|
Detekce skrytých přenašečů dědičné katarakty u psů pomocí PCR
FARKOVÁ, Barbora
Dědičná katarakta je jednou z nejrozšířenějších onemocnění očí u psů. U psů plemene Stafordšírský bullteriér došlo k tak masivnímu rozšíření této dědičné nemoci, že je v České republice zavedeno povinné testování alespoň jednoho jedince z chovného páru. Jedná se o degenerativní onemocnění čočky, kdy postižený jedinec do 3 let trvale oslepne. V České republice se již delší dobu nevyskytují jedinci postiženi touto nemocí, ale stále se objevují skrytí přenašeči, které je třeba odhalit, aby nežádoucí alely mohly být vyloučeny z genofondu. Cílem této práce bylo otestovat jednoduché metody odběrů biologického materiálu, vyzkoušet je v praxi a ověřit, zda jsou vhodné k izolaci DNA a dále otestovat alternativní metodu molekulární detekce tohoto onemocnění. Celkem byly odebrány stěry bukální sliznice od 23 psů a fen plemene Stafordšírský bullteriér. Detekce skrytých přenašečů dědičné katarakty se prováděla pomocí PCR analýzy se specifickými primery. Získané amplikony byly detekovány pomocí gelové a čipové elektroforézy a pomocí fragmentační analýzy. Detekce přenašečů byla založena na přítomnosti 2 amplikonů (detekce heterozygotů). V mé práci jsem došla k závěru, že pro detekci skrytých přenašečů je nutné používat fragmentační analýzu z důvodu rozdílu pouze jedné báze ve sledovaném úseku DNA. Gelová ani čipová elektroforéza neposkytuje tak vysoké rozlišení a není možné detekovat dva fragmenty lišící se pouze o jeden bp. Jako nejvhodnější metodu odběru DNA jsem zvolila stěry bukální sliznice cytologickým kartáčkem a izolaci DNA metodou chelex s následným přečištěním vzorku.
|
|
Genetická a morfologická variabilita skupiny \kur{Melampyrum nemorosum}
DRAHNÍK, Petr
Melampyrum nemorosum agg. je značně komplikovaná skupina poloparazitických rostlin. Podle tradičního pojetí se rozlišuje na 15 druhů. Molekulární analýzy z posledních let ukazují potřebu moderní taxonomické revize. Problematika celé skupiny je komplexní v důsledku pravděpodobné historické hybridizace a složité evoluční historie celé skupiny. Sekvenace 3 úseků cpDNA (trnTUGU-trnLUAA, psbA-trnHGUG, rpl32-trnLUAG) a 2 úseků jaderné DNA (Agt1 a At103) rozlišila několik geneticky odlišených skupin, u kterých byly provedeny morfologické a cytometrické analýzy.
|
|
Analýza mitochondriálních genů živočichů pro DNA barcoding
Brabencová, Klára ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato diplomová práce obsahuje literární rešerši na téma mitochondriální genom a DNA barcodingu. Praktická část se zabývá sestavením datasetu mitochondriálních sekvencí z databáze GenBank a vytvořením funkce pro extrakci jednotlivých genů, které jsou obsaženy v mitochondriálním genomu. Tato funkce byla vytvořena v programovém prostředí Matlab. DNA barcoding je metoda, která vytvořením čárového kódu života přiřadí každému živočišnému druhu na Zemi jeho specifickou a unikátní značku, podle které by mohl být daný jedinec snadno a rychle identifikován. Neexistuje ucelená práce zkoumající vhodnost jednotlivých mitochondriálních genů. Proto tato práce zkoumá potenciály ostatních mitochondriálních genů a hodnotí jejich účinnost pro DNA barcoding výpočtem jejich vnitrodruhových a mezidruhových variabilit.
