|
|
Využití chemického sítění pro studium organizace intermediálních filament
Dlabolová, Lada ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Sabó, Ján (oponent)
Intermediální filamenta jsou složky cytoskeletu tvořené velkou rodinou vláknitých proteinů specificky exprimovaných prakticky ve všech diferenciovaných buňkách. Za fyziologických podmínek se samovolně skládají do vláken v procesu, který zahrnuje několik fází organizace podjednotek. Tato vlákna poskytují buňkám elastické vlastnosti, čímž umožňují udržovat jejich strukturní a mechanickou integritu. Zatímco struktura ostatních cytoskeletálních složek je v dnešní době již dobře prozkoumána, podrobné informace o struktuře intermediálních filament v různých fázích skládání stále nejsou k dispozici. Nové poznatky o struktuře těchto proteinů by přitom mohly mít velký přínos pro pochopení mnoha patologických mechanismů souvisejících se změnami jejich exprese v buňkách. Tato práce se zabývá studiem interakcí dimerních podjednotek v tetramerním vimentinu, proteinu III. třídy intermediálních filament. Chemickým sítěním směsi izotopově značeného a neznačeného tetramerního vimentinu, následným proteolytickým štěpením a analýzou pomocí hmotnostní spektrometrie byly identifikovány produkty interdimerního, intradimerního a intrapeptidového sítění. Kvantifikací byly získány informace o interdimerních a intradimerních vzdálenostních omezeních, které umožňují charakterizaci detailnější tetramerní struktury vimentinu....
|
|
|
Impact of membrane properties on clustering of transmembrane peptides
Sabó, Ján ; Cebecauer, Marek (vedoucí práce) ; Vít, Ondřej (oponent)
Odpověď na chybně sbalené proteiny (dále jen UPR, z angl. "unfolded protein response") je komplexní buněčný mechanizmus vyvolaný v reakci na stres endoplasmatického retikula (dále jen ER), který může být způsoben různými faktory. Proteinové přenašeče signálu UPR, které jsou zakotveny do membrány ER pomocí jednoho α-helixu, mohou rozpoznat také stres ER indukovaný lipidy. Studie těchto přenašečů signálu UPR, zejména PERK a IRE1, poukazují na schopnost přenašečů rozlišovat změny ve vlastnostech membrány ER tvorbou agregátů a tím se aktivovat. Schopnost proteinu IRE1 rozeznat změnu v membránových vlastnostech včetně jeho následné aktivace byla zachována i v mutantu, kde nativní transmembránová doména byla zaměněna za polyLeu α-helix. Mechanizmus aktivace proteinu IRE1 během lipidy indukované UPR ale nebyl objasněn. Ke studiu chování proteinů v membránách jsme použili modelové lipidové membrány ve formě vezikul (liposomy), ve kterých lze jednoduše měnit membránové vlastnosti změnou lipidového složení. Jako zjednodušený model přenašeče signálu UPR v ER byl použit syntetický transmembránový peptid s polyLeu jádrem. Pro kvalitativní a semi- kvantitativní analýzu liposomů byla použita metoda dynamického rozptylu světla (DLS, z angl. "dynamic light scattering"). Tvorba agregátů syntetických peptidů v...
|
|
|
Charakterizace integrálních membránových peptidů pomocí hmotnostní spektrometrie
Sabó, Ján ; Cebecauer, Marek (vedoucí práce) ; Pompach, Petr (oponent)
Biologické membrány zabezpečují v živých organismech velkou škálu životně důležitých procesů. Složení lipidů i proteinů v biologických membránách je velmi komplexní. Pro chápání bazálních membránových mechanismů je proto nutné využívat zjednodušené modely in vitro. Transmembránové proteiny I. a II. druhu je možné nahradit krátkými, α-helix tvořícími, syntetickými peptidy. Hydrofobní charakter peptidů a jejich pozice v membránách dobře reprezentuje transmembránové domény proteinů v živých organismech. Mezi jedny z nejjednodušších a nejhojněji využívaných modelových membránových systémů patří liposomy. Metody pro jejich formaci jsou známé již dlouhou dobu, ale kvantifikace jednotlivých složek liposomů po jejich zformování není úplně snadná. Je však velmi žádaná, pro zachování maximální kontroly nad daným modelovým systémem. V této práci byla adaptována metoda pro delipidizaci transmembránových peptidů, které byly následně charakterizovány pomocí LC/MS. Relativní množství peptidu, jenž se nachází ve vezikulách po jejich formaci, bylo získáno zpracováním extrahovaných chromatogramů pro ionty peptidu. Zjistili jsme, že touto metodou je možné relativně přesně charakterizovat proteo-lipidové vezikuly s obsahem peptidů 5-10 mol%. Ztráty peptidu při inkorporaci nepřesahují 50 % a mohou být použity pro...
|
|
|
Enhanced biomechanical characteristics of connective tissues and development of artificial implants
Varga, Ferdinand ; Amler, Evžen (vedoucí práce) ; Rosina, Jozef (oponent) ; Daniel, Matej (oponent) ; Sabo, Ján (oponent)
(czech) Hlavní funkcí hyalinních chrupavek v organizmu je zabezpečení optimální pohyblivosti kloubů. Mají rovnež nosnou úlohu, přičemž jsou zatěžovány zejména v tlaku. Poškození kloubní chrupavky má za následek degener- ativní změny a závažné zdravotní komplikace. Proto je potřebná charak- terizace nativní kloubní chrupavky a aplikace nabytých znalostí při léčbě a obnově poškozené tkáně. Pro charakterizaci chrupavkové tkáně při dynamickém kompresním zatěžování s parametry napodobujícími fyziologické namáhání byla vyvi- nuta metoda nárazového testování v kyvadlovém uspořádání. Informace o procesu deformace je snímána simultánně piezoelektrickým akcelerome- trem a laserovým dopplerovským vibrometrem. Získaná data jsou zpra- cována do formy zátěžových diagramů, které následně umožňují vyčíslení standardních mechanických charakteristik. Tato metoda mechanické charakterizace je konzistentní, spolehlivá a efektivní. Vyvinutá experimentální technika byla využita pro kvalitativní a kvan- titativní popis nativní kloubní chrupavky, korelaci diagnostických nálezů s mechanickými vlastnostmi, posouzení kvality materiálů používaných pro náhradu chrupavky a arteficiálních tkání vyvíjených...
|
host ::
RSS.