|
|
Characterization of selected yeast strains from food
Ostrihoňová, Katarína ; Vítová, Eva (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
This bachelor´s thesis is focused on identification of yeasts of the cheeses by PCR-RFLP method and verifying the lipolytic activity of the yeast. In the theoretical part are processed basic information about yeast, their possible positive and negative effects on the quality of cheeses, the technology of production of cheeses, lipolysis and proteolysis in the cheese and of course of PCR-RFLP (The polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism). Experimental section shows the isolation of DNA, identification of DNA by PCR made by amplification 5,8S-ITS sections of DNA using primers ITS1 and ITS4. The amplified DNA was purified by ethanol and then was subjected to restriction analysis with the enzymes HaeIII, HinfI, HhaI, TaqI. Then there is listed detection of the PCR product and the restriction fragments by gel electrophoresis. Lengths of the fragments obtained after electrophoresis will be used to identify yeast species isolated from cheeses. In the second part of the thesis in the experimental part we have dealt with evidence of lipolytic activity of the yeast by test on Spirit blue agar.
|
|
|
Příprava vzorků pro analýzu DNA v potravinách rostlinného původu
Silná, Renata ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Kovařík, Aleš (vedoucí práce)
Izolace vysoce kvalitní rostlinné DNA je nezbytná pro mnoho aplikací molekulární biologie. Nicméně, rostlinná DNA a potraviny rostlinného původu obsahují velké množství polysacharidů, polyfenolů a jiných sekundárních metabolitů, které snižují výtěžnost a kvalitu izolované DNA. Cílem této diplomové práce byla příprava vzorků a různých potravinových matric pro izolaci DNA magnetickými částicemi. Jednalo se o 5 druhů zeleniny a 10 druhů různě zpracovaných zeleninových potravinových výrobků. Homogenizace matric byla provedena v CTAB pufru. Izolace rostlinné DNA byla provedena magnetickými částicemi s navázanými karboxylovými skupinami. Veškerá DNA byla izolována v kvalitě vhodné pro konvenční PCR, testována dvěma sadami primerů umožňujících amplifikaci 700 bp amplikonů, u tepelně zpracovaných výrobků na 220 bp a pro PCR v reálném čase. Byla srovnána účinnost separace magnetických částic s navázanou DNA pomocí magnetického separátoru a magnetické jehly. DNA vyšší čistoty byla izolována magnetickou jehlou. Mikrometoda izolace rostlinné DNA z homogenátů s CTAB pomocí magnetických částic je vhodná pro různě zpracované potraviny.
|
|
|
Využití magnetických částic při izolaci DNA z vybraných probiotických výrobků pro děti
Vozárová, Petra ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
V potravinárskom priemysle je dôležité správne identifikovať druhy baktérií a ich vlastnosti, aby mohli byť použité ako probiotikum v doplnkoch stravy. Na to sa využívajú metódy DNA diagnostiky. V experimentálnej časti práce bola izolovaná DNA zo štyroch probiotických doplnkov stravy pre deti. Na izoláciu boli testované magnetické častice P(HEMA-co-GMA). Izolovaná DNA bola amplifikovaná pomocou PCR a bola preukázaná prítomnosť DNA rodov Lactobacillus, Bifidobacterium a Bacillus v súlade s údajmi deklarovanými výrobcom. Pomocou amplifikácie DNA metódou PCR s využitím druhovo špecifických primerov bola preukázaná prítomnosť druhov L.acidophilus a B.animalis v súlade s údajmi na výrobku. Pomocou PCR za daných experimentálnych podmienok nebola preukázaná prítomnosť druhu L.casei v jednom výrobku.
|
|
|
Analýza DNA izolované z různých typů probiotických výrobků s využitím PCR v reálném čase a HRM analýzy
Sedláková, Lucie ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Cílem této práce bylo zavedení metody PCR v reálném čase s vysokorozlišovací analýzou křivek tání pro rod Bifidobacterium. V současné době je dostupné malé množství publikací, které se zabývají rozlišením kmenů rodu Bifidobacterium pomocí vysokorozlišovací analýzy křivek tání. Dle publikací, které byly zaměřeny na rozlišení bakterií mléčného kvašení, byly vybrány primery P1V1 a P2V1, LAC1 a LAC2, LsppUPF a LsppUPR, V3F a V3R, V6F a V6R. Bakteriální DNA sbírkových kmenů byla pomocí těchto primerů amplifikována metodou PCR v reálném čase s vysokorozlišovací analýzou křivek tání. Po vyhodnocení naměřených výsledků byla účinnost vybraných primerů rovněž ověřena na DNA izolované z komplexního vzorku probiotického výrobku. Po další optimalizaci by za pomoci vybraných primerů mohla být metoda PCR v reálném čase s vysokorozlišovací analýzou křivek tání vhodná i pro rod Bifidobacterium.
