|
|
Příprava rekombinantních forem extracelulární domény myších leukocytárních receptorů z rodiny NKR-P1.
Adámek, David
Myší receptory NK buněk patřící do rodiny NKR-P1 hrají roli v regulaci odpovědi těchto buněk z hlediska jejich aktivace, inhibice a produkce cytokinů. Tato diplomová práce se zabývá přípravou extracelulárních částí aktivačních receptorů mNKR-P1A a mNKR-P1C z myšího kmene C57BL/6. Cílem bylo připravit produkční vektor obsahující kódující sekvenci příslušných částí obou receptorů, optimalizovat jejich produkci v bakteriích E. coli a nalézt vhodný postup jejich renaturace a purifikace in vitro. Čisté proteinové preparáty byly následně ověřeny a analyzovány hmotnostní spektrometrií a rovněž značeny fluorescenční značkou za účelem hledání ligandu na buněčných preparátech. V budoucím výzkumu bude řešena struktura připravených proteinových preparátů a rovněž budou použity k hledání svých ligandů. Dané poznatky mohou v budoucnu dopomoci k lepšímu pochopení NK buněk.
|
|
|
Applications of flow cytometry in the study of microbial subpopulations.
Hřebíček, Ondřej ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Sudzinová, Petra (oponent)
Tato práce je přehledem běžných metod a aplikací průtokové cytometrie pro studium bakteriálních organismů. Průtoková cytometrie je fluorescenční metoda poskytující jak kvantitativní tak kvalitativní data. Díky tomu je schopná informovat o dynamice bakteriálních populací, fenotypické heterogenitě v rámci těchto populací, i dalších vlastnostech. Tato práce obsahuje obecný úvod do průtokové cytometrie. Následuje seznámení s typicky měřenými vlastnostmi bakterií, například životaschopností či membránovým potenciálem. Důraz je kladen na fluorescenční sondy používané k výzkumu těchto vlastností a jejich přednosti či nedostatky. Diskutovány jsou také obtíže asociované s variabilitou bakteriální fyziologie. V závěrečné části je demonstrována flexibilita i nedostatky průtokové cytometrie pomocí příkladů ze základního výzkumu, environmentální mikrobiologie, biotechnologií i klinické praxe. Klíčová slova: průtoková cytometrie, mikrobiální subpopulace, fluorescenční značení, bakteriální fyziologie, životaschopnost bakterií
|
|
|
Selectively substituted cyclodextrins for analytical and pharmaceutical applications
Benkovics, Gábor ; Jindřich, Jindřich (vedoucí práce) ; Lhoták, Pavel (oponent) ; Šindelář, Vladimír (oponent)
5 Selektivně susbstituované cyklodextriny pro analytické a farmaceutické aplikace Abstrakt Tato práce se zabývá selektivní modifikací cyklodextrinů. Jejím hlavním cílem je příprava a charakterizace mono- a persubstituovaných derivátů cyklodextrinu syntetizovaných regioselektivně a přímočaře. Práce je tedy rozdělena na dvě hlavní části popisující syntetické přístupy a aplikace modifikovaných cyklodextrinů jednak s jedním substituentem, jednak s více substituenty. První část představuje cyklodextrinové skelety s jednou chromoforní skupinou, jako je cinammylová, rhodaminylová, fluoresceinylová a eosinylová funkční skupina. Kompletní série regioisomerů monocinammylových derivátů α-CD byla připravena pomocí přímé alkylace a jejich samoskladné vlastnosti byly následně podrobně zkoumány pomocí metod dynamického rozptylu světla a NMR. Tento výzkum odhalil, že jednotlivé regioisomery (mono-6-O-, mono-2-O- a mono-3-O-cinnamyl-α-cyklodextriny) jsou schopny tvořit rozdílná supramolekulární uskupení pomocí intermolekulárních asociací. Byla vyvinuta rychlá metoda pro jednoznačnou identifikaci čistých regioisomerů na základě série změřených 2D spekter. Byly syntetizovány deriváty β-cyklodextrinu s xantinovým skeletem, představující další zástupce monosubstituovaných cyklodextrinů. Byly vyvinuty nové syntetické strategie...
