|
|
Evolution of protein-RNA and protein-cofactor interactions
Sanchez Rocha, Alma Carolina ; Hlouchová, Klára (vedoucí práce) ; Lepšík, Martin (oponent) ; Berka, Karel (oponent)
Genetický kód je překládán do bílkovin s využitím abecedy 20 proteinogenních aminokyselin. Přes současnou dominanci kanonicke abecedy je pravděpodobné, že primordiální proteiny byly složeny pouze z části tohoto aminokyselinového repertoáru. V této práci jsme prozkoumali soubor peptidů a proteinů s cílem objasnit, jak vyvíjející se repertoár aminokyselin ovlivnil jejich fyzikálně-chemické a biologické vlastnosti a sklon k interakci s evolučně konzervovanými molekulami, jako jsou kofaktory a RNA. V první části jsme prozkoumali soubor nejkonzervovanejších protoribozomálních peptidů s cilem odhalit jejich strukturní a funkční charakteristiky. Pomocí experimentálních a bioinformatických analýz jsme potvrdili převážně nestrukturovanou povahu těchto peptidů a odhalili jejich úlohu při stabilizaci peptidyltransferázového centra a ochraně RNA před degradací. Tyto procesy odráží nejstarší pochody koevoluce RNA a peptidů jež předcházely zrodu posledního univerzálního společného předka (LUCA z angl. Last Universal Common Ancestor). Dále jsme se zaměřili na pre-ribozomálni peptidy s potenciálním prebiotickým významem. Pomocí bioinformatických metod jsme prozkoumali strukturní charakteristiky kompletních knihoven peptidů zahrnujících kanonické a prebioticky přípustné nestandardní aminokyseliny. Predikce...
|
|
|
Návrh počítačové sítě pro lisovnu kovů
Daněk, Michal ; Martin,, BERKA (oponent) ; Ondrák, Viktor (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zaměřuje na návrh počítačové sítě pro lisovnu kovů. První část práce obsahuje teoretická východiska. Druhá část obsahuje analýzu současného stavu sítě ve firmě. Z těchto prvních dvou částí jsem posléze vycházel při návrhu nové počítačové sítě, který je obsažen ve třetí a poslední části spolu s ekonomickým zhodnocením
|
|
|
Přesné kování
Berka, Martin ; Peterková, Eva (oponent) ; Lidmila, Zdeněk (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá technologií přesného kování. V práci je uvedeno základní rozdělení kování podle charakteru toku materiálu a jeho postup. Po úvodní části se tato práce zabývá rozborem metod zápustkového kování s výronkem. V další části práce je obsažen popis, parametry a metody přesného kování. Na závěr je provedeno technicko-ekonomické zhodnocení dané technologie.
|
|
|
Vliv geometrie a řezných parametrů nástroje na zbytkové napětí při obrábění tlakových zásobníků
Berka, Martin ; Kouřil, Karel (oponent) ; Strejček, Jan (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá vlivem změny řezných parametrů a geometrie nástroje na zbytkovou napjatost uvnitř materiálu. Vliv je zkoumán u hlubokého vrtání. Změna řezných parametrů se týká změny posuvu nástroje a tlaku chladicí kapaliny při procesu. Vliv geometrie nástroje je zkoumán použitím dvou rozdílných jednobřitých dělových vrtáků. Výzkum byl uskutečněn ve spolupráci se společností Bosch Diesel s.r.o. Teoretická část obsahuje popis vstřikovacího systému, ve kterém je obsažen vysokotlaký zásobník. Ten byl použit pro zhodnocení vlivu řezných parametrů a geometrie nástroje na zbytkové napětí. Dále se teoretická část zabývá použitou technologií hlubokého vrtání a teorií zbytkových napětí. Praktická část zobrazuje parametry měření a jeho výsledky. Na závěr je provedeno technicko-ekonomické zhodnocení měření.
|
|
|
Plánování stavební zakázky zhotovitelem
Dáňa, Tomáš ; Berka, Jan (oponent) ; Nový, Martin (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá plánováním nákladů stavební zakázky. V práci je popsána tvorba cen stavební zakázka, časové modely výstavby a rozdělení nákladů v průběhu výstavby. Je zde představena konkrétní stavební zakázka, která je v práci rozebrána hlavně z hlediska rozdělení nákladů v průběhu realizace zakázky. Práce představuje i alternativní řešení pro rozdělení nákladů v průběhu výstavby. Cílem práce je porovnání alternativních řešení se skutečností a rozebrat alokaci nákladů během výstavby.
|
|
|
Sportcentrum
Maděránek, Martin ; Berka, Pavel (oponent) ; Donaťáková, Dagmar (vedoucí práce)
Řešením bakalářské práce je Sportcentrum v okolí Brněnské přehrady. Objekt je zděný, dvoupodlažní, nepodsklepený, zastřešený plochou střechou. V prvním podlaží se nachází sportovně-relaxační místnosti a restaurace, v druhém podlaží zázemí pro zaměstnance.
