|
|
Application of molecular methods in population genetic studies
Šurinová, Mária ; Münzbergová, Zuzana (vedoucí práce) ; van Loo, Marcela (oponent) ; Mandák, Bohumil (oponent)
Velké spektrum faktorů může formovat genetickou strukturu populací rostlin. V této disertační práci se soustředím na dva z nich. První faktor, polyploidizace, je proces množení chromozomových sad prostřednictvím duplikace celého genomu v rámci jednoho druhu (autopolyploidia) nebo hybridizace genomů dvou různých druhů (alopolyploidia). Tento proces rychle přináší nové varianty do genomů, což umožňuje druhům obsadit odlišné arealy, přizpůsobit se novým biotopům a kolonizovat je nebo se přizpůsobit měnícímu se prostředí v jejich původním areálu. Výhody polyploidizace jsou spojeny s nevýhodami v podobě komplikací v mitóze a meióze a změnami v buněčné architektuře. Kromě toho, po vytvoření cytotypu se noví jedinci musí vypořádat s efektem vyloučení cytotypu, konkurencí s rodičovskými jedinci a vyššími požadavky na živiny. V této práci představuji vliv polyploidizace na populace tří druhů - Arabidopsis arenosa, Aster amellus a Festuca rubra. Druhým faktorem měnícím genetickou strukturu populací prezentovaných v této práci je fragmentace populací. Fragmentace populace může být způsobena přírodními nebo antropogenními aktivitami a často vede k celkovému snížení velikosti populace a snížení konektivity mezi fragmenty. Omezený tok genů může ohrozit dlouhodobé přežití populace v důsledku inbrední deprese a...
|
|
|
Studium genomu kvasinek rodu Metchnikowia pomocí molekulárních metod
Schneiderwindová, Nicole ; Skoumalová, Petra (oponent) ; Němcová, Andrea (vedoucí práce)
Kvasinky rodu Metschnikowia patřící do čeledě Metschnikowiacea jsou kvasinky vyznačující se vegetativním rozmnožováním prostřednictvím multilaterálního pučení. Jsou to kvasinky v přírodě značně rozšířené. Dosud bylo definováno více než 35 druhů vyskytujících se ve volné přírodě. Nejčastěji se vyskytují na květech, ovoci, ale také na hmyzu či kůži člověka. Mají širokou škálu využití díky svým antimykotickým účinkům v polnohospodářství i kosmetickém průmyslu. Tato bakalářská práce se zabývá studiem využití molekulárních metod k charakterizaci vybraných druhů kvasinek rodu Metschnikowia. Je zaměřená na podrobný popis struktury buňky kvasinek, jejich karyotyp a způsob rozmnožování v teoretické části práce, v praktické části pak na optimalizaci a popis molekulárních metod zahrnujících metody pulzní gelové elektroforézy, které se používají k separaci genomu kvasinek a jejich následnému podrobení pozorování změn jednotlivých částí genomu i genomu jako celku. Nejdříve proběhla kultivace kvasinek za speciálních podmínek, které jsou charakteristické pro kvasinky rodu Metschnikowia, dále za pomocí metod vhodných pro izolaci DNA byla izolována DNA kvasinek, která byla dále podrobena zkoumání pomocí molekulární metody PFGE. Postup izolace DNA byl nejdříve optimalizován pro jednotlivé kmeny kvasinek, jelikož bylo potřeba ověřit potřebný poměr low melting agarosy ku izolované DNA a také správnou koncentraci použitých lyzačních enzymů, aby vzniklé gelové bločky byly vhodné pro měření pomocí PFGE analýzy. Pomocí optimalizace metody se podařilo vytvořit ideální bločky vyizolované DNA kvasinek, které byly následně podrobeny PFGE analýze. Bylo provedeno několik měření PFGE v různých časových intervalech, aby bylo možné oddělit chromozomy kvasinek malých i větších velikostí. Pro měření byl použit CHEF standard kvasinky Hansenula wingei a standard kvasinky Schizosaccharomyces pombe. Dle výsledků měření lze určit, že postup izolace DNA kvasinek a následná analýza pomocí pulzní gelové elektroforézy byly úspěšné, jelikož se podařilo určit počet chromozomů všech použitých druhů kvasinek rodu Metschnikowia.
