|
|
Interactions of modified nucleobases studied by NMR spectroscopy
Štoček, Jakub Radek ; Kuneš, Jiří (vedoucí práce) ; Lyčka, Antonín (oponent)
(CZ) Nukleové kyseliny jsou jedny z největších a nejsložitějších sloučenin vyskytujících se v přírodě a nepochybně představují nejdůležitejší molekuly pro existenci života. Pochopení chemického chování a termodynamických parametrů stavebních kamenů nukleových kyselin nám umožňuje činit stále přesnější predikce jejich struktury, reakcí a funkcí. Tyto predikce usnadňují výzkum v oborech jako je DNA nanotechnologie, vývoj léčiv zaměřujících nukleové kyseliny a materiálové vědy studující DNA. Moje práce týkající se nukleobazí a jejich analog je zaměřena na studium efektů jejich konformačních izomerů a tautomerů na termodynamiku mezimolekulových komplexů, které tyto sloučeniny mohou teoreticky navzájem tvořit pomocí vodíkových vazeb. Doc. RNDr. Martin Dračínský, Ph.D. a já jsme uskutečnili dva oddělené výzkumy týkající se těchto témat na Ústavu Organické Chemie a Biochemie Akademie Věd České Republiky. První z těchto projektů se zaměřil na vývoj metody pro určení volné Gibb- sovy energie párování nukleobazí na základě rotamerních rovnováh různých derivátů 2-(methylamino)pyrimidinu [1] a druhý projekt se věnuje tautomerii analog guaninu [2]. Klíčová Slova Spektroskopie Nukleární Magnetické Rezonance (NMR), Rotamery, Tautomery, Tvorba Komplexů
|
|
|
Chiral metallocomplex synthons of α-amino acids. Synthesis, physical-chemical properties and applications
Popkov, Alexandr ; Lyčka, Antonín (vedoucí práce) ; Kotora, Martin (oponent) ; Růžička, Aleš (oponent) ; Pour, Milan (oponent)
soUHRN v čESKÉMJAZYCE Velkol^jrobaenantiomerněčisýchaminokyselinjezaloženanabiotechnologickýcha katalyticlcýchpostupech.Stechiometrickémetodysyntézyaminokyselinseužívají hlavněpropřípÍavumaléhomnožswílátek(doněkolikakilogramů)pro farmakologické zkoušky, přípralu katalyzátoru, modifrkov aných a2H., 'H., ''c-, 'oc. a l5N-mačených peptidů, llc. a lEF-značen1i'ch aminokyselin pro pozitronovou emisní tomografii (PET). od konce sedmdesáých let minulého století bylo vyvinuto několik univerzálních preparativních postupů; jejich kličovésynthony se vyrábějí komerčrrě.Postupvyrržívajícíregenerovatelnéchirálďnikelnatékomplexyjejedním z nejler.rrějších (Schéma 1). Mezi jeho hlarrrrí nedostatky paří relativně nízká asymetrická indukce a vysolcý obsah nik1u v odpadních vod.ích. Cílem práce bylo: 1. prozkoumat slabé intramolekulámí interakce ovlivňujícípoměr diastereomeru v reakcích alkylace komplexů, navrhnout a připravit nové komplexy s výrazrě vyššíasymetrickouindukcivtermodynamickyakinetickykontrolovaných reakcích; prozkoumat použitelnost rozliěných zpusobů stanovení stereochemie chirálních center v komplexech; přezkoumat publikované údaje o nevhodnosti chirálních nikloých koqtplexů pro přípraw cr-[' lC]methylaminokyselin pro PET; modifikovat posfup připra\T chirálních nikelnaých to.ib*ů takov..Ím způsobem, aby se...
