|
|
Zpracování a analýza lidského střevního mikrobiomu ze sekvenačních dat 16S rDNA
Zbudilová, Michaela ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá analýzou lidského střevního mikrobiomu z dat ze 16S rRNA. V první části je teoreticky popsán střevní mikrobiom, způsoby jeho zpracování a vyhodnocení pomocí analýzy taxonomických jednotek a diverzity mikrobiomu. Další část je zaměřena na data, která jsou v práci zpracována a na formát, v jakém jsou tyto data poskytnuta. V třetí části je popsán navržený algoritmus sloužící ke zpracování dat a zároveň jsou i vyhodnoceny výsledky získané spuštěním právě tohoto algoritmu. V další části práce jsou vzorky z Fakultní nemocnice Brno zpracovány pomocí navrženého algoritmu. Poslední část práce se zabývá popisem skriptu sloužícím ke generování reportů, které mohou být využity k diagnostickým účelům ve Fakultní nemocnici Brno.
|
|
|
Webová aplikácia pre výber sekvenačných primerov pre amplikónové sekvenovanie 16S rRNA
Jurča, Jan ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Smatana, Stanislav (vedoucí práce)
Hlavním cílem této práce byl návrh a implementace webové aplikace, která je, na základě uživatelské volby, schopna ohodnotit primerové páry určené pro 16S rRNA amplikonové sekvenování a zjednodušit uživateli výběr primerového párů pro jeho specifické potřeby. Ohodnocení je realizováno na základě databáze primerových párů, která obsahuje data o specifitě a senzitivitě každého jednoho primerového páru. Součástí práce byla i výkonnostní optimalizace algortimu pro výpočet senzitivity a specificity a jeho integrace do aplikace. Díky čemuž aplikace umožňuje uživateli provést analýzu vlastního primerového páru a získat informace o pozici amplifikovaného regionu, senzitivitě a specificitě.
|
|
|
Hematologická variabilita a její souvislost s gastroinstestinální mikrobiotou u papoušků (Psittaciformes)
Dlugošová, Sylvie ; Vinkler, Michal (vedoucí práce) ; Volf, Jiří (oponent)
Tisíce papoušků po celém světě trpí nemocemi a dalšími zdravotními komplikacemi, které mohou mít základ v interakci mezi jejich imunitním systémem a bakteriemi v jejich trávicím traktu. Předkládaná diplomová práce si klade za cíl pochopit souvislosti mezi projevy těchto zdravotních problémů, buněčným složením krve a skladbou gastrointestinální mikrobioty u papoušků. Hematologické vyšetření bylo provedeno u 198 krevních vzorků 53 druhů papoušků. Složení mikrobioty bylo stanoveno kombinací molekulárního přístupu sekvenace bakteriálního genu pro 16S rRNA ze 132 vzorků trusu, 12 vzorků střev, 228 kloakálních výtěrů a 236 výtěrů zobáku odebraných celkem z 61 papouščích druhů a diagnostického přístupu analýzou fekálních nátěrů Gramovou metodou. Byla zjištěna signifikantní závislost hematologických parametrů na individuálních, environmentálních a klinických faktorech a zároveň jejich značná mezidruhová variabilita. Hodnoty absolutního počtu heterofilů a lymfocytů se ukázaly jako užitečnější pro monitorování průběhu infekčních a autoimunitních onemocnění papoušků než hodnoty H/L poměru. Nejkvalitnějším ukazatelem pro sledování projevů poruch chování byly hodnoty relativního počtu bazofilů. Byl odhalen efekt bakteriální čeledi Flavobacteriaceae, jako součástí orální mikrobioty, a bakterií Escherichia, či...
|
|
|
Taxonomická revize rodu Anisus v České republice (Mollusca: Planorbidae)
Zavoral, Tomáš ; Juřičková, Lucie (vedoucí práce) ; Beran, Luboš (oponent)
Tato práce je kritickou revizí anatomických a morfologických znaků dosud používaných k determinaci jednotlivých středoevropských druhů rodu Anisus a jejich konfrontací se znaky molekulárními. Pro molekulární analýzu byly použity mitochondriální geny pro 16S rRNA a cytochrom c oxidázu - podjednotku I (COI). Analýza DNA prokázala, že dosud uznávané druhy vyskytující se na území České republiky tvoří dobře odlišitelné genetické linie. Následnou revizí anatomických znaků těchto linií bylo zjištěno, že tyto znaky nejsou díky své variabilitě pro determinaci vhodné, zvlášť to platí pro rozlišování druhů A. spirorbis a A. leucostoma. Vhodnějšími se ukázaly znaky konchologické, nově se osvědčil především poměr velikosti posledního a předposledního závitu. Pomocí toho znaku se dají bezpečně determinovat i populace, v jejichž rámci se objevují formy přechodné v ostatních morfologických i anatomických znacích.
