|
|
Optimalizace metody real-time PCR pro kvantifikaci lidské mtDNA v klinických vzorcích
LOSKOT, Martin
Tato práce se zabývá stanovením mitochondriální DNA (mtDNA) a jejím významem v patologických stavech člověka. Mitochondrie patří mezi buněčné organely eukaryotických buněk, jsou důležité zejména pro jejich energetický metabolismus a mají významnou roli v procesu stárnutí a apoptózy. Podle recentních studií se mitochondriální dysfunkce kromě mitochondriálních onemocnění podílí také na běžných onemocněních, jako jsou nemoci srdce, mozku nebo rakovina. Ukazuje se, že počet mitochondrií v buňkách koreluje se zdravotním stavem a stárnutím organismu. Buněčný obsah mtDNA se často měří jako poměr mtDNA k jaderné DNA. Měření mtDNA z periferní krve se ukazuje jako vhodný ukazatel mitochondriálních funkcí, neboť snížené množství mtDNA může korelovat se sníženou funkcí mitochondrií. Dosud nebylo objasněno, jak hladina mtDNA ovlivňuje vznik onemocnění, ale ukazuje se, že by mohla být biomarkerem pro kontrolu zdravotního stavu v čase. Praktická část popisuje přípravu vzorků z bukálních stěrů a periferní krve a metodu stanovení mtDNA pomocí real-time PCR. Výpočet počtu kopií mtDNA z naměřených hodnot a jejich vyhodnocení. V rámci optimalizace měření je uvedeno srovnání dvou různých přístupů pro diagnostiku relativního počtu kopií mtDNA.
|
|
|
Klinicko-patologická charakteristika kolorektálního karcinomu produkujícího mucin
Sojka, Ladislav ; Levý, Miroslav (vedoucí práce) ; Boublíková, Ludmila (oponent) ; Klos, Dušan (oponent)
Kolorektální karcinom (CRC) patří celosvětově k nejčastějším malignitám s přetrvávající vysokou mortalitou. Z toho důvodu jsou kladeny vysoké nároky na výzkum tohoto onemocnění. Cílem naší práce bylo zhodnocení epidemiologie CRC v České republice v porovnání se světem. Zaměřili jsme se na zhodnocení nejnovějších poznatků ve screeningu, diagnostice, zkoumali jsme prognostické faktory a v neposlední řadě terapeutické možnosti u CRC. Dále jsme podrobněji popsali karcinomy produkující mucin a samotný mucin, jako rizikový faktor pro prognózu pacientů s CRC. V experimentální části práce jsme se zabývali genem mucinu MUC13 a osou MUC13 - miR-4647, které jsou právě spojeny s horší prognózou u pacientů s CRC. V naší práci jsme použili vzorky CRC a okolní tkáně bez karcinomu odebraných od pacientů, kteří podstoupili chirurgický zákrok ve Všeobecné fakultní nemocnici v Praze, ve Fakultní Thomayerově nemocnici v Praze a ve Fakultní nemocnici v Plzni. Odběr proběhl v letech 2011 až 2015. Bylo odebráno 187 vzorků od pacientů se sporadickým kolorektálním karcinomem. Subjekty studie poskytly informace o svých životních návycích, body mass index (BMI), cukrovce a rodinném či osobním výskytu rakoviny v anamnéze. Pacienti s kolorektálním karcinomem s vyšší hladinou exprese genu MUC13 v nádorové tkáni měli horší...