|
|
|
Interactions of modified nucleobases studied by NMR spectroscopy
Štoček, Jakub Radek ; Kuneš, Jiří (vedoucí práce) ; Lyčka, Antonín (oponent)
(CZ) Nukleové kyseliny jsou jedny z největších a nejsložitějších sloučenin vyskytujících se v přírodě a nepochybně představují nejdůležitejší molekuly pro existenci života. Pochopení chemického chování a termodynamických parametrů stavebních kamenů nukleových kyselin nám umožňuje činit stále přesnější predikce jejich struktury, reakcí a funkcí. Tyto predikce usnadňují výzkum v oborech jako je DNA nanotechnologie, vývoj léčiv zaměřujících nukleové kyseliny a materiálové vědy studující DNA. Moje práce týkající se nukleobazí a jejich analog je zaměřena na studium efektů jejich konformačních izomerů a tautomerů na termodynamiku mezimolekulových komplexů, které tyto sloučeniny mohou teoreticky navzájem tvořit pomocí vodíkových vazeb. Doc. RNDr. Martin Dračínský, Ph.D. a já jsme uskutečnili dva oddělené výzkumy týkající se těchto témat na Ústavu Organické Chemie a Biochemie Akademie Věd České Republiky. První z těchto projektů se zaměřil na vývoj metody pro určení volné Gibb- sovy energie párování nukleobazí na základě rotamerních rovnováh různých derivátů 2-(methylamino)pyrimidinu [1] a druhý projekt se věnuje tautomerii analog guaninu [2]. Klíčová Slova Spektroskopie Nukleární Magnetické Rezonance (NMR), Rotamery, Tautomery, Tvorba Komplexů
|
|
|
Complexes of cyclen-based macrocyclic ligands with a phosphinate pendant arm
Urbanovský, Peter ; Hermann, Petr (vedoucí práce) ; Lyčka, Antonín (oponent) ; Pinkas, Jiří (oponent)
(česky) Komplexy lanthanoidů(III) s deriváty DOTA jsou využívány pro zobrazování pomocí magnetické tomografie (MRI), magnetické rezonanční angiografie (MRA) nebo magnetické rezonanční spektroskopie (MRS). Tyto komplexy jsou také používány v nukleární medicíně (PET a SPECT) a pro zobrazování pomocí optických metod (luminiscence). Je známo, že relaxometrické vlastnosti komplexů Gd(III) s deriváty DOTA obsahujících jednu fosfinovou skupinu jako pendantní rameno, Gd-DO3APR , mohou být blízké optimálním (např. rezidenční čas koordinované molekuly vody, τM, může dosáhnout optimální hodnoty ~10 ns). Relaxometrické parametry lze dále ladit pomocí substituentu na atomu fosforu. Je také známo, že tyto komplexy mají vysokou termodynamickou stabilitu a jsou kineticky inertní. Hlavním cílem této práce je zjistit, jak protonizace aminoskupiny přítomné v substituentu na atomu fosforu bude ovlivňovat vlastnosti těchto komplexů. V této práci byly připraveny a charakterizovány deriváty DOTA s jedním fosfinátovým pendantním ramenem obsahujícím aminoskupinu a jejich komplexy. Tyto komplexy by mohly posloužit jako kontrastní látky pro molekulární zobrazování pomocí MRI nebo 31 P MRS. První část této práce je věnována dvěma "fosfa-Mannichovým" reakcím, které probíhají za mírných podmínek. Amino-H-fosfinové kyseliny...
|
|
|
Interactions of modified nucleobases studied by NMR spectroscopy
Štoček, Jakub Radek ; Kuneš, Jiří (vedoucí práce) ; Lyčka, Antonín (oponent)
(CZ) Nukleové kyseliny jsou jedny z největších a nejsložitějších sloučenin vyskytujících se v přírodě a nepochybně představují nejdůležitejší molekuly pro existenci života. Pochopení chemického chování a termodynamických parametrů stavebních kamenů nukleových kyselin nám umožňuje činit stále přesnější predikce jejich struktury, reakcí a funkcí. Tyto predikce usnadňují výzkum v oborech jako je DNA nanotechnologie, vývoj léčiv zaměřujících nukleové kyseliny a materiálové vědy studující DNA. Moje práce týkající se nukleobazí a jejich analog je zaměřena na studium efektů jejich konformačních izomerů a tautomerů na termodynamiku mezimolekulových komplexů, které tyto sloučeniny mohou teoreticky navzájem tvořit pomocí vodíkových vazeb. Doc. RNDr. Martin Dračínský, Ph.D. a já jsme uskutečnili dva oddělené výzkumy týkající se těchto témat na Ústavu Organické Chemie a Biochemie Akademie Věd České Republiky. První z těchto projektů se zaměřil na vývoj metody pro určení volné Gibb- sovy energie párování nukleobazí na základě rotamerních rovnováh různých derivátů 2-(methylamino)pyrimidinu [1] a druhý projekt se věnuje tautomerii analog guaninu [2]. Klíčová Slova Spektroskopie Nukleární Magnetické Rezonance (NMR), Rotamery, Tautomery, Tvorba Komplexů
|
|
|
Chiral metallocomplex synthons of α-amino acids. Synthesis, physical-chemical properties and applications
Popkov, Alexandr ; Lyčka, Antonín (vedoucí práce) ; Kotora, Martin (oponent) ; Růžička, Aleš (oponent) ; Pour, Milan (oponent)
soUHRN v čESKÉMJAZYCE Velkol^jrobaenantiomerněčisýchaminokyselinjezaloženanabiotechnologickýcha katalyticlcýchpostupech.Stechiometrickémetodysyntézyaminokyselinseužívají hlavněpropřípÍavumaléhomnožswílátek(doněkolikakilogramů)pro farmakologické zkoušky, přípralu katalyzátoru, modifrkov aných a2H., 'H., ''c-, 'oc. a l5N-mačených peptidů, llc. a lEF-značen1i'ch aminokyselin pro pozitronovou emisní tomografii (PET). od konce sedmdesáých let minulého století bylo vyvinuto několik univerzálních preparativních postupů; jejich kličovésynthony se vyrábějí komerčrrě.Postupvyrržívajícíregenerovatelnéchirálďnikelnatékomplexyjejedním z nejler.rrějších (Schéma 1). Mezi jeho hlarrrrí nedostatky paří relativně nízká asymetrická indukce a vysolcý obsah nik1u v odpadních vod.ích. Cílem práce bylo: 1. prozkoumat slabé intramolekulámí interakce ovlivňujícípoměr diastereomeru v reakcích alkylace komplexů, navrhnout a připravit nové komplexy s výrazrě vyššíasymetrickouindukcivtermodynamickyakinetickykontrolovaných reakcích; prozkoumat použitelnost rozliěných zpusobů stanovení stereochemie chirálních center v komplexech; přezkoumat publikované údaje o nevhodnosti chirálních nikloých koqtplexů pro přípraw cr-[' lC]methylaminokyselin pro PET; modifikovat posfup připra\T chirálních nikelnaých to.ib*ů takov..Ím způsobem, aby se...
