|
|
Výkon síťového serveru při komunikaci s velkým počtem klientů
Mašín, Jan ; Pelka, Tomáš (oponent) ; Komosný, Dan (vedoucí práce)
Úkolem je vytvořit simulační systém mezi dvěma počítači typu server-klient. Z klienta generovat provoz pomocí UDP protokolu na server. Generovanému provozu nastavovat různé parametry (velikost paketu, interval zasílání) a vyhodnocovat spotřebu zdrojů na serveru (procesor, paměť). Dosažené výsledky přehledně graficky zpracovat. Byly otestovány dva servery o různé výkonnosti a operační systémy Windows XP, Windows Server 2003, Linux Mandriva 8.0 a Linux Fedora 7, které byly nainstalovány na jednotlivých serverech s různou výkonností. Generovaný provoz se provádí pomocí generátoru paketů, který byl vytvořen v programovacím jazyce C++ . Musely být vytvořeny dva různé programy. Jeden pro klienta (generování paketů probíhalo v OS Windows), který má za úkol generovat pakety a druhý pro server (musela být vytvořena i funkční verze pracující pod OS Linux), který generované pakety přijímá. Vyhodnocování spotřeby zdrojů bylo realizováno dvěma monitorovacími programy. Jeden byl vytvořen pro OS Windows a druhý pro OS Linux. Oba programy ukládají informace o vytížení procesoru a operační paměti do textového souboru, z kterého je možné rychle a jednoduše získat potřebné hodnoty. Z naměřených hodnot byly vytvořeny tabulky a vypracovány přehledné grafické závislosti, které naznačují jak efektivně jednotlivé OS, popřípadě servery o různé výkonnosti, dokáží zpracovávat generované pakety a jaký vliv na vytížení zdrojů serveru mají různě nastavované parametry generátoru paketů (velikost paketu a interval zasílání paketu).
|
|
|
Lokalizace stanic v Internetu pomocí metody Vivaldi s adaptivním časovým krokem
Mašín, Jan ; Balej, Jiří (oponent) ; Komosný, Dan (vedoucí práce)
Cílem této diplomové práce bylo seznámení se s principy vyhodnocování logické polohy stanic v síti Internet. Prostudovat lokalizační algoritmus s názvem Vivaldi s adaptivním časovým krokem a následně provést jeho realizaci v operačním systému GNU/Linux distribuce CentOS. Seznámit se s experimentální sítí PlanetLab (http://www.planet-lab.org/). Na zvolené stanice z této sítě přenést, vytvořenou aplikaci a ověřit její činnost na reálných serverech rozmístěných na různých místech zeměkoule a zhodnocení dosahované přesnosti odhadu vzdáleností mezi stanicemi v síti PlanetLab. V rámci této práce byla vytvořena aplikace pro měření predikce zpoždění za pomoci algoritmu Vivaldi s adaptivním časovým krokem, která funguje na principu klient-server, kde klientská část provádí kroky algoritmu vivaldi a serverová pouze naslouchá, sbírá výslední data algoritmu Vivaldi a přehledně je ukládá do souboru. Dále pak byla vytvořena i aplikace pro přímé měření zpoždění, která funguje také jako model klient-server. Tyto aplikace byly přeneseny na vybrané uzly z experimentální sítě PlanetLab. Následně pak byly na těchto uzlech spuštěny, pro uskutečnění potřebného měření. Výsledné hodnoty byly zpracována do tabulek za pomoci programu Microsoft Excel. Tyto hodnoty pak byly porovnány s přímím měřením a s konkurenční lokalizační metodou King. Lokalizační metody Vivaldi s adaptivním časovým krokem a King, se porovnávaly na základě vypočtených relativních chyb obou odhadů měření a pomocí distribučních funkcí všech relativních chyb obou metod. Všechny tyto informace byly vyhodnoceny k porovnání přesností obou lokalizačních metod a přímého měření.
