| |
|
Sestřih intronu TUB3i v buňkách mutantních v genu PRP45
Konířová, Jana ; Půta, František (vedoucí práce) ; Zimmermannová, Olga (oponent)
Protein Prp45 kvasinek Saccharomyces cerevisiae představuje esenciální faktor podílející se na sestřihu pre-mRNA. Již dříve byla v naší laboratoři připravena zkrácená verze genu PRP45, prp45(1-169), vykazující termosensitivní fenotyp. Tato práce se pokouší přispět k lepší charakterizaci této mutanty. Testovali jsem citlivost buněk prp45(1-169) k inhibitoru polymerace mikrotubulů benomylu a následně jsme zjistili, že nadprodukce Tub3 z plasmidu nalezenou citlivost mutant prp45(1-169) k benomylu potlačuje. Dále jsem se zabývali vlivem delece intronů z genů TUB1, TUB3 a COF1 na citlivost buněk prp45(1-169) ke zvýšené teplotě. Pomocí metody RT-qPCR jsme zjistili, že v důsledku mutace prp45(1-169) dochází k výraznému zvýšení hladiny pre-mRNA všech sledovaných genů což by mohlo znamenat, že sestřih v těchto buňkách je poškozen již před první transesterifikační reakcí.
|
|
Charakterizace membránového proteinu DREPP
Vosolsobě, Stanislav ; Schwarzerová, Kateřina (vedoucí práce) ; Cvrčková, Fatima (oponent)
Proteins of DREPP family (20-25 kDa, syn. PCaP1 in Arabidopsis thaliana) first appeared in ferns and we have shown that several independent duplications of DREPP protein occurred during evolution of large families (Poaceae, Brassicaceae, Solanaceae and Asteraceae) and in group Coniferophyta. Secondary losses of one paralogue occurred in subfamilies Pooideae and Solanoideae.We have also detected two large-scale modification of DREEP protein in Asparagales and Brassicaceae (this divergent paralogue was previously described as MAP18 protein). We have examined colinearity of chromosome fragments in vicinity both PCaP1 and MAP18 paralogues in Arabidopsis thaliana and we hypothesize that MAP18 gene arose during genome duplication on the origin of Brassicaceae family. DREPP protein was previously identified in detergent-resistant membrane microdomain fraction and a myristyl anchor was shown to be necessary for their membrane localization. Membrane association was shown to be modified by the interaction of unique N-terminal domain with PtdInsPs, which was inhibited by binding of Ca-calmodulin (Nagasaki et al., 2008). The mutation of Gly2 by Ala in the myristilation site, or C-terminal GFP-fusion (GFP-DREPP), affect membrane association in Arabidopsis thaliana (Nagasaki et al., 2008). Several DREPP paralogues in...
|
|
Molekulárně genetická analýza u pacientů s podezřením na kryptické přestavby.
Šolc, Roman ; Hirschfeldová, Kateřina (vedoucí práce) ; Vícha, Aleš (oponent)
"Kryptické přestavby" je označení takových chromozómových přestaveb, které nelze odhalit s použitím cytogenetického pruhování metafázních chromozómů, tedy o velikosti menší než 3 - 5 Mb, a proto se k jejich detekci využívají moderní molekulárně cytogenetické metody. Čím dál více se prokazuje významná role kryptických přestaveb v lidské patologii. S použitím metody multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) jsme vyšetřili soubor 50 probandů s idiopatickou mentální retardací. U 8 probandů (16 %) byla detekována kryptická přestavba, u 6 z nich prokazatelně kauzální. Dále jsme vyšetřili soubor 40 probandů pro podezření na patologii genu SHOX. U 17 probandů (42,5 %) byla detekována kryptická přestavba, u 8 z nich prokazatelně kauzální. Výskyt malé delece nalezné izolovaně u 7 probandů byl prověřen u populačního souboru, avšak bez jednoznačného výsledku. Provedena byla rovněž mutační analýza genu SHOX.