|
|
|
Fenotypicky řízená léčba pacientů s těžkým astma bronchiale v ČR
Vaník, Petr ; Teřl, Milan (vedoucí práce) ; Rozborilová, Eva (oponent) ; Pauk, Norbert (oponent)
ÚVOD V posledních letech existuje již mnoho důkazů, že astma je onemocnění, jehož zánětlivá podstata je etiopatogeneticky výrazně heterogenní. Současně s tímto poznáním se objevují nové léčebné možnosti těžkých forem astmatu, tzv. cílená biologická léčba. Předpokladem racionální indikace této léčby je bližší fenotypizace astmatu za použití dostupných biomarkerů. CÍL Cílem předkládané práce je: A) Podání aktuálního přehledu diagnostiky a léčby astmatu ve světě a v České Republice se zaměřením na sledování efektu cílené terapie těžkých forem astmatu vybraných na podkladě fenotypizace pomocí biomarkerů. B) Vlastní práce, která je rozdělena do 3 částí: 1. V první části jde o hodnocení efektu léčby anti IgE protilátkou omalizumabem v ČR od roku 2007. 2. V druhé části je podrobně zkoumán vztah konkrétního alergologického profilu pacientů k výsledkům léčby omalizumabem v celé ČR. 3. Třetí část se zabývá přínosem vyšetřování periostinu při výběru cílené terapie. METODY V první části vlastní práce jsme provedli retrospektivní post-hoc analýzu dat pacientů s těžkým refrakterním astmatem z 10 center v ČR z období 2007 až 2018 léčených omalizumabem, u kterých byl dostatek dat týkajících se výsledků léčby. Efekt léčby byl hodnocený pomocí skóre GETE (Global evaluation of treatment effectiveness), hlavní...
|
|
|
Oxidative stress biomarkers of the erythrocyte in the newborn - a follow-up study
Zubatá, Karolína ; Čečková, Martina (vedoucí práce) ; Hronek, Miloslav (oponent)
Univerzita Karlova University of Porto Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Faculty of Pharmacy Katedra farmakologie a toxikologie Department of Biological Sciences Student: Karolína Zubatá Školitel: doc. PharmDr. Martina Čečková, Ph.D. Konzultanti: Susana Rocha, Ph.D., prof. Alice Santos-Silva, Ph.D. Název diplomové práce: Biomarkery oxidačního stresu erytrocytů u novorozence - follow-up studie Oxidační stres (OS) bývá primárně spojován s patologickými stavy, byl však popsán i u zdravých, v termínu narozených dětí, a to v důsledku drastických změn, kterými organismus novorozence během a po porodu prochází. Cílem naší práce bylo pomocí vhodných biomarkerů proměřit hladiny OS v erytrocytech (RBC) novorozenců a přispět k porozumění toho, jak se organismus adaptuje na vnější prostředí. Tato problematika není plně prozkoumána a chybí oficiální referenční hodnoty. Vzorky krve byly získány od malého počtu subjektů (n = 8) a to dvakrát - v den narození (pupečníková krev) a po dvou měsících, jako follow-up vzorky (periferní krev). V nemocnici byla provedena základní hematologická a biochemická vyšetření, naše experimentální data zahrnují proměření několika biomarkerů OS v různých frakcích krve (RBC membrány, plasma a celé RBC): membránově vázaný hemoglobin (MBH), peroxidace lipidů (LPO), kvantifikace...
|
|
|
Genetic variability in sporadic colorectal cancer: Searching for novel risk, prognostic and predictive biomarkers.
Jirásková, Kateřina ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Machoň, Ondřej (oponent) ; Eckschlager, Tomáš (oponent)
SOUHRN Rakovina tlustého střeva a konečníku (kolorektální karcinom, KRK) představuje celosvětově závažný zdravotní problém. I přes pokroky v diagnostice a v léčebných metodách zůstává prognóza onemocnění špatná. Pro zlepšení celkové míry přežívání je důležité umět rozpoznat jedince s vyšším rizikem vzniku KRK a odhalit onemocnění v rané potenciálně léčitelné fázi. Současně identifikace pacientů, kteří budou reagovat negativně na konkrétní léčbu, by přispěla ke snížení nadbytečné chemoterapie a k minimalizaci toxicity související s léčbou. Cílem této práce bylo hledání nových diagnostických, prognostických a prediktivních DNA-biomarkerů pro sporadickou formu KRK. Každý člověk je geneticky jedinečný a nalezení těchto biomarkerů by lékařům usnadnilo diagnózu a výběr optimální terapie pro každého pacienta s KRK na základě jejich molekulárního profilu. Pro dosažení tohoto cíle jsme zkoumali několik kandidátních genů u zdravých jedinců i u nově diagnostikovaných pacientů se sporadickou formou KRK. Výsledky této PhD práce byly shrnuty v sedmi impaktovaných publikacích. Hlavními závěry jsou: 1) Genetické varianty v cílových oblastech pro vazbu microRNA (miRSNPs) v genech opravy dvouřetězcových zlomů, genech důležitých pro etiologii KRK a mucinových genech souvisí buď s rizikem KRK nebo s odpovědí na léčbu, 2)...
|
|
|
Chromozomální poškození a kapacita opravy DNA v periferních lymfocytech jako ukazatelé karcinogeneze.
