|
|
Na velikosti záleží - biogeneze a funkce siRNA u Arabidopsis
Přibylová, Adéla ; Fischer, Lukáš (vedoucí práce) ; Honys, David (oponent)
RNA interference (RNAi) hraje důležitou roli v různých biologických procesech zahrnujících regulaci genů a transposonů, vývoje částí rostlinného těla, reakci na stres, remodelaci chromatinu a antivirovou obranu. Základem RNAi jsou krátké molekuly RNA (malé RNA, sRNA), které rostliny produkují ve velikostním rozmezí 21 - 24 nukleotidů (nt) a které jsou schopny na základě komplementarity rozpoznat cílové molekuly RNAi. Malé RNA lze rozdělit na dva základní typy: microRNA (miRNA) a malé interferující RNA (siRNA). K tvorbě a aktivitě malých RNA jsou potřeba proteiny z několika genových rodin: DICER-LIKE (DCL) vytváří malé RNA z dvouvláknového RNA prekurzoru, který je často tvořen aktivitou RNA dependentní RNA polymerázy (RDR). Proteiny ARGONAUTE (AGO) s těmito malými RNA asociují a vytváří tak RNA-indukovaný umlčující komplex (RISC), který hraje klíčovou roli v rozpoznání cílové molekuly a ve výkonné fázi RNAi. Na to, jakou dráhou se bude RISC komplex ubírat, má vliv velikost, struktura i biogeneze malé RNA. RNAi působí jednak na post-transkripční úrovni (PTGS), formou degradace cílové RNA či blokováním translace, a jednak na transkripční úrovni (TGS), kde sRNA zprostředkovávají metylaci histonů a DNA.
|
|
|
Nastavenie skríningových metód na nájdenie nových regulátorov aktivity fosfoglykolát fosfatázy.
Troppová, Eva ; Vopršalová, Marie (vedoucí práce) ; Jirkovská, Anna (oponent)
Univerzita Karlova v Prahe Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakológie a toxikológie Študentka: Eva Troppová Školitel: PharmDr. Marie Vopršalová, CSc. Školitel špecialista: Prof. Dr. Antje Gohla Názov diplomovej práce: Nastavenie skríningových metód na nájdenie nových regulátorov aktivity fosfoglykolát fosfatázy Táto práca sa zaoberá genómovým skríningom založeným na používaní nukleových kyselín pod označením siRNA. Tieto nukleové kyseliny sú použité na zistenie zmien v aktivite fosfoglykolát fosfatázy (PGP). 235 proteínov bolo ovplyvnených prechodnou transfekciou pomocou siRNA in vitro. Po downregulácii proteínu pomocou siRNA boli hodnotené zmeny v aktivite PGP. PGP bol hlavným záujmom tohoto výskumu. Hlavným cieľom tejto štúdie pred samotným skríningom bolo nastavenie metódy. V prvom rade bolo potrebné nájsť správnu koncentráciu buniek, v ktorých lyzáte bola meraná aktivita PGP. Používali sa bunkové línie typu HEK AD 293 a Hep G2. Následne boli nastavené optimálne podmienky pre ovplyvnenie expresie proteínov pomocou siRNA. Metóda sa optimalizovala s použitím PGP siRNA a testovali sa dva typy transfekčných činidiel. Celá štúdia sa konala vo formáte 96 miestnej mikrotitračnej platničky. Pre dané účely boli použité nasledujúce metódy: test PGP aktivity, test bicinchonínovej kyseliny...
|
|
| |
|
|
Polymerní systémy pro dopravu siRNA
Blažková, Jana ; Pechar, Michal (vedoucí práce) ; Šťovíček, Vratislav (oponent)
Proces RNA interference (RNAi) je přirozený jev, při kterém dochází prostřednictvím malých dvouřetězcových RNA molekul (dsRNA) k posttranskripční regulaci exprese genů. "Small interfering RNA" (siRNA) je malá dsRNA, kterou můžeme využít pro cílené umlčování genů, jakožto alternativní terapeutickou léčbu geneticky podmíněných onemocnění. Pro in vivo aplikaci je nutné siRNA ochránit před degradací, abychom zajistili její efektivní dopravení do cílových buněk pomocí sofistikovaných vektorů. Tato práce je zaměřená především na na popis nevirových vektorů na bázi kladně nabitých polymerů, tvořících s siRNA polyelektrolytové komplexy (polyplexy), a povrchově modifikujících hydrofilních polymerů zajišťující ochranu vektoru během transportu v krvi.
