|
|
Molluscs as a new model system in molecular biology
Ber, Tobiáš ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Pergner, Jiří (oponent)
Měkkýši jsou druhým nejpočetnějším kmenem v živočišné říši se značným biologickým a ekonomickým vlivem. Jejich různorodé evoluční adaptace jim umožnily osídlit širokou škálu biotopů, přičemž mnoho z nich se nadále rozšířilo do nepůvodních oblastí, kde činí rozsáhlé hospodářské škody. Doposud však nebyla modelovým systémům měkkýšů věnována pozornost úměrná jejich významu. Cílem této bakalářské práce je popsat zavedené modelové měkkýše v biologii a zhodnotit jejich využití. Po provedení rešerše bylo patrné, že většina dosavadních měkkýších modelových systému vyžaduje ke svému chovu vodní prostředí a tím navyšuje nároky na údržbu v laboratorních podmínkách. Za účelem usnadnění chovu měkkýšů jsem navrhl nový terestrický měkkýší modelový systém, plže rodu Deroceras, který dle mého názoru dosahuje potenicálu stát se novým modelovým organismem v molekulární biologii.
|
|
|
Charakterizace centrinů Euglena gracilis a jejich úloha v metabolii
Šmída, Adam ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Pergner, Jiří (oponent)
Euglena gracilis je jednobuněčný volně žijící sladkovodní bičíkovec řadící se do třídy Euglenida (Euglenozoa, Discoba, Excavata). Synapomorfií skupiny Euglenida je jejich pelikula, pevná vrstva pod povrchem buňky, strukturovaná do tenkých proteinových pruhů zvaných pelikulární stripy, které jsou do sebe zakleslé a probíhají pod plazmatickou membránou po celém povrchu buňky. U E. gracilis jsou tyto stripy schopné se navzájem paralelně posouvat, tím dochází ke kontrakci měnící tvar buňky, což vytváří pro eugleny charakteristický peristaltický pohyb zvaný metabolie. Mechanismus tohoto pohybu není objasněn, předpokládá se ale, že se síla generuje v oblasti pod pelikulárním stripem, kde se nachází různé cytoskeletární komponenty jako mikrotubuly či jiná dosud nespecifikovaná cytoskeletární vlákna. Tato práce testuje hypotézu, že za pohybem pelikuly stojí kontrakce pomocí centrinů. Tyto malé proteiny schopné vázat vápenaté ionty jsou evolučně velmi konzervované a účastní se mnoha procesů v eukaryotických buňkách. Mohou být právě také součástí různých kontraktilních struktur protist jako například u nálevníků rodu Vorticella či Paramecium. V transkriptomu E. gracilis byly vyhledány sekvence centrinů a v porovnání s dostupnými daty proteomů pelikuly byl nalezen jediný kandidát. Tento centrin byl úspěšně in...
|
|
|
Evolution of visual sensory system in the common barbel (Barbus barbus)
Konvičková, Zuzana ; Musilová, Zuzana (vedoucí práce) ; Pergner, Jiří (oponent)
Obratlovci od společného předka zdědili pět tříd zrakových pigmentů (opsinů), které jsou exprimovány v tyčinkách a čípcích. Zatímco u mnoha skupin obratlovců došlo k redukci počtu opsinů, opsiny kostnatých ryb se rozrůznily a kostnaté ryby tak vynikají mezi obratlovci v počtu zrakových pigmentů i typů fotoreceptorů. Tomuto výjimečnému rozvoji napomohla též celogenomová duplikace specifická pro kostnaté ryby, k níž došlo přibližně před 350 miliony let. Zde se zabývám kostnatou rybou, která v nedávné době prošla další celogenomovou duplikací - parmou obecnou (Barbus barbus). Tato událost byla spojena s hybridizací (šlo tedy o allopolyploidizaci) a vedla ke vzniku 14 genů pro opsiny přítomných v genomu parmy, což je neobvykle vysoký počet i mezi kostnatými rybami. V této práci jsem zkoumala vliv takto rozvinutého repertoáru opsinů na zrakové schopnosti parmy obecné. Doplnila jsem referenční sekvence všech genů pro opsiny na základě celogenomových dat a odhalila jejich pozice na chromozomech. Analyzovala jsem transkriptomy sítnice a vytvořila vývojovou řadu expresních profilů opsinů. Geny všech opsinů byly v genomu zachovány funkční, ačkoliv jeden z nich (citlivý na zelené světlo, v této práci nazvaný RH2-4) nebyl nalezen v žádném transkriptomu a vykazoval zvýšenou substituční rychlost na nesynonymních...