|
|
Emergent properties of the G1/S network
Dražková, Jana ; Tomášek, Petr (oponent) ; Palumbo,, Pasquale (vedoucí práce)
In this thesis we deal with the cell cycle of the yeast Saccharomyces cerevisiae. We are interested in its G1 to S transition, and our main goal is to determine the cell size at the onset of its DNA replication. At first, we study a recent mathematical model describing the mechanisms leading to the S phase, we provide its detailed description and present the dynamics of some significant protein and protein complexes. Further, we take a closer look at the probabilistic model for firing of DNA replication origins. We newly consider the influence of DNA replication spreading among neighboring origins, and we analyze its consequences. We also provide a sensitivity analysis of the critical cell size with respect to rate constants of G1 to S transition model.
|
|
Využití techniky AFLP fingerprintingu ve šlechtění řepky
CUŘÍNOVÁ, Petra
Metoda AFLP se obecně používá při šlechtění některých jiných druhů plodin, u řepky tak obvyklá není. AFLP markery jsou využívány zejména pro molekulární charakteristiku a hodnocení genetické diverzity. Cílem této diplomové práce bylo využití této techniky ve šlechtění řepky a porovnání původu českých, slovenských a německých odrůd mezi sebou. Metoda je založená na principu selektivní amplifikace genomové DNA. Postup se skládá ze tří základních kroků: 1. rozštěpení genomické DNA na fragmenty, na něž se naligují adaptory, 2. selektivní amplifikace fragmentů pomocí speciálních primerů a 3. elektroforéza produktů a počítačová analýza (Vos et al., 1995). Bylo studováno 16 českých a československých odrůd a 16 německých odrůd řepky, které byly vzájemně porovnány. Dále byly pro AFLP analýzu vybrány dva specifické primery EcoRI AGC a fluorescenčně značený primer MseI ACC. Pomocí AFLP fingerprintingu lze skupinu českých, československých a německých odrůd majících původ v genových zdrojích z oblasti Německa a České Republiky odlišit, i přesto že dochází k častému křížení odrůd mezi sebou. Metodou AFLP se tedy dají zachytit i velmi malé rozdíly v genetické základně. Rozdíly mezi studovanými odrůdami sice existují ale nejsou výrazné a ukazuje to na jistou příbuznost a zúžení genetické základny genových zdrojů, které jsou používány ve střední Evropě.
|
|
Strukturní flexibilita regulačního segmentu DNA
Řezáčová, Barbora ; Štěpánek, Josef (vedoucí práce) ; Rosenberg, Ivan (oponent)
Transcription of the genetic code is controlled by numerous proteins. Some of them, so-called transcription factors, bind to certain DNA regions possessing anomalous properties due to their specific and highly conservative base sequence. One of these DNA segments is SRE (Serum Response Element). The diploma work is linked to results of the previous study indicating that the structural flexibility of this segment, related to the CArG box sequence, plays a key role in its physiological activity. Our work is devoted to study of this DNA segment and its model sequential variants. The approach of accurate measurements of temperature dependent UV absorption spectra and their consecutive analysis by means of factor analysis techniques and difference spectra construction, the main part of which was also developed within the framework of this work, was employed. The results indicate that separate chains of SRE with various length form surprisingly stable hairpins, which in some cases prevail even in mixtures of both chains of the SRE segment over duplexes. By using a fitting to thermodynamic equilibrium equations, thermodynamic characteristics of temperature induced association and dissociation transitions of complexes, both intermolecular (duplexes) and intramolecular (hairpins), were obtained.
