|
|
Využití lidské monocytární buněčné linie THP-1 pro studium patogeneze původce černého kašle Bordetella pertussis
Čurnová, Ivana ; Petráčková, Denisa (vedoucí práce) ; Mašín, Jiří (oponent)
je striktně lidský patogen, který způsobuje vysoce nakažlivé respirační onemocnění zvané černý kašel, které je v současné době na vzestupu. byla dlouhou dobou považována za extracelulárního patogena, nicméně současné době se ukazuje na baktericidní aktivitu makrofágů a přežívat časných endozomech makrofágů. ntracelulárního přežívání na lidské monocytární buněčné linii THP lidských dárců této práci jsme se zaměřili na THP infekční model a to hlavně na časné Dříve provedená transkriptomická studie ukázala významně ovlivněné geny intracelulárně se vyskytující v geny, které nějakým způsobem souvisí s přežíváním uvnitř makrofágů či toto přežívání významně ovlivňují. Vliv mutace v těchto genech byl testován jak na míře cytotoxicity 1 buňkám, tak s tím související množství přeživších bakterií uvnitř makrofágů. Méně cytotoxický byl deleční intracelulární přežívání nepřineslo tak jasné výsledky. Vliv séra na více komplexní. Nicméně se podařilo optimalizovat infekční model, na kterém lze otestovat i další podmínky či jiné mutatní kmeny. Klíčová slova: buněčná linie ční model přežívání, faktory virulence, opsonizace.
|
|
|
Role konservovaného tyrozinu acylované domény v inzerci a penetraci RTX toxinů
Lepesheva, Anna ; Mašín, Jiří (vedoucí práce) ; Petráčková, Denisa (oponent)
RTX toxiny tvořící póry jsou klíčovými faktory virulence mnoha gramnegativních patogenů. Tyto proteiny sdílejí několik společných strukturních a funkčních vlastností: (i) přítomnost opakujících se sekvencí bohatých na glycin a aspartát, důležitých pro vazbu iontů vápníku, (ii) transport z cytozolu bakterií sekrečním systémem typu I (T1SS), (iii) modifikace mastnou kyselinou na specifických lyzinech v acylované doméně vlastní acyltransferázou a (iv) přítomnost amfipatické oblasti, která je zodpovědná za tvorbu pórů selektivních pro kationty. Bylo ukázáno, že aromatický postranní řetězec konzervovaného tyrozinového zbytku 940 (Y940) v acylovaném segmentu adenylátcyklázového toxinu (CyaA, ACT nebo AC-Hly) bakterie Bordetella pertussis hraje klíčovou roli v interakci toxinu s cílovou buněčnou membránou. Cílem této práce bylo ukázat, zda odpovídající konzervovaný zbytek Y940 u CyaA z bakterie Bordetella bronchiseptica, Y642 u HlyA z Escherichia coli, Y643 u ApxIA z Actinobacillus pleuropneumoniae a Y639 u RtxA z Kingella kingae, hraje stejnou kritickou roli v membránové inzerci a tvorbě pórů. Hemolytické a cytotoxické aktivity těchto homologních RTX toxinů byly plně zrušeny pouze po nahrazení konzervovaných tyrozinů prolinovými zbytky. Substituce tyrozinu za alanin mírně snížila cytolytickou kapacitu...
|
|
|
Tvorba biofilmu u Streptococcus pneumoniae
Jarošová, Václava ; Petráčková, Denisa (vedoucí práce) ; Matyska Lišková, Petra (oponent)
Biofilm je strukturované společenství buněk adherovaných k povrchu či k sobě navzájem a obklopených extracelulární matrix. Tvorba biofilmu probíhá v několika krocích od jednotlivých buněk adherovaných k povrchu až po mikrokolonie propojené kanály. Přítomnost biofilmu na zdravotnických materiálech a obtíže při léčení bakteriálních infekcí spojených s výskytem biofilmu jsou stále aktuálním problémem, kvůli zvýšené rezistenci těchto bakterií k antimikrobiálním látkám. V centru našeho zájmu je bakterie tvořící biofilm Streptococcus pneumoniae. Jedná se o podmíněně patogenní bakterii, která kolonizuje horní cesty dýchací a způsobuje řadu nemocí. Biofilmy tvořené bakterií S. pneumoniae vykazují zvýšenou rezistenci k antibiotikům, a proto jsou v posledních letech studovány alternativní antimikrobiální látky. Ke studiu biofilmu jsou používané kultivační systémy otevřené i uzavřené. K otevřeným patří "flow cell" a biofilmové reaktory, mezi uzavřené řadíme "Calgary biofilm device" a Christensenovu metodu v mikrotitračních destičkách.
