|
|
Notch Interaction with Glycogen Synthase Kinase-3β in Neurodegenerative Disease
Traub, Teodor ; Mašek, Jan (vedoucí práce) ; Rozbeský, Daniel (oponent)
Glykogensyntázakináza-3β (GSK-3β) je serin/threoninová proteinkinása účastnící se řady signálních procesů. Farmakologická inhibice GSK-3β má neuroprotektivní a neuroregenerativní účinky a a její dysregulace se vyskytuje u řady neurodegenerativních, neuromuskulárních, vývojových a psychiatrických poruch. GSKB3 je základní součástí kanonické dráhy Wnt, která se podílí na vývoji nervové soustavy. Signalizace Notch, stejně jako Wnt, hraje klíčovou roli ve vývoji, ale její vztah ke GSK-3β zůstává nejasný. Existující literatura uvádí, že GSK-3 fosforyluje intracelulární doménu Notch, ale rozchází se v tom, zda GSK3β ovlivňuje signalizaci Notch pozitivně nebo negativně. Takový molekulární "cross-talk" je velmi komplexní a kromě prosté fosforylace mohou interakce existovat na více úrovních za účasti dalších proteinů. Myotonická dystrofie je genetické nervosvalové onemocnění, které způsobuje dysregulovanou expresi mnoha proteinů, včetně GSK-3β, a vyznačuje se vývojovými, svalovými a neurologickými příznaky. Studium molekulárních interakcí v kontextu myotonické dystrofie může pomoci odhalit účinky, které mají GSK-3β a Notch na vývoj a onemocnění nervové a svalové soustavy. Tato práce představuje přehled předchozích studií týkajících se vztahu mezi GSK-3 a Notch a uvádí mé pokusy o rozšíření předchozího...
|
|
|
Mammalian proteins carrying zinc finger arrays
Vobruba, Adam ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Mašek, Jan (oponent)
Zinkový prst je malý peptidový motiv stabilizovaný jedním zinečnatým iontem, známý zejména pro svou schopnost specificky vázat třínukleotidovou sekvenci DNA v závislosti na konkrétních aminokyselinách přítomných v DNA-vazebných pozicích. Zinkové prsty jsou unikátní svou schopností spojovat se do delších tandemově uspořádaných sad, které mohou vázat DNA cíle o libovolné délce a sekvenci, určené kombinací jednotlivých prstů. Tyto sady mohou jednoduše měnit vazebnou specificitu díky mutacím a přestavbám, což jim dodává velkou flexibilitu a pomohlo zinkovým prstům rozšířit se do mnoha endogenních proteinů o rozličných funkcích. Tato vlastnost sad zinkových prstů je také činí vhodnými pro tvorbu DNA-vazebných domén na míru pro využití v genovém inženýrství. Tato práce podává přehled o objevu těchto domén, jejich struktuře a funkci a poté shrnuje a diskutuje vybrané přirozeně se vyskytující savčí proteiny se zinkovými prsty a jejich vlastnosti, představujíc různé funkce pro něž byly sady zinkových prstů v průběhu evoluce adaptovány. Diskutována je také minulost a budoucnost zinkových prstů v umělých proteinech vytvořených pro genovou terapii a výzkum. Klíčová slova: zinkový prst, ZnF, KRAB, KZFP, CTCF, PRDM9, ZFN, savci
|
|
|
Growth factors in cultivated meat production
Janoušek, Jiří ; Rozbeský, Daniel (vedoucí práce) ; Mašek, Jan (oponent)
Rychlý rozvoj celosvětové produkce masa přináší závažné environmentální a etické problémy, které vytvářejí tlak na nalezení alternativ s menšími negativními dopady. Jako možné řešení se jeví kultivované maso vyrobené ze zvířecích buněk in vitro. Běžné techniky kultivace buněk s využitím fetálního bovinního séra (FBS) však nejsou pro tento účel dostatečně škálovatelné. V této práci je zdůrazněna zásadní úloha růstových faktorů pro nahrazení FBS se zaměřením na shrnutí stávající literatury týkající se jejich významu a potenciálu pro ekonomicky životaschopné masové využití. Dále jsou analyzovány popsané nároky různých typů buněk významných pro produkci kultivovaného masa na růstové faktory, jakožto i potenciální metody optimalizace výrobních procesů, aktivity či stability nejdůležitějších identifikovaných růstových faktorů. Závěrem jsou stručně prozkoumány alternativní přístupy k použití růstových faktorů. Cílem práce je poskytnout ucelený přehled o produkci a optimalizaci rekombinantních růstových faktorů v oblasti kultivovaného masa.
|
|
|
Aplikace kohezivních prvků pro pokročilé modelování lomové odezvy betonu
Veselý, Martin ; Mašek, Jan (oponent) ; Miarka, Petr (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá problematikou kohezivního přístupu k modelování lomové odezvy heterogenních materiálů, jakým je právě beton. Jedná se o jeden z pokročilých způsobů při modelování lomových poškození v heterogenních materiálech. V první části jsou představeny a popsány teoretické principy, které je nutno znát a chápat při modelování kohezivních prvků. V praktické části byly nejprve vytvořeny jednoprvkové modely sloužící k ověření vlastností kohezivních prvků. Dále je vytvořena komplexní geometrie, jež je podrobena simulaci tlakové zkoušky. Na závěr je provedeno zhodnocení tohoto přístupu k modelování ve 2D.