|
|
Ovlivnění bolestivé menstruace za pomoci fyzioterapie
VACKOVÁ, Zuzana
Tématem této práce je ovlivnění bolestivé menstruace za pomoci fyzioterapie. Cílem této práce bylo zmapovat, jaké fyzioterapeutické metody může žena využít při obtížích s bolestivou menstruací, které může praktikovat v domácím prostředí. Dalším cílem bylo zmapovat, jaký vliv mají tyto metody na svaly pánevního dna. Výzkumná otázka je zaměřena na subjektivní vnímání terapie ze strany pacientek. I přesto, že cílem této práce je zmapovat fyzioterapeutické metody, jež mohou ženy aplikovat v domácím prostředí, jsou v práci zahrnuty pro úplnost i metody fyzikální terapie, které se bez specializovaného vybavení neobejdou. Metod, jež mohou mít vliv na bolesti během menstruace, je v oboru fyzioterapie, a nejen v něm, mnoho. V práci nejsou popsány absolutně všechny možné přístupy, ale pouze ty, které jsou z mého pohledu nejvíce využívané. Všechny terapeutické zákroky, které by žena chtěla zahrnout do svého aktivního života, by vždy měla konzultovat s odborníkem, který jí vysvětlí účinek dané terapie, zaškolí ji ve správném provádění a upozorní na případné chyby, kterým by se při cvičení měla vyhnout. Část práce je také zaměřená na metody, jež přímo s fyzioterapií nesouvisejí, ale mohou být jejím kvalitním doplňkem při řešení problémů s bolestivou menstruací. Pro výzkumnou část práce byly vybrány tři mladé ženy, které trpí dlouhodobě menstruačními bolestmi. Na začátku výzkumu užívaly všechny hormonální antikoncepci. Podrobné anamnestické údaje byly získány přímým rozhovorem a na základě polostrukturovaného rozhovoru. Při prvním setkání byl vytvořen kineziologický rozbor, kdy byly probandky vyšetřeny a byla s nimi zahájena terapie. Následovalo deset kontrolních vyšetření. Při každé kontrole byla zkontrolována cvičební jednotka a opraveny případné chyby. Při každé terapii byl s probandkami veden rozhovor o tom, jak se jim cvičí a zda jim některé cviky nedělají problémy, případně nepůsobí bolesti apod. Pro terapii této skupiny žen byla zvolena sestava cviků, která obsahovala prvky z metody Ludmily Mojžíšové, dynamické neuromuskulární stabilizace a spirální dynamiky. Během výzkumu probandky P1 a P3 poměrně dobře reagovaly na nastavenou terapii. Lze u nich pozorovat výrazný ústup obtíží a také celkovou pohodu během kontrolních setkání. U probandky P2, která byla vždy celkově v tenzi a dle jejích slov "ve stresu hlavně ze školy" nedocházelo k tak výrazným pokrokům, jako u zbylých dvou žen. Můžeme tedy, i na takto malém vzorku pozorovat, že psychika má na účinek terapie jistý vliv. Fyzickou a duševní stránku svých pacientů bychom tedy neměli oddělovat, ale naopak se je snažit propojit a harmonizovat.
|
|
Molekulárně genetická analýza syndromu fragilního chromozomu X a myotonické dystrofie
Mušová, Zuzana ; Sedláček, Zdeněk (vedoucí práce) ; Fajkusová, Lenka (oponent) ; Maxová, Alica (oponent)
SHRNUTÍ Práce je zaměřena na tři závažné choroby podmíněné jedinečným mutačním mechanismem - expanzí krátkých tandemových repetic. Syndrom fragilního chromozómu X je nejčastější příčinou X-vázané mentální retardace. Myotonické dystrofie typu 1 a 2 jsou nejčastějšími muskulárními dystrofiemi u dospělých. Práce shrnuje poznatky získané na velkých souborech pacientů shromážděných v rámci rutinní DNA diagnostiky těchto chorob. Byla zavedena široká paleta metod pro co nejrychlejší a nejpřesnější detekci expanzí, zejména rychlá fluorescenční PCR, TP-PCR a RP-PCR. Jako alternativní a doplňující metoda je stále využíván Southernův blot. Na základě získaných zkušeností a doporučení EMQN byl navržen optimální diagnostický protokol spočívající na promyšlené kombinaci těchto metod. Záchyt syndromu fragilního chromozómu X v souboru 1880 pacientů a jejich příbuzných indikovaných na testování FXS byl 4,5%. Ve shodě s literaturou byly pozorovány typické zákonitosti intergeneračního přenosu alel genu FMR1. Jedna pacientka s plným projevem FXS měla přednostní inaktivaci druhého chromozómu X postiženého intersticiální delecí. U dvou pacientů s FXS byly popsány zvláštní koincidence s karyotypem 47,XYY. V rodinách s FXS byl identifikován jeden pacient s jistým a jedna pacientka s možným onemocněním FXTAS. Další pacient byl...