|
| |
|
HIV - 1 Protease: Insights into Drug Resistance Development
Grantz Šašková, Klára ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Forstová, Jitka (oponent) ; Dohnálek, Jan (oponent) ; Schiffer, Celia (oponent)
Aminokyselinové záměny v HIV proteáze či jejím substrátu, které snižují citlivost k proteázovým inhibitorům, představují celkem složitý problém, který není jasně charakterizován. Četné mechanismy, jakými mnohdy velmi komplikovaná skladba mutací ovlivňuje vazbu inhibitoru, musí nutně být analyzovány na molekulární úrovni, a to nejlépe sérií metod, počínaje experimenty s rekombinantními viry, enzymovými esejemi, strukturálními a termodynamickými studiemi či molekulární dynamikou. Každý výsledek pak může pomoci sestavit dohromady jakousi mozaiku evoluce vzniku rezistence k proteázovým inhibitorům, a tím se nepřímo podílet na vývoji ještě účinnějších léků tzv. třetí generace cílených proti HIV/AIDS. Tato dizertační práce představuje několik analýz zabývajících se vznikem rezistence u HIV viru právě na molekulární úrovni. Zaměřili jsme se konkrétně na evoluční dráhu vedoucí k rezistenci k proteázovému inhibitoru nelfinaviru, dále na tzv. lopinavirové mutační skóre, poté na výskyt aminokyselinových inzercí v genu HIV proteázy a jejich vliv na rezistenci k proteázovým inhibitorům a v neposlední řadě jsme analyzovali vysoce mutované varianty HIV proteázy izolované z pacientů, u kterých již nebyla účinná terapie darunavirem. Jelikož jsme byli schopni pracovat s širokou škálou technik, podařilo se nám...
|
|
Molekulárně- genetická analýza karcinomů štítné žlázy
Sýkorová, Vlasta ; Bendlová, Běla (vedoucí práce) ; Zamrazil, Václav (oponent) ; Peterka, Miroslav (oponent)
Úvod: Nadory štitne žlazy představuji vice než 90% endokrinnich tumorů a jejich incidence, předevšim papilarniho karcinomu, se v Česke republice neustale zvyšuje. Je znamo několik genetickych přičin, ale jejich vliv na fenotyp je stále kontroverzni. Cíle: Studium genetickych přičin (RET/PTC, BRAF a RAS alteraci) a polymorfismů v RET genu u nadorů štitne žlazy (předevšim PTC) a korelace genotypu s fenotypem. Soubor a metody: Celkem bylo analyzovano 234 PTC tkani, 8 špatně diferencovanych karcinomů, 3 anaplasticke karcinomy, 23 medularnich karcinomů, 6 folikularnich karcinomů a jeden folikularni adenom. Pro analyzu byly použity vzorky zamraženych čerstvych tkani, biopsii tenkou jehlou a parafinovych bločků od pacientů s nadory štitne žlazy a vzorky krve od zdravych kontrol. Exprese RET/PTC přeskupeni byla detekovana na agarozovem gelu, RET polymorfismy byly analyzovany pomoci specifickych TaqMan sond. Detekce mutaci v BRAF genu a třech RAS genech byla provedena přimou sekvenaci. Zjištěne alterace byly korelovany s klinicko-patologickymi parametry. Výsledky: Zjistili jsme, že některe polymorfismy v RET genu asociuji se vznikem RET/PTC přeskupeni u PTC a prokazali jsme, že BRAF mutace koreluje s větši agresivitou tumoru. V RAS genech jsme nalezli několik genetickych změn. Závěr: Studie přinesla...
