|
|
Vliv bottlenecku a selekce na variabilitu MHC genů v reliktních a nově vzniklých populacích bobra evropského
Náhlovský, Jan ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent)
MHC glykoproteiny jsou zásadní součástí adaptivní imunity, navíc mohou hrát roli i při volbě partnerů. MHC geny jsou pak ze všech známých genů nejvariabilnější. Z těchto důvodů jsou již několik desítek let objektem intenzivního zájmu molekulárních ekologů. Výzkum ale kromě extrémní variability komplikují také časté duplikace. Zajímavým modelem se zdá být bobr evropský. Na konci předminulého století prošel dramatickým bottleneckem, kdy po celém světě přežilo pouze zhruba 1200 jedinců v několika izolovaných reliktních populacích. Díky četným reintrodukcím se dnes bobři s rozličným původem potkávají v nově ustavených admixovaných populacích. Znalosti o MHC bobrů však byly značně omezené, byly známy sekvence pouze z jednoho lokusu a některé reliktní populace nebyly vůbec prosekvenovány. Díky doplnění o vzorky ze zbývajících reliktních populací a přidání dalšího lokusu jsem potvrdil výraznou redukci variability bobřích MHC genů a zároveň nalezl známky působení selekce v minulosti. Dále jsem vyšetřil situaci ve dvou nově ustavených populacích. Potvrdil jsem zde probíhající selekci, konkrétně porušení cytonukleární rovnováhy a výhodu divergentních alel (DAA). Máme zde tedy unikátní možnost nahlédnout do různých oken historie bobřích populací: V minulosti byla diverzita MHC formována kombinací pozitivní a...
|
|
|
Ochranářská genetika rysa ostrovida v Západních Karpatech
Ungrová, Lenka ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Kaňuch, Peter (oponent)
Robustní monitoring spolu s genetickými analýzami populací velkých šelem je důležitým nástrojem pro účinnou ochranu a management jednotlivých druhů. Tato práce si klade za cíl vůbec poprvé geneticky zmapovat celou slovenskou populaci rysa ostrovida, a to za použití celkem 15 mikrosatelitových lokusů. Neinvazivní genetika je účinným prostředkem pro genetický výzkum druhů s velkými domovskými okrsky a nízkou populační hustotou. Z tohoto důvodu byly v této práci zpracovány vzorky trusu, srsti, moči a bukálních stěrů získané v terénu, doplněné o tkáně z uhynulých jedinců. V průběhu let 2017-2019 bylo získáno celkem 187 vzorků, z nichž se podařilo získat 59 genotypů. Z úspěšně genotypovaných vzorků byly vyřazeny dva v terénu chybně determinované vzorky, které patřily kočce divoké. Data získaná z projektu Veľké šelmy 2 byla pro analýzy populační genetiky a demografie doplněna o 98 genotypů z projektu Šelmy SKCZ ve spolupráci s ÚBO AV ČR. Z celkového datasetu 155 genotypů bylo detekováno 68 jedinců rysa ostrovida. Analýza příbuznosti odhalila celkem 67 signifikantních příbuzenských vztahů 1. stupně a 9 signifikantních vztahů 2. stupně. Slovenská populace má dle výsledků této práce třetí nejnižší genetickou diverzitu ve srovnání se všemi evropskými autochtonními populacemi a nižší genetickou diverzitu než...