|
|
| |
|
|
Příprava experimentálního systému pro studium životního cyklu myšího polyomaviru
Pergner, Jiří ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Mašek, Tomáš (oponent)
Příprava experimentálního systému pro studium životního cyklu myšího polyomaviru Abstrakt: Myší polyomavirus je modelovým zástupcem virové čeledi Polyomaviridae. Do této čeledi patří i některé významné lidské patogeny (BKV, JCV, Merkel cell polyomavirus). Díky některým svým vlastnostem viry z této čeledi mohou sloužit i jako vektory pro genovou terapii, nebo pro přípravu rekombinatních vakcín. Nové metodické přístupy mohou pomoci k porozumění dosud neznámých faktů ze životního cyklu myšího polyomaviru. Objasnění některých dějů životního cyklu může být důležité z hlediska možného využití polyomavirů pro terapeutické účely. Tato diplomová práce se zabývá přípravou dvou inovativních experimentálních systémů, které rozšiřují možnosti studia životního cyklu myšího polyomaviru. První část diplomové práce je zaměřena na přípravu rekombinantního myšího polyomaviru exprimujícího žlutý fluorescenční protein (EYFP) v časných fázích infekce. Takový virus může být vhodným nástrojem pro studium šíření infekce v živých buňkách metodami fluorescenční mikroskopie i průtokové cytometrie. Lze jej využít i pro studium kolokalizace nestrukturního proteinu velkého T antigenu s některými buněčnými proteiny. V druhé části diplomové práce je popsána příprava hybridní buněčné linie připravené fúzí myších a opičích buněk. Tato...
|
|
|
Evolution of light detection in chordates
Pergner, Jiří ; Kozmik, Zbyněk (vedoucí práce) ; Markoš, Anton (oponent) ; Musilová, Zuzana (oponent)
1 Abstrakt Vnímání světla je jednou ze základních vlastností živočichů. Světelné signály jsou pro ně důležité např. pro udržování cirkadiárních rytmů, regulaci rozmnožovacích cyklů, provedení změn v pigmentaci a pravděpodobně nejdůležitěji ze všeho pro vidění. Většina zvířat vnímá světlo za pomocí opsinů, členů proteinové superrodiny G protein spřažených receptorů. Kopinatec je zástupcem bezlebečných, nejbazálnějšího podkmene strunatců. Díky jejich fylogenetické pozici, morfologii a fyziologii se bezlebeční stali nejlépe použitelným modelovým organizmem pro porozumění evoluce obralovců a jejich specifických znaků. Během svého vývoje kopinatec vykazuje mnoho různorodých reakcí na světlo. Tato dizertační práce se zabývá studiem světločivných orgánů a opsinů v kopinatci. Do větší hloubky je zde probrán repertoár opsinových genů ve dvou druzích kopinatce, kopinatci floridském (Branchiostoma floridae) a kopinatci plžovitém (Branchiostoma lanceolatum) a jejich porovnání zejména s opsiny v obratlovcích. Dále jsou prezentována data ukazující pozoruhodnou podobnost na úrovni genové exprese mezi vizuálním orgánem kopinatce, tzv. předním okem, a neurony a pigmentovým epitelem v oku obratlovců. Tato data potvrzují dlouho předpokládanou homologii mezi předním okem kopinatce a okem obratlovců. Celkově předložená...
|
|
|
Srovnávací a evoluční analýza neurulace bazálních ryb
Matějková, Tereza ; Černý, Robert (vedoucí práce) ; Pergner, Jiří (oponent)
Neurulace, neboli vznik neurální trubice, je zásadní událostí embryogeneze každého obratlovce. Tento proces probíhá podle obecného vzoru, kdy se z neurální ploténky v závěru neurulace vytvoří neurální trubice. U většiny skupin obratlovců probíhá neurulace klasicky ohýbáním neurální ploténky za současného vyzdvižení neurálních valů. U kostnatých ryb (Teleostei), které reprezentují korunovou skupinu paprskoploutvých ryb (Actinopterygii), probíhá neurulace značně rozdílně přes pevný neurální kýl. Tři kmenové linie paprskoploutvých ryb - bichiři, jeseteři a kostlíni - tak mohou sloužit jako unikátní modely pro pochopení evoluční změny ve způsobu neurulace u obratlovců. Pro tento účel byla využita podrobná vývojová série bichira senegalského (Polypterus senegalus), jesetera malého (Acipenser ruthenus) a kostlína mexického (Atractosteus tropicus) a byly porovnány jejich morfogenetické procesy neurulace. Z popisu vnější, tkáňové i buněčné morfologie těchto tří druhů byly zdůrazněny vlivy působící v rámci neurální ploténky (apikální konstrikce, konvergentní extenze) a vlivy okolních tkání na neurální ploténku. Pokusila jsem se také diskutovat případné mechanismy evoluční přechodu od svinování neurální destičky k neurulaci skrze neurální kýl, který představuje unikátní evoluční změnu, se kterou se setkáváme...