|
|
Role proteinu Prp45 v expresi a zrání mRNA
Abrhámová, Kateřina ; Půta, František (vedoucí práce) ; Pichová, Alena (oponent) ; Janderová, Blanka (oponent)
Souhrn Prp45p ze Saccharomyces cerevisiae a Snw1p ze Schizosaccharomyces pombe jsou pro eukaryotní buňku nepostradatelné proteiny, které vykazují vysoký stupeň homologie se savčím transkripčním regulátorem a nestřihovým faktorem SNW/SKIP. Analyzovali jsme esenciální funkci těchto proteinů v obou kvasinkách a nalezli mutaci (prp45(1-169)), která u mutantního kmen s odpovídající chromozomální delecí způsobuje citlivost vůči vyšší kultivační teplotě a hypersenzitivitu vůči cykloheximidu, hydroxymočovině, látce calcofluor white a inhibitorům polymerizace mikrotubulů. Při kultivaci ve 30řC jsou tyto kvasinky často prodloužené, deformované a větší než wt. Po synchronizaci ve 37řC zastavují kvasinky prp45(1-169) svůj růst s dvojnásobným obsahem DNA. Zjistili jsme, že teplotní senzitivita kmene prp45(1-169) není překonána a hypersenzitivita vůči mitotickým jedům je jen částečně potlačena odstraněním intronu z genu TUB1. To odlišuje prp45(1-169) od těch mutant v sestřihových faktorech, jež vykazují na tubulinu závislý blok v G2/M fázi, který může být překonán pomocí verze tub1 bez intronu . Pomocí analýzysestřihu in vitro jsme zjistili, že sestřih optimálních substrátů není narušen. Porovnávali jsme stabilitu a obsah RNA mezi prp45(1-169) a wt kvasinkami při různých teplotách pomocí microarray analýzy. Expresi a...
|
|
Změny onkogenních vlastností nádorových buněk modulací exprese onkogenů. Příklad kuřecích buněčných linií transformovaných genem v-src
Kovářová, Denisa ; Hejnar, Jiří (vedoucí práce) ; Španielová, Hana (oponent)
4 Alterations of the oncogenic properties of tumor cell lines by modulating oncogene expression. Example of v-src transformed chicken cell lines Abstract v-Src protein tyrosine kinase is the product of the transforming gene transduced by avian Rous sarcoma virus. In contrast to proto-oncogene c-src, v-src lacks the negative-regulatory C-terminal domain and consequently shows a higher level of activity and transforming ability. In addition, v-Src contains point mutations throughout its coding region that probably contribute to the high level of intrinsic kinase activity. Long terminal repeats (LTR) comprise strong promoter-enhancer sequences and ensure efficient expression of the v-src gene. v-Src protein has a strong transforming potential in vitro and induces tumor development and growth in vivo. Moreover, it is implicated in metastatic formation. In several cancer types the elevated c-Src kinase activity caused pleiotropic cellular responses inducing transformation and metastasis. The aim of this diploma work was to reveal the role of v-Src in mediating tumor and metastatic progression in chicken cell lines PR9692 and PR9692-E9. Despite the low propensity of the chicken cells to immortalization, comparatively high immoratlization efficiency was observed in cells from ex vivo tumours growing progressively...
|
|
Structural-Functional Correlations of Hydroxymethylbilane synthase
Douděrová, Dana
SOUHRN Akutní intermitentní porfyrie (AIP, OMIM 176000) je autosomálně dominantní vrozená porucha, která se řadí mezi akutní jaterní porfyrie. Je způsobená částečným snížením aktivity hydroxymetylbilan syntázy (HMBS, EC 4.3.1.8), třetího enzymu biosyntetické dráhy hemu. Klinické příznaky zahrnují gastrointestinální, neurologické a kardiovaskulární symptomy, ale nejčastějším projevem je abdominální bolest neuroviscerálního původu. Základním cílem této disertační práce bylo provádění molekulární analýzy DNA u pacientů s AIP. V případě, že je u pacienta nalezena mutace, testování DNA na molekulární úrovni je nabídnuto rovněž ostatním příbuzným. Tento individualizovaný přístup umožňuje zachycení asymptomatických jedinců v postižené rodině. Ti jsou pak informováni o vhodnosti požívání léků a o dalších faktorech, které mohou vyvolat nebezpečné akutní ataky. V ideálním případě je DNA diagnostika složena z robustní a efektivní skenovací metody a potvrzujícího kroku, který využívá DNA sekvenování. Rozhodli jsme se zavést skenovací metodu nové generace, která je vysoce citlivá a relativně časově i finančně nenáročná. Zvolili jsme metodu high-resolution melting (HRM) s využitím přístroje LightScanner. Dalším důležitým aspektem tohoto projektu bylo studium molekulární heterogenity AIP ve vztahu k struktuře proteinu....
|
host ::