|
|
|
Populační struktura, migrace a dynamika Afriky a Arábie
Čížková, Martina ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Frynta, Daniel (oponent) ; Zrzavý, Jan (oponent)
Populační historie afrického sahelu a Arábie byla kromě interakce evolučních sil ovlivněna i šířením kulturních inovací neolitu. Odrazem těchto procesů je dnes velmi složitě strukturovaná diverzita současných populací, která je v předkládané práci prezentována prostřednictvím analýz několika genetických markerů. Cílem je podat ucelený pohled na historii demografických procesů v sahelu i Arábii, a to kombinací genetických, jazykových, subsistenčních a geografických dat získaných od lokálních populací. Studie rozsáhlého souboru mtDNA sekvencí ukázala, že Arábie byla významnou křižovatkou genového toku, a ačkoliv byla kolonizována anatomicky moderními lidmi z východní Afriky, dnešní diferenciace mezi oběma regiony je vyšší než diferenciace mezi jejich lokálními populacemi. I sahel byl v minulosti významným biokoridorem. Setkáváme se zde s populacemi různých subsistenčních strategií (kočovní pastevci a usedlí zemědělci), mezi nimiž byl genový tok značně omezen. Porovnání uniparentálně děděných lokusů u obou skupin poukazuje na odlišnou migrační aktivitu východní a západní části sahelu. Ke komplexnějšímu obrazu populační historie této oblasti přispěly také analýzy Alu elementů, které naznačily inklinaci západoafrických pastevců (Fulbů) k populacím východní Afriky. Práce ukazuje, že subsistenční...
|
|
| |
|
| |
|
|
Prostorová variabilita populační struktury zimujících kachen
Prokešová, Erika ; Musil, Petr (vedoucí práce) ; Hořák, David (oponent)
4 Abstrakt Tato práce se zabývá prostorovou variabilitou populační struktury u našich čtyř nejhojněji a nejpočetněji zimujících druhů kachen. Jedná se o kachnu divokou (Anas platyrhynchos), poláka chocholačku (Aythya fuligula), morčáka velkého (Mergus merganser) a hohola severního (Bucephala clangula). Data byla shromažďována v rámci lednového Mezinárodního sčítání vodních ptáků v České republice, a to v letech 2004- 2013. Byl analyzován vliv 5 faktorů prostředí, a to typ vody, nadmořská výška lokality, velikost hejna, urbanizace lokality a průměrná teplota vzduchu. Typ vody a počet ptáků na lokalitě neměl statisticky signifikantně průkazný vliv na populační strukturu u žádného z těchto druhů ptáků. Další faktor, nadmořská výška lokalit, se ukázal být průkazným pouze u kachny divoké, kdy se vzrůstající nadmořskou výškou klesal počet samců v populaci. Dále byla nalezena statisticky průkazná korelace u faktoru urbanizace, a to opět u kachny divoké, u které rostlo zastoupení samců s vyšší urbanizací. Poslední zkoumaný faktor, teplota lokality, na které ptáci zimují, se ukázal být signifikantní u tří analyzovaných druhů. Kromě morčáka velkého rostl poměr samců se vzrůstající teplotou u všech tří analyzovaných druhů. Klíčová slova: populační struktura, zimující kachny, mezinárodní sčítání vodního ptactva, kachna...
|
|
|
Vnitřní struktura balkánského refugia na modelu Erinaceus roumanicus
Eliášová, Kristýna ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Zemanová, Barbora (oponent)
Tato práce byla zaměřená na popis prostorové distribuce genetické variability ježka východního (E. roumanicus) zejména v rámci Balkánského poloostrova a střední Evropy, neboť tyto oblasti jsou klíčové pro pochopení vlivů pleistocénních oscilací klimatu na genetickou architekturu druhu. Na základě této prostorové distribuce byly vytvořeny hypotézy ohledně možné strukturovanosti balkánského refugia. K analýze bylo použito celkem 260 jedinců a 9 mikrosatelitových lokusů. S pomocí postupů krajinné a populační genetiky bylo identifikováno několik možných izolovaných subpopulací v rámci zkoumaného areálu. Unikátní se ukázala být populace původem z Kréty, ovlivněná patrně mechanismy ostrovní evoluce. Výrazněji odlišná od zbytku areálu se jeví také populace z České republiky, nacházející se v sekundární kontaktní zóně s druhem E. europeaus, kde se mohou projevovat mezidruhové interakce a případná introgrese. V oblasti Rumunska a oblasti jihu Balkánského poloostrova byly identifikovány největší genetické distance mezi jedinci, související s výskytem geografických bariér a možnou přítomností glaciálního subrefugia. Další identifikované subpopulace pocházely z oblasti Slovenska a Maďarska, Slovinska, Chorvatska a Bosny a Hercegoviny, Rumunska a jihu Balkánského poloostrova. Klíčová slova: Balkánský...