|
|
Asociačná štúdia s génom ADA a detailná charakterizácia dvoch chromozomálnych prestavieb u autizmu
Vážna, Alžběta ; Sedláček, Zdeněk (vedoucí práce) ; Ferák, Vladimír (oponent) ; Korabečná, Marie (oponent)
Autizmus postihuje až 1/150 detí a predstavuje tak závažný spoločenský problém. Je to komplexné ochorenie s jasne preukázaným genetickým komponentom, ale doteraz neobjasnenou etiológiou, na ktorú sa v súčasnosti sústreďuje intenzívny výskum. V oblasti genetiky sa skúmajú génové a chromozomálne defekty a ďalšie mechanizmy vrátane epigenetických, ktoré by mohli hrať úlohu v patogenéze. V našej práci sme sa pokúsili zreplikovať nájdenú asociáciu rizikovej alely ADA*2 s autizmom na súbore 385 českých detí. Ten bol väčší ako boli súbory pôvodne publikované. Zamerali sme sa aj na jednotlivé endofenotypy (typy autizmu, stupne mentálnej retardácie a komorbidity). Naše výsledky asociáciu autizmu s alelou ADA*2 nepotvrdili ani v kompletnom súbore, ani v žiadnej jeho podmnožine. Ďalším nálezom u autistov sú chromozomálne zmeny. Previedli sme analýzy kruhového chromozómu 17 a delécie chromozómu X u dvoch pacientok. Naše štúdie predstavujú pred nedávnom nemysliteľné prepojenie klasickej cytogenetiky s molekulárnou genetikou na úrovni sekvencie DNA. Ako prví na svete sme popísali štruktúru ľudského kruhového chromozómu. Charakterizácia defektov nám umožnila špekulovať o vplyve zúčastnených génov na fenotyp pacientov. Obidve tieto pilotné analýzy sa sústredili na veľké aberácie postihujúce desiatky génov, čo nám...
|
|
The road of Poland to the euro area
Štávorská, Zuzana ; Plchová, Božena (vedoucí práce) ; Nigrinová, Lenka (oponent)
Tato bakalářská práce se věnuje připravenosti Polska na vstup do eurozóny, kterou hodnotí na základě analýzy nominální, reálné a právní konvergence. Další součástí práce je konvergenční strategie Polska na roky 2008-2010 a harmonogram přijetí eura. V teoretické části popisuje základní charakteristiky hospodářské a měnové unie, hodnotí výhody a nevýhody měnové integrace a přijetí společné měny a pojdenáva o historickém vývoji vzniku hospodářské a měnové unie v EU a o maastrichtských konvergenčních kritériích. V závěru hodnotí současný stav plnění konvergenčních kritérií v Polsku. Polsko splňuje nominální konvergenční kritéria s výjimkou účasti v systému ERM II., No prognózy očekávají v budoucím vývoji zhoršení i dalších kirtérií. Z reálné konvergence Polsko dosahuje pouze 48% úrovně EU, která není dostatečná. V právní kovergencii má Polsko také nedostatky, za základní problem se považuje nutnost úpravy ústavy. Na odstranění těchto nedostatků se Polsko zaměřilo v konvergenční strategií pro rok 2008 - 2010 a v rozvrhu si stanovilo termín přijetí eura dne 1.1.2012.
|
host ::