|
|
|
Interakce plasmidových DNA se sloučeninami lanthanoidů
Budko, Kateryna ; Horák, Daniel (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
V poslední době je věnována značná pozornost lanthanoidům a jejich komlexům jako vynikajícím katalyzátorům štěpení nukleových kyselin. Diplomová práce byla zaměřena na štěpení plasmidové a bakteriální DNA ionty Nd3+ a Y3+ a různými nosiči obsahujícími sloučeniny lanthanoidů. Vznik jednořetězcových a dvouřetězcových zlomů v molekule plasmidové DNA byl sledován pomocí agarózové gelové elektroforézy. Ověření štěpení bakteriální DNA bylo provedeno pomocí polymerázové řetězové reakce s použitím primerů specifických pro doménu Bacteria a rodově a druhově specifických primerů. Výsledky budou použity při vývoji metody, která umožní ověření dokonalosti pokrytí nosičů s magnetickým perovskitovým jádrem, a dalších nosičů obsahujících sloučeniny lanthanoidů.
|
|
|
Využití molekulárně biologických technik pro identifikaci a analýzu probiotických bakterií
Konečná, Jana ; Doškař, Jiří (oponent) ; Kráčmar, Stanislav (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Izolace deoxyribonukleové kyseliny (DNA) je velmi důležitým krokem v molekulární diagnostice mikroorganismů. Pro amplifikaci DNA polymerázovou řetězovou reakcí (PCR) je nezbytná vysoká kvalita izolované DNA. Izolace DNA pomocí konvenční fenol–chloroformové extrakce a srážení DNA ethanolem je časově náročná a vyžaduje použití toxického fenolu. Dalším způsobem izolace DNA je použití komerčně dostupných izolačních kitů, které jsou ovšem ekonomický náročné a neposkytují vysoké výtěžky. Magnetické separační techniky využívající magnetické pevné částice jsou jednou z moderních metod, které urychlují izolaci nukleových kyselin. Cílem této práce bylo ověřit použití dvou typů magnetických částic pro adsorpci DNA na pevnou fázi. Magnetické mikročástice P(HEMA – co – GMA) obsahující skupinu –NH2 a nanočástice PLL, které obsahují polylysin. Množství DNA v separační směsi bylo měřeno za použití ultrafialové spektrofotometrie (UV). Metoda byla testována nejprve na DNA z kuřecích erytrocytů. Pro adsorpci DNA na magnetické částice byl použit fosfátový pufr (pH 7, 7,6 a 8). Ukázalo se, že přibližně polovina DNA byla adsorbována na částice. Následně byly optimalizovány eluční podmínky a nakonec byla testována izolace bakteriální DNA a metoda byla použita k izolaci DNA z reálných vzorků potravinových doplňků stravy. Tato DNA eluovaná z částic byla v kvalitě vhodné pro PCR. Vysokorozlišovací analýza křivek tání (HRM) je jednoduchá a levná metoda, která je používána pro diskriminaci amplikonů po polymerázové řetězové reakci (PCR) v reálném čase. V této práci byla testována HRM-PCR pro rychlou identifikaci kmenů patřících do skupiny Lactobacillus. Byly použity tři různé metody izolace DNA: fenolová extrakce, separace pomocí magnetických částic a izolace pomocí komerčního kitu. K amplifikaci genu 16S rRNA bylo testováno 10 párů primerů pro cílové genové fragmenty (LAC1 - LAC2, LAC2 - LAC4, P1V1 - P2V1, Gro F - GroR, 3BA - 338f - Primer 1, V1F - V1R, CHAU - V3F - CHAU - V3R, CHAU - V6F - CHAU - V6R, poxcDNAFw - poxPromRVC, poxcDNAFw - poxPromRVT). Použitím párů primerů GroF/R a LAC2/4 byly úspěšně identifikovány druhy patřící do rodu Lactobacillus. Výsledky analýzy HRM – PCR ukazují rozdíly mezi sledovanými metodami extrakce použitými pro izolaci DNA.