|
|
|
Studium interakce houby Pleurotus ostreatus a bakteriálních kultur na abiotickém nosiči - morfologická, biochemická a proteomická analýza
Kozická, Barbora ; Petráčková, Denisa (vedoucí práce) ; Konopásek, Ivo (oponent)
Ligninolytické houby jsou významné svými biodegradačními schopnostmi, které lze využít při odstraňování mnoha významných polutantů z životního prostředí, včetně průmyslových barviv. Jako zástupce této skupiny hub byl vybrán Pleurotus ostreatus a byla vytvořena modelová situace pro jeho průmyslové využití při dekolorizaci textilního barviva Remazol Brilliant Blue R (RBBR), které je odpadním produktem textilního průmyslu. Houba byla imobilizována na inertním nosiči (kostky polyuretanové pěny) v neprůtokovém "fixed- bed" bioreaktoru a byla simulována kontaminace houbového filtru bakteriemi, kterou lze předpokládat v praktické aplikaci při čištění odpadních vod. Jako modelová bakterie byla zvolena bakterie Rhodococcus erythropolis. Cílem této práce bylo studium vzájemných interakcí houby a bakterie v bioreaktoru při dekolorizaci barviva. Degradační schopnosti houby byly sledovány na základě produkce ligninolytických enzymů, jež se uplatňují v procesu dekolorizace. Při pozorování růstu směsné kultury houby a bakterie v bioreaktoru bylo zjištěno, že R. erythropolis v kokultuře s P. ostreatus nerostl, došlo k vymizení bakterií z kultivační tekutiny. Bylo prokázáno, že ani vysoká koncentrace houbového enzymu lakázy v médiu, změna pH média vlivem růstu P. ostreatus nebo snížení množství glukózy v médiu...
|
|
|
Rezistence k antibiotikům u klinicky významných kmenů rodu Enterococcus
Kozická, Barbora ; Petráčková, Denisa (vedoucí práce) ; Motlová, Lucia (oponent)
Rod Enterococcus je běžnou součástí mikroflóry zažívacího traktu, bývá využíván v potravinářství a je přidáván i do probiotik, ale v posledních několika desetiletích se dostává do popředí zejména jako původce nosokomiálních onemocnění. Jeho význam roste se zvyšující se rezistencí k antibiotikům. Enterococcus je přirozeně rezistentní k řadě antibiotik a mutacemi nebo horizontálním přenosem genů může získávat další rezistenční determinanty. Největší klinický význam mají Enterococcus faecium a Enterococcus faecalis, proto se tato práce zaměřuje na přirozené i získané rezistence těchto dvou kmenů. Největší pozornost je v práci věnována rezistenci k antibiotikům vankomycin a linezolid. Vankomycin představoval po několik desetiletí poslední možnost léčby při selhání obvykle užívaných antibiotik, ale rychle se šířící rezistence k tomuto antibiotiku znamenala velký problém. Antibiotikum linezolid bylo vyvinuto jako odpověď na rostoucí rezistenci k dostupným antibiotikům u grampozitivních bakterií obecně a účinně působí proti vankomycin-rezistentním kmenům E. faecium a E. faecalis.
|
|
|
Role modifikace mastnou kyselinou v aktivitě proteinů
Grobarčíková, Michaela ; Mašín, Jiří (vedoucí práce) ; Petráčková, Denisa (oponent)
Posttranslační modifikace představují kovalentní a obvykle enzymem-zprostředkované úpravy proteinů. Tyto modifikace slouží ke vzniku aktivních forem proteinů a také rozšiřují buněčný repertoár proteinů vzniklých ze standardních aminokyselin. Mezi známé posttranslační úpravy patří například fosforylace, glykosylace, ubikvitinace, proteolýza a také acylace, které se v práci věnuji podrobněji. Acylace proteinů, kovalentní připojení acylové skupiny, je velmi hojnou proteinovou modifikací. Tato reakce je obecně zprostředkována specifickými acyl-transferázami a zahrnuje transport acylové skupiny z donoru na aminokyselinový zbytek. Rozmanité spektrum buněčných proteinů je posttranslačně acylováno a stávají se tím biologicky aktivní. K tomuto jevu dochází u bakteriálních toxinů, jež jsou důležitými faktory virulence patogenních bakterií. Proteinová lipidace reguluje celou řadu biologických drah, jako je cílení do membrán, proteinová sekrece, buněčná signalizace a apoptóza. Posttranslační acylace je též nezbytná pro aktivitu Ras a mnoha dalších proteinů způsobujících rakovinné bujení. Z toho důvodu jsou inhibitory acyltransferáz těchto proteinů testovány jako cíle protinádorových léků. V práci shrnuji poznatky o jednotlivých typech lipidace včetně popisu konkrétních acylovaných proteinů. Klíčová slova...