|
|
|
Náhrada kovových ocasních ploch letounu VUT 100 kompozitními
Berka, Martin ; Cejpek, Jakub (oponent) ; Mališ, Michal (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá návrhem kompozitní vodorovné ocasní plochy letounu VUT 100. Je proveden výpočet zatížení a výběr rozhodujících případů zatížení. Je navržena vnitřní konstrukce stabilizátoru a pravého výškového kormidla. Jsou vybrány konstrukční materiály a proveden návrh skladby kompozitních materiálů. Jsou vytvořeny MKP modely stabilizátoru a pravého výškového kormidla v systému MSC Patran a následně provedena pevnostní kontrola těchto modelů pro vybrané případy zatížení za pomoci softwaru MSC Nastran a COMPOST.
|
|
|
Topics in Yield Curve Modeling
Kučera, Adam ; Kočenda, Evžen (vedoucí práce) ; Horváth, Roman (oponent) ; Mandel, Martin (oponent) ; Berka, Martin (oponent)
Cílem této disertační práce je prozkoumat interakci mezi makroekonomickými a finančními faktory optikou dynamiky výnosové křivky. Práce zahrnuje tři eseje, které společně ukazují komplexnost informací obsažených ve výnosové křivce a význam správného přisouzení pohybů výnosové křivky těmto faktorům. První esej využívá přístup založený na zpravodajství za účelem nalezení příčin pohybů výnosové křivky státních dluhopisů USA. Esej ukazuje změny ve výz- namu různých příčin těchto pohybů. Druhá esej dále hodnotí transmisi šoků ve fiskální politice do výnosové křivky státních dluhopisů USA. První a druhá esej společně přispívají k literatuře tím, že ukazují, že faktory nesouvisející s americkou ekonomickou situací či měnovou politikou se stávaly stále významnější příčinou pohybů výnosové křivky státních dluhopisů USA. Mezi tyto faktory patří změny v alokaci portfolií, přeshraniční utěk ke kvalitě a změny ve fiskální politice. Třetí esej představuje na případu výnosové křivky českých státních dluhopisů novou metodu, jak aplikovat současné modely výnosových křivek na výnosovou křivku státních dluhopisů v ekonomice s relativně mělkým trhem státních dluhopisů. Tato metoda umožňuje provést dekompozici výnosové křivky a interpretaci jejích pohybů s ohledem na specifické složky výnosů na těchto trzích.
|
|
|
Profiling translation of conceptual schemas to XML schemas
Berka, Lukáš ; Nečaský, Martin (vedoucí práce) ; Holubová, Irena (oponent)
Práce se zabývá analýzou algoritmu pro převod konceptuálních schémat do XML schémat v jazyce XML Schema, který byl uveden v [4]. Snažíme se najít nedostatky tohoto algoritmu a také hledáme parametry, kterými by bylo možné jeho běh ovlivnit. Na základě zjištěných poznatků poté navrhujeme jeho vylepšení. Uvádíme také tzv. Koncept profilování překladu. Tento koncept je založen na množině parametrů, zvané konfigurace. Původní algoritmus je podle něj upraven tak, aby zohledňoval požadavky, které uživatel zadá skrze svou konfiguraci. Díky všem našim úpravám je algoritmus schopný pracovat se jmennými prostory XML, s návrhovými vzory pro jazyk XML Schema a ve svém výstupu omezuje výskyt určitých typů redundancí. Úkol omezit redundance ve výstupu algoritmu je důležitou součástí této práce a proto vytváříme formální model, který nám s řešením tohoto problému velmi pomáhá.
|
|
|
Computational Studies of Interactions of Small Molecules with their Biological Targets
Nekardová, Michaela ; Hobza, Pavel (vedoucí práce) ; Berka, Karel (oponent) ; Kabeláč, Martin (oponent)
Práce je zaměřena na výpočetní analýzu farmaceuticky zajímavých látek v interakci s jejich biologickými cíli. Velké množství léčiv jsou malé molekuly, které se do aktivního místa enzymu vážou na principu "zámku (enzym) a klíče (léčivo)" prostřednictvím nekovalentních interakcí a způsobují tak vzestup nebo pokles aktivity enzymu. Hlavní téma práce se věnuje objasnění strukturních základů interakcí purinových analogů s enzymem cyklin-dependentní kinázou 2, který patří do protein-kinázové rodiny. Tyto enzymy hraji důležitou roli v regulaci buněčného cyklu, zvýšení jejich aktivity zásadním způsobem přispívá ke ztrátě kontroly nad buněčnou proliferací, což je jedna z příčin tvorby rakovinových buněk. Studie popisuje vazebné motivy roskovitinu, látky s inhibičním účinkem na funkci cyklin-dependentních kináz, a jeho analogů s biosterickými centrálními heterocykly v interakci s cyklin-dependentní kinázou 2. Vazebná afinita mezi enzymem a inhibitory je kvantifikována jako vypočtené vazebné skóre a vyhodnocena ve vztahu ke konformaci optimalizovaných struktur. Pro výpočty byl použit hybridní model kombinující kvantově mechanickou - QM (DFT-D) a semiempirickou kvantově mechanickou - SQM (PM6-D3H4X) metodu. Solvatační efekt byl popsán implicitním solvatačním modelem COSMO na SQM úrovni pro celý systém. Druhé...
|
host ::
RSS.