|
|
Bioinformatický nástroj pro analýzu genových okolí
Hřebíček, Ondřej ; Kameník, Zdeněk (vedoucí práce) ; Větrovský, Tomáš (oponent)
Vyhledávání nových klastrů biosyntetických genů (BGC), zejména v Aktinobakteriích, je klíčové pro vývoj nových antimikrobiálních látek i dalších biologicky aktivních sloučenin odvozených od specializovaných metabolitů bakterií. Softwary pro vyhledávání BGC, které nejsou závislé na databázích publikovaných BGC, jsou v současnosti velmi limitovány. Tento typ softwarů však poskytuje výhody oproti přístupům, které těchto databází využívají. V této práci prezentuji bioinformatický nástroj, který sjednocuje funkce z několika dalších databáze-nevyužívajících bioinformatických nástrojů do jednoho. Tento software poskytuje plně interaktivní grafické rozhraní. Software využívá výstupu NCBI BLASTu k nalezení kódujících sekvencí homologů proteinů, podle kterých lze daný BGC identifikovat. Software následně zobrazuje výsledky v rámci uživatelského rozhraní, které uživateli umožňuje data dále analyzovat. Spolehlivost softwaru byla testována vyhledáváním subklastrů, kódujících biosyntézu 4-alkyl-L-prolinových prekurzorů odvozených od L-tyrosinu nebo L-leucinu. Během testování byl software schopen najít 120 ze 121ti ručně-nalezených subklastrů L-tyrosinové dráhy a 131 předpokládaných subklastrů L-leucinové dráhy, čímž byla potvrzena jeho spolehlivost. Většina z nalezených subklastrů L-leucinové i L- tyrosinové...
|
|
|
Applications of flow cytometry in the study of microbial subpopulations.
Hřebíček, Ondřej ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Sudzinová, Petra (oponent)
Tato práce je přehledem běžných metod a aplikací průtokové cytometrie pro studium bakteriálních organismů. Průtoková cytometrie je fluorescenční metoda poskytující jak kvantitativní tak kvalitativní data. Díky tomu je schopná informovat o dynamice bakteriálních populací, fenotypické heterogenitě v rámci těchto populací, i dalších vlastnostech. Tato práce obsahuje obecný úvod do průtokové cytometrie. Následuje seznámení s typicky měřenými vlastnostmi bakterií, například životaschopností či membránovým potenciálem. Důraz je kladen na fluorescenční sondy používané k výzkumu těchto vlastností a jejich přednosti či nedostatky. Diskutovány jsou také obtíže asociované s variabilitou bakteriální fyziologie. V závěrečné části je demonstrována flexibilita i nedostatky průtokové cytometrie pomocí příkladů ze základního výzkumu, environmentální mikrobiologie, biotechnologií i klinické praxe. Klíčová slova: průtoková cytometrie, mikrobiální subpopulace, fluorescenční značení, bakteriální fyziologie, životaschopnost bakterií
|
|
|
Sport a spiritualita
Hřebíček, Ondřej ; Bednář, Miloš (vedoucí práce) ; Jebavá, Jana (oponent)
Název: Sport a spiritualita Cíle práce: Nahlédnout na spojitost a provázanost mezi dvěma na první pohled odlišnými fenomény, kterými jsou sport a spiritualita a ukázat, že tyto dva aspekty lidského života mohou být významným způsobem propojené. Metody: Předkládaná diplomová práce je prací teoretickou. Hlavní část informací je čerpána z odborné literatury, dále pak z vlastních zkušeností. V první části pokládáme potřebné informační základy postavené na studiu literatury. Ve druhé části srovnáváme mezi sebou jednotlivé náhledy získané četbou a toto propojujeme a doplňujeme vlastními myšlenkami a postřehy. Výsledky: Práce v oblasti duševna a duchovna je v současné době pro sport zcela zásadní. Fyzicky lidé dosahují mezních hranic, proto je potřeba zapojit do tréninku a celkového přístupu ke sportu další aspekt, který posune osobnost jedince zase o krok dál. Tímto aspektem je právě rozvoj duševních a duchovních kvalit. Klíčová slova: spiritualita, sport, filosofie,náboženství, buddhismus 5
|
host ::
RSS.