|
|
|
The role of the Msx1 transcription factor in the intestinal epithelia and colorectal cancer
Šťastná, Monika ; Kořínek, Vladimír (vedoucí práce) ; Pergner, Jiří (oponent) ; Doubravská, Lenka (oponent)
Signální dráha Wnt představuje důležitou evolučně konzervovanou signální kaskádu, která se nachází u všech mnohobuněčných organismů. Signální dráha Wnt hraje klíčovou roli nejen v mnoha procesech během embryogeneze, ale také v udržování tkáňové homeostázy a při regeneraci. Oproti tomu mutace v genech kódujících komponenty signální dráhy Wnt často vedou k její zvýšené aktivaci a jsou příčinou vzniku mnoha lidských onemocnění, zejména rakoviny. Kanonická signální dráha Wnt je nezbytná pro buněčnou proliferaci a udržování pluripotentního stavu střevních kmenových buněk, a tím pro homeostatickou obnovu střevního epitelu. Aberantní (hyper)aktivace signální dráhy Wnt představuje počáteční krok ve vývoji střevních neoplázií. Pochopení příčin a identifikace následků hyperaktivace signální dráhy Wnt je zásadní pro rozluštění mechanismů vedoucích k maligní transformaci. Ačkoli je kanonická signální dráha Wnt předmětem vědeckých studií již několik desetiletí, všechny regulační mechanismy a důsledky její hyperaktivace nebyly dosud zcela objasněny. Během mého doktorského studia jsem se zaměřila na pochopení funkcí některých komponent a cílových genů této signalizační kaskády. V této práci jsou prezentovány výsledky mé prvoautorské a jedné spoluautorské publikace, které se zabývají dvěma geny přímo spojenými se...
|
|
|
Srovnávací a evoluční analýza neurulace bazálních ryb
Matějková, Tereza ; Černý, Robert (vedoucí práce) ; Pergner, Jiří (oponent)
Neurulace, neboli vznik neurální trubice, je zásadní událostí embryogeneze každého obratlovce. Tento proces probíhá podle obecného vzoru, kdy se z neurální ploténky v závěru neurulace vytvoří neurální trubice. U většiny skupin obratlovců probíhá neurulace klasicky ohýbáním neurální ploténky za současného vyzdvižení neurálních valů. U kostnatých ryb (Teleostei), které reprezentují korunovou skupinu paprskoploutvých ryb (Actinopterygii), probíhá neurulace značně rozdílně přes pevný neurální kýl. Tři kmenové linie paprskoploutvých ryb - bichiři, jeseteři a kostlíni - tak mohou sloužit jako unikátní modely pro pochopení evoluční změny ve způsobu neurulace u obratlovců. Pro tento účel byla využita podrobná vývojová série bichira senegalského (Polypterus senegalus), jesetera malého (Acipenser ruthenus) a kostlína mexického (Atractosteus tropicus) a byly porovnány jejich morfogenetické procesy neurulace. Z popisu vnější, tkáňové i buněčné morfologie těchto tří druhů byly zdůrazněny vlivy působící v rámci neurální ploténky (apikální konstrikce, konvergentní extenze) a vlivy okolních tkání na neurální ploténku. Pokusila jsem se také diskutovat případné mechanismy evoluční přechodu od svinování neurální destičky k neurulaci skrze neurální kýl, který představuje unikátní evoluční změnu, se kterou se setkáváme...
|
|
|
Evolution of light detection in chordates
Pergner, Jiří ; Kozmik, Zbyněk (vedoucí práce) ; Markoš, Anton (oponent) ; Musilová, Zuzana (oponent)
1 Abstrakt Vnímání světla je jednou ze základních vlastností živočichů. Světelné signály jsou pro ně důležité např. pro udržování cirkadiárních rytmů, regulaci rozmnožovacích cyklů, provedení změn v pigmentaci a pravděpodobně nejdůležitěji ze všeho pro vidění. Většina zvířat vnímá světlo za pomocí opsinů, členů proteinové superrodiny G protein spřažených receptorů. Kopinatec je zástupcem bezlebečných, nejbazálnějšího podkmene strunatců. Díky jejich fylogenetické pozici, morfologii a fyziologii se bezlebeční stali nejlépe použitelným modelovým organizmem pro porozumění evoluce obralovců a jejich specifických znaků. Během svého vývoje kopinatec vykazuje mnoho různorodých reakcí na světlo. Tato dizertační práce se zabývá studiem světločivných orgánů a opsinů v kopinatci. Do větší hloubky je zde probrán repertoár opsinových genů ve dvou druzích kopinatce, kopinatci floridském (Branchiostoma floridae) a kopinatci plžovitém (Branchiostoma lanceolatum) a jejich porovnání zejména s opsiny v obratlovcích. Dále jsou prezentována data ukazující pozoruhodnou podobnost na úrovni genové exprese mezi vizuálním orgánem kopinatce, tzv. předním okem, a neurony a pigmentovým epitelem v oku obratlovců. Tato data potvrzují dlouho předpokládanou homologii mezi předním okem kopinatce a okem obratlovců. Celkově předložená...
|
host ::
RSS.