|
|
|
Interakce patogenních baktérií rodu Bordetella s hostitelskými buňkami
Čurnová, Ivana ; Petráčková, Denisa (vedoucí práce) ; Mašín, Jiří (oponent)
Většina zástupců rodu Bordetella vyvolává ve svých hostitelích závažná respirační onemocnění. B. pertussis a některé kmeny B. parapertussis jsou striktně lidské patogeny a způsobují onemocnění zvané černý kašel. Černý kašel je vysoce nakažlivé onemocnění, které je v posledních desetiletích na vzestupu i v řadě vyspělých zemí s vysokou mírou proočkovanosti. Proto je studium a pochopení interakcí mezi hostitelem a B. pertussis zásadní. Při kolonizaci hostitele a modulaci jeho imunitní odpovědi hrají důležitou roli faktory virulence, které jsou u B. pertussis většinou regulovány dvoukomponentovým systémem BvgAS. Při studiu vztahu hostitel-patogen se využívají jak in vitro, tak i in vivo infekční modely, které se vzájemně vhodně doplňují. Nedávno zveřejněné práce ukazují, že tento patogen je schopen po určitou dobu přežívat v lidských a myších fagocytech a mohl by být proto považován za fakultativní intracelulární patogen. Navíc je možné, že intracelulární fáze umožnuje B. pertussis uniknout imunitnímu systému, přežívat v hostiteli a případně být zdrojem další nákazy. Cílem této bakalářské práce je shrnout poznatky týkající se vztahu patogenní bakterie B. pertussis a jejího hostitele se zaměřením na in vitro a in vivo infekční modely. Pozornost je věnována zejména adaptaci patogenu v průběhu infekce a...
|
|
|
Mechanismus interakce bakteriálních toxinů zvyšujících vnitrobuněčné cAMP s hostitelskou buňkou
Lepesheva, Anna ; Mašín, Jiří (vedoucí práce) ; Petráčková, Denisa (oponent)
Cyklický adenosinmonofosfát (cAMP) je univerzálním druhým poslem, který reguluje velké množství molekulárních mechanismů uvnitř buňky. Hladina syntetizovaného cAMP je přísně regulována vnitrobuněčnou adenylátcyklázou (AC), a proto tento enzym často představuje cíl pro různé bakteriální toxiny. Pro manipulaci s hladinou vnitrobuněčného cAMP v cílové buňce vyvinuly bakterie pro své toxiny dvě odlišné strategie. Adenylátcyklázový toxin (CyaA) bakterie Bordetella pertussis, edemogenní faktor (EF) bakterie Bacillus anthracis a ExotoxinY bakterie Pseudomonas aeruginosa mají ve své struktuře enzymatickou AC doménu, která má po aktivaci intracelulárním kofaktorem několikrát vyšší aktivitu než vlastní eukaryotní adenylátcykláza, nacházející se uvnitř hostitelské buňky. Jiné toxiny, jako pertusový toxin (PT) bakterie Bordetella pertussis, cholerový toxin (CT) bakterie Vibrio cholerae a tepelně labilní toxin bakterie Escherichia coli využívají ADP-ribosylaci heterotrimerních G proteinů spřažených s vnitrobuněčnou AC pro zvýšení její aktivity a následnou nekontrolovanou produkci cAMP. Tato práce představuje literární rešerši uvedených toxinů s důrazem na jejich molekulární mechanizmy interakce s hostitelskou buňkou. Klíčová slova: pathogenní bakterie, faktory virulence, vnitrobuněčná hladina cAMP, bakteriální...
|
|
|
The Occurence Of Bla(Tem) And Tet(W) Genes In Czech Wastewaters And Their Fate In Fungal-Based Wastewater Treatment Processes
Svobodová, Kateřina ; Adámek, M. ; Petráčková, Denisa
Antibiotic resistant bacteria and genes (ARB&Gs) have presently emerged as serious environmental pollutants with a high health risk. This study analyzed the occurrence of ARGs tet(W), bla(TEM) and intl1 in microbiomes from 4 Czech wastewater treatment plants showing that bla(TEM) displayed slightly higher gene abundance compared to tet(W). Next, simulated wastewater seeded with activated sludge bacteria was treated with Pleurotus ostreatus-based bioreactor to evaluate the effect of the fungal filter on bacterial community structure and bacterial resistome in wastewaters. The results showed that functional diversity of bacterial communities was significantly changed by their contact with fungal biofilm as revealed by EcoPlate assays and analyses of bacterial 16S rDNA by denaturing gradient gel electrophoresis. A significant decrease in tet(W) abundance (48 times) was observed in fungal-treated wastewater compared to untreated one. The abundance of bla(TEM) genes increased 4 times during the adaptation of bacteria to nutrient conditions and remained unaffected by the fungal treatment. To our knowledge this work is first to study the fate of ARGs in wastewaters during their advanced biological treatment. It documented that P. ostreatus has a potential to lower the abundance of some ARGs in wastewaters.
|
|
| |
host ::
RSS.