Kroupa, Michal ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Štětina, Rudolf (oponent)
V současné době je známo, že působení faktorů vnějšího i vnitřního prostředí buňky společně s genovými variantami modulují riziko rozvoje sporadických forem nádorů. Strukturní chromozomální aberace v periferních lymfocytech představují biomarker působení genotoxických karcinogenů a jsou považovány za indikátor zvýšeného rizika rozvoje nádorového bujení. Hlavní příčinou vzniku chromozomálních aberací jsou neopravené či chybně opravené dvouvláknové zlomy v molekule DNA; cytogenetickým měřením těchto alterací lze získat představu o tzv. "interindividuální variabilitě" v odpovědi na mutagen. Předpokládané deficience v kapacitě opravy DNA byly v této práci zkoumány u incidentních onkologických pacientů s nádory prsu, tlustého střeva a konečníku a u pacientů s nádory urogenitálního systému. Stanovení chromozomálního poškození bylo doplněno o analýzu vybraných genových variant genů účastnících se opravy poškozené DNA (XRCC3, rs861539; RAD54L, rs1048771). V této studii byla využita konvenční cytogenetická analýza a cytogenetická analýza založená na indukci chromozomálních aberací bleomycinem (tzv. "Challenge assay"), diskriminační analýza TaqMan pro stanovení alelických variant a statistická analýza. Výše uvedenými metodami nebyl prokázán statisticky významný rozdíl v průměrné hladině chromatidových zlomů...
|
|
|
Využití hmotnostní spektrometrie pro analýzu biologicky aktivních a klinicky významných látek.
Štícha, Martin ; Jelínek, Ivan (vedoucí práce) ; Smrček, Stanislav (oponent) ; Tůma, Petr (oponent)
- 7 - ABSTRAKT (CZ) Předložená práce je komentovaným souborem devíti publikací dokumentujících možnosti využití hmotnostní spektrometrie v oblasti strukturní charakterizace vybraných organometalických komplexů, analýz léčiv a jejich metabolitů a monitorování významných biomarkerů metabolických poruch a onemocnění V průběhu práce na tématice disertační práce byly úspěšně realizovány následné dílčí projekty: Návrh a realizace postupu mikropreparace vybraných rheniových komplexů s aromatickými ligandy za použití tetrabutylammonium tetrachlorooxorhenátu jako výchozí látky; příprava oxorhenium(V) komplexů s 1,2-dihydroxybenzenem, 1,2,3- trihydroxybenzenem a 2,3-dihydroxynaftalenem jako ligandy a jejich strukturní charakterizace s pomocí ESI/MS, APPI-MS a LDI-MS; ESI/MS a UV/Vis studie kinetického chování komplexů vznikajících při reakci tetrabutylamonium tetrachlorooxorhenátu s pyrogallolem a katecholem jako ligandy. Zvláštní pozornost byla věnována studiu následných chemických transformací primárně vzniklých Re(V) komplexů; strukturní charakterizace vybraných komplexů ferrocenu s mědí zlatem a stříbrem technikami ESI/MS. V rámci spolupráce na grantovém projektu zaměřeném na metabolismus cholesterolu byla navržena metodologie strukturní charakterizace rozkladných produktů katalytického rozkladu hemu a...
|
|
|
Biomarkery prognózy a účinnosti terapie ovariálního karcinomu
Cerovská, Ela ; Souček, Pavel (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
Ovariální karcinom je závažné nádorové onemocnění s nejvyšší mortalitou mezi gynekologickými malignitami. Doposud nejsou k dispozici optimální metody včasné diagnostiky, určení prognózy ani predikce účinnosti terapie, což vede k odhalení nemoci v pokročilých stadiích a ke značnému omezení účinnosti léčby. Velkým problémem při léčbě pacientek je také vznik rezistence ke konvenčním léčivům a častý návrat onemocnění. Hlavním cílem předkládané práce byla identifikace nových potenciálních prognostických a terapeutických biomarkerů, jejichž zavedení do klinické praxe by mohlo pomoci zlepšit terapeutický přístup k ovariálnímu karcinomu. Diplomová práce poskytuje výsledky analýzy exprese genů, jejichž proteiny se účastní transportu, metabolizmu a mechanizmu působení platinových derivátů a taxanů, dále regulace buněčného cyklu a signalizace. Hladina exprese byla měřená na úrovni transkriptu v nádorové a kontrolní ovariální tkáni, kde byly vyhodnoceny rozdíly. Exprese v nádorech byla dále porovnána s klinickými daty pacientek a ze získaných výsledků byly vybrány kandidátní geny, ABCA2 a PRC1, pro další analýzy. U kandidátních genů bylo stanoveno množství proteinu v nádorové a kontrolní tkáni a byla provedena genotypizační analýza vybraných dědičných jednonukleotidových polymorfizmů v DNA z periferní krve...