|
|
|
Vývoj modelového systému pro studium adheze bakterie Burkholderia cenocepacia na plicní epitel pacientů trpících cystickou fibrózou
Volejníková, Anna ; Bořek Dohalská, Lucie (vedoucí práce) ; Kubíčková, Božena (oponent)
Cystická fibróza (CF) je běžné autozomálně recesivní onemocnění, které nejčastěji postihuje plicní respirační epitel. Vlivem poškození plic dochází k chronické kolonizaci dýchacího ústrojí řadou patogenních mikroorganismů, jako je Pseudomonas aeruginosa nebo Burkholderia cepacia komplex. Vzhledem k závažnosti infekce těmito bakteriemi a jejich rezistenci na většinu používaných antibiotik jsou hledány vhodné léčebné alternativy, jako je například pasivní imunizace pacientů pomocí specifických slepičích protilátek. V této práci byla studována adheze oportunního lidského patogenu Burkholderia cenocepacia na plicní epitel zdravých jedinců a pacientů trpících CF. Cílem bylo vytvořit a optimalizovat vhodný modelový systém pro toto studium. K tomuto účelu byly použity plicní buněčné linie získané od pacienta s cystickou fibrózou (CuFi-1, mutace ∆F508) a nepoškozené plicní linie (NuLi-1). Bakteriální kmeny B. cenocepacia (ST28 a ST32) byly úspěšně fluorescenčně označeny barvivem PKH26 při zachování jejich viability. Dále byla optimalizována metodika fluorescenčního značení buněčných linií CuFi-1 a NuLi-1 pomocí barviva PKH67. Na vytvořeném modelovém systému byla prokázána až trojnásobně vyšší adheze bakterií k buněčné linii CuFi-1 ve srovnání s linií NuLi-1. Jako potenciální terapeutické agens byla v této...
|
|
|
Studium vlivu IgY na interakce bakterií a plicních buněk v podmínkách ex vivo
Vašková, Lucie ; Hodek, Petr (vedoucí práce) ; Nosková, Libuše (oponent)
0 Abstrakt Cystická fibrosa je autozomálně recesivní onemocnění způsobené mutací v genu CFTR kódujícím chloridový kanál na apikální membráně epiteliálních buněk. To vede ke změně transportu iontů a zahuštění hlenů v dýchacích cestách, kde navíc dochází ke změnám glykosylace povrchových struktur, které se stávají vhodným cílem pro adhezi bakterií. Chronické bakteriální infekce vedou k postupnému snižování funkce plic, poškození plicní tkáně a jsou hlavní příčinou úmrtí pacientů s CF. Pseudomonas aeruginosa je nejčastější patogen způsobující chronické infekce u pacientů s CF. Tyto bakterie vytvářejí biofilm, který je chrání před účinky imunitního systému a antibiotik. Jakmile dojde ke kolonizaci PA, je obtížné se tohoto patogenu zbavit. Prevencí chronických infekcí PA by mohla být profylaktická léčba orálně podávanými slepičími protilátkami proti adhezivním strukturám PA. V této práci byla testována protilátka proti bakteriálnímu lektinu PA-IIL, který je jedním z klíčových struktur podílejících se na adhezi tohoto patogenu na epiteliální buňky. Nejprve bylo ověřeno, že použitá specifická protilátka z vaječných žloutků slepice imunizované bakteriálním lektinem PA-IIL rozeznává specificky tento lektin, a to jak rekombinantně připravený, tak přirozeně exprimovaný bakteriemi Pseudomonas aeruginosa. Vliv těchto...
|
|
|
Studium vlivu IgY na interakce bakterií a plicních buněk v podmínkách ex vivo
Vašková, Lucie
0 Abstrakt Cystická fibrosa je autozomálně recesivní onemocnění způsobené mutací v genu CFTR kódujícím chloridový kanál na apikální membráně epiteliálních buněk. To vede ke změně transportu iontů a zahuštění hlenů v dýchacích cestách, kde navíc dochází ke změnám glykosylace povrchových struktur, které se stávají vhodným cílem pro adhezi bakterií. Chronické bakteriální infekce vedou k postupnému snižování funkce plic, poškození plicní tkáně a jsou hlavní příčinou úmrtí pacientů s CF. Pseudomonas aeruginosa je nejčastější patogen způsobující chronické infekce u pacientů s CF. Tyto bakterie vytvářejí biofilm, který je chrání před účinky imunitního systému a antibiotik. Jakmile dojde ke kolonizaci PA, je obtížné se tohoto patogenu zbavit. Prevencí chronických infekcí PA by mohla být profylaktická léčba orálně podávanými slepičími protilátkami proti adhezivním strukturám PA. V této práci byla testována protilátka proti bakteriálnímu lektinu PA-IIL, který je jedním z klíčových struktur podílejících se na adhezi tohoto patogenu na epiteliální buňky. Nejprve bylo ověřeno, že použitá specifická protilátka z vaječných žloutků slepice imunizované bakteriálním lektinem PA-IIL rozeznává specificky tento lektin, a to jak rekombinantně připravený, tak přirozeně exprimovaný bakteriemi Pseudomonas aeruginosa. Vliv těchto...
|
|
|
Studium interakce lektinových receptorů přirozených zabíječů s jejich proteinovými ligandy.