|
|
|
Sledování populace bakterií mléčného kvašení v moravských vínech
Valicová, Markéta ; Španová, Alena (oponent) ; Omelková, Jiřina (vedoucí práce)
Cílem práce bylo monitorování celkového počtu bakterií mléčného kvašení vyskytujících se v hroznovém moštu během výroby vína. Studie byla provedena u odrůdy červeného vína Cabernet Moravia z ekologické vinice a odrůdy bílého vína Sauvignon jak z ekologické tak i integrované vinice. Součástí práce byla také izolace čistých kultur bakterií mléčného kvašení z kultur směsných a následně jejich identifikace pomocí rodově a druhově specifické PCR. Z experimentálních výsledků vyplývá, že na celkový počet kolonietvorných buněk bakterií mléčného kvašení má vliv nejen odrůda vína, zda se jedná o odrůdu červeného či bílého vína, ale také způsob pěstování vinné révy. Způsob pěstování vinné révy měl vliv i na druhové zastoupení bakterií mléčného kvašení u jednotlivých odrůd.
|
|
|
Imunomagnetická separace buněk bakterií mléčného kvašení pomocí magnetických nosičů funkcionalizovaných protilátkou
Vaňásek, Jakub ; Španová, Alena (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Imunomagnetická separace je založena na vazbě protilátky s antigenem, kde protilátka je navázána na magnetickém nosiči. V této práci byly pro imunomagnetickou separaci bakterií mléčného kvašení použity částice magnetické perlové celulózy s navázanou protilátkou antiLactobacillus a antiBifidobacterium. Metoda imunomagnetické separace byla nejprve optimalizována a následně byla ověřena účinnost a specifita navázaných protilátek na čistých bakteriálních kmenech a kvasinkách, které byly identifikovány pomocí metody polymerázové řetězové reakce. Účinnost imunomagnetické separace byla rovněž ověřena na masném probiotickém výrobku, ze kterého byly úspěšně izolovány bakterie rodu Lactobacillus. U DNA z těchto vyizolovaných buněk byla provedena vysokorozlišovací analýza křivek tání, pomocí které byla prokázána přítomnost několika kmenů bakterií rodu Lactobacillus.
|
|
|
Využití PCR pro druhovou identifikaci a pro vyhledávání vybraných genů laktobacilů
Diado, Aleksandra ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Probiotické potravinové výrobky - doplňky stravy obsahuji různé druhy probiotických bakterii. Správná druhova identifikace kmenů a jejich charakteristických vlastností je velmi důležitá z hlediska kvality výrobků. K tomu se využívají metody DNA diagnostiky. V této práci byla izolovaná DNA ze 4 probiotických výrobků. Pomocí amplifikace DNA metodou PCR byla ve 3 výrobcích prokázaná přítomnost bakterii rodu Lactobacillus a druhu L. acidophillus, L. casei, L. plantarum, L. rhamnosus v souladu s údaji uvedenými výrobci. Při druhově identifikaci byly pro každý druh použity dvě sady primerů. S využitím dalších primerů byly v DNA izolované z výrobků prokázané sekvence následujících genů: bsh, lai a odc. Byly zjištěny rozdíly mezi výrobky, týkající se detekce lai genu L. acidophillus.
|
|
|
DNA analýza nepatogenních klostridií izolovaných ze sýrů
Chroboková, Maria ; Trachtová, Štěpánka (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Polymerázová řetězová reakce (PCR) je molekulárně genetická metoda, která umožňuje replikaci nukleových kyselin in vitro. Umožňuje identifikaci mikroorganismů nebo prokazování přítomnosti specifických genů v různých matricích biologického původu. Některé nepatogenní druhy rodu Clostridium způsobují vážná poškození sýrů, proto jejich identifikace a kvantifikace je tak důležitá v sýrařství. V této práci byly testovány specifické primery pro rod Clostridium. Byla zde použita bakteriální DNA sbírkových kmenů a kmenů vyizolovaných z poškozených sýrů. Pomocí specifických primerů byly metodou PCR amplifikovány charakteristické úseky DNA pro klostridie. PCR produkty (619 bp) byly detekovány použitím elektroforézy na 1,8% agarózovém gelu. Byla potvrzena rodová specifita testovaných primerů specifických pro rod Clostridium. Pro negativní kontrolu byla použita bakteriální DNA rodu Lactobacillus.
|
host ::
RSS.