|
|
Příprava sond určených pro zobrazování nádorů pomocí jednofotonové emisní výpočetní tomografie (SPECT) založených na peptidomimetických inhibitorech proteasy FAP
Trajhan, Filip ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Baszczyňski, Ondřej (oponent)
Fibroblastový aktivační protein (FAP) je membránová serinová proteasa, která bývá exprimována převážně v buňkách epiteliálních nádorů. Specifický výskyt v nádorovém mikroprostředí a jeho absence ve většině zdravých tkání činí z tohoto proteinu významný cíl pro vývoj diagnostických sond nebo cílené endoradioterapie. Cílem této práce je příprava nové série potenciálních sond pro zobrazování nádorů pomocí SPECT s využitím nízkomolekulárních inhibitorů FAP. Byly navrženy struktury a syntetické strategie pro čtyři nové sondy a zároveň byly připraveny dvě již publikované sondy sloužící jako reference pro biodistribuční experimenty. Dvě sondy byly založeny na látce IOCB22-AP446, dosud nejúčinnějším publikovaném inhibitoru FAP, který byl vyvinut v laboratoři prof. Konvalinky na ÚOCHB AV ČR. Další čtyři připravené sondy využívaly jako cílící molekulu inhibitor UAMC1110, používaný v řadě látek nacházejících se ve fázi klinického testování. U všech připravených sloučenin byla určena míra inhibice FAP in vitro. Dále byla testována schopnost sond zobrazovat nádorovou tkáň in vivo na dvou zvířecích modelech lidských nádorů. Porovnání výsledků s publikovanými daty vedlo k validaci jednoho z modelů pro využití v dalších experimentech. Klíčová slova: Fibroblastový aktivační protein (FAP), Jednofotonová emisní...
|
|
|
Structural biochemistry of protein NKp80, an activation receptor of human lymphocytes
Pazderová, Kristýna ; Vaněk, Ondřej (vedoucí práce) ; Konvalinka, Jan (oponent)
NK buňky (z angl. natural killer cells, přirozeně zabíječské buňky) buňky hrají důležitou roli při rozpoznání a eliminaci infikovaných, poškozených či nádorových buněk bez nutnosti předchozího kontaktu s nimi. Jejich cytotoxicita je zprostředkována aktivačními receptory na jejich povrchu, jako je receptor NKp80 (z angl. Natural Killer protein 80 kDa). NKp80 se váže na ligand AICL, který je konstitutivně exprimován na myeloidních buňkách. Zvýšená exprese AICL, např. na nádorových buňkách, vede k aktivaci NK buněk exprimujících receptor NKp80. Interakce NKp80:AICL je proto slibným imunoterapeutickým cílem pro léčbu myeloidní leukémie. Struktura obou proteinů dosud nebyla známá, a proto jsme se v práci zaměřili na úspěšnou produkci extracelulární domény těchto proteinů za tímto účelem. Při produkci receptoru NKp80, jsme zavedli do "stalk" oblasti sérii mutací, kde byly jednotlivé cysteiny nahrazeny seriny. Pomocí zavedených mutací jsme studovali jejich vliv na produkci, stabilitu a tvorbu homodimeru. Zavedené mutace významně zvýšily výtěžek produkce, a proto byl protein připraven ve větším množství za účelem krystalizace proteinu. Krystalizace vedla k objasnění dosud neznámé struktury homodimeru NKp80 s rozlišením 2,9 Å. Při přípravě proteinů ke krystalizaci bylo ovšem zjištěno, že dochází k částečné...
|
|
|
Způsoby měření hustoty kostních tkání
Konvalinka, Jan ; Valášek, Jiří (oponent) ; Marcián, Petr (vedoucí práce)
Předkládaná bakalářská práce se zabývá měřením hustoty kosti a důsledky jejích změn na biomechanické vlastnosti kostní tkáně. První část je věnována popisu metod kostní densitometrie, zejména metod radiologických, které jsou v současnosti nejrozšířenější. V druhé části je měřena hustota spongiózní kosti v Hounsfieldových jednotkách z CT snímků (femur prasete, zdravý a nemocný femur člověka a bederní obratel) v programu ROI Analysis. V třetí části práce je analyzován vliv změn hustoty kosti na deformačně-napěťové veličiny spongiózní kosti. K posouzení byl využit 2D výpočtový model kyčle řešený pomocí MKP.