|
|
|
Simulační úlohy v NS2 osvětlující znalosti z předmětu MPKT
Mašek, Jan ; Mlýnek, Petr (oponent) ; Jeřábek, Jan (vedoucí práce)
V bakalářské práce jsou navrženy simulační úlohy datových sítí pro potřeby předmětu Pokročilé komunikační techniky (MPKT). Sítě jsou simulovány v prostředí programu Network Simulator 2 (NS2). V úvodu je stručný popis programového prostředí NS2 a dále základy jazyka Tcl, používaného k simulaci. Uvedeny jsou i možnosti simulace protokolu HTTP s použitím OTcl tříd PagePool. Následuje návrh celkem šesti simulačních úloh. První úloha využívá třídu PagePool/Math a zobrazuje nejjednodušší komunikaci mezi klientem, serverem a cache. Další úloha, využívající třídu PagePool/CompMath zobrazuje komunikaci mezi klientem, cache, webovým serverem, FTP serverem a FTP klientem. Úloha využívající třídu PagePool/WebTraf simuluje vzájemnou komunikaci mezi dvěma klienty a třemi servery. Poslední tři úlohy využívající třídy PagePool/ProxyTrace se od sebe liší rozdílnou topologií a průběhem komunikace. Úlohy této třídy jsou nejsložitější a jejich vstupní soubory umožňují nadefinovat celou komunikaci. Výstupy úloh jsou grafy, logovací soubory HTTP komunikace a k poslední úloze je zpracován podrobný návod.
|
|
|
Simulation of cryptographic algorithms using FPGA
Németh, František ; Mašek, Jan (oponent) ; Smékal, David (vedoucí práce)
Bachelor thesis is dealing with a cipher standard AES and with a design of encryption and decryption components for AES in special modes of operation. Programming language is VHDL. In theoretical part of thesis is a further descriptions of AES and behaviour of block cipher operation modes. Furthermore the brief description of VHDL, FPGA and NetCOPE framework is a piece of theoretical part as well. The practical part contains designs which are made in developing environment Vivado from Xilinx. Programmed modes of operation are ECB, CBC, CTR and CFB. Simulation outputs and synthesis results are summerized in tables.
|
|
|
Online detektor bodů zájmu
Přibyl, Jakub ; Rajnoha, Martin (oponent) ; Mašek, Jan (vedoucí práce)
Tato práce se věnuje problematice online učení detektoru při dlouhodobém sledování objektu ve videosekvenci. Tento objekt je definován pomocí ohraničujícího obdelníku. V práci jsou popsány jednotlivé části detektoru: sledování objektu, detekce objektu a online učení detektoru. Hlavním přínosem práce je rozšíření programu OpenTLD o paralelní detekci a sledování více objektů současně. Paralelizace je pak porovnána na několika praktických příkladech a je porovnán vliv procesoru při detekci. Nejlepších výsledků bylo dosaženo při paralelizaci s detekováním všech objektů. Nejpřesnější detekce byla v případě dostatečně naučených objektů při nejmenší změně podoby.
|
|
|
Conditioning of Primary Systems for Solving by Flexibility Method
Sabelová, Katarína ; Mašek, Jan (oponent) ; Frantík, Petr (vedoucí práce)
This bachelor thesis deals with effect of chosen basic determinate structure on solution of statically indeterminate structures obtained by using force method. Evaluation of basic determinate structure is based on conditioning of flexibility matrix, defined by three different condition numbers. Each of the four analyzed structures is examined in different way, due to their individual characteristics. As a result, few findings about dependence of conditioning of used basic structure on structures parameters and its effect on solution by force method were obtained.
|
|
|
Computational tasks for Parallel data processing course
Horečný, Peter ; Rajnoha, Martin (oponent) ; Mašek, Jan (vedoucí práce)
The goal of this thesis was to create laboratory excercises for subject „Parallel data processing“, which will introduce options and capabilities of Apache Spark technology to the students. The excercises focus on work with basic operations and data preprocessing, work with concepts and algorithms of machine learning. By following the instructions, the students will solve real world situations problems by using algorithms for linear regression, classification, clustering and frequent patterns. This will show them the real usage and advantages of Spark. As an input data, there will be databases of czech and slovak companies with a lot of information provided, which need to be prepared, filtered and sorted for next processing in the first excercise. The students will also get known with functional programming, because the are not whole programs in excercises, but just the pieces of instructions, which are not repeated in the following excercises. They will get a comprehensive overview about possibilities of Spark by getting over all the excercices.
|
|
|
Systém lokalizace uvnitř budov
Celeng, Michal ; Mašek, Jan (oponent) ; Levek, Vladimír (vedoucí práce)
Práca sa zaoberá problematikou lokalizačného systému vo vnútri budov implementovaného v prostredí operačného systému Android, založeného na efektívnom štandarde Bluetooth Low Energy za pomoci bluetoothových majákov. Výstupom diplomovej práce je návrh topológie systému, popis komponentov, potrebných štandardov a následné vytvorenie systému.
|
host ::
RSS.