia epigenetickej regulácie, tak i praktického uplatnenia. V tejto práci zhrňujem doterajšie poznatky o úlohe posttranslačných modifikácií histónov v regulácii génovej expresie u rastlín, zameranej predovšetkým na dvoch ústredných regulátorov kvitnutia u Arabidopsis - FLC a FT.
|
|
|
Multifunctional protein CTCF and its role in regulation of gene expression
Pokorná, Linda ; Vacík, Tomáš (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
CTCF je všudypřítomně exprimovaný jaderný protein, který se váže na DNA skrze svojí centrální doménu zinkových prstů. Tisíce CTCF vazebných míst bylo identifikováno v genomu na promotorech genů, v mezigénových oblastech a v nekódujících sekvencích. CTCF může fungovat jako pozitivní tak i jako negativní regulátor genové exprese a také se podílí na vytváření a udržovaní chromozómových interakcí na velkou vzdálenost. U různých vývojově důležitých genů se ukázalo, že jsou regulované CTCF proteinem a poruchy funkce CTCF jsou asociovány s vývojovými vadami nebo nemocemi. CTCF je různě posttranslačně modifikován například fosforylací nebo SUMOylací, což ovlivňuje jeho funkci v regulaci genové exprese. Klíčová slova: CTCF, trojdimenzionální genom, kohesin, regulace genové exprese, HOX geny
|
|
|
Současný pohled na molekulární charakterizaci meduloblastomů
Jarošová, Šárka ; Zíková, Martina (vedoucí práce) ; Nedvědová, Tereza (oponent)
Meduloblastom je nejčastějším maligním nádorem centrálního nervového systému v dětském věku. Nové poznatky v charakterizaci molekulární a genetické podstaty této heterogenní nemoci umožňují lépe odhadnout prognózu pacienta a následně nastavit cílenou léčbu. Práce shrnuje současný stav poznání v této oblasti, popisuje jednotlivé molekulární varianty meduloblastomů a jim příslušející genové mutace.
|
|
|
Exprese genu TP53 na úrovni mRNA u pacientů s myelodysplastickým syndromem
Šeborová, Karolína ; Beličková, Monika (vedoucí práce) ; Španielová, Hana (oponent)
Myelodysplastický syndrom (MDS) je heterogenní skupinou onemocnění, pro které je charakteristická neefektivní hematopoéza zapříčiněná poškozením diferenciace pluripotentní hematopoetické kmenové buňky. Mutace v genu TP53 se nacházející přibližně u 10 % MDS pacientů a jsou negativním prognostickým faktorem. Stejný efekt jako mutace může mít i změněná exprese genu TP53. Mutace či deregulovaná exprese tohoto genu mají vliv na mnoho buněčných procesů včetně apoptózy, procesu oprav DNA, růstu buněk a angiogeneze. V této práci byly studovány hladiny expresí mRNA jednotlivých genů zahrnutých v signální dráze p53 v CD34+ pluripotentních hematopoetických buňkách kostní dřeně pacientů s MDS v nízkém riziku. Pacienti s MDS vykazovali ve srovnání se zdravými jedinci zvýšenou expresi genů indukující apoptózu, regulující buněčný cyklus a opravy DNA (BAX, BBC3, CCNE1, CDC25A, CDKN1A, FAS, GADD45A). Pacienti s mutací TP53 měli sníženou expresi apoptotických genů (BAX, PIDD, TRAF2) a zvýšenou expresi genu inhibujícího apoptózu (BCL2A1), což ukazuje na sníženou aktivitu drah apoptózy, čímž může patologický klon buněk získat růstovou výhodu. Deregulace 21 genů (BAX, BBC3, EGR1, KAT2B, MDM2 atd.) byla pozorována při porovnání pacientů s del(5q) a bez delece. Z univariantní analýzy vyplynulo, že kromě mutace TP53 má i...