|
|
|
Identifikace aminokyselinových zbytků v acylované doméně RTX toxinů podílejících se na vazbě acyltransferázy
Grobarčíková, Michaela ; Mašín, Jiří (vedoucí práce) ; Černý, Ondřej (oponent)
Adenylát-cyklázový toxin (CyaA) a α-hemolysin (HlyA) patří do rodiny RTX toxinů, které hrají klíčovou roli v patogenezi bakterií Bordetella pertussis a Escherichia coli. Bakteriální RTX toxiny jsou produkovány gram-negativními bakteriemi a mají několik význačných společných vlastností: (1) vyžadují posttranslační aktivaci připojením řetězců mastných kyselin na dvě lysinová residua toxinu; (2) obsahují hydrofobní doménu, která v membránách cílových buněk vytváří kation- selektivní póry; (3) jsou sekretovány sekrečním systémem typu I; (4) po sekreci se stávají biologicky aktivními díky vazbě Ca2+ do opakujících se sekvencí bohatých na glycin a aspartát. CyaA přenáší adenylát-cyklázový enzym do cytozolu fagocytů a po vazbě vnitrobuněčného kalmodulinu narušuje jejich baktericidní funkce nekontrolovanou přeměnou ATP na cAMP. CyaA a HlyA také vytvářejí kation-selektivní póry, které permeabilizují membránu eukaryotických buněk. Oba toxiny se preferenčně váží na buňky nesoucí na svém povrchu β2 integriny, ale mohou interagovat se širokým spektrem eukaryotických buněk nebo i čistými lipidovými membránami. Aktivace obou toxinů z formy protoxinu probíhá modifikací za přítomnosti specifických acyltransferáz. CyaA je aktivován acyltransferázou CyaC, kdežto HlyA je aktivován acyltransferázou HlyC. Tato...
|
|
|
Využití lidské monocytární buněčné linie THP-1 pro studium patogeneze původce černého kašle Bordetella pertussis
Čurnová, Ivana ; Petráčková, Denisa (vedoucí práce) ; Mašín, Jiří (oponent)
je striktně lidský patogen, který způsobuje vysoce nakažlivé respirační onemocnění zvané černý kašel, které je v současné době na vzestupu. byla dlouhou dobou považována za extracelulárního patogena, nicméně současné době se ukazuje na baktericidní aktivitu makrofágů a přežívat časných endozomech makrofágů. ntracelulárního přežívání na lidské monocytární buněčné linii THP lidských dárců této práci jsme se zaměřili na THP infekční model a to hlavně na časné Dříve provedená transkriptomická studie ukázala významně ovlivněné geny intracelulárně se vyskytující v geny, které nějakým způsobem souvisí s přežíváním uvnitř makrofágů či toto přežívání významně ovlivňují. Vliv mutace v těchto genech byl testován jak na míře cytotoxicity 1 buňkám, tak s tím související množství přeživších bakterií uvnitř makrofágů. Méně cytotoxický byl deleční intracelulární přežívání nepřineslo tak jasné výsledky. Vliv séra na více komplexní. Nicméně se podařilo optimalizovat infekční model, na kterém lze otestovat i další podmínky či jiné mutatní kmeny. Klíčová slova: buněčná linie ční model přežívání, faktory virulence, opsonizace.
|
|
|
Vztah struktury syntetických organických molekul, jejich chování ve fosfolipidové membráně a působení na bakterie
Brzobohatá, Hana ; Fišer, Radovan (vedoucí práce) ; Mašín, Jiří (oponent)
Lipofosfonoxiny (LPPO) jsou organické molekuly modulární struktury s baktericidní aktivitou, která se uskutečňuje na membráně tvorbou pórů. Vykazují slibné hodnoty MIC (minimální inhibiční koncentrace) i HC50 (hemolytická koncentrace). Řadí se mezi syntetická antimikrobiální peptidomimetika, tedy látky, které neobsahují peptidické řetězce, ale napodobují strukturu membránově aktivních oligopeptidů. Tato práce se zabývá popisem antimikrobiálních vlastností molekul DR 7072, DR 34P1, DR 362 a DR 236, které se řadí mezi tzv. LEGO-LPPO (IV. generace LPPO). Vybrané molekuly se liší ve struktuře hydrofobního modulu (HM), délce spojovacího modulu (SM), nebo v obojím. Testované molekuly vykazovaly slibné hodnoty MIC (mezi 2 a 16 μg/ml) a byla potvrzena jejich schopnost permeabilizovat membránu gram negativních (G- ; Pseudomonas aeruginosa) i gram pozitivních (G+ ) bakterií (Staphylococcus aureus). Molekuly vykazují rozdílný mechanizmus účinku proti zmíněným bakteriím. Na G+ bakterie působí rychleji a v nižších koncentracích. Příčinou tohoto rozdílu může být rozdílné fosfolipidové složení cytoplazmatické membrány nebo přítomnost vnější membrány u G- baterií, což odpovídá výsledkům v této práci. LEGO-LPPO tvoří v membráně neselektivní nebo anion selektivní póry a způsobují lyzi lipozómů. Molekula DR 362 tvoří...