|
|
|
Conspecific brood parasitism: a case study on the common pochard and the barn swallow
Petrželková, Adéla ; Hořák, David (vedoucí práce) ; Musil, Petr (oponent) ; Guillemain, Matthieu (oponent)
Tato disertační práce se zabývá vnitrodruhovým hnízdním parazitismem u ptáků (VHP). VHP je alternativní reprodukční strategie, kdy parazitická samice klade vejce do hnízda cizí hostitelské samice stejného druhu. Parazitická samice následně hnízdo hostitele opouští a ušetří tak energii, kterou by jinak musela investovat do rodičovské péče. Jelikož mezi parazitickým a hostitelským vejcem či mládětem není znatelný morfologický rozdíl, je problematické VHP rozpoznat. Proto je pro jeho určení vhodné použít molekulární metodiku. VHP může být použit jako "a best-of-bad-job" strategie, kdy samice nemá vlastní hnízdo a vejce snáší pouze paraziticky, nebo o hnízdo přišla např. kvůli predaci. Další možnost je, že samice mohou zvýšit svoji fekunditu ("fecundity enhancement"). V tomto případe samice často klade parazitická vejce a později zakládá vlastní snůšku. V rámci této disertační práce byly studovány dva modelové druhy. Prvním druhem byla prekociální potápivá kachna - polák velký (Aythya ferina; Anseriformes; Anatidae). Parazitická vejce byla určena pomocí proteinového fingerprintingu a díky této metodě bylo také možné rozlišit vejce jednotlivých samic. Míra VHP byla u poláka velkého relativně vysoká (91 %, 72 %; Kapitola 1, 4). Velikost snůšky hostitelské samice byla negativně ovlivněna počtem cizích...
|
|
|
Ovlivnění genetické diverzity rákosových porostů strukturou říčních systémů
Fuxová, Gabriela ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Kubátová, Barbora (oponent)
Řada rostlinných druhů je vázána na biotopy související s říčním prostředím nebo krajinou ovlivňovanou řekami. Říční systémy vytváří v ekosystémech významné lineární koridory a přímo nebo nepřímo ovlivňují rozšíření řady druhů v krajině. Nabízí se tak řada otázek ohledně šíření druhů v tomto prostředí. Jednou z možností, jak hledat odpovědi na tyto otázky, je využití molekulárních metod. Pomocí 10 mikrosatelitových jaderných primerů byla provedena analýza 202 vzorků rákosu obecného ze 60 populací České republiky. Tato analýza umožnila odhalit příbuzenské vztahy mezi jedinci, získat informace o prostorovém rozložení populací a šíření rákosu obecného. Phragmites australis tvoří jak monoklonální populace, tak populace tvořené z několika klonů. Byla odhalena závislost míry klonality na prostředí, ve kterém se populace nachází. Populace rostoucí na březích řek byly spíše monoklonální, rybniční polyklonální. Jednotlivé populace vykazují vysoký stupeň izolovanosti. Nejvyšší procento variability bylo vysvětleno na mezipopulační úrovni, což je běžné u druhů lehce šiřitelných větrem. Dochází ke komunikaci mezi populacemi, ve větší míře na krátké vzdálenosti. Mezi populacemi byl nalezen důkaz vegetativního šíření na krátké vzdálenosti, mnohem častěji ale dochází ke generativnímu šíření. K šíření na velké vzdálenosti...
|
|
|
Charakteristika společenstva hub na opadu smrku ztepilého kultivací a analýzou T-RFLP
Kolářová, Zuzana ; Koukol, Ondřej (vedoucí práce) ; Brabcová, Vendula (oponent)
Houby mají důležitou funkci při dekompozici jehličnatého opadu a ovlivňují koloběhy živin v lesních ekosystémech. Proto je kladen velký důraz na prozkoumání diverzity těchto organismů. Cílem této práce bylo popsat diverzitu hub smrkového opadu a vývoj tohoto společenstva v čase na lokalitách regenerujích po kůrovcovém poškození. Dalším cílem bylo porovnat lokality lišící se různou délkou tohoto poškození. Lokality byly vybrány v NP Šumava, kde byly instalovány opadové sáčky s jehličím, které se odebíraly v průběhu třech let. Diverzita hub a změny ve společenstvu byly zjišťovány dvěma metodami: kultivací jehlic na 2ř sladinovém agaru a fingerprintovou metodou T-RFLP. Kultivací jehlic na agarovém médiu bylo v průběhu tříleté sukcese získáno dohromady 71 druhů hub z obou lokalit. Pomocí T-RFLP bylo celkově zaznamenáno 122 různých fragmentů. Dominantními druhy byly Scleroconidioma sphagnicola, Thysanophora penicillioides, Hormonema dematiodes, Ceuthospora pinastri, druhy rodu Chalara, Trichoderma polysporum, Mycena galopus a blíže neurčený druh Helotiales sp. 1. Primární saprotrofové se ve společenstvu vyskytovaly hlavně prvních 8 měsíců, poté je začaly nahrazovat bazidiomycety. Vliv různé délky kůrovcového poškození na druhové složení hub se prokázal jako signifikantní. Tyto rozdíly byly mnohem více patrné pro...