|
|
|
Produkce a sekrece faktorů virulence Bordetella pertussis
Držmíšek, Jakub ; Večerek, Branislav (vedoucí práce) ; Petráčková, Denisa (oponent)
Bordetella pertussis je lidský patogen, který způsobuje infekční onemocnění nazývané černý či dávivý kašel. K úspěšné infekci a kolonizaci hostitele využívá řadu faktorů virulence, jako jsou toxiny (adenylát cyklázový toxin, pertuzový toxin) a adheziny (filamentózní hemaglutinin, pertaktin, fimbrie). Kromě těchto hlavních faktorů byl u rodu Bordetella nalezen také sekreční systém typu 3 (T3SS), který má schopnost dopravit efektorové proteiny přímo do cytoplazmy hostitelské buňky. V návaznosti na naší předchozí charakterizaci delečního mutanta genu kódujícího RNA chaperonu Hfq (Δhfq), která prokázala, že protein Hfq je nezbytný pro řádnou funkci T3SS, byly připraveny a purifikovány rekombinantní proteiny BopB, BopD, BopC, BopN. Jejich pomocí byly získány specifické protilátky potřebné ke studiu funkčnosti sekrečního systému a buněčné lokalizace těchto proteinů. Pomocí získaných protilátek byla poprvé detekována in vitro sekrece proteinu BopC kmenem B. pertussis po pasáži v lidských makrofázích. Rovněž byly využity izolované rekombinantní translokátory BopB a BopD k testování jejich pórotvorné aktivity. Dále byla porovnána produkce proteinů v divokém a Δhfq kmenu před i po pasáži v lidských makrofázích. Byly zjištěny rozdíly v množství sekretovaných a membránových proteinů a některé z těchto proteinů...
|
|
| |
|
|
Effect of selected endocrine disruptors on the male mouse reproductive system in vivo
Žatecká, Eva ; Pěknicová, Jana (vedoucí práce) ; Kubelka, Michal (oponent) ; Kaňka, Jiří (oponent)
Souhrn Každý den je do našeho prostředí uvolňováno ohromné množství tzv. polutantů životního prostředí, které mohou negativně ovlivnit naše zdraví. Některé z těchto sloučenin jsou hormonálně aktivní látky (tzv. endokrinní disruptory), které mohou interferovat s naším hormonálním systémem. Hormonální systém ovlivňuje správnou funkci mnoha fyziologických procesů a je jeden z nejdůležitějších regulačních systémů v organismu. I reprodukční systém je do značné míry regulován různými hormony a jejich správná funkce je zásadní pro tvorbu gamet, oplodnění a vývoj embrya. Proto znečištění životního prostředí je považováno za jednu z možných příčin zvýšené neplodnosti v lidské populaci. V našich studiích jsme se proto rozhodli studovat vliv dvou endokrinních disruptorů (tetrabrombisfenol A - TBBPA a zearalenon - ZEA) na samčí reprodukční systém myší in vivo. Podle našich výsledků je TBBPA schopen indukovat apoptózu testikulárních buněk, stejně jako změny v expresi vybraných testikulárních genů a protaminaci spermií. Dále naše výsledky naznačují, že při kontinuální expozici TBBPA dochází k akumulaci jeho negativního vlivu v další generaci v závislosti na tom, zda rodiče byli nebo nebyli ovlivněni. Jedním z možných mechanismů trans-generačního přenosu by mohly být pozorované změny v protaminaci spermií. Výsledky z naší...
|
|
|
Normality test of the gene expression data
Shokirov, Bobosharif ; Klebanov, Lev (vedoucí práce) ; Hušková, Marie (oponent) ; Kalina, Jan (oponent)
Tato práce se zabývá testování normality dat genové exprese. Na základě charakterizacni věty normální rozdělení test normalnosti je nahrazen testem sférické stejnoměrnosti. Vzhledem k silné korelace mezi dat genové exprese, test normalnosty se provádí aplikací $ \delta $ sekvencí. Je dokazano nová charakterizacni věta normálního rozdělení, a na základě toho, test normalnosti se provádí pouzitim Kolmogorovuv test. Získané charakterizacni výsledky pro normální rozdělení jsou rozšířeny do kompletneho typu rozdělení, a na zaklade toho testováno, zda že rozdělení dvou datových souborů genové exprese patří do stejného typu. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
| |
host ::
RSS.