|
|
|
Dopravní systémy na bázi syntetických hydrofilních polymerů pro přenos a řízené uvolňování siRNA
Blažková, Jana ; Laga, Richard (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
Terapeutika na bázi siRNA představují slibnou naději pro léčbu řady vrozených i získaných onemocnění. Princip metody spočívá v posttranskripčním umlčení patologického genu nebo souboru genů (tzv. RNAi proces), které jsou odpovědné za samotnou příčinu choroby. Přístup tedy vychází z předpokladu možnosti léčby onemocnění přímo v místě vzniku defektu zásahem na molekulární úrovni, čímž se odlišuje od konvenční, tzv. symptomatické terapie, která se zaměřuje pouze na léčbu či potlačení příznaků onemocnění. Navzdory rychle rostoucímu poznání funkce genů a příčiny řady genetických chorob, je expanze siRNA terapeutik limitována vývojem účinných a bezpečných transportních systémů (tzv. vektorů). Abychom zajistili účinnou přepravu siRNA v in-vivo podmínkách, musí vektory dostatečně redukovat velikost siRNA, chránit ji před degradací během transportu a uvolnit v cytoplasmě cílové buňky. Pro tento účel byly vyvinuty sofistikované sytémy virového i nevirového původu, které do jisté míry splňují uvedené požadavky. Tato diplomová práce je zaměřená na přípravu nových dopravních systémů siRNA na bázi syntetických hydrofilních polymerů, coby nevirových vektorů. Pro in vitro testování účinnosti při transportu siRNA byly připraveny dva typy polymerních nosičů a to kladně nabité polymery (polykationty), které elektrostaticky...
|
|
|
MikroRNA kódované polyomaviry.
Zachovalová, Veronika ; Bruštíková, Kateřina (vedoucí práce) ; Malík, Radek (oponent)
MicroRNA jsou malé regulační molekuly RNA kódované v genomu organismu. Biogeneze mikroRNA probíhá částečně v jádře a částečně v cytoplazmě. Výsledkem je funkční, 22 nt dlouhá molekula mikroRNA. MikroRNA jsou schopné umlčovat geny za pomoci sekvenčně specifické degradace cílové mRNA, nebo za pomoci represe translace cílových, komplementárních mRNA. U savců je běžnější mechanismus represe translace, kdy je mikroRNA neúplně komplementární k 3'UTR cílové mRNA. Polyomaviry jsou malé, neobalené DNA viry s cirkulárním dsDNA genomem a ikosahedrální kapsidou tvořenou pentamerami VP1 proteinu. Tyto viry se řadí mezi tzv. onkogenní viry, neboť mohou přispět k transformaci buněk a rozvoji vážných onemocnění jako je například karcinom Merkelových buněk. Ve svém genomu kódují regulační proteiny nazývané T antigeny, strukturní geny kapsidy, ale také mikroRNA. Právě na mikroRNA kódované genomem SV40, MPyV, MCPyV, BKPyV a JCPyV bude zaměřená tato práce. Klíčová slova: polyomaviry, malé interferující RNA, mikroRNA, siRNA, RNA interference, myší polyomavirus, BK virus, JC virus, SV40
|
|
|
Modulace sarkosinového metabolismu pomocí RNA interference
Šubrtová, Hana
RNA interference představuje účelný nástroj pro modulaci exprese genů sarkosinového metabolismu, a tím i studium role sarkosinu v nádorových onemocněních prostaty. Diplomová práce „Modulace sarkosinového metabolismu pomocí RNA interference“ shrnuje aktuální poznatky o možné regulaci genové exprese pomocí různých typů nukleových kyselin. Dále se věnuje problematice transferu těchto regulačních činidel do cílových tkání a nakonec popisuje sarkosin včetně jeho zapojení do metabolických cyklů buňky. Hlavním cílem experimentální části této práce bylo stanovení vlivu utlumení genové exprese (knock-down) sarkosin dehydrogenázy (SARDH) na ostatní enzymy zapojené do sarkosinového metabolismu. Tento vliv byl posuzován stanovením genové exprese jednotlivých genů kódujících čtyři hlavní enzymy metabolické dráhy sarkosinu pomocí kvantitativní real-time PCR. Experimenty byly prováděny na třech různých typech prostatických buněčných liniích, a to PNT1A, DU-145 a PC3. Nejvýznamnější rozdíly na úrovni genové exprese byly pozorovány u nádorových buněk DU-145, u kterých byl po aplikaci siRNA cílící na SARDH pozorován signifikantní nárůst genové exprese dimetylglycin dehydrogenázy (DMGHD) a sarkosin oxidázy (PIPOX).