|
|
|
Mechanizmus antibakteriálního účinku 4. generace lipofosfonoxinů
Helusová, Michaela ; Mikušová, Gabriela (vedoucí práce) ; Mašín, Jiří (oponent)
Lipofosfonoxiny jsou malé syntetické antimikrobiální molekuly, jejíchž zásahovým místem je cytoplazmatická membrána bakterií. Tato práce se zaměřuje na porovnání a podstatu rozdílu v aktivitě tří vybraných zástupců lipofosfonoxinů 4. generace, které se liší počtem uhlíků v jednotlivých modulech a také svou antibakteriální a hemolytickou aktivitou. Nejslibnějším kandidátem je látka 7072 vykazující dobrou antimikrobiální aktivitu a nízkou hemolytickou aktivitu. Dalšími testovanými lipofosfonoxiny jsou hemolytický 7070 a antibakteriálně slabě účinný 7107. V této práci je zkoumána jejich pórotvorná aktivita na modelových membránách i na živých buňkách Staphylococcus aureus a Escherichia coli. Výsledky naznačují, že i malý rozdíl ve struktuře může mít zásadní vliv na aktivitu těchto molekul. Lipofosfonoxiny 7072 a 7070 vykazují stejnou aktivitu proti bakteriím, kdy jejich baktericidní účinek spočívá ve vytváření pórů v cytoplazmatické membráně. Bakterie účinkem lipofosfonoxinů rychle hynou následkem ztráty membránového potenciálu. Vysoká hemolytická aktivita látky 7070 pravděpodobně souvisí s její preferencí k nenabitým membránám. Podstata slabé antimikrobiální aktivity látky 7107 je dána tvorbou pouze malých pórů a také neschopností překonat a rozrušit vnější membránu. Klíčová slova: antimikrobiální...
|
|
|
Role konservovaného tyrozinu acylované domény v inzerci a penetraci RTX toxinů
Lepesheva, Anna ; Mašín, Jiří (vedoucí práce) ; Petráčková, Denisa (oponent)
RTX toxiny tvořící póry jsou klíčovými faktory virulence mnoha gramnegativních patogenů. Tyto proteiny sdílejí několik společných strukturních a funkčních vlastností: (i) přítomnost opakujících se sekvencí bohatých na glycin a aspartát, důležitých pro vazbu iontů vápníku, (ii) transport z cytozolu bakterií sekrečním systémem typu I (T1SS), (iii) modifikace mastnou kyselinou na specifických lyzinech v acylované doméně vlastní acyltransferázou a (iv) přítomnost amfipatické oblasti, která je zodpovědná za tvorbu pórů selektivních pro kationty. Bylo ukázáno, že aromatický postranní řetězec konzervovaného tyrozinového zbytku 940 (Y940) v acylovaném segmentu adenylátcyklázového toxinu (CyaA, ACT nebo AC-Hly) bakterie Bordetella pertussis hraje klíčovou roli v interakci toxinu s cílovou buněčnou membránou. Cílem této práce bylo ukázat, zda odpovídající konzervovaný zbytek Y940 u CyaA z bakterie Bordetella bronchiseptica, Y642 u HlyA z Escherichia coli, Y643 u ApxIA z Actinobacillus pleuropneumoniae a Y639 u RtxA z Kingella kingae, hraje stejnou kritickou roli v membránové inzerci a tvorbě pórů. Hemolytické a cytotoxické aktivity těchto homologních RTX toxinů byly plně zrušeny pouze po nahrazení konzervovaných tyrozinů prolinovými zbytky. Substituce tyrozinu za alanin mírně snížila cytolytickou kapacitu...