|
|
|
Sporadické buňky v diagnostice a monitoraci gynekologických onemocnění
Kiss, Imrich ; Bobek, Vladimír (vedoucí práce) ; Špaček, Jiří (oponent) ; Klézl, Petr (oponent)
V posledních dvou desetiletích je významná snaha nalézt neinvazivní markery v diagnostice, predikci a monitorování účinnosti terapie maligních onemocnění. Cirkulující nádorové buňky (CTC) mají možnost splnit všechny tyto kritéria. Monotematická práce se v úvodu věnuje problematice CTC a jejich současnému využití v klinické medicíně. V přehledném článku je shrnut aktuální stav využití CTC u gynekologických malignit. V další publikaci je originální článek na téma CTC u karcinomu endometria. Popisuje úspěšný záchyt vitálních CTC u 75% testovaných pacientek. Identifikuje CTC jako individuální marker onemocnění bez spojitosti se stadiem, stupněm (grade) nebo postižením lymfatických uzlin. V druhé polovině se práce věnuje endometrióze, benignímu, ale často recidivujícímu onemocnění zhoršující kvalitu života u žen v reprodukčním věku. Multicentrická studie popisuje úspěšnou izolaci cirkulujících endometriálních buněk (CEC) u žen s histologicky potvrzenou endometriózou v různém stadiu onemocnění i subjektivními potížemi pacientek. Z celkových 423 vzorků bylo úspěšně izolováno 78.4%. CEC byly sledovány u 11 pacientek v různých fázích menstruačního cyklu, při čemž nejvyšší počet CEC byl detekován těsně po ovulaci. Cytomorfologickou a následně molekulární analýzou byly zjištěny buněčné typy a geny...
|
|
|
Využití cirkulujících miRNA jako biomarkerů v diagnostice a terapii revmatických onemocnění
Prajzlerová, Klára ; Filková, Mária (vedoucí práce) ; Hrnčíř, Zbyněk (oponent) ; Procházková, Leona (oponent)
Úvod: MikroRNA (miRNA) jsou malé nekódující jednořetězcové RNA podílející se na inhibici genové exprese na posttranskripční úrovni, čímž ovlivňují řízení všech buněčných funkcí. Jejich dysregulace se podílí na patogenezi onemocnění, včetně revmatických. MiRNA se mohou vyskytovat i extracelulárně v tělních tekutinách, čímž představují nadějný diagnostický a prognostický ukazatel. Cílem práce bylo analyzovat expresi miRNA jako potenciálních biomarkerů stadia a aktivity nemoci a predikci terapeutické odpovědi u dvou nejčastějších zánětlivých revmatických onemocnění: spondyloartritidy (SpA) a revmatoidní artritidy (RA). Výsledky: Prokázali jsme odlišnou expresi cirkulujících miRNA u pacientů se SpA, které se lišily podle závažnosti axiálního postižení a/nebo korelovaly s aktivitou nemoci. Míra poklesu cirkulující miR-145 v plazmě po 3 měsících léčby TNF inhibitory u pacientů s ankylozující spondylitidou predikovala dobrou terapeutickou odpověď a dosažení nízké aktivity nemoci po roce léčby. Hladiny cirkulující i buněčné miR-125b v periferních mononukleárních buňkách (PBMC) byly u neléčených pacientů s časnou RA nižší v porovnání se zdravými kontrolami a stoupaly po zahájení terapie. Exprese miR-125 v PBMC u těchto pacientů před zahájením léčby odlišovala pacienty s (ne)dostatečnou terapeutickou...
|
host ::
RSS.