|
|
|
Syntéza derivátů elipticinu a studium jejich interakcí s DNA
Dračínský, Martin ; Sejbal, Jan (vedoucí práce) ; Klinot, Jiří (oponent) ; Lyčka, Antonín (oponent) ; Rosenberg, Ivan (oponent)
CONCLUSIONS t New strategy for ellipticine synthesis was proposed' The yields of the synthesis are very hígh and pure product is obtained. The strategy was verified with the synthesis of other ellipticine derivatives' rBenzylicoxidationsoťellipticineandl,4-dimethylcarbazolewerestudiedand13. hydroxyellipticine was slnthesised' ' Three empirical potentials were compared with reference ab initio data of ellipticine derivative - DNA base patr' . The ernpirical potentials calculate interaction energies of the complexes quite well (espeglallytheA-ffE6andtheLHpotentials)buttheyfailinthesearchofglobal energy minima geometri es' .Interactionsofellipticineandg.hydroxyellipticinewithtwooligonucleotideswerc studiedintwobuffers(weaklyacidicandneutral,ellipticineisprotonatedintlro acidic buffer). Using two-dimensional NMR techniques assignment of all hydrogen signals of oligonucleotides CGCTAGCG and ATAGCTAT was done. The most important interaction of the ellipticine derivatives with the oligonucleotides is intercalation, but in the acidic buffer ellipticine can form also non-intercalative (bond to the minor or to the major groove) complexes with the oligonucleotides. Both ellipticine derivatives destabilised the duplex structuÍe of the oligonucleotide ATAGCTAT in acidic environment. ln the neutral buffer the life-time...
|
|
|
Struktura a vlastnosti modifikovaných složek nukleových kyselin
Procházková, Eliška ; Dračínský, Martin (vedoucí práce) ; Lyčka, Antonín (oponent) ; Hrabal, Richard (oponent)
Modifikované složky nukleových kyselin (nukleotidy, nukleosidy, nukleobáze) vykazují celou řadu biologických účinků, jako jsou antivirové, cytostatické, antimikrobiální nebo antioxidační. Spousta z nich je úspěšně využívána v klinické praxi, např. jako léky proti HIV nebo hepatitidě typu B. Prvním předpokladem pro studium biologických vlastností je správné určení chemické struktury a konformace studovaných látek. Pro tento účel se nejčastěji používá nukleární magnetická rezonanční (NMR) spektroskopie v kombinaci s hmotnostní spektrometrií. NMR spektroskopií mohou být studovány také fyzikálně-chemické vlastnosti, např. konformační změny, tautomerní formy, protonační místa, acidobazické vlastnosti, nekovalentní interakce, izotopové výměny nebo interakce s biomolekulami. Podobně jako v roztocích lze použít NMR spektroskopii pro studium složek nukleových kyselin (NACs) i v pevné fázi. Tato metoda našla své uplatnění po velkém rozmachu výpočetní chemie během posledních desetiletí. Různé struktury v pevné fázi (polymorfní formy) nebo dynamiku těchto látek lze studovat NMR spektroskopií v pevné fázi v kombinaci s kvantově-chemickými výpočty. V této práci jsem se zabývala určením struktury a fyzikálně-chemických vlastností modifikovaných NACs pomocí NMR spektroskopie v kapalné, ale i v pevné fázi v...
|
host ::
RSS.