|
|
|
Chromosom Y v hybridní zóně myší
Rubík, Pavel ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Zemanová, Barbora (oponent)
Zóna kontaktu mezi poddruhy myši domácí Mus musculus musculus a Mus musculus domesticus je jednou z nejintenzivněji zkoumaných hybridních zón. Je tomu tak i díky zjištěné rozsáhlé introgresi chromozomu Y poddruhu M. m. musculus na genetické pozadí M. m. domesticus. Jedna z teorií o vzniku této introgrese jej vysvětluje pomocí intragenomického konfliktu mezi pohlavími. Díky sadě variabilních mikrosatelitových markerů na chromozomu Y jsem zkoumal platnost této teorie jednoduchými přístupy odhalujícími historii introgresní oblasti. Ukázalo se, že příliš velká variabilita našich markerů znemožňuje odhalení platnosti této teorie. Oproti tomu se naše markery ukázaly jako vhodné k použití v analýzách populační struktury myši domácí. Dokážeme díky nim určovat migranty mezi jednotlivými lokalitami i odhadovat míru uzavřenosti populační struktury vůči migrantům z okolí. Populace se v našich analýzách ukázaly jako poměrně uzavřené a odolné vůči přílivu migrantů. Navzdory závěrům z předchozích výzkumů, kdy disperze samců probíhala maximálně do jednoho kilometru, jsem odhalil i poměrně značný počet migrací na vzdálenosti do třiceti kilometrů. Klíčová slova Mus musculus musculus, Mus musculus domesticus, chromosom Y, introgrese Y chromosomu, populační struktura, migrace, hybridní zóna
|
|
|
Populační struktura vlka obecného (Canis lupus)
Říhová, Jana ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Pivnička, Karel (oponent)
Vlk obecný (Canis lupus) je historicky nejrozšířenější šelmou, jehož původní areál zahrnoval většinu severní polokoule. Ambivalentní vztahy člověka k tomuto predátorovi vyústily na jednu stranu ve vyhubení tohoto druhu na velké části jeho areálu, ne druhou stranu vedly k evoluci psa, unikátního domestikanta s obrovskou fenotypovou variabilitou. Snahy ochranářské biologie v posledních desetiletích vedly ke změně vnímání role velkých šelem v ekosystémech, v jejichž důsledku vlk rekolonizuje mnoho oblastí, z nichž byl vytlačen, včetně České republiky. To sebou nese zvýšení zájmu o tento taxon mezi odbornou i laickou veřejností. Předkládaná literární rešerše má za cíl shromáždit publikované literární údaje týkající se distribuce, fylogeografie, populační struktury, sociálního a prostorového chování vlka obecného. Součástí jsou i kapitoly o domestikaci psa a jeho hybridizaci s jeho divokým předkem.
|
|
|
Diverzita, rozšíření a genetická struktura tribu Pipistrellini
Eliášová, Kristýna ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Fornůsková, Alena (oponent)
Tato literární rešerše diskutuje fylogenetické vztahy v rámci čeledi Vespertilionidae, s podrobným zaměřením na tribus Pipistrellini a následně vztahy jednotlivých rodů a druhů uvnitř tohoto tribu. Obsahuje historický přehled snahy o rozřešení fylogenetických vztahů uvnitř taxonu nejprve na základě morfologických studií, porovnání karyotypu a nejnověji na základě genetických markerů. Mitochondriální genetické markery jsou užitečné při studiu fylogeografie, jak tato práce ukazuje na příkladu druhového komplexu Pipistrellus pipistrellus s.l. a na druzích Nyctalus azoreum, Nyctalus leisleri, Nyctalus noctula a Pipistrellus abramus. Dále tato práce popisuje současnou distribuci jednotlivých taxonů tribu, fosilní záznam a migrační chování evropských temperátních druhů, dané do souvislosti s jejich populační strukturou (též studovanou u některých druhů pomocí mtDNA a mikrosatelitů) a v příloze zobrazuje areály rozšíření všech pěti rodů tribu Pipistrellini. Klíčová slova: Pipistrellini, fylogenetika, fylogeografie, distribuce, populační struktura
|
host ::
RSS.