|
|
|
Deformačně napěťová analýza tumorózní totální endoprotézy kyčelního kloubu
Vystrk, Tomáš ; Konvalinka, Jan (oponent) ; Marcián, Petr (vedoucí práce)
Tumorózní totální endoprotézy kyčelního kloubu slouží k rekonstrukci a navrácení funkce končetiny postižené kostním nádorem. Při rekonstrukci je třeba uvažovat dlouhodobé zatížení a zároveň umožnit pohyblivost kloubu. Vhodnost náhrady závisí na konstrukci z hlediska tvaru a materiálu a s nimi souvisejícími mechanickými vlastnostmi. Předložená práce se zabývá tvorbou výpočtového modelu totální tumorózní náhrady kyčelního kloubu a jeho deformačně napěťovou analýzou. V práci jsou modelovány dva odlišné typy endoprotéz se třemi různými délkami náhrady resekované kosti. Na základě deformačně napěťové analýzy je pak provedeno vymezení vůči možným mezním stavům.
|
|
|
Souvislost silového působení a deformačních charakteristik s energií deformovaného systému
Kupka, Oldřich ; Konvalinka, Jan (oponent) ; Horníková, Jana (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá popisem energií v deformovaných soustavách a jejich využitím pro určení síly působící na soustavu a posuvů způsobených silami. V úvodní části jsou popsány základní druhy namáhání a jak lze u nich určit energii napjatosti a posuvy. Dále jsou popsány energie napjatosti a potenciální energie včetně jejich komplementárních složek. Následuje objasnění principu virtuálních prací, Bettiho věty a Maxwellova teorému reciprocity. Poté je odvozen první a druhý Castiglianův teorém. Ty jsou následně aplikovány na staticky určitou a neurčitou úlohu.
|
|
|
Analýza vlivu mechanických vlastností komponent patologické stěny tepny na její napjatost
Bartoňová, Petra ; Konvalinka, Jan (oponent) ; Burša, Jiří (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá problematikou zkoušek mechanických vlastností aterosklerotických plátů krčních tepen s ohledem na využití při zlepšování jejich konstitutivních modelů a dále vlivem použití těchto modelů na napjatost ve fibrózním krytu plátu. Úvodní část je stručným přehledem potřebných lékařských poznatků důležitých pro pochopení problematiky vzniku ateromu a s ním spojených rizik. Dále je pozornost věnována rešerši používaných mechanických zkoušek a jejich výsledků v podobě vlastností těchto tkání. Zároveň jsou zmíněny již používané konstitutivní modely tkání. Hlavní část této práce je věnována popisu zpracování získaných ateromů na zkušební vzorky, průběhu a metodice provedených zkoušek a následnému zpracování experimentálních dat pro vyhodnocení chování jednotlivých složek aterosklerotické tkáně. Poté jsou diskutovány a zhodnoceny získané výsledky a poznatky. Spolu s vyhodnocenými mechanickými vlastnostmi jsou prezentována nafitovaná experimentální data s ohledem na predikční schopnosti konstitutivních modelů. Závěrečná část je věnována MKP analýze idealizovaného 2D modelu s důrazem na posouzení vlivu vlastností nekrotického jádra a fibrózní tkáně na hodnoty redukovaného napětí ve fibrózním krytu dle von Misesovy podmínky.