Hernychová, Lucie ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Drbal, Karel (oponent)
NK buňky jsou přirozené lymfocyty, které tvoří díky svému receptorovému systému první linii obrany organismu před infekcemi. Jsou důležitou součástí protivirové, ale také protinádorové imunity, hrají roli v transplantační imunitě, autoimunitě nebo reprodukci. Tato diplomová práce se zabývá studiem struktury membránového receptoru NKR-P1B myších NK buněk a jeho interakcí s ligandem Clr-b. Cílem bylo připravit expresní vektor kódující ligand-vazebnou a celou extracelulární část receptoru NKR-P1B a optimalizovat jeho produkci a renaturaci in vitro. Připravené proteiny byly analyzovány gelovou filtrací, elektroforeticky a hmotnostní spektrometrií. Poté byla sledována jejich interakce s proteinem Clr-b biofyzikálními (gelová filtrace a povrchová plazmonová rezonance) a biologickými metodami (značení buněčných preparátů proteiny NKR-P1B s navázanou fluorescenční sondou). In vitro vazebné pokusy nepotvrdily vzájemnou intarakci NKR-P1B a Clr-b, přestože se připravené proteiny vázaly na buňky z kostní dřeně.
|
|
|
Vliv kovalentně vázané fluorescenční značky na strukturu a funkci proteinů
Petrovová, Gabriela ; Kavan, Daniel (vedoucí práce) ; Martínek, Václav (oponent)
Fluorescenční značení je velmi často používanou metodou určenou k vizualizaci všech typů biomolekul včetně proteinů a proteinových komplexů. Dosud však nebylo zkoumáno, jakým způsobem a v jakém rozsahu toto značení ovlivňuje jejich strukturu a funkci. Tato diplomová práce se tedy zabývá vlivem vazby NHS-fluoresceinu na modelový protein lidské karbonát dehydratasy (hCA-I). Cílem této práce byla příprava rekombinantní 15N-hCA-I, studium její struktury pomocí NMR spektroskopie po značení fluoresceinem, studium ovlivnění relativní enzymové aktivity hCA-I v závislosti na míře fluorescenčního značení a v neposlední řadě také analýza produktů pomocí ESI FT-ICR MS vzniklých po vazbě karbonát dehydratasy NHS-fluoresceinem. Využitím těchto metod byly stanoveny obecné experimentální podmínky pro použití fluorescenčního značení s minimálním efektem na strukturu proteinu a jeho funkci. Z výsledků této práce vyplývá, že při výpočtech molárních nadbytků přidávaného NHS-fluoresceinu k proteinům nelze použít dosavadního jednoduchého postupu, ale je více než nutné zohlednit vliv relativní enzymové aktivity proteinu, která klesá se zvyšujícím se molárním nadbytkem fluorescenční značky, a že výpočet molárních nadbytků neodpovídá skutečnému stupni značení. V budoucím výzkumu bude nutné provést optimalizaci pro další...
|
|
|
Příprava rekombinantních forem extracelulární domény myších leukocytárních receptorů z rodiny NKR-P1.
Adámek, David
Myší receptory NK buněk patřící do rodiny NKR-P1 hrají roli v regulaci odpovědi těchto buněk z hlediska jejich aktivace, inhibice a produkce cytokinů. Tato diplomová práce se zabývá přípravou extracelulárních částí aktivačních receptorů mNKR-P1A a mNKR-P1C z myšího kmene C57BL/6. Cílem bylo připravit produkční vektor obsahující kódující sekvenci příslušných částí obou receptorů, optimalizovat jejich produkci v bakteriích E. coli a nalézt vhodný postup jejich renaturace a purifikace in vitro. Čisté proteinové preparáty byly následně ověřeny a analyzovány hmotnostní spektrometrií a rovněž značeny fluorescenční značkou za účelem hledání ligandu na buněčných preparátech. V budoucím výzkumu bude řešena struktura připravených proteinových preparátů a rovněž budou použity k hledání svých ligandů. Dané poznatky mohou v budoucnu dopomoci k lepšímu pochopení NK buněk.
|
|
|
Příprava rekombinantních forem extracelulární domény myších leukocytárních receptorů z rodiny NKR-P1.
Adámek, David ; Man, Petr (vedoucí práce) ; Brdička, Tomáš (oponent)
Myší receptory NK buněk patřící do rodiny NKR-P1 hrají roli v regulaci odpovědi těchto buněk z hlediska jejich aktivace, inhibice a produkce cytokinů. Tato diplomová práce se zabývá přípravou extracelulárních částí aktivačních receptorů mNKR-P1A a mNKR-P1C z myšího kmene C57BL/6. Cílem bylo připravit produkční vektor obsahující kódující sekvenci příslušných částí obou receptorů, optimalizovat jejich produkci v bakteriích E. coli a nalézt vhodný postup jejich renaturace a purifikace in vitro. Čisté proteinové preparáty byly následně ověřeny a analyzovány hmotnostní spektrometrií a rovněž značeny fluorescenční značkou za účelem hledání ligandu na buněčných preparátech. V budoucím výzkumu bude řešena struktura připravených proteinových preparátů a rovněž budou použity k hledání svých ligandů. Dané poznatky mohou v budoucnu dopomoci k lepšímu pochopení NK buněk.
|
host ::
RSS.