|
|
|
Karyotypová diferenciace štírů rodu Euscorpius (Scorpiones: Euscorpiidae) v Evropě
Novotný, Tomáš ; Šťáhlavský, František (vedoucí práce) ; Ráb, Petr (oponent)
Předkládaná práce si dává za cíl předložit charakteristiku karyotypů štírů z rodu Euscorpius. Rod Euscorpius je typickým zástupcem štírů v Evropě. Jeho výskyt je široký téměř po celé jižní Evropě. Do dnešní doby se uvádí 18 druhů tohoto rodu. V této práci bylo karyologicky analyzováno šest druhů a u jednoho byl stanoven pouze základní diploidní počet chromozomů: E. carpathicus - 2n=90, E. concinnus - 2n=88, E. hadzii - 2n=68, E. sicanus - 2n=66, E. tergestinus - 2n=60, E. naupliensis - 2n=60, E.italicus - 2n=36. Popis karyotypů odhalil u všech studovaných druhů achiasmatickou meiozu a nebyly pozorovány žádné pohlavní chromozomy. Byly nastíněny základní fylogenetické vztahy a hypotézy karyotypové evoluce rodu Euscorpius. Byla zjištěná vysoká mezidruhová variabilita v počtu chromozomů a pomocí analýzy genu pro 16S rRNA potvrzeno taxonomické zařazení jednotlivých druhů. Zdá se tedy, že cytogenetické metody mohou přispět k pochopení druhové diverzity a rozlišení případných kryptických druhů v rámci rodu Euscorpius.
|
|
|
Vliv komerčních probiotických preparátů na složení střevního mikrobiomu člověka
Balatka, Štěpán ; Hodek, Petr (vedoucí práce) ; Osičková, Adriana (oponent)
Střevní mikroflóra je rozsáhlý ekosystém mikroorganismů, který tvoří symbiotické i patogenní druhy. Mikroflóra plní řadu důležitých funkcí v lidském organismu. Nezpochybnitelnou funkcí je vliv na zdravotní stav hostitele. Pro zdravý mikrobiom obecně platí, čím vyšší je biodiverzita, tím vyšší je prospěšnost. Hlavním předpokladem ovšem je, že se nejedná o vysokou rozmanitost patogenních bakteriálních druhů. Mikrobiom tvoří mnoho "prospěšných" druhů zejména z čeledi Bifidobacterium a Lactobacillus. V posledních desetiletích narůstá popularita doplňování těchto "prospěšných" druhů pomocí různých doplňků stravy (např. probiotika). Předkládaná diplomová práce se zabývá pilotní studií vlivu kapalných komerčních probiotických preparátů od americké firmy Ascended Health (nedostupné na českém trhu) na lidský mikrobiom. Studie se zúčastnilo 9 dobrovolníků, kteří poskytli 70 fekálních vzorků odebraných v čase před užitím, během užívání a po užití zkoumaných preparátů. Pro zjištění biodiverzity střevních bakteriálních druhů byly použity dvě metody, obě založené na identifikaci pomocí bakteriální DNA kódující gen pro 16S rRNA. První metoda využívá techniku PCR-DGGE a poté identifikaci pomocí Sangerova sekvenování. Druhá metoda je založena na přípravě knihovny pro sekvenování nové generace. Vyhodnocení a analýza...
|
|
|
The Effect Of Quality Trimming On Joining Paired-End Reads In Microbiome Data Analysis
Heřmánková, Kristýna
The main goal of microbiome research is to determine the microbial composition of atarget sample. In successfully performed research, a cause of a disease can be found or pathogensin an environmental sample can be revealed. The correct evaluation of microorganisms present inthe analysed sample is therefore required, but unfortunately not that often reached. The accuracy ofthe resulting composition can be affected already in pre-processing steps of the analysis. The frequentissue that can negatively affect the reliability of research is data loss. This loss is most commonin the case of the paired-end reading method. The occurrence of data loss can be caused by theneed of joining this pair of sequences into one continuous sequence. The need of joining reads withlow-quality ends together can lead to counts reduction of sequences in an available dataset, andtherefore unrealistic results can be obtained. This paper shows, how quality trimming can affect thenumber of lost sequences during the reads joining step.