|
|
| |
|
|
Deformačně napěťová analýza femuru s distrakčním intramedulárním hřebem
Konvalinka, Jan ; Marcián, Petr (oponent) ; Florian, Zdeněk (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá stanovením a analýzou deformace a napětí femuru s aplikovaným distrakčním intramedulárním hřebem pro léčbu nestejné délky končetin metodou distrakční osteogeneze. Práce je zaměřena především na stavy po ukončení distrakce s následnou konsolidací svalku. Problém stanovení deformace a napětí soustavy je řešen výpočtovým modelováním s využitím MKP. Součástí práce je detailní popis tvorby modelu jednotlivých prvků soustavy, k získání trojrozměrné geometrie kosti byly použity CT snímky. Výpočtový model je řešen pro 4 různé geometrie svalku a měněny jsou materiálové charakteristiky svalku. Dále je také analyzován vliv použití 3 a 2 distálních šroubů na deformaci a napětí.
|
|
|
Studies on structure and biological functions of NKR-P1 receptors
Rozbeský, Daniel ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Konvalinka, Jan (oponent) ; Drbal, Karel (oponent)
Významnou součástí imunitního systému jsou NK buňky, které jsou schopny rozpoznávat a zabíjet některé nádorové a virem infikované buňky. Rozpoznávání abnormálních buněk je zprostředkováno sofistikovaným repertoárem aktivačních a inhibičních receptorů, které se nachází na povrchu NK buněk. Mezi nejznámější receptory patří rodina C-lektinových receptorů NKR-P1, o kterých se předpokládá, že jsou transmembránové proteiny II. typu vyskytující se na membráně v podobě disulfidicky vázaných homodimerů. Ačkoliv od jejich objevu uplynulo více než 20 let, jejich struktura a funkce je stále zahalená rouškou tajemství. Cílem disertační práce byl strukturní výzkum myších NKR-P1 receptorů za účelem poznat jejich funkce. V první části jsme vyvinuli metodu pro přípravu rekombinantních receptorů myší rodiny NKR-P1. Dále jsme se detailně zabývali receptorem NKR-P1A, jehož struktura byla vyřešena pomocí rentgenové strukturní analýzy s rozlišením 1,7 A. Unikátní vlastností struktury byla smyčka extendovaná z konzervované C-lektinové domény, která v krystalu interagovala se symetricky sdruženou molekulou. Konformace a flexibilita smyčky byla dále studována v roztoku pomocí vodík/deuteriové výměny a chemického síťování ve spojení s hmotnostní spektrometrií. Jednotlivé analýzy potvrdily, že struktura NKR-P1A se v roztoku liší od...
|
|
|
Produkce a charakterizace lidského inhibitoru C1 a rekombinantních proteinů z Plasmodium falciparum PfMSP3.1 pro strukturní studia
Čápová, Kateřina ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Heidingsfeld, Olga (oponent)
PfMSP3.1 je jedním z povrchových proteinů intracelulárního parazita Plasmodium falciparum, který způsobuje malárii. Protein v rámci strategie úniku parazita před imunitním systémem lidského hostitele váže jeden z regulátorů systému komplementu - C1 inhibitor. Zjištění přesného místa vazby a jeho strukturální stanovení by napomohlo k pochopení interakce mezi parazitem a hostitelem, která je důležitá pro rozvoj nemoci, a tím i pro návrh možné terapie. V teoretické části práce je přiblížen životní cyklus Plasmodia falciparum, role vývojového stádia parazita zvaného merozoit, jeho povrchových proteinů a s tím i přímo merozoitového povrchového proteinu 3 při napadání červených krvinek parazitem. Dále je v ní stručně popsán systém komplementu, jeho aktivace a regulace. Experimentální část zahrnuje klonování plasmidů pro tvorbu C1 inhibitoru a různých forem povrchového proteinu merozoitu PfMSP3.1, transfekci S2 hmyzích buněk těmito plasmidy, následnou expresi proteinů v S2 buňkách a jejich purifikaci. V druhé polovině experimentální části byly provedeny pokusy o vytvoření komplexů C1 inhibitoru s jednotlivými formami povrchového proteinu merozoitu PfMSP3.1 a krystalizaci tohoto proteinu. Klíčová slova Proteinová exprese, inhibice enzymů, krystalizace proteinů, malárie. komplement, C1 inhibitor
|
host ::
RSS.