|
|
|
Biocompatible protein cages for encapsulation and internatization of small interfering RNA
Mokrý, Michal ; Balvan, Jan (oponent) ; Heger, Zbyněk (vedoucí práce)
This thesis is focused on creation of apoferritin nanocarrier with encapsulated small interfering RNA marked with fluorescent dye. Main objectives are optimization of pH and amount of siRNA encapsulated into apoferritin cavity and physicochemical characteristics of created nanocarrier. First part deals with theoretical knowledge necessary for understanding concept of this thesis. Second part describes used methods and evaluated results. Created apoferritin nanocarriers were optimal in size with great hemocompatibility, but long-term stability didn’t meet our expectations.
|
|
|
Reporter gene studies for nanoparticle mediated DNA and siRNA delivery.
Kovářová, Barbora ; Jirkovská, Anna (vedoucí práce) ; Hofman, Jakub (oponent)
Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové, Katedra biochemických věd University of Vienna, Faculty center for Pharmacy, Department of Pharmaceutical Chemistry, Laboratory of MacroMolecular Cancer Therapeutics Kandidát: Barbora Kovářová Školitel (Univerzita Karlova): PharmDr. Anna Jirkovská, Ph.D. Školitel (University of Vienna): Univ. Prof. Dipl. Ing. Dr. Manfred Ogris Konzultant (University of Vienna): Dr. Haider Sami, Ph.D. Název diplomové práce: Studie nanočásticemi zprostředkovaného dopravování DNA a siRNA založené na reportérovém genu Klíčová slova: transfekce, plasmidová DNA, siRNA, nanočástice Genová terapie je nadějný obor, který nabízí potenciál k léčbě mnoha nevyléčitelných chorob. Je zprostředkována modulací genové exprese ve specifických buňkách pomocí dopravení exogenní nukleové kyseliny do těchto buněk. Jednou ze současných výzev dopravování nukleových kyselin je výzkum syntetických vektorů, které mají potenciál překonat nevýhody běžně používaných vektorů virových. Tato práce je zaměřena na různé typy nanočástic založených na polyethyleniminu pro dopravování plasmidové DNA (pDNA) a small interfering RNA (siRNA). Spojení kontrastních zobrazovacích činidel se systémy pro dopravování genů nabízí mnoho výhod pro sledování procesu dopravování genů jak in vivo tak i in...
|
|
|
Nastavenie skríningových metód na nájdenie nových regulátorov aktivity fosfoglykolát fosfatázy.
Troppová, Eva ; Vopršalová, Marie (vedoucí práce) ; Jirkovská, Anna (oponent)
Univerzita Karlova v Prahe Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakológie a toxikológie Študentka: Eva Troppová Školitel: PharmDr. Marie Vopršalová, CSc. Školitel špecialista: Prof. Dr. Antje Gohla Názov diplomovej práce: Nastavenie skríningových metód na nájdenie nových regulátorov aktivity fosfoglykolát fosfatázy Táto práca sa zaoberá genómovým skríningom založeným na používaní nukleových kyselín pod označením siRNA. Tieto nukleové kyseliny sú použité na zistenie zmien v aktivite fosfoglykolát fosfatázy (PGP). 235 proteínov bolo ovplyvnených prechodnou transfekciou pomocou siRNA in vitro. Po downregulácii proteínu pomocou siRNA boli hodnotené zmeny v aktivite PGP. PGP bol hlavným záujmom tohoto výskumu. Hlavným cieľom tejto štúdie pred samotným skríningom bolo nastavenie metódy. V prvom rade bolo potrebné nájsť správnu koncentráciu buniek, v ktorých lyzáte bola meraná aktivita PGP. Používali sa bunkové línie typu HEK AD 293 a Hep G2. Následne boli nastavené optimálne podmienky pre ovplyvnenie expresie proteínov pomocou siRNA. Metóda sa optimalizovala s použitím PGP siRNA a testovali sa dva typy transfekčných činidiel. Celá štúdia sa konala vo formáte 96 miestnej mikrotitračnej platničky. Pre dané účely boli použité nasledujúce metódy: test PGP aktivity, test bicinchonínovej kyseliny...
|
host ::
RSS.