|
|
|
Tool for Visualization of Microbiome Data
Mišáková, Silvia ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Smatana, Stanislav (vedoucí práce)
This Bachelor's thesis focuses on the development of a new tool for the visualization of microbiome data. The developed tool uses Principal Component Analysis (PCA) and Principal Coordinates Analysis (PCoA) for dimension reduction. Bray-Curtis difference and UniFrac distance metric are used for distance matrix calculation. Then, the processed data is colored based on user-selected metadata. The results are presented by two types of graphs. The first is a bar chart and shows the proportion of each principal component. The second, scatter chart, visualize the final result of the required analysis. As part of the development of the tool, the possibility to download the calculated matrix and also a table of the first N main components calculated by the analysis were added.
|
|
|
Tvorba biofilmu u probiotických kultur a možnosti jeho využití ve farmacii
Ryšávka, Petr ; Obruča, Stanislav (oponent) ; Vorlová, Lenka (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Práce byla zaměřena na vývoj adhezivní formy probiotik ve formě biofilmu na kombinovaných nosičích s prebiotickou složkou, druhá část práce byla věnována vlivu potravin na množení a přežívání vybraných typů probiotických bakterií. Dále byl sledován vliv individualizované probiotické suplementace na změny střevního mikrobiomu člověka. V první části práce byly vybrány a otestovány vhodné adherentní probiotické kmeny pro tvorbu biofilmu. Podařilo se zavést metody a otestovat různé varianty nosičů pro kultivaci a navázání bakterií. In vitro experimenty ověřily stabilitu biofilmu a jeho odolnost vůči nízkému pH, žluči a antibiotikům ve srovnání s planktonní formou. Rovněž byl sledován antimikrobiální efekt probiotických kmenů ve formě biofilmu. Kultivace multidruhového biofilmu na kombinovaném nosiči byla optimalizována a zároveň byla potvrzena stabilita biofilmu a finální životnost probiotických bakterií. Ve druhé části práce byl hodnocen vliv různých potravin a nápojů na životaschopnost probiotických bakterií důrazem na simulaci průchodu gastrointestinálním traktem. Byly testovány jak modelové roztoky (různé koncentrace alkoholu, cukru, soli, bílkovin a různé pH) tak různé druhy skutečných potravin a nápojů. Vliv potravin a nápojů byl testován na monokulturách Lactobacillus acidophilus, Bifidobacterium breve a na probiotických kapslích obsahujících smíšenou kulturu probiotických mikroorganismů. Přežití probiotik v různých potravinových matricích v simulovaném prostředí gastrointestinálního traktu bylo kvantitativně odlišné. Podařilo se definovat potraviny vhodné pro podporu množení probiotických bakterií. Poslední část práce byla zaměřena na cílenou úpravu střevního mikrobiomu individualizovanými probiotiky, kterábyla připravena na základě molekulárně biologické analýzy střevního mikrobiomu zaměřené na detekci procentuálního zastoupení laktobacilů, bifidobakterií a kmenů Firmicutes a Bacteroidetes. Personifikovaná probiotická suplementace potvrdila pozitivní efekt tohoto přístupu na změny mikrobiomu zejména na zvýšení obsahu laktobacilů, bifidobakterií a celkové diverzity mikrobiomu.
|
|
|
Klasifikace bakterií pomocí markerových genů
Pelantová, Lucie ; Hon, Jiří (oponent) ; Smatana, Stanislav (vedoucí práce)
Cílem této práce je návrh a implementace nové metody klasifikace bakterií podle sekvencí několika markerových genů. Pro řešení tohoto problému bylo zvoleno 10 markerových genů. Výsledný MultiGene klasifikátor dělí trénovací sadu do několika skupin a pro každou je vybrán gen dosahující nejlepších výsledků v jejím rozpoznání. V práci je popsána implementace MultiGene klasifikátoru a jeho otestování v porovnání s ostatními klasifikátory bakterií a s klasifikací čistě podle genu 16S rRNA.
|
host ::
RSS.