|
|
|
Mikrobiální profil modelových sýrů vybraného typu
Lavičková, Ivana ; Veselá, Mária (oponent) ; Vítová, Eva (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá identifikací mikroorganismů ve vzorcích experimentálně vyrobených sýrů. Modelové vzorky sýrů byly vyrobeny ve spolupráci se soukromým výrobcem. Jako surovina bylo použito nepasterované mléko v „bio“ kvalitě. V teoretické části je uveden přehled dané problematiky obsahující charakteristiku sýrů, jejich vlastností a složek. Zvláštní kapitola je věnována molekulárně diagnostickým metodám sloužícím k identifikaci mikroorganismů. V experimentální části této práce byly ve vzorcích sýra pomocí polymerázové řetězové reakce identifikovány vybrané mikroorganismy. DNA byla izolována z připravených hrubých lyzátů buněk metodou fenolové extrakce, amplifikována pomocí specifických primerů a prokazována gelovou elektroforézou. V sýrech byla prokázána DNA bakterií mléčného kvašení (Lactobacillus spp., Lactococcus spp.) a kvasinek. Vzorky neobsahují DNA patogenních rodů Bacillus a Salmonella.
|
|
|
Comparison of PCR methods suitable for identifikation of yeasts in foodstuffs.
Zovčáková, Monika ; Márová, Ivana (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
This bachelor´s thesis deals with identification of yeasts by PCR method in foods. It includes basic information about yeast´s cell. There are elaborated molecular methods of yeast identification. Yeasts are crucial agents in many important natural and industrial bioprocesses as well as in spoilage of foods. Classical methods include morphological and biochemical tests, which are time consuming. The rapid detection and identification of yeasts is necessary for assessment of their beneficial and harmful roles in the production and spoilage of foods.
|
|
|
Podtypy Blastocystis u prasat
LAKATOSOVÁ, Lucie
Blastocystis je jednobuněčný anaerobní prvok, který se běžně vyskytuje ve střevním traktu zvířat i lidí. Jedná se o geneticky velmi variabilní organismus. Blastocystis lze nalézt jak u zdravých jedinců, tak u pacientů s gastrointestinálními poruchami. V roce 2011/2012 jsem v laboratoři parazitologického ústavu AV ČR prováděla vyšetřování již vyizolovaných vzorků DNA od prasat domácích a divokých molekulárními metodami. Celkem bylo vyšetřeno 110 vzorků. U domácích prasat byl pozitivní výsledek v 91 % (51/56) a u divokých prasat v 67 % (36/54). Celková prevalence byla u domácích prasat vyšší o 24 %. Několik získaných sekvencí genu pro SSU rRNA naznačuje, že u prasat se mohou vyskytovat i netypické podtypy Blastocystis.
|
|
|
Rešerše ke studiu populační biologie rodu \kur{Rhytidoponera} (Hymenoptera: Formicidae)
BIZOS, Jiří
Mravenci z rodu Rhytidoponera jsou známi specifickou sociální organizací, která se vyznačuje schopností dělnic rozmnožovat se. Druhy tohoto mravence se běžně vyskytují v nížinném deštném pralese Nové Guineje, ale jejich biologie není téměř prozkoumána. Tato rešeršní práce shrnuje molekulární metody vhodné pro studium populační struktury a fylogeografie rodu Rhytidoponera v prostředí deštného pralesa.
|
|
| |
host ::
RSS.