|
|
| |
|
|
Kontrola kvality vedení mimotělního oběhu pomocí Data management systému
Fichtl, Jaromír ; Rulíšek, Jan (vedoucí práce) ; Mašín, Jaroslav (oponent)
V průběhu mimotělního oběhu je typické kolísání parametrů základních životních funkcí. Kolísání těchto parametrů může mít přímý vliv na pooperační zotavení. Dokonce může vést k dočasnému nebo trvalému poškození orgánových funkcí. Střední arteriální tlak je jedním ze základních parametrů perfuze tkání. Dojde-li k poklesu středního arteriálního tlaku pod 50 mmHg, může docházet ke korelující orgánové hypoperfuzi a desaturaci žilní krve. V této studii zaměřené na shromažďování údajů o vedení mimotělního oběhu při srdečních operacích, pomocí modulu pro shromažďování dat (DMS) by Stőckert, De. Zaměřuje se na průběh hodnot středního arteriálního tlaku a žilní saturace krve kyslíkem. Soubor zahrnuje 45 pacientů splňujících kritéria: srdeční operace na chlopních, operováno na III.sále II.chirurgické kliniky, operováno v normotermii. U 22 pacientů byly zaznamenány v průběhu mimotělního oběhu hypotenze po dobu delší než čtyři minuty (skupina A). U zbývajících 23 pacientů významná hypotenze nebyla zaznamenána (skupina B). Mezi skupinami byla provedena komparace. Byla porovnána průměrná doba hospitalizace, průměrná doba intubace a výskyt neurologických komplikací. Průměrná doba hospitalizace byla ve skupině A - 180 hodin, skupině B - 210 hodin. Průměrná doba intubace byla ve skupině A - 114 hodin, skupině B - 89 hodin....
|
|
|
Adenylát cyklázový toxin bakterie Bordetella pertussis: mechanizmus úniku draselných iontů z makrofágů
Pospíšilová, Eva ; Mašín, Jiří (vedoucí práce) ; Konopásek, Ivo (oponent)
Adenylát cyklázový toxin-hemolyzin (ACT, CyaA) je klícovým faktorem virulence bakterie Bordetella pertussis, která zpusobuje onemocnení cerný kašel. CyaA se váže na fagocytické bunky s receptorem CD11b/CD18 na povrchu a vykazuje dve ruzné aktivity. Jedna je spojena s prekurzorem toxinu, který oligomerizuje a tvorí v membráne bunky malé kation selektivní póry. Druhá souvisí s prekurzorem, jenž pravdepodobne funguje jako monomer. Ten translokuje enzymatickou adenylát cyklázovou doménu do cytozolu bunky, pri cemž dochází též ke vstupu vánenatých iontu do bunky. Adenylát cyklázová doména váže po translokaci bunecný kalmodulin a katalyzuje rychlou premenu bunecného ATP na cAMP. V této práci jsme ukázali, že CyaA zpusobuje rovnež únik draselných iontu z CD11b+ bunek. Dále jsme ukázali, že k úniku draselných iontu je nutná vazba CyaA na receptor CD11b/CD18 a permeabilizace membrány póro-tvorným prekurzorem. Divoký typ toxinu zpusobuje únik draselných iontu se stejnou kinetikou jako enzymaticky inaktivní verze toxinu, jenž není schopna tvorit cAMP. Únik draselných iontu zpusobený CyaA tedy není ovlivnen zvýšenou hladinou cAMP ani cAMP signalizací zpusobenou tímto toxinem. Zkrácená verze toxinu (CyaA-AC), s odstranenou AC doménou, mela i pres svojí normální hemolytickou aktivitu na erytrocytech i na umelých...
|
host ::
RSS.